More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1392 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1392  type III secretion protein HrcU  100 
 
 
359 aa  728    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1205  type III secretion protein HrcU  85.52 
 
 
359 aa  634    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.322672  normal  0.485565 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0049  YscU/HrpY family type III secretion protein  69.08 
 
 
359 aa  509  1e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1882  type III secretion protein, YscU/HrpY family  51.15 
 
 
361 aa  364  1e-99  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2215  type III secretion protein, YscU/HrpY family  50.43 
 
 
359 aa  342  5.999999999999999e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003359  type III secretion inner membrane protein HrpY  35.04 
 
 
351 aa  202  9.999999999999999e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01723  Type III secretory pathway, component EscU  35.14 
 
 
349 aa  200  3e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3926  secretion system apparatus protein SsaU  34.67 
 
 
355 aa  197  3e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3011  YscD family type III secretion protein  33.52 
 
 
346 aa  197  3e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.859866  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2412  type III secretion protein, YscU/HrpY family  32.85 
 
 
346 aa  195  1e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3899  secretion system apparatus protein SsaU  34.38 
 
 
355 aa  194  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3811  secretion system apparatus protein SsaU  34.1 
 
 
356 aa  193  5e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0048  type III secretion appartus protein YscU  33.33 
 
 
354 aa  184  1.0000000000000001e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000158953  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2393  flagellar biosynthetic protein FlhB  33.8 
 
 
354 aa  183  5.0000000000000004e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0864  type III secretion system protein HrcU  34.1 
 
 
357 aa  172  6.999999999999999e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00479024 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0453  type III secretion system protein HrcU  33.61 
 
 
352 aa  172  6.999999999999999e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.959251  normal  0.0822049 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1977  secretion system apparatus protein SsaU  31.73 
 
 
349 aa  170  3e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5071  secretion system apparatus protein SsaU  32.95 
 
 
345 aa  169  8e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.796147  normal  0.0581283 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2281  secretion system apparatus protein SsaU  31.73 
 
 
349 aa  168  1e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0436639  normal  0.672371 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03402  type III secretion system protein HrcU  32.68 
 
 
359 aa  164  2.0000000000000002e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0366  type III secretion system protein  31.98 
 
 
360 aa  163  3e-39  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0018  flagellar biosynthetic protein FlhB  31.63 
 
 
374 aa  163  5.0000000000000005e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000937461  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42660  translocation protein in type III secretion  32.94 
 
 
349 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0018  flagellar biosynthetic protein FlhB  31.63 
 
 
374 aa  162  8.000000000000001e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000395256  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1129  flagellar biosynthesis protein FlhB  32.19 
 
 
360 aa  162  1e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1547  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.49 
 
 
383 aa  159  5e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0703  flagellar biosynthetic protein FlhB  30.34 
 
 
354 aa  159  6e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.635027  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0959  type III secretion exporter  31.81 
 
 
377 aa  159  6e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5640  type III secretion system protein HrcU  30.92 
 
 
352 aa  159  7e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.122414 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0868  flagellar biosynthesis/type III secretory pathway protein  30.12 
 
 
369 aa  158  1e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5857  type III secretion system protein HrcU  30.64 
 
 
352 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0484  flagellar biosynthetic protein FlhB  32.59 
 
 
392 aa  157  2e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0127914  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1862  flagellar biosynthesis protein FlhB  33.24 
 
 
383 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.90359  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1518  secretion system apparatus protein SsaU  29.6 
 
 
352 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00925486  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2604  flagellar biosynthesis protein FlhB  32.4 
 
 
383 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16690  flagellar biosynthetic protein FlhB  31.99 
 
 
356 aa  153  5e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1532  secretion system apparatus protein SsaU  29.34 
 
 
352 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.371934  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1555  secretion system apparatus protein SsaU  29.34 
 
 
352 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1921  secretion system apparatus protein SsaU  29.34 
 
 
352 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.133432  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1752  secretion system apparatus protein SsaU  29.31 
 
 
352 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000152464  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0426  flagellar biosynthesis protein FlhB  30.38 
 
 
352 aa  150  3e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.888697  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4406  flagellar biosynthesis protein FlhB  32 
 
 
357 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.202983  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3484  flagellar biosynthetic protein FlhB  32.67 
 
 
376 aa  150  3e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.994028  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1749  flagellar biosynthetic protein FlhB  30.46 
 
 
359 aa  150  3e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1674  flagellar biosynthetic protein FlhB  29.09 
 
 
360 aa  149  6e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0069  flagellar biosynthetic protein FlhB  30.92 
 
 
358 aa  148  1.0000000000000001e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3370  flagellar biosynthesis protein FlhB  32.02 
 
 
398 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00184569  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1374  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.28 
 
 
377 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2154  flagellar biosynthetic protein FlhB  30.81 
 
 
366 aa  149  1.0000000000000001e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1515  flagellar biosynthesis protein FlhB  29.06 
 
 
376 aa  147  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.813027  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0011  flagellar biosynthetic protein FlhB  32.56 
 
 
355 aa  148  2.0000000000000003e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0427  type III secretion system protein HrcU  30.24 
 
 
352 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0498216  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1996  type III secretion system protein HrcU  30.24 
 
 
352 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.920837  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1904  type III secretion system protein HrcU  30.24 
 
 
352 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1384  flagellar biosynthesis protein FlhB  29.6 
 
 
348 aa  147  4.0000000000000006e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.226295  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1384  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.14 
 
 
360 aa  146  4.0000000000000006e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.696508  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0981  flagellar biosynthetic protein FlhB  31.62 
 
 
390 aa  147  4.0000000000000006e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0800953 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4645  flagellar biosynthesis protein FlhB  30.46 
 
 
379 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.223751  normal  0.675327 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0750  type III secretion system protein HrcU  31.49 
 
 
360 aa  146  5e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0905461  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1334  flagellar biosynthetic protein FlhB  31.03 
 
 
384 aa  146  7.0000000000000006e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1316  flagellar biosynthetic protein FlhB  33.52 
 
 
366 aa  145  8.000000000000001e-34  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1519  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.04 
 
 
383 aa  145  9e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0054  flagellar biosynthesis protein FlhB  29.58 
 
 
390 aa  145  1e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5932  type III secretion system protein HrcU  32.58 
 
 
357 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.897512  normal  0.0426598 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1163  flagellar biosynthesis protein FlhB  28.9 
 
 
351 aa  145  1e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0713  flagellar biosynthetic protein FlhB  31.97 
 
 
379 aa  145  1e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.31011  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1592  flagellar biosynthesis protein FlhB  29.77 
 
 
348 aa  145  1e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2199  type III secretion system protein HrcU  30.29 
 
 
420 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.706014  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0680  type III secretion system protein HrcU  30.37 
 
 
399 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0663628  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1844  flagellar biosynthesis protein FlhB  29.31 
 
 
348 aa  144  2e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0972714  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2840  flagellar biosynthesis protein FlhB  30.7 
 
 
399 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.151701  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1735  flagellar biosynthesis protein FlhB  29.31 
 
 
348 aa  144  2e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.736219  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0267  flagellar biosynthesis protein FlhB  30.7 
 
 
399 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.110201  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1592  flagellar biosynthesis protein FlhB  29.02 
 
 
348 aa  144  3e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1556  flagellar biosynthesis protein FlhB  29.02 
 
 
348 aa  144  3e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1545  flagellar biosynthesis protein FlhB  29.02 
 
 
348 aa  144  3e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1631  type III secretion system protein HrcU  29.89 
 
 
360 aa  144  3e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.882123  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3609  flagellar biosynthesis protein FlhB  29.02 
 
 
348 aa  144  3e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1715  flagellar biosynthetic protein FlhB  29.02 
 
 
348 aa  144  3e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0130  flagellar biosynthesis protein FlhB  30.9 
 
 
406 aa  144  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.561684  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1766  flagellar biosynthesis protein FlhB  29.02 
 
 
348 aa  144  3e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0249  flagellar biosynthesis protein FlhB  30.7 
 
 
399 aa  144  3e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.190542  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5615  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.2 
 
 
380 aa  143  4e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.891713  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2282  type III secretion system protein HrcU  29.89 
 
 
420 aa  143  5e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.58403  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2295  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.02 
 
 
376 aa  142  6e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2923  flagellar biosynthesis protein FlhB  35.8 
 
 
379 aa  142  7e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.37481  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0342  flagellar biosynthesis protein FlhB  32.1 
 
 
357 aa  142  8e-33  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00837822  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3053  flagellar biosynthesis protein FlhB  28.37 
 
 
377 aa  142  8e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0535555 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1208  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.83 
 
 
383 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1397  flagellar biosynthetic protein FlhB  31.23 
 
 
363 aa  142  9.999999999999999e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0743  flagellar biosynthetic protein FlhB  32.68 
 
 
381 aa  141  9.999999999999999e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0092  flagellar biosynthetic protein FlhB  30.66 
 
 
376 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2074  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.83 
 
 
383 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000897295 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0999  flagellar biosynthesis protein FlhB  32.57 
 
 
357 aa  142  9.999999999999999e-33  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2069  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.83 
 
 
383 aa  142  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00553621 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3443  type III secretion exporter  32.1 
 
 
358 aa  141  1.9999999999999998e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.942918 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1944  flagellar biosynthetic protein FlhB  30.29 
 
 
381 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2129  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.83 
 
 
383 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000192021 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3804  flagellar biosynthesis protein FlhB  30.34 
 
 
403 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0086  flagellar biosynthetic protein FlhB  30.66 
 
 
376 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.293777 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>