More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0938 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_0938  histone family protein DNA-binding protein  100 
 
 		 95 aa  187  5e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3687  DNA-binding protein HU  63.95 
 
 		 110 aa  117  6e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0128  histone family protein DNA-binding protein  60 
 
 		 100 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5982  histone family protein DNA-binding protein  62.22 
 
 		 100 aa  115  3e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.946495 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4435  histone family protein DNA-binding protein  55.79 
 
 		 101 aa  112  1.0000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.90338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1534  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 		 96 aa  104  5e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.926041  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02675  DNA-binding protein HU  52.75 
 
 		 97 aa  100  7e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1479  histone family protein DNA-binding protein  52.22 
 
 		 104 aa  98.2  3e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1258  DNA-binding protein HU  48.35 
 
 		 92 aa  95.9  2e-19  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0154  histone family DNA-binding protein  46.67 
 
 		 95 aa  92  2e-18  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0186  histone family protein DNA-binding protein  47.06 
 
 		 90 aa  81.6  0.000000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2154  histone family protein DNA-binding protein  42.22 
 
 		 90 aa  77  0.00000000000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000552537  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0465  histone family protein DNA-binding protein  41.11 
 
 		 90 aa  74.3  0.0000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0765  nucleoid protein Hbs  39.77 
 
 		 91 aa  74.3  0.0000000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000296782  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1028  integration host factor subunit beta  42.22 
 
 		 98 aa  73.9  0.0000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.100562  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0075  histone family protein DNA-binding protein  40.66 
 
 		 91 aa  73.9  0.0000000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0894  nucleoid DNA-binding protein  40.91 
 
 		 91 aa  73.6  0.0000000000009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  8.08972e-16  hitchhiker  0.000000000000265027 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3085  histone family protein DNA-binding protein  43.53 
 
 		 91 aa  73.6  0.0000000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000115471  n/a   
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3021  histone family protein DNA-binding protein  38.82 
 
 		 91 aa  73.2  0.000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3223  integration host factor, beta subunit  44.19 
 
 		 102 aa  73.2  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00795206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1181  histone family protein DNA-binding protein  42.35 
 
 		 92 aa  73.2  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.42545  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4105  nucleoid protein Hbs  43.53 
 
 		 110 aa  73.6  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.340401  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2802  DNA-binding protein HU  41.18 
 
 		 91 aa  71.6  0.000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000000141643  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2488  DNA-binding protein HU  41.18 
 
 		 91 aa  71.6  0.000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  unclonable  0.0000000000405619  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1290  nucleoid protein Hbs  38.64 
 
 		 91 aa  72  0.000000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00000854913  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1626  histone family protein DNA-binding protein  42.17 
 
 		 90 aa  70.9  0.000000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000133039  hitchhiker  0.00000000638901 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1637  DNA-binding protein HU  40 
 
 		 90 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00420342  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1434  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 		 90 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.087278  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1420  DNA-binding protein HU  40 
 
 		 90 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.190218  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1213  integration host factor, beta subunit  39.53 
 
 		 98 aa  70.9  0.000000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0453781  normal  0.184792 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1392  DNA-binding protein HU  40 
 
 		 90 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.011833  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1392  DNA-binding protein HU  40 
 
 		 90 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000512711  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1604  DNA-binding protein HU  40 
 
 		 90 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000159132 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1566  DNA-binding protein HU  40 
 
 		 90 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.236067  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1673  DNA-binding protein HU  40 
 
 		 90 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000325838  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1531  DNA-binding protein HU  40 
 
 		 90 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.259543  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3779  DNA-binding protein HU  40 
 
 		 90 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000354145  normal  0.961445 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1233  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 		 90 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0133564  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15880  integration host factor subunit beta  40 
 
 		 92 aa  69.7  0.00000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1855  integration host factor subunit beta  38.95 
 
 		 95 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.756472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0983  integration host factor subunit beta  39.36 
 
 		 107 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.131421  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1380  integration host factor subunit beta  40.7 
 
 		 98 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1041  DNA-binding protein HU  37.78 
 
 		 90 aa  68.6  0.00000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.436255  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1514  histone family protein DNA-binding protein  38.46 
 
 		 91 aa  68.9  0.00000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.0000108882  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1763  histone family protein DNA-binding protein  36.67 
 
 		 90 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.203917  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4161  integration host factor subunit beta  39.13 
 
 		 107 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1530  histone family protein DNA-binding protein  37.78 
 
 		 90 aa  68.6  0.00000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.277737  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1007  integration host factor subunit beta  39.13 
 
 		 107 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.864933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1560  histone family protein DNA-binding protein  37.78 
 
 		 90 aa  68.6  0.00000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.768925  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0562  integration host factor subunit beta  42.22 
 
 		 102 aa  68.9  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.399271  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3000  integration host factor subunit beta  38.3 
 
 		 107 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.125834  hitchhiker  0.00514155 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1653  histone-like DNA-binding protein  41.18 
 
 		 90 aa  68.9  0.00000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000047794  unclonable  0.0000440637 
 
 
 
NC_008060  Bcen_0569  integration host factor subunit beta  39.13 
 
 		 107 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2465  integration host factor subunit beta  40 
 
 		 96 aa  68.9  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000000804162  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1048  integration host factor subunit beta  39.13 
 
 		 107 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1773  integration host factor subunit beta  39.53 
 
 		 100 aa  68.2  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.976325  normal  0.0185498 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1968  integration host factor subunit beta  40 
 
 		 94 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.943011  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0822  DNA-binding protein HU-beta  40 
 
 		 98 aa  68.2  0.00000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.172487  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1751  integration host factor, beta subunit  38.89 
 
 		 98 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0162553  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3641  integration host factor subunit beta  38.89 
 
 		 98 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.222556  normal  0.634422 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4060  integration host factor subunit beta  39.53 
 
 		 98 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.343947 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2256  integration host factor subunit beta  38.04 
 
 		 107 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1611  nucleoid protein HU beta subunit  40 
 
 		 90 aa  68.6  0.00000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000132089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23340  integration host factor subunit beta  40 
 
 		 94 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116436  hitchhiker  0.00519002 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3941  integration host factor subunit beta  39.53 
 
 		 98 aa  68.2  0.00000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.21925 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1365  integration host factor subunit beta  39.53 
 
 		 98 aa  68.2  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.361598  normal  0.0158973 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3836  nucleoid protein Hbs  37.65 
 
 		 91 aa  67.8  0.00000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00753337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1474  putative DNA-binding protein HU-beta  41.18 
 
 		 90 aa  67.4  0.00000000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000997119  hitchhiker  0.0000985943 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0648  histone family protein DNA-binding protein  40.96 
 
 		 91 aa  67.4  0.00000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000417185  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1411  integration host factor, beta subunit  39.36 
 
 		 95 aa  67  0.00000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00234399  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4159  histone family protein DNA-binding protein  37.36 
 
 		 91 aa  67  0.00000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0932  integration host factor subunit beta  41.86 
 
 		 100 aa  67  0.00000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.802461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0924  integration host factor subunit beta  38.04 
 
 		 107 aa  67  0.00000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.324388  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0928  integration host factor subunit beta  38.04 
 
 		 107 aa  67  0.00000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.950077 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0905  integration host factor, beta subunit  43.33 
 
 		 101 aa  67  0.00000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.809702  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0747  integration host factor subunit beta  38.3 
 
 		 107 aa  67  0.00000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.189639  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1026  integration host factor, beta subunit  43.33 
 
 		 101 aa  67  0.00000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00129538  unclonable  0.0000000000260989 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0085  nucleoid protein Hbs  40.96 
 
 		 91 aa  67  0.00000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0539634  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1544  integration host factor, beta subunit  38.89 
 
 		 96 aa  66.6  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.106384  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0115  histone family protein DNA-binding protein  40.96 
 
 		 95 aa  66.2  0.0000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.552761  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1686  DNA-binding protein HU-beta, NS1(HU-1)  39.76 
 
 		 90 aa  66.6  0.0000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.460310000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0427  integration host factor subunit beta  36.96 
 
 		 107 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.496954  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1837  histone family protein DNA-binding protein  37.78 
 
 		 90 aa  65.9  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00431989  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2992  integration host factor subunit beta  36.96 
 
 		 107 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1468  DNA-binding protein HU beta subunit  40 
 
 		 91 aa  65.9  0.0000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.961834  normal  0.643607 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1180  histone-like DNA-binding protein  36.47 
 
 		 90 aa  65.9  0.0000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  2.95654e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1731  integration host factor subunit alpha  35.87 
 
 		 98 aa  65.5  0.0000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.074622  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0202  integration host factor subunit beta  36.96 
 
 		 107 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2944  integration host factor subunit beta  36.96 
 
 		 107 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.846703  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1639  integration host factor subunit beta  36.96 
 
 		 107 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.79916  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1910  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 		 90 aa  65.9  0.0000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.00000000311196  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2135  hypothetical protein  39.53 
 
 		 98 aa  65.9  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00481013  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0550  DNA-binding protein HU-beta  37.36 
 
 		 92 aa  65.5  0.0000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.169626  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0135  histone family protein DNA-binding protein  40.96 
 
 		 91 aa  65.9  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00267128  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1185  histone-like DNA-binding protein  39.76 
 
 		 107 aa  65.5  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0946  integration host factor subunit beta  36.96 
 
 		 107 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.666677  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2571  integration host factor subunit beta  36.96 
 
 		 107 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.444385  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1010  nucleoid protein Hbs  35.23 
 
 		 91 aa  65.9  0.0000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.301873  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2881  integration host factor subunit beta  36.96 
 
 		 107 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0601006  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1390  integration host factor, beta subunit  38.1 
 
 		 103 aa  65.5  0.0000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0244556  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>