More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5640 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010557  BamMC406_5640  type III secretion system protein HrcU  100 
 
 
352 aa  707    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.122414 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5857  type III secretion system protein HrcU  98.58 
 
 
352 aa  698    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0427  type III secretion system protein HrcU  46.97 
 
 
352 aa  318  7e-86  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0498216  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1904  type III secretion system protein HrcU  46.97 
 
 
352 aa  318  7e-86  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1996  type III secretion system protein HrcU  46.97 
 
 
352 aa  318  9e-86  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.920837  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03402  type III secretion system protein HrcU  44.93 
 
 
359 aa  312  6.999999999999999e-84  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0750  type III secretion system protein HrcU  48.84 
 
 
360 aa  311  1e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0905461  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0680  type III secretion system protein HrcU  47.75 
 
 
399 aa  305  6e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0663628  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2199  type III secretion system protein HrcU  47.75 
 
 
420 aa  305  6e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.706014  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2282  type III secretion system protein HrcU  47.75 
 
 
420 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.58403  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1954  type III secretion system protein HrcU  47.76 
 
 
420 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0634  type III secretion system protein HrcU  47.76 
 
 
420 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1631  type III secretion system protein HrcU  47.75 
 
 
360 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.882123  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5932  type III secretion system protein HrcU  46.76 
 
 
357 aa  295  9e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.897512  normal  0.0426598 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0453  type III secretion system protein HrcU  43.66 
 
 
352 aa  283  4.0000000000000003e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.959251  normal  0.0822049 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0864  type III secretion system protein HrcU  45.03 
 
 
357 aa  281  1e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00479024 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3011  YscD family type III secretion protein  36.83 
 
 
346 aa  220  3e-56  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.859866  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2412  type III secretion protein, YscU/HrpY family  36.75 
 
 
346 aa  212  5.999999999999999e-54  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01723  Type III secretory pathway, component EscU  35.43 
 
 
349 aa  199  5e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0484  flagellar biosynthetic protein FlhB  34.58 
 
 
392 aa  196  7e-49  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0127914  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003359  type III secretion inner membrane protein HrpY  34.57 
 
 
351 aa  195  9e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1930  flagellar biosynthetic protein FlhB  34.01 
 
 
363 aa  189  8e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.922236  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0018  flagellar biosynthetic protein FlhB  33.72 
 
 
374 aa  185  9e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000937461  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1981  flagellar biosynthesis protein FlhB  34.29 
 
 
378 aa  185  1.0000000000000001e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.764273  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0018  flagellar biosynthetic protein FlhB  33.43 
 
 
374 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000395256  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3443  type III secretion exporter  34.22 
 
 
358 aa  181  2e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.942918 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4412  type III secretion exporter  33.81 
 
 
390 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1379  flagellar biosynthesis protein FlhB  33.62 
 
 
377 aa  179  7e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.294814 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3811  secretion system apparatus protein SsaU  32.17 
 
 
356 aa  179  7e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06204  flagellar biosynthesis protein FlhB  33.06 
 
 
376 aa  179  8e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.236866  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1397  flagellar biosynthetic protein FlhB  32.17 
 
 
363 aa  179  8e-44  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0130  flagellar biosynthesis protein FlhB  33.62 
 
 
406 aa  179  8e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.561684  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00962  flagellar biosynthesis protein FlhB  33.06 
 
 
376 aa  179  8e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.118534  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3899  secretion system apparatus protein SsaU  32.17 
 
 
355 aa  178  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3804  flagellar biosynthesis protein FlhB  33.33 
 
 
403 aa  178  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2696  flagellar biosynthetic protein FlhB  32.28 
 
 
373 aa  178  1e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16690  flagellar biosynthetic protein FlhB  31.79 
 
 
356 aa  178  1e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1547  flagellar biosynthesis protein FlhB  33.14 
 
 
383 aa  177  2e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3698  flagellar biosynthesis protein FlhB  35.76 
 
 
380 aa  178  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0239481 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4425  flagellar biosynthesis protein FlhB  35.86 
 
 
377 aa  177  2e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.790893 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3926  secretion system apparatus protein SsaU  31.88 
 
 
355 aa  176  4e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5615  flagellar biosynthesis protein FlhB  35.23 
 
 
380 aa  176  4e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.891713  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2295  flagellar biosynthesis protein FlhB  34.01 
 
 
376 aa  176  4e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1866  flagellar biosynthesis protein FlhB  32.39 
 
 
376 aa  176  5e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.965675  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2604  flagellar biosynthesis protein FlhB  34.69 
 
 
383 aa  176  7e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0743  flagellar biosynthetic protein FlhB  33.89 
 
 
381 aa  175  9.999999999999999e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1862  flagellar biosynthesis protein FlhB  34.87 
 
 
383 aa  175  9.999999999999999e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.90359  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1515  flagellar biosynthesis protein FlhB  33.43 
 
 
376 aa  174  1.9999999999999998e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.813027  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3053  flagellar biosynthesis protein FlhB  33.04 
 
 
377 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0535555 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1374  flagellar biosynthesis protein FlhB  32.85 
 
 
377 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1195  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.29 
 
 
377 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0357  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.88 
 
 
368 aa  173  3.9999999999999995e-42  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1339  flagellar biosynthesis protein FlhB  32.56 
 
 
377 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0380  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.88 
 
 
362 aa  172  7.999999999999999e-42  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.441846  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2069  flagellar biosynthesis protein FlhB  33.14 
 
 
383 aa  172  9e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00553621 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0426  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.71 
 
 
352 aa  172  1e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.888697  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3370  flagellar biosynthesis protein FlhB  34.44 
 
 
398 aa  172  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00184569  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1623  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.43 
 
 
362 aa  172  1e-41  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0762  flagellar biosynthetic protein FlhB  34.49 
 
 
360 aa  171  2e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0600  type III secretion exporter  34.8 
 
 
391 aa  171  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1208  flagellar biosynthesis protein FlhB  33.14 
 
 
383 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2016  flagellar biosynthetic protein FlhB  33.14 
 
 
387 aa  171  2e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1331  flagellar biosynthesis protein FlhB  33.14 
 
 
383 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.384239  hitchhiker  0.0000000000516194 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2074  flagellar biosynthesis protein FlhB  33.14 
 
 
383 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000897295 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0740  type III secretion exporter  34.38 
 
 
381 aa  171  2e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0048  type III secretion appartus protein YscU  31.78 
 
 
354 aa  170  3e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000158953  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1944  flagellar biosynthetic protein FlhB  31.71 
 
 
381 aa  170  3e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1752  secretion system apparatus protein SsaU  34.75 
 
 
352 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000152464  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2129  flagellar biosynthesis protein FlhB  33.14 
 
 
383 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000192021 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1330  flagellar biosynthesis protein FlhB  32.75 
 
 
358 aa  170  4e-41  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002828  flagellar biosynthesis protein FlhB  33.33 
 
 
376 aa  170  4e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03148  flagellar biosynthesis protein FlhB  33.33 
 
 
376 aa  169  5e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1921  secretion system apparatus protein SsaU  34.08 
 
 
352 aa  169  7e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.133432  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3819  type III secretion exporter  32.17 
 
 
390 aa  169  9e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.414984 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3092  type III secretion exporter  32.19 
 
 
390 aa  168  1e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.677478  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1555  secretion system apparatus protein SsaU  34.08 
 
 
352 aa  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1552  flagellar biosynthesis protein FlhB  34.1 
 
 
379 aa  168  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00640595  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1163  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.88 
 
 
351 aa  168  1e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1532  secretion system apparatus protein SsaU  34.08 
 
 
352 aa  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.371934  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0242  flagellar biosynthesis protein FlhB  32.88 
 
 
379 aa  168  1e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3390  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.3 
 
 
379 aa  168  1e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1631  flagellar biosynthesis protein FlhB  33.24 
 
 
377 aa  167  2e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2169  flagellar biosynthesis protein FlhB  33.05 
 
 
376 aa  167  2e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1702  flagellar biosynthesis protein FlhB  32.75 
 
 
376 aa  167  2e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0342  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.79 
 
 
357 aa  167  2e-40  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00837822  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1518  secretion system apparatus protein SsaU  34.18 
 
 
352 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00925486  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1384  flagellar biosynthesis protein FlhB  32.07 
 
 
360 aa  166  5e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.696508  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0703  flagellar biosynthetic protein FlhB  31.36 
 
 
354 aa  166  5.9999999999999996e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.635027  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2334  flagellar biosynthesis protein FlhB  32.76 
 
 
386 aa  166  5.9999999999999996e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.178036  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2840  flagellar biosynthesis protein FlhB  33.89 
 
 
399 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.151701  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0267  flagellar biosynthesis protein FlhB  33.89 
 
 
399 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.110201  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42660  translocation protein in type III secretion  34.37 
 
 
349 aa  165  8e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0249  flagellar biosynthesis protein FlhB  33.89 
 
 
399 aa  165  9e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.190542  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2447  flagellar biosynthesis protein FlhB  31.7 
 
 
382 aa  165  9e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1977  secretion system apparatus protein SsaU  32.95 
 
 
349 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1674  flagellar biosynthetic protein FlhB  31.73 
 
 
360 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2432  flagellar biosynthesis protein FlhB  32.76 
 
 
386 aa  165  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4135  flagellar biosynthetic protein FlhB  31.86 
 
 
350 aa  165  1.0000000000000001e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0846766  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3094  flagellar biosynthesis protein FlhB  30.4 
 
 
353 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1245  flagellar biosynthetic protein FlhB  32.36 
 
 
390 aa  163  3e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.215857  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>