230 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1759 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1759  cobalamin synthase  100 
 
 		 243 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.249688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47650  cobalamin synthase  66.1 
 
 		 245 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.564113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4108  cobalamin synthase  65.68 
 
 		 245 aa  229  2e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.397198  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1650  cobalamin synthase  62.87 
 
 		 243 aa  221  8e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.30893  hitchhiker  0.00536352 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3672  cobalamin synthase  58.74 
 
 		 243 aa  219  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00479037  normal  0.0808268 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1717  cobalamin (5'-phosphate) synthase  58.74 
 
 		 243 aa  208  6e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0448036  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1681  cobalamin synthase  64.85 
 
 		 251 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4038  cobalamin synthase  65.27 
 
 		 240 aa  193  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1280  cobalamin synthase  62.61 
 
 		 240 aa  192  3e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.713498 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1240  cobalamin synthase  63.87 
 
 		 244 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436418  normal  0.920424 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33030  cobalamin synthase  67.09 
 
 		 251 aa  187  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.114752  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1856  cobalamin synthase  49.13 
 
 		 250 aa  160  1e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.656817  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0465  cobalamin synthase  50.88 
 
 		 230 aa  155  5.0000000000000005e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3278  cobalamin synthase  45.68 
 
 		 256 aa  143  3e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1452  cobalamin 5'-phosphate synthase  50.21 
 
 		 256 aa  137  1e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.215201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01926  cobalamin synthase  50.85 
 
 		 244 aa  130  3e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2609  cobalamin 5'-phosphate synthase  41.7 
 
 		 248 aa  127  2.0000000000000002e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.801369 
 
 
-
 
NC_002936  DET0658  cobalamin 5'-phosphate synthase  36.78 
 
 		 254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0979508  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0692  cobalamin 5'-phosphate synthase  36.78 
 
 		 254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0627  cobalamin-5'-phosphate synthase  36.1 
 
 		 254 aa  116  3e-25  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000135843  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_596  cobalamin 5-prime-phosphate synthase  36.36 
 
 		 254 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000326048  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4186  cobalamin 5'-phosphate synthase  37.5 
 
 		 248 aa  106  3e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0999  cobalamin 5'-phosphate synthase  30.54 
 
 		 242 aa  101  9e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4390  cobalamin 5'-phosphate synthase  38.14 
 
 		 249 aa  101  9e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2176  cobalamin 5'-phosphate synthase  34.84 
 
 		 251 aa  97.1  2e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.880106 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3152  cobalamin synthase  34.63 
 
 		 248 aa  96.3  3e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000203251  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1313  cobalamin 5'-phosphate synthase  38.14 
 
 		 252 aa  96.3  4e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2703  cobalamin 5'-phosphate synthase  36.78 
 
 		 249 aa  96.3  4e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0485  cobalamin 5'-phosphate synthase  36.71 
 
 		 248 aa  95.1  1e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3135  cobalamin-5'-phosphate synthase  33.33 
 
 		 239 aa  93.2  4e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.436841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2816  cobalamin synthase  45.49 
 
 		 257 aa  89  6e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0135582  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01901  cobalamin synthase  35.54 
 
 		 247 aa  88.6  9e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0133526  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01890  hypothetical protein  35.54 
 
 		 247 aa  88.6  9e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0142909  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1664  cobalamin 5'-phosphate synthase  34.98 
 
 		 247 aa  87.8  1e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0171207  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0149  cobalamin synthase  38.71 
 
 		 256 aa  87.8  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0173  cobalamin 5'-phosphate synthase  38.71 
 
 		 268 aa  88.2  1e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4584  cobalamin 5'-phosphate synthase  37.6 
 
 		 268 aa  88.2  1e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.574207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2115  cobalamin synthase  35.83 
 
 		 247 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000350471  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2274  cobalamin synthase  35.83 
 
 		 247 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00105955  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3287  cobalamin 5'-phosphate synthase  38.17 
 
 		 251 aa  87.4  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00100979  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1132  cobalamin synthase  35.83 
 
 		 247 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00743672  hitchhiker  0.000086759 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0966  cobalamin synthase  35.83 
 
 		 247 aa  87.4  2e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000884194  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1783  cobalamin 5'-phosphate synthase  31.7 
 
 		 275 aa  87  3e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.322481  normal  0.301808 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2837  cobalamin synthase  34.98 
 
 		 247 aa  86.3  4e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0121943  normal  0.903925 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3812  cobalamin 5'-phosphate synthase  39.57 
 
 		 251 aa  85.9  6e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.97667  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0306  cobalamin synthase  29.39 
 
 		 250 aa  84.3  0.000000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0645  cobalamin synthase  30.54 
 
 		 250 aa  84.3  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0206285  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1636  cobalamin synthase  35.54 
 
 		 247 aa  84.7  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.755635  normal  0.012457 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2186  cobalamin synthase  36.73 
 
 		 247 aa  84.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2139  cobalamin synthase  36.33 
 
 		 240 aa  83.6  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0631  cobalamin-5'-phosphate synthase  32.18 
 
 		 302 aa  83.2  0.000000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.359173  normal  0.527016 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2239  cobalamin synthase  36.33 
 
 		 247 aa  83.6  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.222569 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2352  cobalamin synthase  36.33 
 
 		 247 aa  83.6  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0217027  normal  0.0119104 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2193  cobalamin synthase  35.92 
 
 		 247 aa  82.8  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1467  cobalamin 5'-phosphate synthase  35.98 
 
 		 246 aa  82.4  0.000000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0577  cobalamin-5'-phosphate synthase  35.5 
 
 		 250 aa  82.4  0.000000000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00000147618  unclonable  0.0000000241437 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3083  cobalamin 5'-phosphate synthase  41.05 
 
 		 251 aa  82  0.000000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.217047  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1230  cobalamin 5'-phosphate synthase  34.6 
 
 		 240 aa  81.6  0.00000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2824  cobalamin synthase  31.91 
 
 		 252 aa  80.9  0.00000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.373504  normal  0.209175 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1490  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  35.42 
 
 		 248 aa  80.1  0.00000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00341878  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1107  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  28.34 
 
 		 261 aa  79.3  0.00000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3896  cobalamin 5'-phosphate synthase  37.55 
 
 		 251 aa  79  0.00000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0267301 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2659  cobalamin 5'-phosphate synthase  36.65 
 
 		 264 aa  79  0.00000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0715  cobalamin 5'-phosphate synthase  35.66 
 
 		 255 aa  78.6  0.00000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3658  cobalamin synthase  32.48 
 
 		 295 aa  77.8  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.095174  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2807  cobalamin 5'-phosphate synthase  37.34 
 
 		 251 aa  77.4  0.0000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.204808  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1138  cobalamin 5'-phosphate synthase  32.35 
 
 		 269 aa  75.9  0.0000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3225  cobalamin synthase  32.77 
 
 		 264 aa  75.5  0.0000000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02127  cobalamin synthase  34.55 
 
 		 224 aa  75.5  0.0000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0860  cobalamin synthase  32.05 
 
 		 261 aa  75.5  0.0000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4083  cobalamin 5'-phosphate synthase  33.06 
 
 		 257 aa  75.5  0.0000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.405359 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0326  cobalamin-5'-phosphate synthase  35.29 
 
 		 246 aa  75.5  0.0000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0099  cobalamin-5'-phosphate synthase  37.25 
 
 		 254 aa  75.5  0.0000000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0111  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  30.45 
 
 		 240 aa  75.1  0.0000000000009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0543607  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2206  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  28.03 
 
 		 262 aa  74.7  0.000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0468  cobalamin-5'-phosphate synthase  36.21 
 
 		 268 aa  74.7  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1102  cobalamin-5'-phosphate synthase  37.55 
 
 		 261 aa  74.3  0.000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1000  cobalamin-5'-phosphate synthase  34.82 
 
 		 248 aa  74.7  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1604  cobalamin synthase  31.54 
 
 		 262 aa  75.1  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122296  normal  0.217032 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0941  cobalamin 5'-phosphate synthase  29.76 
 
 		 272 aa  74.7  0.000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.374323 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1295  cobalamin 5'-phosphate synthase  38.92 
 
 		 254 aa  73.9  0.000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1027  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  30.86 
 
 		 277 aa  73.9  0.000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0454  cobalamin synthase  36.82 
 
 		 251 aa  73.6  0.000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3090  cobalamin 5'-phosphate synthase  30.49 
 
 		 253 aa  73.2  0.000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000765428  hitchhiker  0.00160126 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1081  cobalamin 5'-phosphate synthase  34.55 
 
 		 249 aa  72.8  0.000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0763  cobalamin 5'-phosphate synthase  34.87 
 
 		 260 aa  72.4  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1131  cobalamin 5'-phosphate synthase  32.92 
 
 		 253 aa  72.4  0.000000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.996937  normal  0.381 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1110  cobalamin 5'-phosphate synthase  30.24 
 
 		 251 aa  72.4  0.000000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2383  cobalamin 5'-phosphate synthase  27.09 
 
 		 260 aa  71.6  0.00000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3131  cobalamin-5'-phosphate synthase  31.34 
 
 		 278 aa  70.5  0.00000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0389088  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0939  cobalamin-5'-phosphate synthase  34.34 
 
 		 278 aa  70.1  0.00000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.102205  normal  0.527982 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0238  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  36.91 
 
 		 245 aa  69.7  0.00000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.885371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5783  cobalamin synthase  29.54 
 
 		 250 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0877  cobalamin synthase  30.22 
 
 		 261 aa  69.7  0.00000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5686  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  37.08 
 
 		 270 aa  69.7  0.00000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00218836  normal  0.146297 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2204  cobalamin synthase  29.18 
 
 		 256 aa  69.7  0.00000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.633023  normal  0.151172 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1291  cobalamin-5-phosphate synthase  30.24 
 
 		 251 aa  69.3  0.00000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.374945  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0928  cobalamin-5'-phosphate synthase  32.94 
 
 		 270 aa  69.3  0.00000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.707395  normal  0.923056 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3008  cobalamin 5'-phosphate synthase  37.82 
 
 		 246 aa  68.9  0.00000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2784  cobalamin synthase  31.84 
 
 		 259 aa  68.6  0.00000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.596854 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>