More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_1015 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008836  BMA10229_A2982  methionyl-tRNA synthetase  83.12 
 
 
717 aa  1256    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.326883  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02044  methionyl-tRNA synthetase  54.84 
 
 
677 aa  755    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.846253  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1543  methionyl-tRNA synthetase  54.7 
 
 
677 aa  755    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.164847  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2458  methionyl-tRNA synthetase  54.87 
 
 
689 aa  774    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000397831  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4315  methionyl-tRNA synthetase  56.16 
 
 
679 aa  754    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1644  methionyl-tRNA synthetase  57.16 
 
 
679 aa  758    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1097  methionyl-tRNA synthetase  56.16 
 
 
679 aa  751    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.915405  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2442  methionyl-tRNA synthetase  86.35 
 
 
716 aa  1282    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000739386  normal  0.856672 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1753  methionyl-tRNA synthetase  52.31 
 
 
702 aa  727    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0717  methionyl-tRNA synthetase  56.16 
 
 
679 aa  775    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.638395  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0016  methionyl-tRNA synthetase  63.28 
 
 
694 aa  874    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2381  methionyl-tRNA synthetase  78.42 
 
 
688 aa  1140    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.173076  hitchhiker  0.00746029 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1573  methionyl-tRNA synthetase  55.48 
 
 
673 aa  763    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0544859  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2404  methionyl-tRNA synthetase  54.99 
 
 
677 aa  757    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2839  methionyl-tRNA synthetase  53.23 
 
 
713 aa  748    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.776393  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1546  methionyl-tRNA synthetase  56.38 
 
 
678 aa  756    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.229818  hitchhiker  0.00141555 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1209  methionyl-tRNA synthetase  71.43 
 
 
556 aa  859    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000377158  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2619  methionyl-tRNA synthetase  55.1 
 
 
676 aa  768    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4147  methionyl-tRNA synthetase  54.71 
 
 
682 aa  734    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1057  methionyl-tRNA synthetase  82.76 
 
 
725 aa  1259    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1015  methionyl-tRNA synthetase  100 
 
 
711 aa  1474    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.0000669444  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2721  methionyl-tRNA synthetase  54.42 
 
 
680 aa  748    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2249  methionyl-tRNA synthetase  54.99 
 
 
677 aa  758    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1709  methionyl-tRNA synthetase  54.16 
 
 
697 aa  746    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0709  methionyl-tRNA synthetase  82.76 
 
 
725 aa  1260    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.24373  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2941  methionyl-tRNA synthetase  54.36 
 
 
670 aa  736    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2795  methionyl-tRNA synthetase  54.36 
 
 
670 aa  737    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0818  methionyl-tRNA synthetase  57.1 
 
 
707 aa  815    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.131377  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3886  methionyl-tRNA synthetase  54.58 
 
 
682 aa  737    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.444378 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1432  methionyl-tRNA synthetase  54.4 
 
 
700 aa  727    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.111821  normal  0.539533 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0574  methionyl-tRNA synthetase  63.47 
 
 
696 aa  929    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0911876  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0647  methionyl-tRNA synthetase  72.15 
 
 
556 aa  868    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0674  methionyl-tRNA synthetase  77.41 
 
 
688 aa  1121    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2191  methionyl-tRNA synthetase  86.85 
 
 
726 aa  1287    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00221982  normal  0.440795 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0860  methionyl-tRNA synthetase  65.9 
 
 
690 aa  913    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00024146  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1211  methionyl-tRNA synthetase  82.9 
 
 
725 aa  1261    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0971  methionyl-tRNA synthetase  57.33 
 
 
674 aa  800    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.894235  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4507  methionyl-tRNA synthetase  55.59 
 
 
683 aa  750    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000498816 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1137  methionyl-tRNA synthetase  56.3 
 
 
710 aa  753    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5768  methionyl-tRNA synthetase  85.32 
 
 
720 aa  1267    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0145693  normal  0.321828 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0857  methionyl-tRNA synthetase  85.1 
 
 
722 aa  1273    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000674462  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1843  methionyl-tRNA synthetase  59.38 
 
 
717 aa  840    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.108651  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2304  methionyl-tRNA synthetase  83.12 
 
 
717 aa  1256    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1037  methionyl-tRNA synthetase  55.81 
 
 
680 aa  762    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1617  methionyl-tRNA synthetase  83.12 
 
 
717 aa  1256    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2455  methionyl-tRNA synthetase  53.5 
 
 
675 aa  729    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3483  methionyl-tRNA synthetase  59.09 
 
 
688 aa  824    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.854683 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1936  methionyl-tRNA synthetase  59.24 
 
 
728 aa  861    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.547314  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2653  methionyl-tRNA synthetase  56.5 
 
 
692 aa  787    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.998721  normal  0.311411 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0856  methionyl-tRNA synthetase  84.93 
 
 
770 aa  1268    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2594  methionyl-tRNA synthetase  78.49 
 
 
710 aa  1147    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.156229 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1977  methionyl-tRNA synthetase  55.84 
 
 
688 aa  776    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000167164  hitchhiker  0.00798123 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1161  methionyl-tRNA synthetase  60.45 
 
 
697 aa  841    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.276181  normal  0.639478 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3275  methionyl-tRNA synthetase  57.98 
 
 
700 aa  808    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2398  methionyl-tRNA synthetase  56.06 
 
 
677 aa  743    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.323766  normal  0.502216 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0921  methionyl-tRNA synthetase  64.3 
 
 
692 aa  918    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.387172 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1065  methionyl-tRNA synthetase  64.3 
 
 
692 aa  918    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0924  methionyl-tRNA synthetase  61.35 
 
 
689 aa  857    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3483  methionyl-tRNA synthetase  96.62 
 
 
710 aa  1410    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000647027  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2056  methionyl-tRNA synthetase  54.43 
 
 
689 aa  742    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.566745  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2554  methionyl-tRNA synthetase  53.35 
 
 
675 aa  727    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2120  methionyl-tRNA synthetase  57.16 
 
 
681 aa  775    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1596  methionyl-tRNA synthetase  54.69 
 
 
700 aa  731    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0255918  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2769  methionyl-tRNA synthetase  76.72 
 
 
690 aa  1117    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.537254  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01790  methionyl-tRNA synthetase  52.64 
 
 
694 aa  719    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0911016  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0554  methionyl-tRNA synthetase  55.57 
 
 
731 aa  767    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3834  methionyl-tRNA synthetase  60.28 
 
 
706 aa  822    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.11872  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1126  methionyl-tRNA synthetase  56.22 
 
 
681 aa  748    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1826  methionyl-tRNA synthetase  85.6 
 
 
718 aa  1283    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0136637  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2578  methionyl-tRNA synthetase  55.29 
 
 
689 aa  776    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0207474  normal  0.0259653 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1897  methionyl-tRNA synthetase  55.27 
 
 
675 aa  766    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0232375  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0929  methionyl-tRNA synthetase  54.99 
 
 
677 aa  757    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1533  methionyl-tRNA synthetase  54.99 
 
 
677 aa  758    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02927  methionyl-tRNA synthetase  55.08 
 
 
661 aa  724    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1179  methionyl-tRNA synthetase  54.21 
 
 
683 aa  719    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1655  methionyl-tRNA synthetase  55.24 
 
 
676 aa  770    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000125111  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1730  methionyl-tRNA synthetase  55.24 
 
 
676 aa  768    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000858186  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0817  methionyl-tRNA synthetase  57.37 
 
 
675 aa  783    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.835964 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2246  methionyl-tRNA synthetase  56.21 
 
 
683 aa  773    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.140646  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2220  methionyl-tRNA synthetase  55.07 
 
 
689 aa  774    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0218045  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1573  methionyl-tRNA synthetase  53.56 
 
 
675 aa  724    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.960021  normal  0.561708 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2484  methionyl-tRNA synthetase  85.18 
 
 
720 aa  1266    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.735844  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19050  methionyl-tRNA synthetase  57.02 
 
 
678 aa  762    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.153863 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1052  methionyl-tRNA synthetase  83.26 
 
 
717 aa  1259    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2350  methionyl-tRNA synthetase  85.18 
 
 
720 aa  1268    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.145755  normal  0.0876744 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1678  methionyl-tRNA synthetase  52.45 
 
 
702 aa  734    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2437  methionyl-tRNA synthetase  85.6 
 
 
718 aa  1283    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.116232  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0856  methionyl-tRNA synthetase  54.99 
 
 
677 aa  756    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2758  methionyl-tRNA synthetase  59.58 
 
 
689 aa  842    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0894988 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1856  methionyl-tRNA synthetase  55.41 
 
 
686 aa  755    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00031284  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1760  methionyl-tRNA synthetase  55.1 
 
 
676 aa  768    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00800656  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3197  methionyl-tRNA synthetase  53.35 
 
 
675 aa  728    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000166166  decreased coverage  0.00110356 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2926  methionyl-tRNA synthetase  54.05 
 
 
693 aa  706    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.176896  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2465  methionyl-tRNA synthetase  55.29 
 
 
689 aa  776    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00474925  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1917  methionyl-tRNA synthetase  55.33 
 
 
679 aa  770    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.700224  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1405  methionyl-tRNA synthetase  57.31 
 
 
678 aa  773    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.341077  normal  0.644842 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2049  methionyl-tRNA synthetase  54.91 
 
 
675 aa  767    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.145243  normal  0.303358 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4480  methionyl-tRNA synthetase  57 
 
 
691 aa  771    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.350424  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1623  methionyl-tRNA synthetase  54.09 
 
 
686 aa  741    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.161995 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0939  methionyl-tRNA synthetase  58.52 
 
 
678 aa  790    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0746683  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>