More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_0128 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_0128  histone family protein DNA-binding protein  100 
 
 		 100 aa  196  7e-50  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4435  histone family protein DNA-binding protein  68.09 
 
 		 101 aa  137  3.9999999999999997e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.90338  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5982  histone family protein DNA-binding protein  68.09 
 
 		 100 aa  137  4.999999999999999e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.946495 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3687  DNA-binding protein HU  74.71 
 
 		 110 aa  136  7.999999999999999e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1534  histone family protein DNA-binding protein  63.83 
 
 		 96 aa  125  2.0000000000000002e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.926041  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02675  DNA-binding protein HU  61.96 
 
 		 97 aa  124  5e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1479  histone family protein DNA-binding protein  61.11 
 
 		 104 aa  117  7e-26  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0938  histone family protein DNA-binding protein  60 
 
 		 95 aa  115  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1258  DNA-binding protein HU  54.35 
 
 		 92 aa  110  6e-24  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0154  histone family DNA-binding protein  53.33 
 
 		 95 aa  105  2e-22  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0238  histone family protein DNA-binding protein  40.45 
 
 		 91 aa  72.8  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0765  nucleoid protein Hbs  42.05 
 
 		 91 aa  73.2  0.000000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000296782  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1888  histone family protein DNA-binding protein  41.18 
 
 		 93 aa  72  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000630839  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3286  histone family protein DNA-binding protein  30.3 
 
 		 109 aa  70.9  0.000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00577956  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3125  histone family protein DNA-binding protein  29.7 
 
 		 112 aa  70.9  0.000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0598577  decreased coverage  0.00823154 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0894  nucleoid DNA-binding protein  40.91 
 
 		 91 aa  70.9  0.000000000006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  8.08972e-16  hitchhiker  0.000000000000265027 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0135  histone family protein DNA-binding protein  38.46 
 
 		 91 aa  70.5  0.000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00267128  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1957  histone-like DNA-binding protein  38.2 
 
 		 91 aa  70.1  0.000000000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000024611  normal  0.388646 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1390  integration host factor, beta subunit  30.61 
 
 		 103 aa  70.1  0.00000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0244556  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2470  integration host factor, beta subunit  30.61 
 
 		 103 aa  70.1  0.00000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.391555  normal  0.36333 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2107  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 		 90 aa  69.3  0.00000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00000844989  hitchhiker  0.00906741 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1686  DNA-binding protein HU-beta, NS1(HU-1)  37.08 
 
 		 90 aa  68.9  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.460310000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1028  integration host factor subunit beta  35.42 
 
 		 98 aa  68.9  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.100562  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1417  histone-like DNA-binding protein  41.18 
 
 		 91 aa  68.6  0.00000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000053245  normal  0.466182 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1181  histone family protein DNA-binding protein  33.71 
 
 		 92 aa  68.6  0.00000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.42545  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2248  nucleoid protein Hbs  32.97 
 
 		 91 aa  67.8  0.00000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0990789 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2356  histone family protein DNA-binding protein  34.41 
 
 		 94 aa  67.4  0.00000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2302  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 		 97 aa  67.4  0.00000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2622  histone family protein DNA-binding protein  38.46 
 
 		 92 aa  67.4  0.00000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.349381  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2154  histone family protein DNA-binding protein  36.67 
 
 		 90 aa  67  0.00000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000552537  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0525  nucleoid protein Hbs  39.77 
 
 		 91 aa  66.6  0.00000000009  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.00046461  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1521  integration host factor, alpha subunit  41.18 
 
 		 91 aa  66.6  0.0000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.43426  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2120  integration host factor, alpha subunit  38.04 
 
 		 91 aa  66.6  0.0000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2797  integration host factor, beta subunit  27.84 
 
 		 104 aa  66.2  0.0000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.903901  hitchhiker  0.000129709 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3021  histone family protein DNA-binding protein  35.37 
 
 		 91 aa  66.6  0.0000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2673  histone family protein DNA-binding protein  37.08 
 
 		 91 aa  66.6  0.0000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.156087  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4725  integration host factor, beta subunit  31.11 
 
 		 113 aa  66.6  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.929388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0180  histone family protein DNA-binding protein  39.08 
 
 		 91 aa  66.6  0.0000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.75268  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0186  histone family protein DNA-binding protein  36.59 
 
 		 90 aa  65.9  0.0000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1041  DNA-binding protein HU  37.78 
 
 		 90 aa  65.9  0.0000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.436255  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0431  histone family protein DNA-binding protein  35.96 
 
 		 96 aa  65.5  0.0000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00947903  hitchhiker  0.00103246 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1530  histone family protein DNA-binding protein  37.78 
 
 		 90 aa  65.9  0.0000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.277737  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0648  histone family protein DNA-binding protein  37.08 
 
 		 91 aa  65.9  0.0000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000417185  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1424  integration host factor, alpha subunit  37.65 
 
 		 93 aa  65.9  0.0000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000184784  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1788  integration host factor, beta subunit  27.84 
 
 		 104 aa  65.9  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000860483 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1560  histone family protein DNA-binding protein  37.78 
 
 		 90 aa  65.9  0.0000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.768925  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1900  histone family protein DNA-binding protein  33.33 
 
 		 90 aa  65.5  0.0000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0802524 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2245  putative integration host factor beta-subunit (ihf-beta) protein  27.72 
 
 		 111 aa  65.5  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0293  histone family protein DNA-binding protein  32.97 
 
 		 94 aa  65.1  0.0000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.416752  normal  0.0238993 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0238  histone family protein DNA-binding protein  36.47 
 
 		 91 aa  65.5  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2511  histone family protein DNA-binding protein  36.47 
 
 		 92 aa  64.7  0.0000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000006954  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0201  histone family protein DNA-binding protein  34.83 
 
 		 91 aa  64.7  0.0000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000429798  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0465  histone family protein DNA-binding protein  35.56 
 
 		 90 aa  64.7  0.0000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1731  integration host factor subunit alpha  36.36 
 
 		 98 aa  64.7  0.0000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.074622  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1271  histone family protein DNA-binding protein  36.26 
 
 		 171 aa  64.7  0.0000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1872  histone family protein DNA-binding protein  38.82 
 
 		 94 aa  64.7  0.0000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000425439  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1565  histone-like DNA-binding protein  30.85 
 
 		 103 aa  64.3  0.0000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4105  nucleoid protein Hbs  35.16 
 
 		 110 aa  64.3  0.0000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.340401  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1613  integration host factor, beta subunit  28.28 
 
 		 104 aa  64.3  0.0000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1910  histone family protein DNA-binding protein  38.89 
 
 		 90 aa  64.3  0.0000000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.00000000311196  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1411  integration host factor, beta subunit  30 
 
 		 95 aa  63.5  0.0000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00234399  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0687  histone family protein DNA-binding protein  33.71 
 
 		 91 aa  63.5  0.0000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.105584  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2224  histone family protein DNA-binding protein  38.82 
 
 		 92 aa  63.5  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000923552 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2207  histone family protein DNA-binding protein  37.36 
 
 		 91 aa  62.8  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.976216  normal  0.483194 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1996  histone family protein DNA-binding protein  38.82 
 
 		 92 aa  63.5  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1250  histone family protein DNA-binding protein  34.83 
 
 		 91 aa  63.2  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2424  histone family protein DNA-binding protein  34.83 
 
 		 91 aa  62.8  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000000394497  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3229  histone family protein DNA-binding protein  37.08 
 
 		 91 aa  63.5  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0965  integration host factor, beta subunit  26 
 
 		 112 aa  63.2  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3085  histone family protein DNA-binding protein  36.14 
 
 		 91 aa  62.8  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000115471  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0628  histone-like DNA-binding protein  38.95 
 
 		 93 aa  62  0.000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2058  histone-like DNA-binding protein  31.11 
 
 		 90 aa  62  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.954956  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2135  hypothetical protein  32.22 
 
 		 98 aa  62.4  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00481013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1955  integration host factor subunit beta  30 
 
 		 95 aa  62.4  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000468135  unclonable  0.00000320833 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1926  histone family protein DNA-binding protein  33.71 
 
 		 92 aa  62.8  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000201993  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1341  histone family protein DNA-binding protein  34.83 
 
 		 91 aa  62.4  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1172  histone-like DNA-binding protein  34.83 
 
 		 90 aa  62.4  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.856335  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1010  nucleoid protein Hbs  37.5 
 
 		 91 aa  62.4  0.000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.301873  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1290  nucleoid protein Hbs  36.36 
 
 		 91 aa  62  0.000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00000854913  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2463  histone family protein DNA-binding protein  30 
 
 		 90 aa  61.6  0.000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0228112  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2799  histone family protein DNA-binding protein  37.36 
 
 		 91 aa  62  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0747  integration host factor subunit beta  27.66 
 
 		 107 aa  62  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.189639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1539  integration host factor subunit beta  32.97 
 
 		 104 aa  61.6  0.000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.874704  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1866  histone family protein DNA-binding protein  33.71 
 
 		 90 aa  62  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0187787  hitchhiker  0.00274705 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1754  integration host factor subunit beta  30 
 
 		 95 aa  62  0.000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014676  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2591  integration host factor, alpha subunit  32.97 
 
 		 98 aa  62  0.000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.3815  normal  0.0354419 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0562  integration host factor subunit beta  30.53 
 
 		 102 aa  61.6  0.000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.399271  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3754  histone family protein DNA-binding protein  31.46 
 
 		 101 aa  62  0.000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.159868  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1930  integration host factor, alpha subunit  33.68 
 
 		 99 aa  61.2  0.000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000106762  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01670  hypothetical protein  33.68 
 
 		 99 aa  61.2  0.000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00452626  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1467  integration host factor subunit alpha  33.68 
 
 		 99 aa  61.2  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1434  integration host factor subunit alpha  33.68 
 
 		 99 aa  61.2  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0289441 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1954  integration host factor subunit alpha  33.68 
 
 		 99 aa  61.2  0.000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.57207  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1931  integration host factor subunit alpha  33.68 
 
 		 99 aa  61.2  0.000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000683366  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_14821  histone-like DNA-binding protein  34.07 
 
 		 91 aa  61.2  0.000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0115  histone family protein DNA-binding protein  36.26 
 
 		 95 aa  61.2  0.000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.552761  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2047  integration host factor subunit alpha  32.99 
 
 		 99 aa  61.2  0.000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0240665  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1478  integration host factor subunit alpha  33.68 
 
 		 99 aa  61.2  0.000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1737  integration host factor subunit beta  31.11 
 
 		 95 aa  61.6  0.000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122677  hitchhiker  0.00231326 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1468  DNA-binding protein HU beta subunit  34.83 
 
 		 91 aa  61.6  0.000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.961834  normal  0.643607 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>