More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0245 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0245  NLPA lipoprotein  100 
 
 		 266 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.590029  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4991  NLPA lipoprotein  94.36 
 
 		 266 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.719774  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0221  metal ABC transporter periplasmic-binding protein  95.49 
 
 		 266 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.542967  hitchhiker  0.00586587 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0236  NLPA lipoprotein  95.11 
 
 		 266 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.643505 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0237  NLPA lipoprotein  83.96 
 
 		 269 aa  449  1e-125  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.200335  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5187  D-methionine-binding lipoprotein MetQ  83.26 
 
 		 262 aa  411  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0351  NLPA lipoprotein  82.5 
 
 		 262 aa  409  1e-113  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.40138  normal  0.735607 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2913  hypothetical protein  70.7 
 
 		 264 aa  364  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.828858  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31510  NLPA lipoprotein  69.53 
 
 		 273 aa  367  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0866594  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34280  hypothetical protein  70.31 
 
 		 264 aa  362  3e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.595717  decreased coverage  0.00469522 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2364  NLPA lipoprotein  71.78 
 
 		 264 aa  358  4e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0111009  hitchhiker  0.00286659 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0852  ABC methionine transporter, periplasmic ligand binding protein  60 
 
 		 279 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00818473  hitchhiker  0.0030003 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4537  NLPA lipoprotein  61.79 
 
 		 279 aa  309  4e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.163083  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3391  NLPA lipoprotein  61.51 
 
 		 283 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.423711  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5218  NLPA lipoprotein  60.67 
 
 		 286 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.431973 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4929  NLPA lipoprotein  60.67 
 
 		 279 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.7748  normal  0.886888 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4689  NLPA lipoprotein  60.67 
 
 		 286 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.53578  normal  0.737576 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5339  NLPA lipoprotein  60.67 
 
 		 279 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.309073  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0309  NLPA lipoprotein  57.03 
 
 		 276 aa  296  2e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0544  methionine ABC transporter periiplasmic amino-acid binding protein  59.34 
 
 		 279 aa  295  4e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1441  putative D-methionine-binding lipoprotein metQ  59.34 
 
 		 279 aa  295  5e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.404367  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0446  methionine ABC transporter periiplasmic amino-acid binding protein  59.34 
 
 		 279 aa  295  5e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1864  D-methionine-binding lipoprotein MetQ  59.34 
 
 		 248 aa  295  5e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00940719  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2172  putative D-methionine-binding lipoprotein metQ  59.34 
 
 		 279 aa  295  5e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.410212  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0856  putative D-methionine-binding lipoprotein metQ  59.34 
 
 		 279 aa  295  5e-79  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.672009  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3027  NLPA lipoprotein  60.37 
 
 		 257 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.15305  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2682  NLPA lipoprotein  49.42 
 
 		 271 aa  249  3e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4224  NLPA lipoprotein  46.24 
 
 		 266 aa  241  9e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00732544 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7233  outer membrane lipoprotein  51.84 
 
 		 266 aa  235  6e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.302467  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1782  NLPA lipoprotein  48.56 
 
 		 268 aa  234  1.0000000000000001e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.833269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1777  NLPA lipoprotein  47.92 
 
 		 274 aa  233  2.0000000000000002e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.28691  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1783  NLPA lipoprotein  49.59 
 
 		 264 aa  231  1e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.784851  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2455  NLPA lipoprotein  45.9 
 
 		 273 aa  211  1e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3221  NLPA lipoprotein  44.26 
 
 		 260 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.219486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1614  NLPA lipoprotein  43.39 
 
 		 261 aa  183  3e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.141443  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2666  NLPA lipoprotein  42.68 
 
 		 264 aa  176  4e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1127  NLPA lipoprotein  41.15 
 
 		 281 aa  176  4e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0562  NLPA lipoprotein  42.62 
 
 		 263 aa  175  6e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0786  NLPA lipoprotein  40.65 
 
 		 264 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.122075  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4845  putative D-methionine-binding lipoprotein precursor  38.35 
 
 		 268 aa  172  6.999999999999999e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.768272  normal  0.268623 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3174  YaeC family lipoprotein  39.5 
 
 		 269 aa  162  6e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0987485  hitchhiker  0.00336429 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1143  YaeC family lipoprotein  40.79 
 
 		 262 aa  159  3e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3285  D-methionine ABC transporter protein, periplasmic binding protein  38.76 
 
 		 258 aa  159  3e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.331481  normal  0.190767 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3223  lipoprotein YaeC  39.92 
 
 		 257 aa  156  4e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1612  lipoprotein, YaeC family  40.36 
 
 		 257 aa  155  6e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1906  NLPA lipoprotein  40.18 
 
 		 280 aa  155  6e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.800256  normal  0.249416 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2750  YaeC family lipoprotein  39.77 
 
 		 271 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1966  YaeC family lipoprotein  38.26 
 
 		 271 aa  154  1e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00914469 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0761  YaeC family lipoprotein  36.76 
 
 		 266 aa  154  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2890  YaeC family lipoprotein  39.77 
 
 		 271 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.065227  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7906  NlpA lipoprotein  41.2 
 
 		 278 aa  154  1e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3301  D-methionine ABC transporter protein, periplasmic binding protein  40.69 
 
 		 259 aa  154  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.462058  normal  0.569217 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5162  lipoprotein, YaeC family  39.08 
 
 		 257 aa  152  5e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0712142  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0791  NLPA lipoprotein  41.6 
 
 		 262 aa  152  5e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.37545  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0778  lipoprotein YaeC  40.08 
 
 		 268 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2417  lipoprotein YaeC  37.19 
 
 		 262 aa  152  7e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.875733  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2844  YaeC family lipoprotein  39 
 
 		 271 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.568886  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2220  lipoprotein YaeC  39 
 
 		 271 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.764878  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2833  YaeC family lipoprotein  39 
 
 		 271 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2603  lipoprotein, YaeC family  36.23 
 
 		 260 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.946899  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6163  lipoprotein YaeC  39 
 
 		 271 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.99192 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1905  lipoprotein, YaeC family  38.53 
 
 		 286 aa  150  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.279671  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1515  lipoprotein, YaeC family  39.25 
 
 		 266 aa  149  6e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2342  YaeC family lipoprotein  39.25 
 
 		 266 aa  149  6e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.216371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1768  YaeC family lipoprotein  35.8 
 
 		 258 aa  148  8e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.111673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001625  methionine ABC transporter substrate-binding protein  39.26 
 
 		 267 aa  148  8e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.653614  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0132  ABC D-methionine uptake transporter, substrate-binding protein  35.8 
 
 		 258 aa  148  8e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.597472  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0565  lipoprotein YaeC  36.1 
 
 		 258 aa  148  9e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.692302 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4489  YaeC family lipoprotein  38.67 
 
 		 260 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0112568  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3183  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  38.36 
 
 		 272 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0686  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  38.36 
 
 		 272 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0521  YaeC family lipoprotein  38.36 
 
 		 281 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.31183  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3792  YaeC family lipoprotein  35.5 
 
 		 265 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.293535  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0470  YaeC family lipoprotein  37.84 
 
 		 271 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.970361 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0197  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  35.69 
 
 		 267 aa  147  2.0000000000000003e-34  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1999  methionine-binding protein  35.69 
 
 		 267 aa  147  2.0000000000000003e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.344493  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0155  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  38.36 
 
 		 272 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.176646  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1437  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  38.36 
 
 		 272 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.39891  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2864  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  38.36 
 
 		 272 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2369  NLPA lipoprotein  43.55 
 
 		 246 aa  146  3e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0617625  normal  0.697334 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4843  YaeC family lipoprotein  39.66 
 
 		 268 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2191  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  39.13 
 
 		 268 aa  146  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.654196 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5436  lipoprotein YaeC  39.66 
 
 		 268 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5426  YaeC family lipoprotein  39.66 
 
 		 268 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.263894  normal  0.429699 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1772  NLPA lipoprotein  36.32 
 
 		 265 aa  146  4.0000000000000006e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.37046  normal  0.57709 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0737  YaeC family lipoprotein  38.02 
 
 		 259 aa  145  4.0000000000000006e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0504  YaeC family lipoprotein  38.36 
 
 		 272 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0439  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  38.77 
 
 		 272 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.292201  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1770  lipoprotein YaeC  38.57 
 
 		 264 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4789  DL-methionine ABC transporter periplasmic-binding protein  38 
 
 		 270 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.67321 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4605  YaeC family lipoprotein  37.99 
 
 		 272 aa  145  5e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0162892  normal  0.447885 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0736  lipoprotein YaeC  39.26 
 
 		 264 aa  145  5e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.356479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3343  YaeC family lipoprotein  38.56 
 
 		 268 aa  145  5e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00298632 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1945  lipoprotein YaeC  35.46 
 
 		 271 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.283148  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2539  YaeC family lipoprotein  37.4 
 
 		 281 aa  144  2e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00124943  normal  0.0921723 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0283  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  41.52 
 
 		 271 aa  143  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.188868  normal  0.293421 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1501  D-methionine-binding lipoprotein metQ  35.71 
 
 		 269 aa  143  3e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.806114  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0272  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  41.52 
 
 		 271 aa  143  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.922304  normal  0.0250228 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4333  hypothetical protein  35.8 
 
 		 258 aa  143  3e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.325394  normal  0.0616758 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0286  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  41.52 
 
 		 271 aa  143  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00047573  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>