265 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0956 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0956  hypothetical protein  100 
 
 		 249 aa  495  1e-139  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.412658  normal  0.847152 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0852  alpha/beta fold family hydrolase/acetyltransferase-like protein  68.57 
 
 		 248 aa  323  1e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1720  hypothetical protein  63.11 
 
 		 247 aa  320  1.9999999999999998e-86  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2038  hypothetical protein  65.31 
 
 		 248 aa  307  1.0000000000000001e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.965886  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0384  hypothetical protein  64.9 
 
 		 254 aa  305  4.0000000000000004e-82  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.72124  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2243  hypothetical protein  60.41 
 
 		 251 aa  301  7.000000000000001e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1102  hypothetical protein  63.01 
 
 		 249 aa  285  5.999999999999999e-76  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0231031  normal  0.0560372 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3377  Alpha/beta hydrolase fold  50.84 
 
 		 256 aa  225  5.0000000000000005e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.189225  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0169  hypothetical protein  49.59 
 
 		 265 aa  214  8e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0070  hypothetical protein  49.8 
 
 		 257 aa  209  3e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.105753 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0078  hypothetical protein  51.2 
 
 		 257 aa  209  3e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2193  hypothetical protein  54.94 
 
 		 252 aa  209  3e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0195926  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0639  hypothetical protein  51.01 
 
 		 272 aa  209  5e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0484381 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1199  alpha/beta hydrolase fold  47.56 
 
 		 290 aa  208  8e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0042  conserved hypothetical protein, putative alpha/beta hydrolase superfamily  48.78 
 
 		 261 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2092  hypothetical protein  51.46 
 
 		 258 aa  205  7e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.499722  normal  0.282599 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0804  hypothetical protein  47.41 
 
 		 259 aa  201  9.999999999999999e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0204  alpha/beta hydrolase fold  50.44 
 
 		 264 aa  201  9.999999999999999e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0220  hypothetical protein  48.56 
 
 		 261 aa  201  9.999999999999999e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2116  hypothetical protein  48.62 
 
 		 263 aa  199  3e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0067  hypothetical protein  50.61 
 
 		 264 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3482  hypothetical protein  43.29 
 
 		 272 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00930264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2031  putative benzoate transport protein  46.98 
 
 		 647 aa  196  3e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0670  hypothetical protein  43.67 
 
 		 257 aa  194  8.000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1622  hypothetical protein  48.33 
 
 		 271 aa  190  2e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0067083 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4740  hypothetical protein  50.63 
 
 		 252 aa  190  2e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.268463  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0340  hypothetical protein  47.13 
 
 		 265 aa  189  4e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4531  putative hydrolase protein  44.57 
 
 		 277 aa  189  4e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.213453 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3160  hypothetical protein  46.06 
 
 		 255 aa  188  7e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.254415  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4266  putative hydrolase protein  44.3 
 
 		 274 aa  188  7e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1904  hypothetical protein  47.92 
 
 		 283 aa  188  7e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.490792 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4230  hypothetical protein  47.44 
 
 		 252 aa  185  6e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00845825 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0687  alpha/beta hydrolase fold  44.9 
 
 		 254 aa  184  8e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0326  alpha/beta fold family hydrolase  33.87 
 
 		 260 aa  182  6e-45  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1340  hypothetical protein  41.15 
 
 		 259 aa  180  1e-44  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0802  alpha/beta fold family hydrolase  35.34 
 
 		 253 aa  176  4e-43  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2757  hypothetical protein  45.8 
 
 		 244 aa  176  4e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.128442  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0679  Alpha/beta hydrolase  35.42 
 
 		 257 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1614  alpha/beta hydrolase fold  46.25 
 
 		 265 aa  170  2e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0433205  decreased coverage  0.000315383 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0199  hypothetical protein  41.05 
 
 		 269 aa  170  2e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.362941  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0472  putative hydrolase  36.48 
 
 		 279 aa  159  5e-38  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.465833  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0208  alpha/beta hydrolase  41.74 
 
 		 248 aa  152  4e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0700  hypothetical protein  31.62 
 
 		 276 aa  97.4  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.000000140392  hitchhiker  0.000000000902529 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0544  hypothetical protein  31.62 
 
 		 276 aa  97.4  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.00193081  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1150  dienelactone hydrolase  27.12 
 
 		 254 aa  68.6  0.00000000008  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0598  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  31.93 
 
 		 368 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0447613 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0553  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  30.72 
 
 		 368 aa  58.9  0.00000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3758  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  30.9 
 
 		 370 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.239484  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0592  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  31.82 
 
 		 368 aa  58.5  0.00000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5571  OsmC family protein  27.23 
 
 		 408 aa  58.5  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0439292 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41750  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  33.13 
 
 		 370 aa  58.5  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.942263  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2582  peptidase S15  26.85 
 
 		 258 aa  57.8  0.0000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6242  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  33.33 
 
 		 371 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1837  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  33.33 
 
 		 371 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.282403  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4048  OsmC family protein  27.88 
 
 		 415 aa  57.8  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000134708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1861  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  32.77 
 
 		 371 aa  57  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0337473  normal  0.0227354 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0935  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  30.63 
 
 		 370 aa  57  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0315  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  30.9 
 
 		 370 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1206  OsmC family protein  30.1 
 
 		 413 aa  56.2  0.0000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.423514  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1483  hypothetical protein  30.63 
 
 		 237 aa  53.9  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3398  Alpha/beta hydrolase fold  30 
 
 		 255 aa  54.3  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1835  OsmC-like protein  29.73 
 
 		 407 aa  54.3  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03993  putative bioH protein  33.33 
 
 		 269 aa  54.3  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.39714  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0601  dienelactone hydrolase  29.36 
 
 		 259 aa  53.5  0.000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2642  alpha/beta hydrolase fold protein  33.83 
 
 		 288 aa  53.5  0.000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.554493  normal  0.31164 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3633  OsmC-like protein  29.35 
 
 		 406 aa  53.5  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.525721 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2061  alpha/beta hydrolase fold  32.77 
 
 		 368 aa  53.5  0.000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.112445  normal  0.60255 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2964  alpha/beta hydrolase fold  33.07 
 
 		 282 aa  53.5  0.000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5918  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  30.36 
 
 		 370 aa  53.1  0.000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1436  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  31.64 
 
 		 371 aa  53.1  0.000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00517321 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10240  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  30.72 
 
 		 370 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3491  3-oxoadipate enol-lactonase  37.93 
 
 		 262 aa  53.1  0.000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.323872  normal  0.346177 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2054  alpha/beta hydrolase fold  31.82 
 
 		 252 aa  52.8  0.000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0866141  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3146  alpha/beta hydrolase fold  35.29 
 
 		 250 aa  52.8  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0833995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1279  dipeptidyl aminopeptidase/acylaminoacyl-peptidase-like protein  25.79 
 
 		 261 aa  52  0.000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000359236  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0560  3-oxoadipate enol-lactonase  32.35 
 
 		 262 aa  52  0.000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.027284  normal  0.123793 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2405  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  30.84 
 
 		 369 aa  52  0.000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0222007  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2307  alpha/beta fold family hydrolase  23.21 
 
 		 277 aa  52  0.000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.974393 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3245  alpha/beta hydrolase fold  35 
 
 		 271 aa  51.2  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1762  alpha/beta fold family hydrolase  29.81 
 
 		 260 aa  51.6  0.00001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000326151  normal  0.089199 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1673  OsmC-like protein  29.89 
 
 		 409 aa  51.2  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3289  alpha/beta hydrolase fold  35 
 
 		 250 aa  50.8  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.931458  normal  0.0266601 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4321  alpha/beta hydrolase fold  35.29 
 
 		 280 aa  50.8  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0798376 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0453  hypothetical protein  35.87 
 
 		 239 aa  50.4  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.629046 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3939  Alpha/beta hydrolase fold  33.33 
 
 		 270 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5181  alpha/beta hydrolase fold  32.28 
 
 		 284 aa  50.4  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.941772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1600  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  32.2 
 
 		 371 aa  50.1  0.00003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2691  3-oxoadipate enol-lactonase  36.89 
 
 		 266 aa  50.1  0.00004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000109702  normal  0.164043 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2410  alpha/beta hydrolase fold protein  31.62 
 
 		 265 aa  49.7  0.00004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.991498  normal  0.124354 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2134  alpha/beta hydrolase fold  35 
 
 		 250 aa  49.7  0.00004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.470034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0011  alpha/beta hydrolase fold protein  32.17 
 
 		 278 aa  50.1  0.00004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00883263 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3501  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  31.62 
 
 		 374 aa  49.7  0.00004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0571139 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1402  alpha/beta hydrolase fold protein  32.26 
 
 		 298 aa  50.1  0.00004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0653602  normal  0.476592 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1827  alpha/beta hydrolase fold  33.09 
 
 		 285 aa  49.7  0.00005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4047  alpha/beta hydrolase fold  33.93 
 
 		 270 aa  49.7  0.00005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3601  alpha/beta fold family hydrolase  27.73 
 
 		 257 aa  48.9  0.00007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3768  hydrolase, alpha/beta fold family  27.73 
 
 		 257 aa  48.9  0.00007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000504294 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3887  alpha/beta fold family hydrolase  27.73 
 
 		 257 aa  48.9  0.00007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1748  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  32.58 
 
 		 371 aa  48.9  0.00007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.572248  normal  0.0590997 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1127  putative redox protein  30.24 
 
 		 256 aa  48.9  0.00007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>