More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0553 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0553  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  100 
 
 
368 aa  730    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0598  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  96.74 
 
 
368 aa  684    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0447613 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0592  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  99.18 
 
 
368 aa  723    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41750  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  75.41 
 
 
370 aa  560  1e-158  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.942263  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0935  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  75.41 
 
 
370 aa  551  1e-156  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10240  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  74.86 
 
 
370 aa  545  1e-154  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0315  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  58.47 
 
 
370 aa  430  1e-119  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5918  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  58.47 
 
 
370 aa  430  1e-119  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1861  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  60.33 
 
 
371 aa  425  1e-118  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0337473  normal  0.0227354 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3758  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  57.92 
 
 
370 aa  419  1e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.239484  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1436  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  58.7 
 
 
371 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00517321 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6242  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  60.22 
 
 
371 aa  410  1e-113  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1837  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  60.22 
 
 
371 aa  410  1e-113  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.282403  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1748  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  59.95 
 
 
371 aa  391  1e-108  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.572248  normal  0.0590997 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5138  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  59.24 
 
 
371 aa  389  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.184434  normal  0.586519 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1775  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  59.24 
 
 
371 aa  388  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2405  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  51.5 
 
 
369 aa  347  3e-94  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0222007  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3501  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  48.25 
 
 
374 aa  334  2e-90  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0571139 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4983  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  49.46 
 
 
367 aa  328  1.0000000000000001e-88  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.40688 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4043  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  49.86 
 
 
372 aa  327  2.0000000000000001e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.140528  normal  0.0217743 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3731  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  49.17 
 
 
372 aa  324  1e-87  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0119  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  45.55 
 
 
380 aa  323  2e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.156608 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1600  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  49.18 
 
 
371 aa  320  3e-86  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5552  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  47.7 
 
 
370 aa  313  2.9999999999999996e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.077135  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1087  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  40.11 
 
 
389 aa  253  5.000000000000001e-66  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.607916  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2228  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  30.68 
 
 
440 aa  145  1e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2916  alpha/beta hydrolase fold protein  30.43 
 
 
284 aa  113  5e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4115  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  32.53 
 
 
443 aa  113  6e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2307  alpha/beta fold family hydrolase  26.88 
 
 
277 aa  105  1e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.974393 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3291  alpha/beta hydrolase fold protein  31.54 
 
 
296 aa  105  1e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0536  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  30.49 
 
 
398 aa  104  2e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.13712  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0475  alpha/beta hydrolase fold protein  30.4 
 
 
290 aa  103  5e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2696  alpha/beta hydrolase fold  32.47 
 
 
312 aa  102  7e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.623815  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2308  alpha/beta fold family hydrolase  27.31 
 
 
283 aa  102  8e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.628895 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1108  alpha/beta hydrolase fold  33.33 
 
 
246 aa  102  2e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00367251  hitchhiker  0.00365287 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0672  alpha/beta hydrolase fold  32.68 
 
 
315 aa  100  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.240082 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0345  dihydrolipoamide acetyltransferase  49.43 
 
 
450 aa  99  1e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1402  alpha/beta hydrolase fold protein  30.96 
 
 
298 aa  95.5  1e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0653602  normal  0.476592 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2696  alpha/beta hydrolase fold  29 
 
 
291 aa  95.9  1e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.498963  decreased coverage  0.00208278 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0391  alpha/beta hydrolase fold  29.41 
 
 
291 aa  93.6  5e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.115733 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1361  Alpha/beta hydrolase fold  28.95 
 
 
298 aa  93.6  5e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00841082  hitchhiker  0.00000857461 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0403  alpha/beta hydrolase fold  29.41 
 
 
291 aa  93.6  5e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0412  alpha/beta hydrolase fold  29.41 
 
 
291 aa  93.6  5e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0866892  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0809  alpha/beta hydrolase fold  29.08 
 
 
283 aa  93.2  6e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0033  alpha/beta hydrolase fold  31.75 
 
 
290 aa  93.2  7e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1754  alpha/beta hydrolase fold  29.24 
 
 
277 aa  92  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3361  alpha/beta hydrolase fold  29.46 
 
 
340 aa  92  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.013073  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2705  alpha/beta hydrolase fold  29.39 
 
 
309 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.601677  normal  0.0914485 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4215  alpha/beta hydrolase fold  29.26 
 
 
271 aa  91.3  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.756479  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2956  Alpha/beta hydrolase  33.33 
 
 
275 aa  91.7  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.419373  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2323  putative 2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase (MhpC)  30.3 
 
 
289 aa  92  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4082  alpha/beta hydrolase fold  29.41 
 
 
284 aa  91.7  2e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.29051 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4541  alpha/beta hydrolase fold protein  32.23 
 
 
288 aa  91.7  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.707016  normal  0.231702 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3014  alpha/beta hydrolase fold protein  28.68 
 
 
340 aa  90.5  4e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0274  Alpha/beta hydrolase fold  28.68 
 
 
289 aa  90.9  4e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.642233  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0537  dihydrolipoamide acetyltransferase, putative  27.64 
 
 
292 aa  90.9  4e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.169084  normal  0.40861 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2918  alpha/beta hydrolase fold  29.15 
 
 
312 aa  90.5  4e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.906544 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1186  2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4- dienoate hydrolase (BphD)  31.06 
 
 
286 aa  90.5  4e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.644621  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0316  alpha/beta hydrolase fold  30.89 
 
 
316 aa  90.9  4e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  hitchhiker  0.00660595 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0911  Alpha/beta hydrolase fold  29.17 
 
 
289 aa  90.1  5e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0219257  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2775  alpha/beta hydrolase fold  30.15 
 
 
302 aa  90.5  5e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.562879  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2974  3-oxoadipate enol-lactonase  28.36 
 
 
260 aa  89.7  7e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.108542  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3016  3-oxoadipate enol-lactonase  28.36 
 
 
260 aa  89.7  7e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.352868  normal  0.357434 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15080  2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase  31.32 
 
 
288 aa  89.7  8e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.625795  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3668  alpha/beta hydrolase fold protein  30.68 
 
 
299 aa  89.7  8e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.217537 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4726  alpha/beta hydrolase fold  28.19 
 
 
279 aa  89.4  9e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1935  alpha/beta hydrolase  33.84 
 
 
268 aa  89.4  9e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1981  alpha/beta hydrolase fold  29.48 
 
 
287 aa  89.4  9e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.578343 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3515  alpha/beta hydrolase fold protein  30.63 
 
 
293 aa  89.4  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4614  alpha/beta hydrolase fold protein  26.91 
 
 
279 aa  89  1e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1226  alpha/beta hydrolase fold protein  26.91 
 
 
292 aa  89  1e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00330311  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0693  alpha/beta hydrolase fold  30.49 
 
 
258 aa  89.4  1e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1026  dehydrogenase catalytic domain-containing protein  42.86 
 
 
450 aa  89.4  1e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.138637  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3257  alpha/beta hydrolase fold protein  28.11 
 
 
288 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5043  alpha/beta fold family hydrolase  28.34 
 
 
279 aa  88.6  2e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2212  putative lipase  29.53 
 
 
315 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.799877  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4774  alpha/beta fold family hydrolase  26.91 
 
 
279 aa  88.2  2e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4636  alpha/beta hydrolase fold protein  26.91 
 
 
279 aa  88.2  2e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5136  alpha/beta fold family hydrolase  26.91 
 
 
279 aa  88.2  2e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4141  alpha/beta hydrolase fold  31.17 
 
 
286 aa  88.2  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0556153  normal  0.121245 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25910  putative lipase  29.53 
 
 
315 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0600573 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5015  hydrolase, alpha/beta fold family  26.91 
 
 
279 aa  88.2  2e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5048  hydrolase, alpha/beta fold family  26.91 
 
 
279 aa  87.8  3e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1258  putative hydrolase  28.68 
 
 
312 aa  87.8  3e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3276  alpha/beta hydrolase fold  28.11 
 
 
288 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.15708  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0037  putative alpha/beta hydrolase  30.86 
 
 
276 aa  87.8  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0415  alpha/beta hydrolase fold protein  25.79 
 
 
253 aa  87.8  3e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0380  2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase  28.11 
 
 
288 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.615144  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00303  2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase  28.11 
 
 
293 aa  87.4  4e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0321266  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0424  2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase  27.4 
 
 
288 aa  87  4e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0413  2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase  28.11 
 
 
293 aa  87.4  4e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0396  alpha/beta hydrolase fold protein  33.47 
 
 
255 aa  87  4e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.075233 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00307  hypothetical protein  28.11 
 
 
293 aa  87.4  4e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0415585  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0317  biotin/lipoyl attachment domain-containing protein  39.36 
 
 
99 aa  87.4  4e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.137506  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0373  2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase  28.11 
 
 
293 aa  87.4  4e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.170384  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2510  alpha/beta hydrolase fold protein  30.94 
 
 
267 aa  87  5e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00182924  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0392  alpha/beta hydrolase fold  26.38 
 
 
273 aa  87  5e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0198  alpha/beta hydrolase fold  29.33 
 
 
311 aa  86.7  5e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.593906 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5036  hydrolase, alpha/beta fold family  26.91 
 
 
279 aa  87  5e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2268  dehydrogenase catalytic domain-containing protein  45.36 
 
 
468 aa  86.7  7e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>