More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3789 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3789  lipoprotein, YaeC family  100 
 
 
274 aa  545  1e-154  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3386  putative outermembrane signal peptide protein  65.69 
 
 
529 aa  310  2e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000211663  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2191  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  58.09 
 
 
268 aa  310  2e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.654196 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3593  lipoprotein, YaeC family  64.44 
 
 
268 aa  308  8e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.0000081124  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3271  lipoprotein, YaeC family  64.02 
 
 
268 aa  307  1.0000000000000001e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.0000895864  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1501  D-methionine-binding lipoprotein metQ  57.93 
 
 
269 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.806114  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2103  D-methionine-binding lipoprotein metQ  57.93 
 
 
269 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83423  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2134  D-methionine-binding lipoprotein metQ  57.51 
 
 
297 aa  306  3e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0787  D-methionine-binding lipoprotein metQ  57.45 
 
 
266 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0371  YaeC family lipoprotein  59.39 
 
 
259 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0468  YaeC family lipoprotein  59.39 
 
 
259 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4158  ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  58.03 
 
 
270 aa  301  7.000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471961  normal  0.945504 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0558  lipoprotein, YaeC family  58.39 
 
 
270 aa  300  1e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.357264 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1802  D-methionine-binding lipoprotein metQ  59 
 
 
259 aa  300  1e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1770  lipoprotein YaeC  56.34 
 
 
264 aa  300  2e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3343  YaeC family lipoprotein  60.82 
 
 
268 aa  298  4e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00298632 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4843  YaeC family lipoprotein  61.22 
 
 
268 aa  298  5e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5426  YaeC family lipoprotein  61.22 
 
 
268 aa  298  5e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.263894  normal  0.429699 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4767  YaeC family lipoprotein  61.63 
 
 
268 aa  298  6e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5310  YaeC family lipoprotein  61.63 
 
 
268 aa  298  6e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5436  lipoprotein YaeC  60.82 
 
 
268 aa  297  1e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0290  YaeC family lipoprotein  57.2 
 
 
270 aa  295  4e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0226  YaeC family lipoprotein  61.63 
 
 
268 aa  295  5e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.951808 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2844  YaeC family lipoprotein  55.96 
 
 
271 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.568886  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0736  lipoprotein YaeC  56.67 
 
 
264 aa  284  1.0000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.356479  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2220  lipoprotein YaeC  55.96 
 
 
271 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.764878  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2833  YaeC family lipoprotein  55.96 
 
 
271 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2551  lipoprotein YaeC  57.2 
 
 
265 aa  281  7.000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2750  YaeC family lipoprotein  55.6 
 
 
271 aa  281  7.000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2890  YaeC family lipoprotein  55.6 
 
 
271 aa  281  7.000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.065227  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0470  YaeC family lipoprotein  55.27 
 
 
271 aa  280  1e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.970361 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0761  YaeC family lipoprotein  52.75 
 
 
266 aa  280  2e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6163  lipoprotein YaeC  54.51 
 
 
271 aa  279  4e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.99192 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4789  DL-methionine ABC transporter periplasmic-binding protein  54.18 
 
 
270 aa  278  6e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.67321 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1945  lipoprotein YaeC  52.73 
 
 
271 aa  278  7e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.283148  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0504  YaeC family lipoprotein  58.33 
 
 
272 aa  276  2e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0439  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  58.73 
 
 
272 aa  276  2e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.292201  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0521  YaeC family lipoprotein  57.94 
 
 
281 aa  275  4e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.31183  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3183  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  57.94 
 
 
272 aa  275  7e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0155  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  57.94 
 
 
272 aa  275  7e-73  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.176646  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0686  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  57.94 
 
 
272 aa  275  7e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1437  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  57.94 
 
 
272 aa  275  7e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.39891  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2864  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  57.94 
 
 
272 aa  275  7e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4605  YaeC family lipoprotein  57.98 
 
 
272 aa  273  2.0000000000000002e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0162892  normal  0.447885 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1143  YaeC family lipoprotein  56.25 
 
 
262 aa  271  9e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0863  lipoprotein, YaeC family  55.56 
 
 
266 aa  270  1e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.136461  normal  0.522332 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4308  YaeC family lipoprotein  52.06 
 
 
264 aa  270  2e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0792  lipoprotein, YaeC family  55.19 
 
 
266 aa  268  5e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.203602  normal  0.375673 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2783  YaeC family lipoprotein  54.81 
 
 
258 aa  267  1e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1768  YaeC family lipoprotein  50.19 
 
 
258 aa  266  2e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.111673  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0132  ABC D-methionine uptake transporter, substrate-binding protein  50.19 
 
 
258 aa  266  2e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.597472  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2539  YaeC family lipoprotein  54.65 
 
 
281 aa  266  2e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00124943  normal  0.0921723 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0737  YaeC family lipoprotein  49.25 
 
 
259 aa  263  2e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1905  lipoprotein, YaeC family  51.78 
 
 
286 aa  261  8e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.279671  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4333  hypothetical protein  50.19 
 
 
258 aa  260  2e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.325394  normal  0.0616758 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0922  signal peptide protein  57.14 
 
 
266 aa  259  3e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.928357  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5162  lipoprotein, YaeC family  51.67 
 
 
257 aa  258  6e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0712142  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4489  YaeC family lipoprotein  54.55 
 
 
260 aa  257  1e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0112568  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0997  ABC methionine transporter, periplasmic ligand binding protein  54.77 
 
 
265 aa  256  3e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.903774  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2175  YaeC family lipoprotein  50 
 
 
259 aa  255  5e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2087  YaeC family lipoprotein  49.63 
 
 
259 aa  254  1.0000000000000001e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1515  lipoprotein, YaeC family  53.31 
 
 
266 aa  254  1.0000000000000001e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2342  YaeC family lipoprotein  53.31 
 
 
266 aa  254  1.0000000000000001e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.216371  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2986  lipoprotein, YaeC family  53.94 
 
 
265 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.27148  hitchhiker  0.00263956 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3301  D-methionine ABC transporter protein, periplasmic binding protein  49.23 
 
 
259 aa  253  2.0000000000000002e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.462058  normal  0.569217 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0582  lipoprotein YaeC  54.17 
 
 
264 aa  250  1e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.462482  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1061  YaeC family lipoprotein  54.17 
 
 
264 aa  250  1e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3285  D-methionine ABC transporter protein, periplasmic binding protein  50.83 
 
 
258 aa  249  2e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.331481  normal  0.190767 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3223  lipoprotein YaeC  52.3 
 
 
257 aa  249  2e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1020  YaeC family lipoprotein  54.17 
 
 
264 aa  250  2e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2243  YaeC family lipoprotein  54.17 
 
 
265 aa  248  5e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.567581  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4174  ABC metal ion transporter, periplasmic ligand binding protein  52.02 
 
 
264 aa  247  1e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0436245  normal  0.440818 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5369  YaeC family lipoprotein  54.77 
 
 
260 aa  247  1e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0173047 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0937  YaeC family lipoprotein  52.42 
 
 
264 aa  247  1e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0941  YaeC family lipoprotein  53.75 
 
 
264 aa  246  2e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.80176  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2417  lipoprotein YaeC  50.6 
 
 
262 aa  246  2e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.875733  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0565  lipoprotein YaeC  48.3 
 
 
258 aa  245  4e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.692302 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0783  YaeC family lipoprotein  51.05 
 
 
263 aa  245  6e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1612  lipoprotein, YaeC family  50.42 
 
 
257 aa  243  3e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2603  lipoprotein, YaeC family  47.19 
 
 
260 aa  242  5e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.946899  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0960  YaeC family lipoprotein  45.82 
 
 
278 aa  239  4e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4856  D-methionine ABC transporter protein, periplasmic binding protein  55.74 
 
 
260 aa  238  9e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.407958 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1396  YaeC family lipoprotein  45.26 
 
 
278 aa  236  2e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.760284  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3174  YaeC family lipoprotein  51.04 
 
 
269 aa  236  4e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0987485  hitchhiker  0.00336429 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0286  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  49.81 
 
 
271 aa  235  6e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00047573  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0272  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  49.81 
 
 
271 aa  235  6e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.922304  normal  0.0250228 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0283  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  49.81 
 
 
271 aa  235  6e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.188868  normal  0.293421 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0267  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  49.81 
 
 
271 aa  235  6e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0381792  normal  0.291732 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0267  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  49.81 
 
 
271 aa  235  6e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.217766  normal  0.700442 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3405  lipoprotein, YaeC family  50 
 
 
271 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000434725  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3462  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  50 
 
 
271 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000417542  normal  0.876119 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0209  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  50 
 
 
271 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.127497  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00196  DL-methionine transporter subunit  50 
 
 
271 aa  233  3e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00228683  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0191  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  50 
 
 
271 aa  233  3e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0075131  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0204  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  50 
 
 
271 aa  233  3e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000208912  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0201  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  50 
 
 
271 aa  233  3e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.002525  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00195  hypothetical protein  50 
 
 
271 aa  233  3e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00217092  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0208  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  49.62 
 
 
271 aa  231  1e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0183748  normal  0.50615 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1999  methionine-binding protein  47.51 
 
 
267 aa  230  2e-59  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.344493  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0197  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  47.51 
 
 
267 aa  230  2e-59  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>