More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2682 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2682  NLPA lipoprotein  100 
 
 		 271 aa  544  1e-154  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31510  NLPA lipoprotein  51.35 
 
 		 273 aa  263  2e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0866594  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2364  NLPA lipoprotein  52.94 
 
 		 264 aa  256  4e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0111009  hitchhiker  0.00286659 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0237  NLPA lipoprotein  50.56 
 
 		 269 aa  250  2e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.200335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0245  NLPA lipoprotein  49.42 
 
 		 266 aa  249  3e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.590029  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4991  NLPA lipoprotein  49.42 
 
 		 266 aa  249  4e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.719774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2913  hypothetical protein  49.22 
 
 		 264 aa  243  3e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.828858  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34280  hypothetical protein  49.22 
 
 		 264 aa  241  9e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.595717  decreased coverage  0.00469522 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0236  NLPA lipoprotein  49.81 
 
 		 266 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.643505 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0221  metal ABC transporter periplasmic-binding protein  49.42 
 
 		 266 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.542967  hitchhiker  0.00586587 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5187  D-methionine-binding lipoprotein MetQ  49.59 
 
 		 262 aa  230  2e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0351  NLPA lipoprotein  49.17 
 
 		 262 aa  226  3e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.40138  normal  0.735607 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4537  NLPA lipoprotein  48.03 
 
 		 279 aa  225  5.0000000000000005e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.163083  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0852  ABC methionine transporter, periplasmic ligand binding protein  48.67 
 
 		 279 aa  224  8e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00818473  hitchhiker  0.0030003 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0309  NLPA lipoprotein  47.31 
 
 		 276 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0446  methionine ABC transporter periiplasmic amino-acid binding protein  48 
 
 		 279 aa  219  3e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0856  putative D-methionine-binding lipoprotein metQ  48 
 
 		 279 aa  219  3e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.672009  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1441  putative D-methionine-binding lipoprotein metQ  48 
 
 		 279 aa  219  3e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.404367  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2172  putative D-methionine-binding lipoprotein metQ  48 
 
 		 279 aa  219  3e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.410212  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3391  NLPA lipoprotein  48.3 
 
 		 283 aa  219  3e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.423711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0544  methionine ABC transporter periiplasmic amino-acid binding protein  48 
 
 		 279 aa  219  3e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4689  NLPA lipoprotein  47.77 
 
 		 286 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.53578  normal  0.737576 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1864  D-methionine-binding lipoprotein MetQ  48.39 
 
 		 248 aa  219  5e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00940719  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4929  NLPA lipoprotein  48.18 
 
 		 279 aa  218  6e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.7748  normal  0.886888 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5339  NLPA lipoprotein  48.18 
 
 		 279 aa  218  6e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.309073  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5218  NLPA lipoprotein  48.13 
 
 		 286 aa  217  1e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.431973 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1783  NLPA lipoprotein  46.09 
 
 		 264 aa  201  7e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.784851  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4224  NLPA lipoprotein  41.31 
 
 		 266 aa  198  6e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00732544 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3027  NLPA lipoprotein  48 
 
 		 257 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.15305  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1782  NLPA lipoprotein  42.32 
 
 		 268 aa  187  1e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.833269  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7233  outer membrane lipoprotein  45.04 
 
 		 266 aa  186  3e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.302467  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1777  NLPA lipoprotein  44.34 
 
 		 274 aa  186  3e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.28691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3221  NLPA lipoprotein  41.35 
 
 		 260 aa  185  9e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.219486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0562  NLPA lipoprotein  40.51 
 
 		 263 aa  182  7e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1614  NLPA lipoprotein  39.24 
 
 		 261 aa  180  2e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.141443  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3285  D-methionine ABC transporter protein, periplasmic binding protein  38.67 
 
 		 258 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.331481  normal  0.190767 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3174  YaeC family lipoprotein  38.78 
 
 		 269 aa  166  2.9999999999999998e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0987485  hitchhiker  0.00336429 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2750  YaeC family lipoprotein  39.77 
 
 		 271 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2890  YaeC family lipoprotein  39.77 
 
 		 271 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.065227  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2603  lipoprotein, YaeC family  38.4 
 
 		 260 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.946899  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3183  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  41.67 
 
 		 272 aa  163  3e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0521  YaeC family lipoprotein  41.67 
 
 		 281 aa  163  3e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.31183  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0686  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  41.67 
 
 		 272 aa  163  3e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1437  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  41.67 
 
 		 272 aa  163  3e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.39891  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0155  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  41.67 
 
 		 272 aa  163  3e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.176646  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2864  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  41.67 
 
 		 272 aa  163  3e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0470  YaeC family lipoprotein  39.77 
 
 		 271 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.970361 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2666  NLPA lipoprotein  40.83 
 
 		 264 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2455  NLPA lipoprotein  38.84 
 
 		 273 aa  162  8.000000000000001e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0786  NLPA lipoprotein  37.22 
 
 		 264 aa  161  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.122075  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0504  YaeC family lipoprotein  41.25 
 
 		 272 aa  161  1e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0565  lipoprotein YaeC  38.46 
 
 		 258 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.692302 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1612  lipoprotein, YaeC family  39.24 
 
 		 257 aa  160  3e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0439  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  41.25 
 
 		 272 aa  159  3e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.292201  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2844  YaeC family lipoprotein  38.61 
 
 		 271 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.568886  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2220  lipoprotein YaeC  38.61 
 
 		 271 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.764878  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2833  YaeC family lipoprotein  38.61 
 
 		 271 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1768  YaeC family lipoprotein  36.8 
 
 		 258 aa  159  5e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.111673  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0132  ABC D-methionine uptake transporter, substrate-binding protein  36.8 
 
 		 258 aa  159  5e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.597472  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0761  YaeC family lipoprotein  37.69 
 
 		 266 aa  159  6e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6163  lipoprotein YaeC  38.61 
 
 		 271 aa  159  6e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.99192 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1127  NLPA lipoprotein  39.29 
 
 		 281 aa  159  7e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1770  lipoprotein YaeC  39.3 
 
 		 264 aa  158  1e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0558  lipoprotein, YaeC family  37.89 
 
 		 270 aa  158  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.357264 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4158  ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  38.28 
 
 		 270 aa  158  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471961  normal  0.945504 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5162  lipoprotein, YaeC family  37.97 
 
 		 257 aa  157  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0712142  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0290  YaeC family lipoprotein  40.52 
 
 		 270 aa  157  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4605  YaeC family lipoprotein  39.41 
 
 		 272 aa  155  6e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0162892  normal  0.447885 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2417  lipoprotein YaeC  40.17 
 
 		 262 aa  155  6e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.875733  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3223  lipoprotein YaeC  37.97 
 
 		 257 aa  155  7e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1143  YaeC family lipoprotein  38.91 
 
 		 262 aa  155  1e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3789  lipoprotein, YaeC family  37.8 
 
 		 274 aa  154  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0791  NLPA lipoprotein  42.68 
 
 		 262 aa  154  2e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.37545  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2191  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  37.31 
 
 		 268 aa  152  4e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.654196 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4333  hypothetical protein  37.17 
 
 		 258 aa  152  8e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.325394  normal  0.0616758 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4845  putative D-methionine-binding lipoprotein precursor  38.4 
 
 		 268 aa  151  8.999999999999999e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.768272  normal  0.268623 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3344  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  39.48 
 
 		 271 aa  150  2e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00065013  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0736  lipoprotein YaeC  35.21 
 
 		 264 aa  150  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.356479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3593  lipoprotein, YaeC family  38.79 
 
 		 268 aa  150  3e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.0000081124  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3271  lipoprotein, YaeC family  38.79 
 
 		 268 aa  150  3e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.0000895864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3792  YaeC family lipoprotein  35.61 
 
 		 265 aa  150  3e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.293535  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3407  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  40 
 
 		 271 aa  149  3e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0430128  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0922  signal peptide protein  38.66 
 
 		 266 aa  149  4e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.928357  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0792  lipoprotein, YaeC family  37.74 
 
 		 266 aa  149  4e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.203602  normal  0.375673 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1041  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  40 
 
 		 271 aa  149  4e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000114817  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1094  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  40 
 
 		 271 aa  149  5e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.174386  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3501  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  39.11 
 
 		 271 aa  149  6e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000464416  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4489  YaeC family lipoprotein  36.61 
 
 		 260 aa  148  8e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0112568  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4843  YaeC family lipoprotein  38.63 
 
 		 268 aa  148  9e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5426  YaeC family lipoprotein  38.63 
 
 		 268 aa  148  9e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.263894  normal  0.429699 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3386  putative outermembrane signal peptide protein  38.2 
 
 		 529 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000211663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5436  lipoprotein YaeC  38.63 
 
 		 268 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0863  lipoprotein, YaeC family  37.35 
 
 		 266 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.136461  normal  0.522332 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0845  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  40.22 
 
 		 271 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000174258  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1515  lipoprotein, YaeC family  36.8 
 
 		 266 aa  146  4.0000000000000006e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4789  DL-methionine ABC transporter periplasmic-binding protein  39.31 
 
 		 270 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.67321 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2342  YaeC family lipoprotein  36.8 
 
 		 266 aa  146  4.0000000000000006e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.216371  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2243  YaeC family lipoprotein  37.13 
 
 		 265 aa  145  5e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.567581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2369  NLPA lipoprotein  40.74 
 
 		 246 aa  145  5e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0617625  normal  0.697334 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4960  putative ABC transporter, substrate-binding protein  37.45 
 
 		 284 aa  145  6e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>