More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7233 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7233  outer membrane lipoprotein  100 
 
 		 266 aa  530  1e-149  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.302467  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4224  NLPA lipoprotein  63.77 
 
 		 266 aa  352  5e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00732544 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1782  NLPA lipoprotein  64.61 
 
 		 268 aa  330  2e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.833269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1783  NLPA lipoprotein  55.79 
 
 		 264 aa  280  1e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.784851  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1777  NLPA lipoprotein  54.17 
 
 		 274 aa  273  2.0000000000000002e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.28691  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31510  NLPA lipoprotein  50.76 
 
 		 273 aa  263  2e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0866594  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4991  NLPA lipoprotein  50 
 
 		 266 aa  262  4e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.719774  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3391  NLPA lipoprotein  52.11 
 
 		 283 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.423711  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4537  NLPA lipoprotein  52.89 
 
 		 279 aa  261  6.999999999999999e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.163083  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0852  ABC methionine transporter, periplasmic ligand binding protein  52.46 
 
 		 279 aa  261  8.999999999999999e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00818473  hitchhiker  0.0030003 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0309  NLPA lipoprotein  51.5 
 
 		 276 aa  258  7e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0245  NLPA lipoprotein  51.18 
 
 		 266 aa  258  9e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.590029  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2364  NLPA lipoprotein  51.65 
 
 		 264 aa  256  2e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0111009  hitchhiker  0.00286659 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2913  hypothetical protein  50.19 
 
 		 264 aa  256  2e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.828858  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2172  putative D-methionine-binding lipoprotein metQ  50.81 
 
 		 279 aa  256  3e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.410212  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0856  putative D-methionine-binding lipoprotein metQ  50.81 
 
 		 279 aa  256  3e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.672009  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1441  putative D-methionine-binding lipoprotein metQ  50.81 
 
 		 279 aa  256  3e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.404367  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0446  methionine ABC transporter periiplasmic amino-acid binding protein  50.81 
 
 		 279 aa  256  3e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0544  methionine ABC transporter periiplasmic amino-acid binding protein  50.81 
 
 		 279 aa  256  3e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1864  D-methionine-binding lipoprotein MetQ  50.81 
 
 		 248 aa  256  4e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00940719  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0237  NLPA lipoprotein  50.56 
 
 		 269 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.200335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34280  hypothetical protein  49.44 
 
 		 264 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.595717  decreased coverage  0.00469522 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5218  NLPA lipoprotein  51.6 
 
 		 286 aa  253  3e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.431973 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4929  NLPA lipoprotein  50.79 
 
 		 279 aa  252  4.0000000000000004e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.7748  normal  0.886888 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4689  NLPA lipoprotein  51.6 
 
 		 286 aa  252  4.0000000000000004e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.53578  normal  0.737576 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5339  NLPA lipoprotein  50.79 
 
 		 279 aa  252  4.0000000000000004e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.309073  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0236  NLPA lipoprotein  49.24 
 
 		 266 aa  241  6e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.643505 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5187  D-methionine-binding lipoprotein MetQ  50.41 
 
 		 262 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0221  metal ABC transporter periplasmic-binding protein  49.24 
 
 		 266 aa  238  5.999999999999999e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.542967  hitchhiker  0.00586587 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0351  NLPA lipoprotein  50 
 
 		 262 aa  236  2e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.40138  normal  0.735607 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3027  NLPA lipoprotein  50.22 
 
 		 257 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.15305  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2682  NLPA lipoprotein  45.04 
 
 		 271 aa  212  5.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1143  YaeC family lipoprotein  46.35 
 
 		 262 aa  193  2e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0562  NLPA lipoprotein  42.92 
 
 		 263 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1614  NLPA lipoprotein  42.92 
 
 		 261 aa  188  9e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.141443  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0132  ABC D-methionine uptake transporter, substrate-binding protein  41.13 
 
 		 258 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.597472  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1768  YaeC family lipoprotein  41.13 
 
 		 258 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.111673  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3221  NLPA lipoprotein  42.92 
 
 		 260 aa  186  3e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.219486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2455  NLPA lipoprotein  41.25 
 
 		 273 aa  184  1.0000000000000001e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0470  YaeC family lipoprotein  44.4 
 
 		 271 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.970361 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4333  hypothetical protein  40.73 
 
 		 258 aa  181  8.000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.325394  normal  0.0616758 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0565  lipoprotein YaeC  40.23 
 
 		 258 aa  181  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.692302 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2783  YaeC family lipoprotein  42.67 
 
 		 258 aa  179  2.9999999999999997e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3301  D-methionine ABC transporter protein, periplasmic binding protein  43.35 
 
 		 259 aa  179  4e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.462058  normal  0.569217 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0783  YaeC family lipoprotein  43.29 
 
 		 263 aa  178  8e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2220  lipoprotein YaeC  42.47 
 
 		 271 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.764878  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2833  YaeC family lipoprotein  42.47 
 
 		 271 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2844  YaeC family lipoprotein  42.47 
 
 		 271 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.568886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2750  YaeC family lipoprotein  42.47 
 
 		 271 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6163  lipoprotein YaeC  42.86 
 
 		 271 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.99192 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3223  lipoprotein YaeC  41.98 
 
 		 257 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2890  YaeC family lipoprotein  42.47 
 
 		 271 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.065227  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0521  YaeC family lipoprotein  43.57 
 
 		 281 aa  176  5e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.31183  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3285  D-methionine ABC transporter protein, periplasmic binding protein  38.02 
 
 		 258 aa  176  5e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.331481  normal  0.190767 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0155  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  43.57 
 
 		 272 aa  175  7e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.176646  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3183  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  43.57 
 
 		 272 aa  175  7e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2864  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  43.57 
 
 		 272 aa  175  7e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0686  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  43.57 
 
 		 272 aa  175  7e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1437  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  43.57 
 
 		 272 aa  175  7e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.39891  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0737  YaeC family lipoprotein  39.04 
 
 		 259 aa  175  8e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5162  lipoprotein, YaeC family  43.1 
 
 		 257 aa  175  8e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0712142  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2175  YaeC family lipoprotein  39.44 
 
 		 259 aa  174  9.999999999999999e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2087  YaeC family lipoprotein  39.04 
 
 		 259 aa  173  1.9999999999999998e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0504  YaeC family lipoprotein  43.15 
 
 		 272 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0558  lipoprotein, YaeC family  42.56 
 
 		 270 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.357264 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4489  YaeC family lipoprotein  44.44 
 
 		 260 aa  172  6.999999999999999e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0112568  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1612  lipoprotein, YaeC family  41.15 
 
 		 257 aa  171  7.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0439  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  42.74 
 
 		 272 aa  171  7.999999999999999e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.292201  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0267  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  43.18 
 
 		 271 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0381792  normal  0.291732 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0283  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  43.18 
 
 		 271 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.188868  normal  0.293421 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0267  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  43.18 
 
 		 271 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.217766  normal  0.700442 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0272  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  43.18 
 
 		 271 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.922304  normal  0.0250228 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2603  lipoprotein, YaeC family  41.67 
 
 		 260 aa  171  1e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.946899  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0286  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  43.18 
 
 		 271 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00047573  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4158  ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.15 
 
 		 270 aa  171  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471961  normal  0.945504 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7228  outer membrane lipoprotein  39.58 
 
 		 266 aa  170  2e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1127  NLPA lipoprotein  40.27 
 
 		 281 aa  169  3e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0735  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  41.67 
 
 		 271 aa  170  3e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.005469  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0208  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  42.8 
 
 		 271 aa  169  4e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0183748  normal  0.50615 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0786  NLPA lipoprotein  37.22 
 
 		 264 aa  169  4e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.122075  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00196  DL-methionine transporter subunit  42.8 
 
 		 271 aa  169  6e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00228683  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0201  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  42.8 
 
 		 271 aa  169  6e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.002525  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0204  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  42.8 
 
 		 271 aa  169  6e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000208912  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00195  hypothetical protein  42.8 
 
 		 271 aa  169  6e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00217092  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0191  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  42.8 
 
 		 271 aa  169  6e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0075131  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3755  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  41.29 
 
 		 271 aa  168  7e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000728433  normal  0.0858323 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0290  YaeC family lipoprotein  42.98 
 
 		 270 aa  168  8e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3344  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  40.75 
 
 		 271 aa  168  9e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00065013  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3405  lipoprotein, YaeC family  43.23 
 
 		 271 aa  167  1e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000434725  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0209  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  43.23 
 
 		 271 aa  167  1e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.127497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3462  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  43.23 
 
 		 271 aa  167  1e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000417542  normal  0.876119 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3501  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  40.38 
 
 		 271 aa  167  2e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000464416  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6094  lipoprotein, YaeC family  37.5 
 
 		 279 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.69551 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001625  methionine ABC transporter substrate-binding protein  42.4 
 
 		 267 aa  166  2.9999999999999998e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.653614  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1945  lipoprotein YaeC  41.25 
 
 		 271 aa  165  5.9999999999999996e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.283148  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1094  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  41.29 
 
 		 271 aa  165  6.9999999999999995e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.174386  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1041  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  42.11 
 
 		 271 aa  165  6.9999999999999995e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000114817  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0876  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  39.25 
 
 		 271 aa  165  6.9999999999999995e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00171435  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6507  lipoprotein, YaeC family  37.07 
 
 		 279 aa  165  8e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4308  YaeC family lipoprotein  38.28 
 
 		 264 aa  164  1.0000000000000001e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>