More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2180 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2180  putative aminotransferase  100 
 
 
452 aa  931    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5182  putative aminotransferase  85.21 
 
 
453 aa  806    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5308  aminotransferase, class III  79.2 
 
 
455 aa  774    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0281  putative aminotransferase  84.55 
 
 
453 aa  808    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5089  putative aminotransferase  85.43 
 
 
453 aa  807    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.441787  normal  0.847711 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4866  putative aminotransferase  80.13 
 
 
454 aa  776    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00453658  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0390  putative aminotransferase  75.22 
 
 
456 aa  723    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5406  putative aminotransferase  81.9 
 
 
454 aa  790    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00027228 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0343  putative aminotransferase  79.82 
 
 
457 aa  750    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.457259 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2633  putative aminotransferase  80 
 
 
455 aa  753    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0244739  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48850  putative aminotransferase  73.03 
 
 
457 aa  685    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5242  putative aminotransferase  85.43 
 
 
453 aa  806    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.292623  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1787  putative aminotransferase  97.12 
 
 
452 aa  913    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3557  putative aminotransferase  99.34 
 
 
452 aa  926    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.936496  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03900  putative aminotransferase  75.22 
 
 
456 aa  723    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3010  putative aminotransferase  63.3 
 
 
466 aa  609  1e-173  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.115201  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4663  putative aminotransferase  63.86 
 
 
451 aa  595  1e-169  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2643  putative aminotransferase  62.86 
 
 
460 aa  587  1e-166  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.431158  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1902  putative aminotransferase  59.38 
 
 
459 aa  556  1e-157  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.483281  normal  0.25146 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3573  putative aminotransferase  58.8 
 
 
478 aa  557  1e-157  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.67707 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4665  putative aminotransferase  57.98 
 
 
482 aa  546  1e-154  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1254  putative aminotransferase  57.77 
 
 
464 aa  545  1e-154  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.179444  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0941  putative aminotransferase  58.43 
 
 
481 aa  546  1e-154  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.140903  normal  0.500981 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2986  putative aminotransferase  60.81 
 
 
465 aa  547  1e-154  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1738  putative aminotransferase  57.96 
 
 
470 aa  541  1e-153  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000987202 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2727  putative aminotransferase  57.59 
 
 
478 aa  541  9.999999999999999e-153  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692247  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2379  aminotransferase class-III  57.11 
 
 
471 aa  535  1e-151  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00692435  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1108  putative aminotransferase  56.98 
 
 
465 aa  530  1e-149  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.290549  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2078  putative aminotransferase  55.41 
 
 
461 aa  529  1e-149  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.066309  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6344  putative aminotransferase  57.75 
 
 
480 aa  528  1e-149  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2180  putative aminotransferase  55.75 
 
 
464 aa  528  1e-149  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.930783  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2200  putative aminotransferase  55.19 
 
 
461 aa  529  1e-149  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.534345  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3042  putative aminotransferase  57.21 
 
 
477 aa  528  1e-149  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2995  putative aminotransferase  57.53 
 
 
480 aa  526  1e-148  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1296  putative aminotransferase  54.48 
 
 
460 aa  525  1e-148  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.566567 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2989  putative aminotransferase  57.21 
 
 
475 aa  526  1e-148  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2904  putative aminotransferase  56.76 
 
 
477 aa  526  1e-148  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3014  putative aminotransferase  57.75 
 
 
480 aa  526  1e-148  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.672031  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2381  putative aminotransferase  57.53 
 
 
480 aa  526  1e-148  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2653  putative aminotransferase  56.46 
 
 
472 aa  525  1e-148  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0727  putative aminotransferase  56.46 
 
 
472 aa  524  1e-147  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2162  putative aminotransferase  55.1 
 
 
464 aa  523  1e-147  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2710  putative aminotransferase  56.24 
 
 
475 aa  522  1e-147  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2787  putative aminotransferase  56.24 
 
 
475 aa  522  1e-147  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.123672  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2021  putative aminotransferase  56.24 
 
 
472 aa  521  1e-147  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5472  putative aminotransferase  54.88 
 
 
461 aa  523  1e-147  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0276081  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1947  putative aminotransferase  56.46 
 
 
477 aa  523  1e-147  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.769855  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1829  putative aminotransferase  56.46 
 
 
476 aa  522  1e-147  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.63972  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0635  putative aminotransferase  56.46 
 
 
472 aa  524  1e-147  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5915  putative aminotransferase  55.1 
 
 
464 aa  523  1e-147  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1101  putative aminotransferase  55.25 
 
 
455 aa  513  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.27722 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0351  putative aminotransferase  57.8 
 
 
478 aa  508  1e-143  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000167331  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1407  putative aminotransferase  53.41 
 
 
456 aa  505  9.999999999999999e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0545  putative aminotransferase  54.75 
 
 
458 aa  506  9.999999999999999e-143  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0952  putative aminotransferase  53.88 
 
 
455 aa  502  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2871  putative aminotransferase  52.37 
 
 
460 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.59328  normal  0.681396 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02700  putative aminotransferase  51.69 
 
 
460 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0755258 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2863  putative aminotransferase  56.4 
 
 
465 aa  490  1e-137  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.126034  normal  0.221703 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2588  putative aminotransferase  52.23 
 
 
460 aa  482  1e-135  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.155274  normal  0.308476 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3128  putative aminotransferase  52.23 
 
 
460 aa  482  1e-135  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4932  putative aminotransferase  52.24 
 
 
456 aa  481  1e-135  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3250  putative aminotransferase  52.46 
 
 
460 aa  483  1e-135  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0885225 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0307  putative aminotransferase  51.24 
 
 
460 aa  482  1e-135  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0824  putative aminotransferase  55.46 
 
 
465 aa  476  1e-133  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3946  putative aminotransferase  52.97 
 
 
466 aa  474  1e-132  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.118972  normal  0.636127 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6646  putative aminotransferase  50 
 
 
463 aa  451  1e-125  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.349002  normal  0.0868524 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6604  aminotransferase  42.69 
 
 
456 aa  375  1e-103  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.112591  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0421  aminotransferase  43.55 
 
 
456 aa  377  1e-103  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0199  aminotransferase  41.59 
 
 
456 aa  372  1e-101  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0221401  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3196  aminotransferase class-III  42.11 
 
 
458 aa  365  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.861833  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5513  aminotransferase class-III  42.95 
 
 
460 aa  365  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.574518  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3814  aminotransferase class-III  43.64 
 
 
460 aa  363  2e-99  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1928  aminotransferase  41.29 
 
 
459 aa  362  6e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0191  aminotransferase  41.5 
 
 
456 aa  361  1e-98  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3134  aminotransferase class-III  43.91 
 
 
463 aa  362  1e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.495081 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2908  aminotransferase class-III  43.68 
 
 
485 aa  360  2e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.597811 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0184  aminotransferase  41.27 
 
 
456 aa  359  5e-98  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0145634  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3261  aminotransferase  41.58 
 
 
460 aa  357  2.9999999999999997e-97  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.899637  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1491  aminotransferase  42.05 
 
 
463 aa  357  2.9999999999999997e-97  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.361229  normal  0.972235 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3993  aminotransferase  42.04 
 
 
460 aa  356  5e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5230  aminotransferase class-III  41.59 
 
 
456 aa  355  1e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2041  aminotransferase  42.25 
 
 
455 aa  352  1e-95  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3280  aminotransferase  41.87 
 
 
468 aa  350  3e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.880154 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2631  aminotransferase class-III  42.79 
 
 
451 aa  349  7e-95  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2923  aminotransferase class-III  41.43 
 
 
451 aa  347  3e-94  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0806486  normal  0.849242 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000637  gamma-aminobutyrate:alpha-ketoglutarate aminotransferase  41.58 
 
 
468 aa  347  3e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3032  aminotransferase class-III  43.68 
 
 
463 aa  346  5e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.503296  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2054  hypothetical protein  38.58 
 
 
467 aa  345  7e-94  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0061  hypothetical protein  43.66 
 
 
465 aa  345  1e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.543932  hitchhiker  0.00333997 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0848  aminotransferase class-III  42.86 
 
 
462 aa  343  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0693468  decreased coverage  0.000282068 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0797  aminotransferase class-III  41.57 
 
 
461 aa  342  9e-93  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.277612 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3718  hypothetical protein  38.78 
 
 
470 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319896  normal  0.35161 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2046  hypothetical protein  38.78 
 
 
470 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.990392  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1185  hypothetical protein  39.24 
 
 
465 aa  340  4e-92  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.932447  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0379  aminotransferase class-III  40.84 
 
 
443 aa  339  5e-92  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1583  aminotransferase class-III  42.33 
 
 
452 aa  338  9.999999999999999e-92  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0161  hypothetical protein  40 
 
 
463 aa  338  1.9999999999999998e-91  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2934  hypothetical protein  42.4 
 
 
466 aa  337  2.9999999999999997e-91  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.913582  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3858  hypothetical protein  41.57 
 
 
469 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.71802  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2724  hypothetical protein  40.9 
 
 
468 aa  337  3.9999999999999995e-91  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>