More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0049 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_0049  YscU/HrpY family type III secretion protein  100 
 
 
359 aa  734    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1392  type III secretion protein HrcU  69.08 
 
 
359 aa  508  1e-143  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1205  type III secretion protein HrcU  69.38 
 
 
359 aa  509  1e-143  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.322672  normal  0.485565 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1882  type III secretion protein, YscU/HrpY family  50.29 
 
 
361 aa  367  1e-100  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2215  type III secretion protein, YscU/HrpY family  50.69 
 
 
359 aa  347  1e-94  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01723  Type III secretory pathway, component EscU  35.71 
 
 
349 aa  201  1.9999999999999998e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003359  type III secretion inner membrane protein HrpY  34.94 
 
 
351 aa  199  5e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3926  secretion system apparatus protein SsaU  34.47 
 
 
355 aa  194  3e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3011  YscD family type III secretion protein  34.67 
 
 
346 aa  194  3e-48  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.859866  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3899  secretion system apparatus protein SsaU  34.19 
 
 
355 aa  191  1e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3811  secretion system apparatus protein SsaU  34.19 
 
 
356 aa  191  1e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2412  type III secretion protein, YscU/HrpY family  34.1 
 
 
346 aa  191  2e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0453  type III secretion system protein HrcU  36.03 
 
 
352 aa  188  1e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.959251  normal  0.0822049 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1129  flagellar biosynthesis protein FlhB  34.46 
 
 
360 aa  186  4e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5071  secretion system apparatus protein SsaU  32.2 
 
 
345 aa  182  8.000000000000001e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.796147  normal  0.0581283 
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0048  type III secretion appartus protein YscU  33.33 
 
 
354 aa  181  1e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000158953  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2604  flagellar biosynthesis protein FlhB  35.85 
 
 
383 aa  181  2e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2393  flagellar biosynthetic protein FlhB  34.38 
 
 
354 aa  180  2.9999999999999997e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03402  type III secretion system protein HrcU  35.88 
 
 
359 aa  179  4.999999999999999e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1977  secretion system apparatus protein SsaU  34.11 
 
 
349 aa  179  8e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1862  flagellar biosynthesis protein FlhB  35.08 
 
 
383 aa  178  1e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.90359  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0018  flagellar biosynthetic protein FlhB  33.24 
 
 
374 aa  178  1e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000937461  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0018  flagellar biosynthetic protein FlhB  32.95 
 
 
374 aa  177  3e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000395256  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2281  secretion system apparatus protein SsaU  33.82 
 
 
349 aa  176  5e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0436639  normal  0.672371 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0864  type III secretion system protein HrcU  33.52 
 
 
357 aa  176  7e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00479024 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1547  flagellar biosynthesis protein FlhB  32.96 
 
 
383 aa  171  2e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1163  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.36 
 
 
351 aa  169  7e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2447  flagellar biosynthesis protein FlhB  33.61 
 
 
382 aa  167  2e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5615  flagellar biosynthesis protein FlhB  33.52 
 
 
380 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.891713  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0427  type III secretion system protein HrcU  32.21 
 
 
352 aa  166  5e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0498216  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1996  type III secretion system protein HrcU  32.21 
 
 
352 aa  166  5e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.920837  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0484  flagellar biosynthetic protein FlhB  32.2 
 
 
392 aa  166  5e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0127914  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1904  type III secretion system protein HrcU  32.21 
 
 
352 aa  166  5e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2154  flagellar biosynthetic protein FlhB  31.13 
 
 
366 aa  166  8e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1518  secretion system apparatus protein SsaU  29.97 
 
 
352 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00925486  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1532  secretion system apparatus protein SsaU  29.97 
 
 
352 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.371934  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1752  secretion system apparatus protein SsaU  29.97 
 
 
352 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000152464  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1519  flagellar biosynthesis protein FlhB  32.29 
 
 
383 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1555  secretion system apparatus protein SsaU  29.97 
 
 
352 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1374  flagellar biosynthesis protein FlhB  34.46 
 
 
377 aa  163  3e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5857  type III secretion system protein HrcU  32.86 
 
 
352 aa  164  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1921  secretion system apparatus protein SsaU  29.97 
 
 
352 aa  164  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.133432  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2334  flagellar biosynthesis protein FlhB  33.15 
 
 
386 aa  164  3e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.178036  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2432  flagellar biosynthesis protein FlhB  32.97 
 
 
386 aa  163  4.0000000000000004e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0130  flagellar biosynthesis protein FlhB  32.77 
 
 
406 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.561684  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5640  type III secretion system protein HrcU  32.86 
 
 
352 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.122414 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0959  type III secretion exporter  34.34 
 
 
377 aa  162  6e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0366  type III secretion system protein  33.05 
 
 
360 aa  162  7e-39  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1208  flagellar biosynthesis protein FlhB  34.66 
 
 
383 aa  161  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0379  flagellar biosynthesis protein FlhB  34.3 
 
 
357 aa  161  1e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2977  flagellar biosynthesis protein FlhB  35.28 
 
 
398 aa  161  1e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2074  flagellar biosynthesis protein FlhB  34.66 
 
 
383 aa  161  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000897295 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2129  flagellar biosynthesis protein FlhB  34.75 
 
 
383 aa  161  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000192021 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3804  flagellar biosynthesis protein FlhB  33.05 
 
 
403 aa  160  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2069  flagellar biosynthesis protein FlhB  34.66 
 
 
383 aa  161  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00553621 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1331  flagellar biosynthesis protein FlhB  34.84 
 
 
383 aa  161  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.384239  hitchhiker  0.0000000000516194 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1866  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.82 
 
 
376 aa  160  3e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.965675  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0743  flagellar biosynthetic protein FlhB  32.87 
 
 
381 aa  160  3e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0011  flagellar biosynthetic protein FlhB  33.61 
 
 
355 aa  160  3e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1674  flagellar biosynthetic protein FlhB  31.64 
 
 
360 aa  160  4e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2617  flagellar biosynthesis protein FlhB  33.62 
 
 
382 aa  159  7e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000137265 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0703  flagellar biosynthetic protein FlhB  31.28 
 
 
354 aa  159  8e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.635027  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3698  flagellar biosynthesis protein FlhB  32.95 
 
 
380 aa  158  1e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0239481 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01851  flagellar biosynthesis protein B  33.71 
 
 
382 aa  157  2e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1760  flagellar biosynthetic protein FlhB  33.71 
 
 
382 aa  157  2e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.304563  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1975  flagellar biosynthesis protein FlhB  33.71 
 
 
382 aa  157  2e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2112  flagellar biosynthesis protein FlhB  33.71 
 
 
382 aa  157  2e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3370  flagellar biosynthesis protein FlhB  32.77 
 
 
398 aa  158  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00184569  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1752  flagellar biosynthesis protein FlhB  33.71 
 
 
382 aa  157  2e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01840  hypothetical protein  33.71 
 
 
382 aa  157  2e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3431  flagellar biosynthetic protein FlhB  34.38 
 
 
378 aa  157  4e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1307  flagellar biosynthesis protein FlhB  33.71 
 
 
382 aa  156  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0569687 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42660  translocation protein in type III secretion  34.41 
 
 
349 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1930  flagellar biosynthetic protein FlhB  30.99 
 
 
363 aa  156  6e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.922236  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16690  flagellar biosynthetic protein FlhB  31.62 
 
 
356 aa  156  6e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0868  flagellar biosynthesis/type III secretory pathway protein  31.05 
 
 
369 aa  155  8e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1334  flagellar biosynthetic protein FlhB  33.43 
 
 
384 aa  155  1e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1592  flagellar biosynthesis protein FlhB  29.91 
 
 
348 aa  154  2e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0175  flagellar biosynthesis protein FlhB  32.76 
 
 
399 aa  154  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.212371 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1844  flagellar biosynthesis protein FlhB  29.83 
 
 
348 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0972714  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0380  flagellar biosynthesis protein FlhB  32.18 
 
 
362 aa  153  4e-36  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.441846  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2938  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.34 
 
 
380 aa  152  7e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0481554  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0426  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.93 
 
 
352 aa  152  8e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.888697  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2840  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.93 
 
 
399 aa  152  8e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.151701  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0267  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.93 
 
 
399 aa  152  8e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.110201  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0342  flagellar biosynthesis protein FlhB  33.52 
 
 
357 aa  152  8e-36  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00837822  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0357  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.3 
 
 
368 aa  152  8e-36  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2021  flagellar biosynthesis protein FlhB  34.37 
 
 
360 aa  152  8.999999999999999e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1592  flagellar biosynthesis protein FlhB  29.26 
 
 
348 aa  151  1e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1556  flagellar biosynthesis protein FlhB  29.26 
 
 
348 aa  151  1e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1545  flagellar biosynthesis protein FlhB  29.26 
 
 
348 aa  151  1e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1715  flagellar biosynthetic protein FlhB  29.26 
 
 
348 aa  151  1e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0249  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.93 
 
 
399 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.190542  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1339  flagellar biosynthesis protein FlhB  32.39 
 
 
377 aa  151  1e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1766  flagellar biosynthesis protein FlhB  29.26 
 
 
348 aa  151  1e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0054  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.27 
 
 
390 aa  151  2e-35  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3609  flagellar biosynthesis protein FlhB  29.06 
 
 
348 aa  151  2e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02874  flagellar biosynthesis protein  33.14 
 
 
374 aa  151  2e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1735  flagellar biosynthesis protein FlhB  30.42 
 
 
348 aa  151  2e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.736219  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0740  type III secretion exporter  31.91 
 
 
381 aa  151  2e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>