242 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2204 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2204  cobalamin synthase  100 
 
 		 256 aa  505  9.999999999999999e-143  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.633023  normal  0.151172 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2662  cobalamin synthase  93.36 
 
 		 256 aa  449  1e-125  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2396  cobalamin synthase  75.82 
 
 		 258 aa  327  1.0000000000000001e-88  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980528  normal  0.106018 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2784  cobalamin synthase  58.59 
 
 		 259 aa  269  2.9999999999999997e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.596854 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3498  cobalamin synthase  58.78 
 
 		 258 aa  260  1e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0999  cobalamin synthase  59.54 
 
 		 258 aa  259  2e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0659  cobalamin synthase  57.03 
 
 		 258 aa  248  6e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5783  cobalamin synthase  53.36 
 
 		 250 aa  241  7e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2209  cobalamin synthase  59.45 
 
 		 249 aa  240  1e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0333047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2457  cobalamin synthase  56.91 
 
 		 258 aa  228  8e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1841  cobalamin synthase  56.91 
 
 		 250 aa  226  2e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.142134  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2452  cobalamin synthase  56.91 
 
 		 250 aa  226  2e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.639448  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2500  cobalamin synthase  58.13 
 
 		 259 aa  226  3e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.398304  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2368  cobalamin synthase  58.54 
 
 		 259 aa  224  1e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0842  cobalamin synthase  57.32 
 
 		 257 aa  217  1e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0838  cobalamin synthase  55.08 
 
 		 252 aa  204  2e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.405313  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0763  cobalamin 5'-phosphate synthase  48.57 
 
 		 260 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0689  cobalamin synthase  55.47 
 
 		 252 aa  193  2e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1192  cobalamin synthase  55.47 
 
 		 252 aa  193  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.438623  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1635  cobalamin synthase  55.47 
 
 		 252 aa  193  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.186551  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1038  cobalamin synthase  55.47 
 
 		 252 aa  193  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.946761  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2323  cobalamin synthase  55.47 
 
 		 252 aa  193  2e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.358925  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2963  cobalamin synthase  55.47 
 
 		 252 aa  193  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1032  cobalamin synthase  55.47 
 
 		 252 aa  193  2e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0768877  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0715  cobalamin 5'-phosphate synthase  44.9 
 
 		 255 aa  190  2e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1036  cobalamin synthase  45.95 
 
 		 262 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3658  cobalamin synthase  41.53 
 
 		 295 aa  188  7e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.095174  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4083  cobalamin 5'-phosphate synthase  43.55 
 
 		 257 aa  188  8e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.405359 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0877  cobalamin synthase  45.45 
 
 		 261 aa  186  3e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0089  cobalamin 5'-phosphate synthase  39.69 
 
 		 261 aa  184  9e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0860  cobalamin synthase  42.59 
 
 		 261 aa  179  4.999999999999999e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0149  cobalamin synthase  45.42 
 
 		 256 aa  178  9e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0843  cobalamin synthase  47.66 
 
 		 262 aa  176  4e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3179  cobalamin synthase  47.66 
 
 		 262 aa  176  4e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3277  cobalamin synthase  47.66 
 
 		 262 aa  176  4e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.08655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3733  cobalamin 5'-phosphate synthase  42.57 
 
 		 257 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.65083 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0631  cobalamin-5'-phosphate synthase  40.74 
 
 		 302 aa  172  2.9999999999999996e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.359173  normal  0.527016 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4485  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  40.91 
 
 		 267 aa  172  5e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0546206 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3379  cobalamin 5'-phosphate synthase  42.86 
 
 		 259 aa  166  5e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5376  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  43.08 
 
 		 261 aa  165  6.9999999999999995e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0099  cobalamin-5'-phosphate synthase  44.98 
 
 		 254 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1138  cobalamin 5'-phosphate synthase  40.82 
 
 		 269 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2960  cobalamin synthase  46.81 
 
 		 262 aa  160  2e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1000  cobalamin synthase  46.38 
 
 		 262 aa  159  4e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0978  cobalamin synthase  46.38 
 
 		 262 aa  159  4e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1012  cobalamin synthase  46.38 
 
 		 262 aa  159  4e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.897251 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3363  cobalamin synthase  46.38 
 
 		 262 aa  157  1e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003692  cobalamin synthase  45.41 
 
 		 224 aa  156  3e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02127  cobalamin synthase  42.98 
 
 		 224 aa  148  6e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1118  cobalamin synthase  40.49 
 
 		 262 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2659  cobalamin 5'-phosphate synthase  41.89 
 
 		 264 aa  144  1e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0740  cobalamin-5'-phosphate synthase  38.35 
 
 		 282 aa  141  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.4929 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3761  cobalamin synthase  41.46 
 
 		 259 aa  137  1e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0844  cobalamin 5'-phosphate synthase  38.02 
 
 		 264 aa  134  9.999999999999999e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.257901 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0281  cobalamin 5'-phosphate synthase  40.47 
 
 		 253 aa  133  3e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0326517  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1027  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  39.06 
 
 		 277 aa  131  1.0000000000000001e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0678  cobalamin-5'-phosphate synthase  41.83 
 
 		 270 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0518916  normal  0.202661 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0928  cobalamin-5'-phosphate synthase  42.75 
 
 		 270 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.707395  normal  0.923056 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2302  cobalamin-5'-phosphate synthase  41.54 
 
 		 276 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.214077  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5686  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  40.08 
 
 		 270 aa  128  7.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00218836  normal  0.146297 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2610  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  38.21 
 
 		 280 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2325  cobalamin 5'-phosphate synthase  38.98 
 
 		 258 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.274821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2743  cobalamin 5'-phosphate synthase  36.96 
 
 		 252 aa  119  3.9999999999999996e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0979893 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0641  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  41.11 
 
 		 278 aa  117  9.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0112023 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0657  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  41.94 
 
 		 270 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00645782  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3283  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  34.25 
 
 		 258 aa  115  5e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.284158  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01901  cobalamin synthase  34.14 
 
 		 247 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0133526  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1664  cobalamin 5'-phosphate synthase  34.14 
 
 		 247 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0171207  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2274  cobalamin synthase  34.54 
 
 		 247 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00105955  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2115  cobalamin synthase  34.54 
 
 		 247 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000350471  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01890  hypothetical protein  34.14 
 
 		 247 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0142909  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0966  cobalamin synthase  34.54 
 
 		 247 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000884194  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1132  cobalamin synthase  34.54 
 
 		 247 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00743672  hitchhiker  0.000086759 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2837  cobalamin synthase  34.14 
 
 		 247 aa  113  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0121943  normal  0.903925 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2609  cobalamin 5'-phosphate synthase  37.35 
 
 		 248 aa  114  2.0000000000000002e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.801369 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1604  cobalamin synthase  34.63 
 
 		 262 aa  113  3e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122296  normal  0.217032 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2567  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  43.18 
 
 		 264 aa  108  8.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.388089  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0520  cobalamin-5'-phosphate synthase  38.61 
 
 		 267 aa  108  8.000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.228325  normal  0.0120715 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1024  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  33.46 
 
 		 278 aa  107  1e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2155  cobalamin 5'-phosphate synthase  31.56 
 
 		 258 aa  107  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430635  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3090  cobalamin 5'-phosphate synthase  30.42 
 
 		 253 aa  105  5e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000765428  hitchhiker  0.00160126 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1450  cobalamin 5'-phosphate synthase  34.94 
 
 		 265 aa  105  8e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.21274  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2186  cobalamin synthase  34.41 
 
 		 247 aa  105  9e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1636  cobalamin synthase  34.14 
 
 		 247 aa  103  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.755635  normal  0.012457 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2352  cobalamin synthase  33.06 
 
 		 247 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0217027  normal  0.0119104 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2239  cobalamin synthase  33.06 
 
 		 247 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.222569 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2193  cobalamin synthase  33.6 
 
 		 247 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2082  cobalamin synthase  34.13 
 
 		 260 aa  102  7e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.439271  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3152  cobalamin synthase  27.82 
 
 		 248 aa  102  8e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000203251  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0858  cobalamin synthase  34.55 
 
 		 260 aa  100  2e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2139  cobalamin synthase  33.75 
 
 		 240 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0866  cobalamin synthase  34.55 
 
 		 260 aa  100  3e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2361  cobalamin synthase  34.41 
 
 		 260 aa  100  3e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0999  cobalamin 5'-phosphate synthase  30.21 
 
 		 242 aa  99.4  6e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1259  cobalamin 5'-phosphate synthase  34.07 
 
 		 266 aa  97.1  3e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.1794 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2697  cobalamin 5'-phosphate synthase  34.92 
 
 		 275 aa  96.3  4e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.268909  normal  0.477844 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2703  cobalamin 5'-phosphate synthase  32.66 
 
 		 249 aa  96.3  4e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2383  cobalamin 5'-phosphate synthase  28.85 
 
 		 260 aa  95.9  5e-19  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0871  cobalamin 5'-phosphate synthase  34.6 
 
 		 275 aa  95.9  5e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.185627 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0910  cobalamin 5'-phosphate synthase  35.38 
 
 		 275 aa  95.9  6e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.361262  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>