243 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1681 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1681  cobalamin synthase  100 
 
 		 251 aa  474  1e-133  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4038  cobalamin synthase  99.17 
 
 		 240 aa  444  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1280  cobalamin synthase  93.33 
 
 		 240 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.713498 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1240  cobalamin synthase  85.12 
 
 		 244 aa  277  1e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436418  normal  0.920424 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3672  cobalamin synthase  72.12 
 
 		 243 aa  271  6e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00479037  normal  0.0808268 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1650  cobalamin synthase  71.49 
 
 		 243 aa  270  2e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.30893  hitchhiker  0.00536352 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1717  cobalamin (5'-phosphate) synthase  70.8 
 
 		 243 aa  258  7e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0448036  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47650  cobalamin synthase  61.86 
 
 		 245 aa  221  9e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.564113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4108  cobalamin synthase  62.29 
 
 		 245 aa  209  4e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.397198  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1759  cobalamin synthase  64.25 
 
 		 243 aa  187  2e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.249688  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33030  cobalamin synthase  66.24 
 
 		 251 aa  182  4.0000000000000006e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.114752  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1856  cobalamin synthase  48.92 
 
 		 250 aa  176  5e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.656817  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0465  cobalamin synthase  52.47 
 
 		 230 aa  160  2e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1452  cobalamin 5'-phosphate synthase  51.26 
 
 		 256 aa  146  3e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.215201  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3278  cobalamin synthase  44.3 
 
 		 256 aa  130  2.0000000000000002e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0627  cobalamin-5'-phosphate synthase  37.3 
 
 		 254 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000135843  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_596  cobalamin 5-prime-phosphate synthase  37.25 
 
 		 254 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000326048  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01926  cobalamin synthase  45.99 
 
 		 244 aa  127  2.0000000000000002e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0658  cobalamin 5'-phosphate synthase  36.84 
 
 		 254 aa  126  3e-28  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0979508  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0692  cobalamin 5'-phosphate synthase  36.84 
 
 		 254 aa  126  3e-28  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2609  cobalamin 5'-phosphate synthase  39.83 
 
 		 248 aa  123  3e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.801369 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4186  cobalamin 5'-phosphate synthase  37.77 
 
 		 248 aa  105  9e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0999  cobalamin 5'-phosphate synthase  30.38 
 
 		 242 aa  104  1e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4390  cobalamin 5'-phosphate synthase  38.72 
 
 		 249 aa  103  2e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2703  cobalamin 5'-phosphate synthase  38.68 
 
 		 249 aa  103  3e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0631  cobalamin-5'-phosphate synthase  33.71 
 
 		 302 aa  103  3e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.359173  normal  0.527016 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3090  cobalamin 5'-phosphate synthase  34.43 
 
 		 253 aa  102  7e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000765428  hitchhiker  0.00160126 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3812  cobalamin 5'-phosphate synthase  39.09 
 
 		 251 aa  100  3e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.97667  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1102  cobalamin-5'-phosphate synthase  37.21 
 
 		 261 aa  99  6e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2816  cobalamin synthase  46.52 
 
 		 257 aa  99  7e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0135582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1783  cobalamin 5'-phosphate synthase  34.22 
 
 		 275 aa  98.6  9e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.322481  normal  0.301808 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5783  cobalamin synthase  33.47 
 
 		 250 aa  98.2  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2500  cobalamin synthase  35.1 
 
 		 259 aa  97.1  3e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.398304  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3135  cobalamin-5'-phosphate synthase  33.04 
 
 		 239 aa  95.1  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.436841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2457  cobalamin synthase  34 
 
 		 258 aa  95.1  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3896  cobalamin 5'-phosphate synthase  38.08 
 
 		 251 aa  94.7  1e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0267301 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1841  cobalamin synthase  33.87 
 
 		 250 aa  93.2  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.142134  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2452  cobalamin synthase  33.87 
 
 		 250 aa  93.2  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.639448  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4584  cobalamin 5'-phosphate synthase  34.54 
 
 		 268 aa  91.3  1e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.574207  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1313  cobalamin 5'-phosphate synthase  38.43 
 
 		 252 aa  90.5  2e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2176  cobalamin 5'-phosphate synthase  32.65 
 
 		 251 aa  90.9  2e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.880106 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01901  cobalamin synthase  32.8 
 
 		 247 aa  90.1  3e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0133526  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1664  cobalamin 5'-phosphate synthase  32.8 
 
 		 247 aa  90.1  3e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0171207  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01890  hypothetical protein  32.8 
 
 		 247 aa  90.1  3e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0142909  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0173  cobalamin 5'-phosphate synthase  37.19 
 
 		 268 aa  90.1  3e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2807  cobalamin 5'-phosphate synthase  37.5 
 
 		 251 aa  89.7  4e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.204808  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0645  cobalamin synthase  30.43 
 
 		 250 aa  89  6e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0206285  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2659  cobalamin 5'-phosphate synthase  36.54 
 
 		 264 aa  89  7e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2837  cobalamin synthase  32.8 
 
 		 247 aa  89  7e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0121943  normal  0.903925 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2368  cobalamin synthase  34.43 
 
 		 259 aa  88.2  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2383  cobalamin 5'-phosphate synthase  26.98 
 
 		 260 aa  88.2  1e-16  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3658  cobalamin synthase  36.48 
 
 		 295 aa  87.8  1e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.095174  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0468  cobalamin-5'-phosphate synthase  37.71 
 
 		 268 aa  88.2  1e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0111  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  29.81 
 
 		 240 aa  87.8  1e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0543607  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3152  cobalamin synthase  32.6 
 
 		 248 aa  88.2  1e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000203251  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5686  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  39.1 
 
 		 270 aa  87  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00218836  normal  0.146297 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1604  cobalamin synthase  35.07 
 
 		 262 aa  86.3  4e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122296  normal  0.217032 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1027  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  35.58 
 
 		 277 aa  86.3  4e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1132  cobalamin synthase  32.4 
 
 		 247 aa  86.3  5e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00743672  hitchhiker  0.000086759 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2115  cobalamin synthase  32.4 
 
 		 247 aa  86.3  5e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000350471  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2274  cobalamin synthase  32.4 
 
 		 247 aa  86.3  5e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00105955  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0966  cobalamin synthase  32.4 
 
 		 247 aa  86.3  5e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000884194  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2204  cobalamin synthase  32.51 
 
 		 256 aa  85.5  7e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.633023  normal  0.151172 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0939  cobalamin-5'-phosphate synthase  32.45 
 
 		 278 aa  85.5  7e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.102205  normal  0.527982 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0306  cobalamin synthase  28.75 
 
 		 250 aa  85.5  7e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1490  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  35.71 
 
 		 248 aa  84.7  0.000000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00341878  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0763  cobalamin 5'-phosphate synthase  31.58 
 
 		 260 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0281  cobalamin 5'-phosphate synthase  37.45 
 
 		 253 aa  84.7  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0326517  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1467  cobalamin 5'-phosphate synthase  34.75 
 
 		 246 aa  84  0.000000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0149  cobalamin synthase  33.46 
 
 		 256 aa  83.6  0.000000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0485  cobalamin 5'-phosphate synthase  34.58 
 
 		 248 aa  83.6  0.000000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0099  cobalamin-5'-phosphate synthase  35.12 
 
 		 254 aa  82.8  0.000000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1000  cobalamin-5'-phosphate synthase  34.45 
 
 		 248 aa  82.8  0.000000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3498  cobalamin synthase  30.43 
 
 		 258 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2209  cobalamin synthase  31.98 
 
 		 249 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0333047  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2396  cobalamin synthase  32.51 
 
 		 258 aa  82  0.000000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980528  normal  0.106018 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0860  cobalamin synthase  34.26 
 
 		 261 aa  82  0.000000000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2186  cobalamin synthase  33.87 
 
 		 247 aa  82  0.000000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4083  cobalamin 5'-phosphate synthase  29.55 
 
 		 257 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.405359 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1230  cobalamin 5'-phosphate synthase  35.57 
 
 		 240 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1110  cobalamin 5'-phosphate synthase  30.7 
 
 		 251 aa  80.5  0.00000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0659  cobalamin synthase  35.18 
 
 		 258 aa  80.1  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0740  cobalamin-5'-phosphate synthase  35.14 
 
 		 282 aa  80.1  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.4929 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3083  cobalamin 5'-phosphate synthase  40.17 
 
 		 251 aa  80.1  0.00000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.217047  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0238  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  36.36 
 
 		 245 aa  79.7  0.00000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.885371  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3287  cobalamin 5'-phosphate synthase  37.1 
 
 		 251 aa  79.7  0.00000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00100979  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2662  cobalamin synthase  30.52 
 
 		 256 aa  79.3  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1131  cobalamin 5'-phosphate synthase  33.61 
 
 		 253 aa  79.3  0.00000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.996937  normal  0.381 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0842  cobalamin synthase  33.06 
 
 		 257 aa  79  0.00000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1636  cobalamin synthase  32.54 
 
 		 247 aa  79  0.00000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.755635  normal  0.012457 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2239  cobalamin synthase  33.47 
 
 		 247 aa  79  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.222569 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2784  cobalamin synthase  33.07 
 
 		 259 aa  79  0.00000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.596854 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2352  cobalamin synthase  33.47 
 
 		 247 aa  79  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0217027  normal  0.0119104 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2193  cobalamin synthase  33.06 
 
 		 247 aa  78.6  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3008  cobalamin 5'-phosphate synthase  38.79 
 
 		 246 aa  77.8  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1291  cobalamin-5-phosphate synthase  30.23 
 
 		 251 aa  77.4  0.0000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.374945  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0715  cobalamin 5'-phosphate synthase  31.71 
 
 		 255 aa  76.6  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0999  cobalamin synthase  29.57 
 
 		 258 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1036  cobalamin synthase  29.6 
 
 		 262 aa  75.9  0.0000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3406  hypothetical protein  40.26 
 
 		 234 aa  75.9  0.0000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.286076  normal  0.20657 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>