More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_1156 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009073  Pcal_1156  methionyl-tRNA synthetase, beta subunit  100 
 
 		 113 aa  224  3e-58  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1776  methionyl-tRNA synthetase, beta subunit  83.81 
 
 		 110 aa  187  4e-47  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0349  tRNA-binding domain-containing protein  80 
 
 		 108 aa  182  1.0000000000000001e-45  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1320  methionyl-tRNA synthetase, beta subunit  81.9 
 
 		 108 aa  178  2e-44  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  decreased coverage  0.000452217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0655  methionyl-tRNA synthetase, beta subunit  62.96 
 
 		 114 aa  147  6e-35  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.149279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1732  methionyl-tRNA synthetase  66.32 
 
 		 629 aa  130  5e-30  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.210684  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1659  methionyl-tRNA synthetase  66.32 
 
 		 629 aa  130  5e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000413814  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0256  methionyl-tRNA synthetase  64.13 
 
 		 634 aa  122  2e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.744467  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1559  methionyl-tRNA synthetase  56.73 
 
 		 628 aa  120  4e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0981514  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1187  methionyl-tRNA synthetase  58 
 
 		 634 aa  120  6e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00127744  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0307  methionyl-tRNA synthetase  61.46 
 
 		 653 aa  120  7e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2096  methionyl-tRNA synthetase  57.28 
 
 		 654 aa  119  1.9999999999999998e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0619  methionyl-tRNA synthetase  54.72 
 
 		 672 aa  116  9.999999999999999e-26  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1568  methionyl-tRNA synthetase  62.79 
 
 		 699 aa  110  5e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0796  methionyl-tRNA synthetase  61.05 
 
 		 650 aa  110  5e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7066  methionyl-tRNA synthetase  61.73 
 
 		 693 aa  110  5e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.842095  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0695  methionyl-tRNA synthetase  54.95 
 
 		 663 aa  110  6e-24  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.708898 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1689  methionyl-tRNA synthetase, beta subunit  51.33 
 
 		 114 aa  110  7.000000000000001e-24  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1976  methionyl-tRNA synthetase, beta subunit  53.04 
 
 		 112 aa  110  7.000000000000001e-24  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0888  methionyl-tRNA synthetase  67.47 
 
 		 669 aa  109  1.0000000000000001e-23  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0820  methionyl-tRNA synthetase  57.14 
 
 		 662 aa  108  2.0000000000000002e-23  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.816271 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0048  methionyl-tRNA synthetase  54.37 
 
 		 651 aa  107  6e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000300514  hitchhiker  0.00000703201 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2013  methionyl-tRNA synthetase  53.33 
 
 		 664 aa  107  6e-23  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2825  methionyl-tRNA synthetase  54.84 
 
 		 690 aa  104  3e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.23951 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20300  methionyl-tRNA synthetase  50.51 
 
 		 653 aa  104  4e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000027518  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1471  methionyl-tRNA synthetase  50.52 
 
 		 682 aa  103  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.282843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0066  methionyl-tRNA synthetase  53.12 
 
 		 632 aa  102  1e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000521971  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0154  methionyl-tRNA synthetase  57.29 
 
 		 636 aa  103  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0103  methionyl-tRNA synthetase, beta subunit  60.42 
 
 		 115 aa  102  1e-21  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.226267  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2030  methionyl-tRNA synthetase  56.1 
 
 		 671 aa  102  2e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3204  methionyl-tRNA synthetase  57.65 
 
 		 640 aa  100  5e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0726  methionyl-tRNA synthetase  57.78 
 
 		 673 aa  100  5e-21  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.295956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1328  methionyl-tRNA synthetase  52.08 
 
 		 663 aa  99.8  1e-20  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0625  methionyl-tRNA synthetase  51.04 
 
 		 663 aa  99.4  2e-20  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.997771  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0067  methionyl-tRNA synthetase  51.69 
 
 		 647 aa  99  2e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000025899  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1186  methionyl-tRNA synthetase  50 
 
 		 702 aa  99  2e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.304835 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1190  methionyl-tRNA synthetase  50.48 
 
 		 702 aa  99  2e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.975612  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1347  methionyl-tRNA synthetase  51.04 
 
 		 663 aa  97.8  4e-20  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.511485  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0033  methionyl-tRNA synthetase  57.32 
 
 		 659 aa  97.4  6e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.89538  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0033  methionyl-tRNA synthetase  55.06 
 
 		 660 aa  97.4  6e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2956  methionyl-tRNA synthetase  47.67 
 
 		 691 aa  97.4  6e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.570356 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0543  methionyl-tRNA synthetase  55.81 
 
 		 710 aa  96.3  1e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0003  t-RNA-binding domain protein  55.29 
 
 		 116 aa  96.3  1e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1337  methionyl-tRNA synthetase  51.04 
 
 		 663 aa  96.3  1e-19  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0036  methionyl-tRNA synthetase  53.93 
 
 		 660 aa  95.5  2e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0043  methionyl-tRNA synthetase  53.93 
 
 		 660 aa  95.5  2e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0034  methionyl-tRNA synthetase  53.93 
 
 		 660 aa  95.5  2e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1367  methionyl-tRNA synthetase  48.04 
 
 		 704 aa  95.9  2e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00459582  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04125  methionyl-tRNA synthetase  50.59 
 
 		 690 aa  95.5  2e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0255166  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1171  methionyl-tRNA synthetase  55.42 
 
 		 663 aa  95.9  2e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0932376  normal  0.309916 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2847  methionyl-tRNA synthetase  57.73 
 
 		 645 aa  95.5  2e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1196  methionyl-tRNA synthetase  49.5 
 
 		 647 aa  95.9  2e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0128  methionyl-tRNA synthetase  44.44 
 
 		 656 aa  95.1  3e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0037  methionyl-tRNA synthetase  53.93 
 
 		 660 aa  95.1  3e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0036  methionyl-tRNA synthetase  53.93 
 
 		 660 aa  95.1  3e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5273  methionyl-tRNA synthetase  53.93 
 
 		 660 aa  95.1  3e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0047  methionyl-tRNA synthetase  53.93 
 
 		 660 aa  95.1  3e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0043  methionyl-tRNA synthetase  53.93 
 
 		 660 aa  95.1  3e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1814  methionyl-tRNA synthetase  50.59 
 
 		 642 aa  94.7  4e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1403  methionyl-tRNA synthetase  55.42 
 
 		 705 aa  94.7  4e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.349899  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2533  methionyl-tRNA synthetase  61.9 
 
 		 645 aa  94.7  4e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3184  methionyl-tRNA synthetase  55.42 
 
 		 648 aa  94.4  4e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0034  methionyl-tRNA synthetase  53.93 
 
 		 660 aa  94.4  5e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1314  methionyl-tRNA synthetase  53.61 
 
 		 694 aa  94.4  5e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2642  methionyl-tRNA synthetase  53.61 
 
 		 694 aa  94  6e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0566418  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2546  methionyl-tRNA synthetase  53.61 
 
 		 694 aa  94  6e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.493596  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1834  methionyl-tRNA synthetase  49.38 
 
 		 688 aa  94  7e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.726687  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1622  methionyl-tRNA synthetase  49.46 
 
 		 638 aa  93.2  1e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0554  methionyl-tRNA synthetase  51.22 
 
 		 731 aa  92.8  1e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0128  methionyl-tRNA synthetase  56.47 
 
 		 650 aa  93.2  1e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000783903  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1239  methionyl-tRNA synthetase  48.84 
 
 		 645 aa  93.2  1e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2449  methionyl-tRNA synthetase  55.32 
 
 		 694 aa  92  2e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0120068  normal  0.754199 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0674  methionyl-tRNA synthetase  53.01 
 
 		 688 aa  92  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0445  methionyl-tRNA synthetase  48.91 
 
 		 636 aa  91.7  3e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.465534  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0511  methionyl-tRNA synthetase  45.65 
 
 		 657 aa  91.3  4e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0633503  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0170  methionyl-tRNA synthetase  48.24 
 
 		 680 aa  91.3  4e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0524  methionyl-tRNA synthetase  45.65 
 
 		 657 aa  91.3  4e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0717  methionyl-tRNA synthetase  52.87 
 
 		 679 aa  91.3  4e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.638395  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1037  methionyl-tRNA synthetase  51.22 
 
 		 680 aa  91.3  4e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0856  methionyl-tRNA synthetase  48.89 
 
 		 770 aa  91.3  4e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0043  methionyl-tRNA synthetase  46.51 
 
 		 655 aa  91.3  4e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0857  methionyl-tRNA synthetase  47.06 
 
 		 711 aa  91.3  4e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.318688  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1594  methionyl-tRNA synthetase  51.65 
 
 		 642 aa  91.3  5e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.736389  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0921  methionyl-tRNA synthetase  47.42 
 
 		 692 aa  91.3  5e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.387172 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1065  methionyl-tRNA synthetase  47.42 
 
 		 692 aa  91.3  5e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0924  methionyl-tRNA synthetase  51.81 
 
 		 689 aa  90.9  5e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1011  methionyl-tRNA synthetase  43.4 
 
 		 702 aa  90.9  5e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.493296  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2350  methionyl-tRNA synthetase  53.01 
 
 		 720 aa  90.9  6e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.145755  normal  0.0876744 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2484  methionyl-tRNA synthetase  53.01 
 
 		 720 aa  90.9  6e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.735844  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2594  methionyl-tRNA synthetase  51.81 
 
 		 710 aa  90.5  7e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.156229 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1015  methionyl-tRNA synthetase  50.6 
 
 		 711 aa  90.5  7e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.0000669444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3483  methionyl-tRNA synthetase  50.6 
 
 		 710 aa  90.5  7e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000647027  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2769  methionyl-tRNA synthetase  53.01 
 
 		 690 aa  90.5  7e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.537254  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2190  methionyl-tRNA synthetase  51.81 
 
 		 709 aa  90.5  7e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.250508 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2191  methionyl-tRNA synthetase  50.6 
 
 		 726 aa  90.5  7e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00221982  normal  0.440795 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1350  methionyl-tRNA synthetase  49.41 
 
 		 628 aa  90.1  9e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.019937  normal  0.216507 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1255  methionyl-tRNA synthetase  52.44 
 
 		 651 aa  90.1  9e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0673  methionyl-tRNA synthetase  53.76 
 
 		 642 aa  90.1  1e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.999123  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2442  methionyl-tRNA synthetase  50.6 
 
 		 716 aa  89.7  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000739386  normal  0.856672 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2437  methionyl-tRNA synthetase  50.6 
 
 		 718 aa  89.7  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.116232  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>