More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0221 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0221  metal ABC transporter periplasmic-binding protein  100 
 
 		 266 aa  533  1e-150  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.542967  hitchhiker  0.00586587 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0236  NLPA lipoprotein  98.12 
 
 		 266 aa  525  1e-148  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.643505 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0245  NLPA lipoprotein  95.49 
 
 		 266 aa  510  1e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.590029  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4991  NLPA lipoprotein  94.74 
 
 		 266 aa  508  1e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.719774  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0237  NLPA lipoprotein  83.58 
 
 		 269 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.200335  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5187  D-methionine-binding lipoprotein MetQ  84.1 
 
 		 262 aa  412  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0351  NLPA lipoprotein  83.33 
 
 		 262 aa  410  1e-113  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.40138  normal  0.735607 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31510  NLPA lipoprotein  70.31 
 
 		 273 aa  370  1e-101  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0866594  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2913  hypothetical protein  69.92 
 
 		 264 aa  363  2e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.828858  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34280  hypothetical protein  69.53 
 
 		 264 aa  360  1e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.595717  decreased coverage  0.00469522 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2364  NLPA lipoprotein  71.78 
 
 		 264 aa  355  5e-97  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0111009  hitchhiker  0.00286659 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4537  NLPA lipoprotein  61.18 
 
 		 279 aa  316  3e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.163083  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0852  ABC methionine transporter, periplasmic ligand binding protein  62.6 
 
 		 279 aa  315  5e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00818473  hitchhiker  0.0030003 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3391  NLPA lipoprotein  60.94 
 
 		 283 aa  312  2.9999999999999996e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.423711  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5339  NLPA lipoprotein  61.04 
 
 		 279 aa  310  1e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.309073  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4929  NLPA lipoprotein  61.04 
 
 		 279 aa  310  1e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.7748  normal  0.886888 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5218  NLPA lipoprotein  61.51 
 
 		 286 aa  308  5.9999999999999995e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.431973 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4689  NLPA lipoprotein  61.51 
 
 		 286 aa  308  6.999999999999999e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.53578  normal  0.737576 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0309  NLPA lipoprotein  57.79 
 
 		 276 aa  302  3.0000000000000004e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2172  putative D-methionine-binding lipoprotein metQ  59.75 
 
 		 279 aa  300  1e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.410212  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0856  putative D-methionine-binding lipoprotein metQ  59.75 
 
 		 279 aa  300  1e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.672009  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1441  putative D-methionine-binding lipoprotein metQ  59.75 
 
 		 279 aa  300  1e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.404367  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1864  D-methionine-binding lipoprotein MetQ  59.75 
 
 		 248 aa  300  1e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00940719  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0544  methionine ABC transporter periiplasmic amino-acid binding protein  59.75 
 
 		 279 aa  300  1e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0446  methionine ABC transporter periiplasmic amino-acid binding protein  59.75 
 
 		 279 aa  300  1e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3027  NLPA lipoprotein  61.23 
 
 		 257 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.15305  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2682  NLPA lipoprotein  49.42 
 
 		 271 aa  245  6e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4224  NLPA lipoprotein  46.82 
 
 		 266 aa  242  5e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00732544 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1782  NLPA lipoprotein  48.56 
 
 		 268 aa  235  7e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.833269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1777  NLPA lipoprotein  47.5 
 
 		 274 aa  233  2.0000000000000002e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.28691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7233  outer membrane lipoprotein  50.8 
 
 		 266 aa  232  4.0000000000000004e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.302467  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1783  NLPA lipoprotein  49.17 
 
 		 264 aa  229  3e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.784851  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2455  NLPA lipoprotein  46.53 
 
 		 273 aa  215  7e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3221  NLPA lipoprotein  44.67 
 
 		 260 aa  187  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.219486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1614  NLPA lipoprotein  43.39 
 
 		 261 aa  182  7e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.141443  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2666  NLPA lipoprotein  42.86 
 
 		 264 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0562  NLPA lipoprotein  43.93 
 
 		 263 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4845  putative D-methionine-binding lipoprotein precursor  38.72 
 
 		 268 aa  176  5e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.768272  normal  0.268623 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1127  NLPA lipoprotein  40.74 
 
 		 281 aa  174  9.999999999999999e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0786  NLPA lipoprotein  40 
 
 		 264 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.122075  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3285  D-methionine ABC transporter protein, periplasmic binding protein  39.92 
 
 		 258 aa  164  9e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.331481  normal  0.190767 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3174  YaeC family lipoprotein  39.5 
 
 		 269 aa  162  4.0000000000000004e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0987485  hitchhiker  0.00336429 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1143  YaeC family lipoprotein  40.79 
 
 		 262 aa  162  7e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3223  lipoprotein YaeC  40.76 
 
 		 257 aa  159  3e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2750  YaeC family lipoprotein  40.15 
 
 		 271 aa  159  4e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2890  YaeC family lipoprotein  40.15 
 
 		 271 aa  159  4e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.065227  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1966  YaeC family lipoprotein  37.87 
 
 		 271 aa  159  5e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00914469 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0761  YaeC family lipoprotein  37.55 
 
 		 266 aa  158  7e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7906  NlpA lipoprotein  42.13 
 
 		 278 aa  157  2e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3301  D-methionine ABC transporter protein, periplasmic binding protein  40.34 
 
 		 259 aa  157  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.462058  normal  0.569217 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1906  NLPA lipoprotein  41.07 
 
 		 280 aa  157  2e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.800256  normal  0.249416 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5162  lipoprotein, YaeC family  39.5 
 
 		 257 aa  157  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0712142  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2417  lipoprotein YaeC  37.6 
 
 		 262 aa  156  3e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.875733  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2220  lipoprotein YaeC  39.38 
 
 		 271 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.764878  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2833  YaeC family lipoprotein  39.38 
 
 		 271 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2844  YaeC family lipoprotein  39.38 
 
 		 271 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.568886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0197  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  36.43 
 
 		 267 aa  155  7e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1999  methionine-binding protein  36.43 
 
 		 267 aa  155  7e-37  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.344493  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1612  lipoprotein, YaeC family  40.34 
 
 		 257 aa  155  8e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6163  lipoprotein YaeC  39.38 
 
 		 271 aa  154  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.99192 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0737  YaeC family lipoprotein  38.75 
 
 		 259 aa  154  2e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2864  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  39.66 
 
 		 272 aa  153  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3183  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  39.66 
 
 		 272 aa  153  2e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0686  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  39.66 
 
 		 272 aa  153  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0791  NLPA lipoprotein  42.37 
 
 		 262 aa  153  2e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.37545  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0565  lipoprotein YaeC  35.38 
 
 		 258 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.692302 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0470  YaeC family lipoprotein  39 
 
 		 271 aa  154  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.970361 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1437  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  39.66 
 
 		 272 aa  153  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.39891  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0521  YaeC family lipoprotein  39.66 
 
 		 281 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.31183  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0155  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  39.66 
 
 		 272 aa  153  2e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.176646  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0504  YaeC family lipoprotein  39.66 
 
 		 272 aa  152  4e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4489  YaeC family lipoprotein  41.23 
 
 		 260 aa  152  4e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0112568  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0132  ABC D-methionine uptake transporter, substrate-binding protein  36.19 
 
 		 258 aa  152  5e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.597472  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1768  YaeC family lipoprotein  36.19 
 
 		 258 aa  152  5e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.111673  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2175  YaeC family lipoprotein  36.4 
 
 		 259 aa  152  5.9999999999999996e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0272  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  37.5 
 
 		 271 aa  151  8.999999999999999e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.922304  normal  0.0250228 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0286  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  37.5 
 
 		 271 aa  151  8.999999999999999e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00047573  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0283  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  37.5 
 
 		 271 aa  151  8.999999999999999e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.188868  normal  0.293421 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0267  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  37.5 
 
 		 271 aa  151  8.999999999999999e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0381792  normal  0.291732 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0267  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  37.5 
 
 		 271 aa  151  8.999999999999999e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.217766  normal  0.700442 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1905  lipoprotein, YaeC family  38.96 
 
 		 286 aa  151  8.999999999999999e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.279671  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0783  YaeC family lipoprotein  39.24 
 
 		 263 aa  151  1e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2087  YaeC family lipoprotein  36.02 
 
 		 259 aa  151  1e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001625  methionine ABC transporter substrate-binding protein  40 
 
 		 267 aa  150  1e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.653614  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2603  lipoprotein, YaeC family  36.6 
 
 		 260 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.946899  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1094  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  38.69 
 
 		 271 aa  150  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.174386  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0736  lipoprotein YaeC  39.67 
 
 		 264 aa  150  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.356479  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3405  lipoprotein, YaeC family  38.32 
 
 		 271 aa  150  3e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000434725  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0209  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  38.32 
 
 		 271 aa  150  3e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.127497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3462  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  38.32 
 
 		 271 aa  150  3e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000417542  normal  0.876119 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0778  lipoprotein YaeC  39.67 
 
 		 268 aa  149  3e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2369  NLPA lipoprotein  44.62 
 
 		 246 aa  149  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0617625  normal  0.697334 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2539  YaeC family lipoprotein  38.55 
 
 		 281 aa  150  3e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00124943  normal  0.0921723 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4333  hypothetical protein  36.58 
 
 		 258 aa  149  4e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.325394  normal  0.0616758 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0439  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  39.21 
 
 		 272 aa  149  4e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.292201  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1515  lipoprotein, YaeC family  38.87 
 
 		 266 aa  149  5e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2191  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  38.94 
 
 		 268 aa  149  5e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.654196 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1041  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  38.32 
 
 		 271 aa  149  5e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000114817  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2342  YaeC family lipoprotein  38.87 
 
 		 266 aa  149  5e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.216371  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00196  DL-methionine transporter subunit  37.13 
 
 		 271 aa  149  6e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00228683  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>