More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4421 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4421  hypothetical protein  100 
 
 		 463 aa  951    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000130906 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4959  hypothetical protein  80.35 
 
 		 467 aa  761    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.11014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2285  hypothetical protein  89.2 
 
 		 463 aa  861    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.19249  hitchhiker  0.00838823 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7510  hypothetical protein  76.38 
 
 		 467 aa  721    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000637  gamma-aminobutyrate:alpha-ketoglutarate aminotransferase  59 
 
 		 468 aa  561  1.0000000000000001e-159  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2724  hypothetical protein  60.22 
 
 		 468 aa  555  1e-157  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2145  hypothetical protein  58.54 
 
 		 465 aa  541  9.999999999999999e-153  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.456692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0061  hypothetical protein  58.54 
 
 		 465 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.543932  hitchhiker  0.00333997 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3858  hypothetical protein  57.58 
 
 		 469 aa  534  1e-150  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.71802  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5780  hypothetical protein  57.14 
 
 		 464 aa  521  1e-147  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.186427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6024  hypothetical protein  57.36 
 
 		 464 aa  521  1e-147  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.428421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6163  hypothetical protein  56.04 
 
 		 464 aa  518  1e-146  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5799  hypothetical protein  56.04 
 
 		 464 aa  518  1e-146  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.267871  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6140  hypothetical protein  56.61 
 
 		 464 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0159356  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6644  hypothetical protein  55.8 
 
 		 464 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3166  hypothetical protein  54.19 
 
 		 457 aa  512  1e-144  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.861673 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4382  hypothetical protein  57.05 
 
 		 459 aa  514  1e-144  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.68656  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3472  hypothetical protein  52.63 
 
 		 457 aa  503  1e-141  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0632118  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2691  hypothetical protein  52.75 
 
 		 457 aa  495  1e-139  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.869545 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2416  hypothetical protein  52.09 
 
 		 457 aa  498  1e-139  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00276802  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0290  hypothetical protein  52.54 
 
 		 456 aa  491  9.999999999999999e-139  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3704  hypothetical protein  52.08 
 
 		 458 aa  491  1e-137  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.464833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0851  hypothetical protein  52.74 
 
 		 460 aa  484  1e-136  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.718133  normal  0.0976867 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5499  hypothetical protein  51.09 
 
 		 459 aa  482  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00377522 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5231  hypothetical protein  49.56 
 
 		 459 aa  477  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.157566  normal  0.634287 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0421  aminotransferase  46.1 
 
 		 456 aa  419  1e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0797  aminotransferase class-III  46.34 
 
 		 461 aa  416  9.999999999999999e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277612 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6604  aminotransferase  45.1 
 
 		 456 aa  411  1e-113  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.112591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1491  aminotransferase  43.95 
 
 		 463 aa  403  1e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.361229  normal  0.972235 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1928  aminotransferase  43.79 
 
 		 459 aa  401  9.999999999999999e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5230  aminotransferase class-III  46.45 
 
 		 456 aa  400  9.999999999999999e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0191  aminotransferase  44.65 
 
 		 456 aa  395  1e-109  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3993  aminotransferase  44.09 
 
 		 460 aa  395  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3261  aminotransferase  44.32 
 
 		 460 aa  398  1e-109  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.899637  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0199  aminotransferase  44.42 
 
 		 456 aa  396  1e-109  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0221401  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0184  aminotransferase  44.87 
 
 		 456 aa  396  1e-109  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0145634  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3738  aminotransferase  44.27 
 
 		 461 aa  396  1e-109  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2041  aminotransferase  43.81 
 
 		 455 aa  395  1e-108  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2025  aminotransferase, class III  45.76 
 
 		 450 aa  392  1e-107  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.685949  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3280  aminotransferase  43.75 
 
 		 468 aa  388  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.880154 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5513  aminotransferase class-III  42.07 
 
 		 460 aa  380  1e-104  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.574518  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3134  aminotransferase class-III  42.82 
 
 		 463 aa  377  1e-103  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.495081 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3196  aminotransferase class-III  42.79 
 
 		 458 aa  372  1e-102  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.861833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2031  aminotransferase  44.1 
 
 		 450 aa  375  1e-102  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.670386 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2908  aminotransferase class-III  42.14 
 
 		 485 aa  371  1e-101  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.597811 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3814  aminotransferase class-III  42.14 
 
 		 460 aa  367  1e-100  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1296  putative aminotransferase  41.48 
 
 		 460 aa  363  4e-99  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.566567 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2799  aminotransferase  41.55 
 
 		 459 aa  362  6e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.707111  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2054  hypothetical protein  40.71 
 
 		 467 aa  361  1e-98  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0848  aminotransferase class-III  43.28 
 
 		 462 aa  361  1e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0693468  decreased coverage  0.000282068 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3032  aminotransferase class-III  42.82 
 
 		 463 aa  362  1e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.503296  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4663  putative aminotransferase  42.32 
 
 		 451 aa  359  5e-98  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2643  putative aminotransferase  42.43 
 
 		 460 aa  357  2.9999999999999997e-97  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.431158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5406  putative aminotransferase  42.51 
 
 		 454 aa  352  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00027228 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3010  putative aminotransferase  39.39 
 
 		 466 aa  352  8e-96  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.115201  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2633  putative aminotransferase  43.51 
 
 		 455 aa  351  2e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0244739  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3217  aminotransferase  41.61 
 
 		 449 aa  348  1e-94  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0545  putative aminotransferase  40.72 
 
 		 458 aa  344  2e-93  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2631  aminotransferase class-III  42.76 
 
 		 451 aa  343  4e-93  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0343  putative aminotransferase  41.74 
 
 		 457 aa  343  4e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.457259 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0281  putative aminotransferase  41.93 
 
 		 453 aa  339  7e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2995  putative aminotransferase  41.39 
 
 		 480 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2381  putative aminotransferase  41.39 
 
 		 480 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2989  putative aminotransferase  41.12 
 
 		 475 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3014  putative aminotransferase  41.39 
 
 		 480 aa  338  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.672031  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0952  putative aminotransferase  40.27 
 
 		 455 aa  338  1.9999999999999998e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4250  aminotransferase  38.36 
 
 		 457 aa  337  1.9999999999999998e-91  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.533724  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48850  putative aminotransferase  41.55 
 
 		 457 aa  337  1.9999999999999998e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4866  putative aminotransferase  40.87 
 
 		 454 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00453658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4665  putative aminotransferase  40.49 
 
 		 482 aa  337  3.9999999999999995e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2904  putative aminotransferase  40.67 
 
 		 477 aa  335  7.999999999999999e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5308  aminotransferase, class III  40.81 
 
 		 455 aa  335  9e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2923  aminotransferase class-III  42.05 
 
 		 451 aa  335  1e-90  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0806486  normal  0.849242 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3042  putative aminotransferase  40.67 
 
 		 477 aa  335  1e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1787  putative aminotransferase  42.37 
 
 		 452 aa  333  4e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6344  putative aminotransferase  40.49 
 
 		 480 aa  333  4e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3984  aminotransferase class-III  39.76 
 
 		 453 aa  332  6e-90  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.319262  normal  0.720199 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3573  putative aminotransferase  41.26 
 
 		 478 aa  332  6e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.67707 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5182  putative aminotransferase  41.03 
 
 		 453 aa  331  1e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0379  aminotransferase  39.68 
 
 		 455 aa  332  1e-89  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.996959  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2033  aminotransferase class-III  39.23 
 
 		 455 aa  331  1e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2180  putative aminotransferase  40.83 
 
 		 452 aa  331  2e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5242  putative aminotransferase  41.26 
 
 		 453 aa  331  2e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.292623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1407  putative aminotransferase  39.37 
 
 		 456 aa  331  2e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2915  aminotransferase class-III  40.77 
 
 		 449 aa  331  2e-89  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0414678  normal  0.128852 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5089  putative aminotransferase  40.81 
 
 		 453 aa  330  2e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.441787  normal  0.847711 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2986  putative aminotransferase  42.95 
 
 		 465 aa  330  3e-89  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0941  putative aminotransferase  40.04 
 
 		 481 aa  330  4e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.140903  normal  0.500981 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0379  aminotransferase class-III  38.13 
 
 		 443 aa  330  5.0000000000000004e-89  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2200  putative aminotransferase  39.24 
 
 		 461 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.534345  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1108  putative aminotransferase  39.24 
 
 		 465 aa  328  2.0000000000000001e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.290549  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1101  putative aminotransferase  39.6 
 
 		 455 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.27722 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2180  putative aminotransferase  40.5 
 
 		 464 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.930783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2078  putative aminotransferase  39.01 
 
 		 461 aa  327  4.0000000000000003e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.066309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3052  aminotransferase class-III  36.53 
 
 		 463 aa  327  4.0000000000000003e-88  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3557  putative aminotransferase  40.39 
 
 		 452 aa  326  5e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.936496  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0857  aminotransferase class-III  39.29 
 
 		 455 aa  325  1e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5915  putative aminotransferase  40.05 
 
 		 464 aa  324  3e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2162  putative aminotransferase  40.05 
 
 		 464 aa  324  3e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2863  putative aminotransferase  40.65 
 
 		 465 aa  323  4e-87  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.126034  normal  0.221703 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>