233 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1036 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_1036  cobalamin synthase  100 
 
 
262 aa  520  1e-146  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0843  cobalamin synthase  95.8 
 
 
262 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3179  cobalamin synthase  95.8 
 
 
262 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3277  cobalamin synthase  95.8 
 
 
262 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.08655  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2960  cobalamin synthase  91.98 
 
 
262 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1000  cobalamin synthase  91.6 
 
 
262 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1012  cobalamin synthase  91.6 
 
 
262 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.897251 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0978  cobalamin synthase  91.98 
 
 
262 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3363  cobalamin synthase  90.84 
 
 
262 aa  437  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0877  cobalamin synthase  68.34 
 
 
261 aa  342  4e-93  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4083  cobalamin 5'-phosphate synthase  58.63 
 
 
257 aa  308  5e-83  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.405359 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3379  cobalamin 5'-phosphate synthase  64.31 
 
 
259 aa  307  1.0000000000000001e-82  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3733  cobalamin 5'-phosphate synthase  60.71 
 
 
257 aa  305  4.0000000000000004e-82  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.65083 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0715  cobalamin 5'-phosphate synthase  61.66 
 
 
255 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1118  cobalamin synthase  59.85 
 
 
262 aa  297  1e-79  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0763  cobalamin 5'-phosphate synthase  52.67 
 
 
260 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0999  cobalamin synthase  47.81 
 
 
258 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3498  cobalamin synthase  45.25 
 
 
258 aa  207  1e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3658  cobalamin synthase  47.97 
 
 
295 aa  206  2e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.095174  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0860  cobalamin synthase  46.61 
 
 
261 aa  204  1e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0659  cobalamin synthase  46.61 
 
 
258 aa  204  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0149  cobalamin synthase  45.38 
 
 
256 aa  201  9e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2784  cobalamin synthase  44.53 
 
 
259 aa  196  3e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.596854 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5783  cobalamin synthase  43.37 
 
 
250 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2209  cobalamin synthase  46.31 
 
 
249 aa  192  4e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0333047  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0089  cobalamin 5'-phosphate synthase  42.75 
 
 
261 aa  192  6e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2659  cobalamin 5'-phosphate synthase  44.22 
 
 
264 aa  191  9e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2500  cobalamin synthase  44.18 
 
 
259 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.398304  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2204  cobalamin synthase  46.56 
 
 
256 aa  187  1e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.633023  normal  0.151172 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2662  cobalamin synthase  46.85 
 
 
256 aa  185  8e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003692  cobalamin synthase  46.19 
 
 
224 aa  183  2.0000000000000003e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2396  cobalamin synthase  48.51 
 
 
258 aa  183  3e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980528  normal  0.106018 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2368  cobalamin synthase  44.18 
 
 
259 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2457  cobalamin synthase  42.97 
 
 
258 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02127  cobalamin synthase  46.43 
 
 
224 aa  179  5.999999999999999e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1841  cobalamin synthase  42.91 
 
 
250 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.142134  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2452  cobalamin synthase  42.91 
 
 
250 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.639448  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0099  cobalamin-5'-phosphate synthase  42.63 
 
 
254 aa  176  5e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0842  cobalamin synthase  44.98 
 
 
257 aa  175  6e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5376  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  41.96 
 
 
261 aa  175  7e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4485  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  43.77 
 
 
267 aa  173  2.9999999999999996e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0546206 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3761  cobalamin synthase  44.26 
 
 
259 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0844  cobalamin 5'-phosphate synthase  42.05 
 
 
264 aa  165  9e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.257901 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2155  cobalamin 5'-phosphate synthase  40.5 
 
 
258 aa  158  7e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430635  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1027  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  41.8 
 
 
277 aa  157  2e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0631  cobalamin-5'-phosphate synthase  39.46 
 
 
302 aa  156  3e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.359173  normal  0.527016 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0838  cobalamin synthase  43.32 
 
 
252 aa  154  1e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.405313  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2302  cobalamin-5'-phosphate synthase  41.15 
 
 
276 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.214077  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1138  cobalamin 5'-phosphate synthase  39.17 
 
 
269 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0740  cobalamin-5'-phosphate synthase  37.04 
 
 
282 aa  145  6e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.4929 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0689  cobalamin synthase  42.91 
 
 
252 aa  144  1e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1192  cobalamin synthase  42.91 
 
 
252 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.438623  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2323  cobalamin synthase  42.91 
 
 
252 aa  144  1e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.358925  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2963  cobalamin synthase  42.91 
 
 
252 aa  144  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1635  cobalamin synthase  42.91 
 
 
252 aa  144  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.186551  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1032  cobalamin synthase  42.91 
 
 
252 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0768877  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1038  cobalamin synthase  42.91 
 
 
252 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.946761  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2743  cobalamin 5'-phosphate synthase  39.92 
 
 
252 aa  139  3e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0979893 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2837  cobalamin synthase  37.45 
 
 
247 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0121943  normal  0.903925 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1664  cobalamin 5'-phosphate synthase  37.21 
 
 
247 aa  132  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0171207  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1132  cobalamin synthase  37.07 
 
 
247 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00743672  hitchhiker  0.000086759 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2274  cobalamin synthase  37.07 
 
 
247 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00105955  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0966  cobalamin synthase  37.07 
 
 
247 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000884194  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0281  cobalamin 5'-phosphate synthase  40.78 
 
 
253 aa  131  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0326517  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2115  cobalamin synthase  37.07 
 
 
247 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000350471  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01901  cobalamin synthase  36.82 
 
 
247 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0133526  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01890  hypothetical protein  36.82 
 
 
247 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0142909  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2610  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  35.04 
 
 
280 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0703  cobalamin (5'-phosphate) synthase, putative  33.08 
 
 
260 aa  124  2e-27  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000467859 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2325  cobalamin 5'-phosphate synthase  36.48 
 
 
258 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.274821  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1636  cobalamin synthase  36.68 
 
 
247 aa  124  2e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.755635  normal  0.012457 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0641  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  36.07 
 
 
278 aa  124  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0112023 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0520  cobalamin-5'-phosphate synthase  39.04 
 
 
267 aa  123  3e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.228325  normal  0.0120715 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0678  cobalamin-5'-phosphate synthase  34.98 
 
 
270 aa  122  6e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0518916  normal  0.202661 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2186  cobalamin synthase  36.05 
 
 
247 aa  119  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2352  cobalamin synthase  35.66 
 
 
247 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0217027  normal  0.0119104 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5686  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  35.74 
 
 
270 aa  117  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00218836  normal  0.146297 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2239  cobalamin synthase  35.66 
 
 
247 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.222569 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3283  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  33.46 
 
 
258 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.284158  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2567  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  37.64 
 
 
264 aa  117  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.388089  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2193  cobalamin synthase  35.66 
 
 
247 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1410  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  38.28 
 
 
261 aa  116  3.9999999999999997e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.293484  normal  0.234368 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2139  cobalamin synthase  35.71 
 
 
240 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0928  cobalamin-5'-phosphate synthase  33.83 
 
 
270 aa  109  5e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.707395  normal  0.923056 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1259  cobalamin 5'-phosphate synthase  34.2 
 
 
266 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.1794 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1000  cobalamin-5'-phosphate synthase  32.34 
 
 
248 aa  107  2e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0657  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  35.21 
 
 
270 aa  106  4e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00645782  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1604  cobalamin synthase  33.58 
 
 
262 aa  106  5e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122296  normal  0.217032 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1081  cobalamin 5'-phosphate synthase  36.02 
 
 
249 aa  105  7e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3152  cobalamin synthase  32.51 
 
 
248 aa  104  1e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000203251  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2082  cobalamin synthase  34.02 
 
 
260 aa  103  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.439271  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3090  cobalamin 5'-phosphate synthase  32.35 
 
 
253 aa  103  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000765428  hitchhiker  0.00160126 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1450  cobalamin 5'-phosphate synthase  37.14 
 
 
265 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.21274  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2361  cobalamin synthase  32.05 
 
 
260 aa  102  7e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2697  cobalamin 5'-phosphate synthase  33.33 
 
 
275 aa  100  2e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.268909  normal  0.477844 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2385  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  32.56 
 
 
256 aa  98.2  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.923196  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3857  cobalamin 5'-phosphate synthase  33.33 
 
 
280 aa  97.8  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2176  cobalamin 5'-phosphate synthase  30.59 
 
 
251 aa  96.7  3e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.880106 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2609  cobalamin 5'-phosphate synthase  30.86 
 
 
248 aa  96.7  3e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.801369 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3306  cobalamin-5'-phosphate synthase  35.25 
 
 
273 aa  95.5  7e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000293858  normal  0.059508 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>