234 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_2500 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_2500  cobalamin synthase  100 
 
 		 259 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.398304  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2368  cobalamin synthase  98.07 
 
 		 259 aa  496  1e-139  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2457  cobalamin synthase  91.51 
 
 		 258 aa  444  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5783  cobalamin synthase  88.8 
 
 		 250 aa  442  1e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1841  cobalamin synthase  92.34 
 
 		 250 aa  430  1e-119  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.142134  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2452  cobalamin synthase  92.34 
 
 		 250 aa  430  1e-119  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.639448  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0842  cobalamin synthase  90.62 
 
 		 257 aa  395  1e-109  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0999  cobalamin synthase  71.26 
 
 		 258 aa  338  4e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3498  cobalamin synthase  70.36 
 
 		 258 aa  333  2e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2209  cobalamin synthase  69.92 
 
 		 249 aa  322  5e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0333047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0838  cobalamin synthase  73.39 
 
 		 252 aa  298  4e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.405313  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0689  cobalamin synthase  73.79 
 
 		 252 aa  289  4e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1192  cobalamin synthase  73.79 
 
 		 252 aa  289  4e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.438623  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2323  cobalamin synthase  73.79 
 
 		 252 aa  289  4e-77  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.358925  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2963  cobalamin synthase  73.79 
 
 		 252 aa  289  4e-77  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1032  cobalamin synthase  73.79 
 
 		 252 aa  289  4e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0768877  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1038  cobalamin synthase  73.79 
 
 		 252 aa  289  4e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.946761  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1635  cobalamin synthase  73.79 
 
 		 252 aa  289  4e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.186551  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2784  cobalamin synthase  58.1 
 
 		 259 aa  248  6e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.596854 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0659  cobalamin synthase  59.38 
 
 		 258 aa  241  6e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2662  cobalamin synthase  57.71 
 
 		 256 aa  227  1e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2204  cobalamin synthase  58.13 
 
 		 256 aa  227  2e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.633023  normal  0.151172 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2396  cobalamin synthase  58.44 
 
 		 258 aa  206  3e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980528  normal  0.106018 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0877  cobalamin synthase  48.99 
 
 		 261 aa  202  3e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0099  cobalamin-5'-phosphate synthase  48.75 
 
 		 254 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0149  cobalamin synthase  47.54 
 
 		 256 aa  199  3.9999999999999996e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1036  cobalamin synthase  44.18 
 
 		 262 aa  192  3e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3658  cobalamin synthase  41.92 
 
 		 295 aa  187  1e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.095174  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4083  cobalamin 5'-phosphate synthase  43.08 
 
 		 257 aa  186  3e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.405359 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0715  cobalamin 5'-phosphate synthase  43.03 
 
 		 255 aa  185  7e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0843  cobalamin synthase  44.18 
 
 		 262 aa  181  8.000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3179  cobalamin synthase  44.18 
 
 		 262 aa  181  8.000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3277  cobalamin synthase  44.18 
 
 		 262 aa  181  8.000000000000001e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.08655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0631  cobalamin-5'-phosphate synthase  43.07 
 
 		 302 aa  179  2.9999999999999997e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.359173  normal  0.527016 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0860  cobalamin synthase  41.34 
 
 		 261 aa  180  2.9999999999999997e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3379  cobalamin 5'-phosphate synthase  41.63 
 
 		 259 aa  175  7e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2659  cobalamin 5'-phosphate synthase  46.3 
 
 		 264 aa  174  9.999999999999999e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3733  cobalamin 5'-phosphate synthase  41.73 
 
 		 257 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.65083 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4485  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  39.55 
 
 		 267 aa  170  2e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0546206 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2960  cobalamin synthase  42.57 
 
 		 262 aa  169  3e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0089  cobalamin 5'-phosphate synthase  37.89 
 
 		 261 aa  168  7e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1000  cobalamin synthase  42.57 
 
 		 262 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1012  cobalamin synthase  42.57 
 
 		 262 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.897251 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0978  cobalamin synthase  42.57 
 
 		 262 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0763  cobalamin 5'-phosphate synthase  41.67 
 
 		 260 aa  167  2e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3363  cobalamin synthase  42.57 
 
 		 262 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2302  cobalamin-5'-phosphate synthase  49 
 
 		 276 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.214077  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1118  cobalamin synthase  41.7 
 
 		 262 aa  163  3e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5376  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  44.49 
 
 		 261 aa  160  2e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003692  cobalamin synthase  44.25 
 
 		 224 aa  160  3e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3761  cobalamin synthase  45.9 
 
 		 259 aa  157  2e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0844  cobalamin 5'-phosphate synthase  40.31 
 
 		 264 aa  151  1e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.257901 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02127  cobalamin synthase  44.49 
 
 		 224 aa  150  2e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1027  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  41.41 
 
 		 277 aa  149  4e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1138  cobalamin 5'-phosphate synthase  37.76 
 
 		 269 aa  142  4e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0520  cobalamin-5'-phosphate synthase  44.96 
 
 		 267 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.228325  normal  0.0120715 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5686  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  38.13 
 
 		 270 aa  125  7e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00218836  normal  0.146297 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3283  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  37.14 
 
 		 258 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.284158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2325  cobalamin 5'-phosphate synthase  38.8 
 
 		 258 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.274821  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0281  cobalamin 5'-phosphate synthase  41.5 
 
 		 253 aa  121  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0326517  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0678  cobalamin-5'-phosphate synthase  37.35 
 
 		 270 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0518916  normal  0.202661 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0928  cobalamin-5'-phosphate synthase  38.85 
 
 		 270 aa  117  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.707395  normal  0.923056 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0740  cobalamin-5'-phosphate synthase  34.94 
 
 		 282 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.4929 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2155  cobalamin 5'-phosphate synthase  33.6 
 
 		 258 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2610  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  35.56 
 
 		 280 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0703  cobalamin (5'-phosphate) synthase, putative  32.77 
 
 		 260 aa  114  1.0000000000000001e-24  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000467859 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2743  cobalamin 5'-phosphate synthase  40.65 
 
 		 252 aa  115  1.0000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0979893 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2567  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  45.53 
 
 		 264 aa  112  5e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.388089  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0641  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  35.29 
 
 		 278 aa  111  1.0000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0112023 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0577  cobalamin-5'-phosphate synthase  38.21 
 
 		 250 aa  110  3e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00000147618  unclonable  0.0000000241437 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0657  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  37.21 
 
 		 270 aa  108  7.000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00645782  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1604  cobalamin synthase  37.65 
 
 		 262 aa  106  3e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122296  normal  0.217032 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2837  cobalamin synthase  33.6 
 
 		 247 aa  104  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0121943  normal  0.903925 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1664  cobalamin 5'-phosphate synthase  33.73 
 
 		 247 aa  103  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0171207  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0485  cobalamin 5'-phosphate synthase  36.93 
 
 		 248 aa  103  2e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2385  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  32.39 
 
 		 256 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.923196  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01901  cobalamin synthase  33.33 
 
 		 247 aa  102  5e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0133526  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01890  hypothetical protein  33.33 
 
 		 247 aa  102  5e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0142909  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0468  cobalamin-5'-phosphate synthase  32.78 
 
 		 268 aa  102  6e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1132  cobalamin synthase  33.2 
 
 		 247 aa  102  7e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00743672  hitchhiker  0.000086759 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2274  cobalamin synthase  33.2 
 
 		 247 aa  102  7e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00105955  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0966  cobalamin synthase  33.2 
 
 		 247 aa  102  7e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000884194  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2115  cobalamin synthase  33.2 
 
 		 247 aa  102  7e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000350471  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2016  cobalamin synthase  35.51 
 
 		 259 aa  101  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.424584  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1024  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  31.46 
 
 		 278 aa  101  1e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2361  cobalamin synthase  36.69 
 
 		 260 aa  100  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0910  cobalamin 5'-phosphate synthase  36.19 
 
 		 275 aa  100  2e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.361262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0871  cobalamin 5'-phosphate synthase  36.19 
 
 		 275 aa  100  3e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.185627 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3812  cobalamin 5'-phosphate synthase  32.48 
 
 		 251 aa  99  7e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.97667  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3090  cobalamin 5'-phosphate synthase  29.63 
 
 		 253 aa  97.8  1e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000765428  hitchhiker  0.00160126 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3896  cobalamin 5'-phosphate synthase  33.19 
 
 		 251 aa  97.4  2e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0267301 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1259  cobalamin 5'-phosphate synthase  34 
 
 		 266 aa  96.3  4e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.1794 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4186  cobalamin 5'-phosphate synthase  30.93 
 
 		 248 aa  95.9  6e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1636  cobalamin synthase  33.33 
 
 		 247 aa  95.5  9e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.755635  normal  0.012457 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0306  cobalamin synthase  28.4 
 
 		 250 aa  94.7  1e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2082  cobalamin synthase  32.5 
 
 		 260 aa  92.8  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.439271  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_004310  BR0866  cobalamin synthase  35.8 
 
 		 260 aa  92.4  6e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1894  cobalamin 5'-phosphate synthase  36.29 
 
 		 262 aa  92.4  7e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.577089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2807  cobalamin 5'-phosphate synthase  31.45 
 
 		 251 aa  90.9  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.204808  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3152  cobalamin synthase  26.92 
 
 		 248 aa  90.5  3e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000203251  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>