More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3375 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3375  beta-lactamase domain protein  100 
 
 		 327 aa  676    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3532  beta-lactamase domain protein  93.61 
 
 		 327 aa  623  1e-177  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.491749  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0821  beta-lactamase domain protein  65.54 
 
 		 324 aa  454  1e-127  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0855  beta-lactamase domain protein  60.92 
 
 		 324 aa  430  1e-119  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3377  beta-lactamase domain protein  54.24 
 
 		 329 aa  359  4e-98  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1376  methyl parathion hydrolase  49.07 
 
 		 339 aa  293  3e-78  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3620  beta-lactamase domain protein  50.34 
 
 		 326 aa  287  1e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5335  putative metallo-beta-lactamase; putative exported protein  45.87 
 
 		 351 aa  283  4.0000000000000003e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000323942  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5667  beta-lactamase domain protein  45.12 
 
 		 321 aa  282  6.000000000000001e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.105538  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3729  beta-lactamase domain-containing protein  48.64 
 
 		 314 aa  278  7e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3845  beta-lactamase domain-containing protein  47.64 
 
 		 320 aa  278  1e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5401  Beta-lactamase-like  46.23 
 
 		 342 aa  273  3e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6125  beta-lactamase domain protein  42.9 
 
 		 332 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.396338  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0301  beta-lactamase domain protein  45.79 
 
 		 322 aa  269  5e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2378  putative metallo-beta-lactamase  44.22 
 
 		 330 aa  264  1e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.302327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3518  beta-lactamase domain-containing protein  43.12 
 
 		 335 aa  265  1e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.139544 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3476  beta-lactamase-like  44 
 
 		 321 aa  260  3e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.907089  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5828  beta-lactamase domain-containing protein  40.5 
 
 		 329 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.593332  normal  0.577974 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5611  beta-lactamase domain-containing protein  40.76 
 
 		 313 aa  253  3e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0296607  normal  0.233668 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2878  Beta-lactamase-like  43.31 
 
 		 327 aa  251  1e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6124  Beta-lactamase-like  44.11 
 
 		 328 aa  247  2e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2214  hypothetical protein  43 
 
 		 339 aa  239  2.9999999999999997e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1481  beta-lactamase-like  38.39 
 
 		 348 aa  239  5e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.404324  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6348  beta-lactamase domain-containing protein  38.39 
 
 		 348 aa  239  5e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.139088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7014  beta-lactamase domain-containing protein  38.55 
 
 		 344 aa  238  8e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0930659 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2021  beta-lactamase domain protein  42.57 
 
 		 334 aa  237  2e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.102483  normal  0.869381 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1961  Beta-lactamase-like  42.43 
 
 		 327 aa  235  6e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2415  beta-lactamase domain protein  42.28 
 
 		 336 aa  233  3e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.991306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6043  Beta-lactamase-like  40 
 
 		 327 aa  233  3e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.73428  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0914  beta-lactamase domain protein  37.92 
 
 		 311 aa  219  3.9999999999999997e-56  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0640856  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3401  beta-lactamase domain protein  39.12 
 
 		 324 aa  216  5e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.20427  normal  0.272374 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2600  beta-lactamase domain protein  38.64 
 
 		 341 aa  210  2e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4400  beta-lactamase domain-containing protein  36.56 
 
 		 287 aa  189  5e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.179806 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3238  metallo-beta-lactamase  38.81 
 
 		 277 aa  185  8e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.192264  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4469  hypothetical protein  36.91 
 
 		 332 aa  181  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.871695 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1993  beta-lactamase domain-containing protein  37.36 
 
 		 279 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4919  beta-lactamase domain-containing protein  35.38 
 
 		 287 aa  179  4e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.591885  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2455  beta-lactamase domain protein  35.96 
 
 		 293 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.233165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2177  beta-lactamase domain-containing protein  35.96 
 
 		 293 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.438356 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5688  beta-lactamase-like  36.36 
 
 		 281 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6052  beta-lactamase domain-containing protein  36.36 
 
 		 281 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.825618 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1952  metallo-beta-lactamase family protein  33.9 
 
 		 315 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.59502  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5230  beta-lactamase domain-containing protein  33.55 
 
 		 333 aa  173  3.9999999999999995e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.419907  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1473  beta-lactamase-like  35.79 
 
 		 287 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00744617  normal  0.325797 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0118  beta-lactamase-like protein  36.43 
 
 		 339 aa  172  6.999999999999999e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2140  beta-lactamase domain protein  35.4 
 
 		 293 aa  172  6.999999999999999e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6085  beta-lactamase domain protein  34.36 
 
 		 320 aa  172  7.999999999999999e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.621256  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1477  twin-arginine translocation pathway signal  32.72 
 
 		 322 aa  172  7.999999999999999e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.214116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7234  Beta-lactamase-like  34.28 
 
 		 283 aa  172  9e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.125865 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6536  beta-lactamase domain-containing protein  35.98 
 
 		 281 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.123702  normal  0.116325 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2964  beta-lactamase domain-containing protein  36.96 
 
 		 279 aa  171  2e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1716  beta-lactamase domain-containing protein  33.79 
 
 		 327 aa  169  8e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.692179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2192  beta-lactamase domain-containing protein  37.11 
 
 		 290 aa  168  1e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.119061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1641  beta-lactamase domain-containing protein  34.36 
 
 		 336 aa  165  8e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.945334 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2767  beta-lactamase domain protein  33.55 
 
 		 329 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.506299  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1359  beta-lactamase domain-containing protein  34.18 
 
 		 329 aa  164  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.57457  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5354  beta-lactamase domain-containing protein  34.02 
 
 		 322 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0789115 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2486  twin-arginine translocation pathway signal  33.11 
 
 		 330 aa  162  8.000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.25109 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2825  beta-lactamase-like  32.78 
 
 		 329 aa  162  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.159572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0664  metal dependent hydrolase  38.2 
 
 		 238 aa  161  1e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0028  Beta-lactamase-like  35.56 
 
 		 279 aa  161  2e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.739364  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0338  metallo-beta-lactamase family protein  34.84 
 
 		 277 aa  158  1e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0519509  normal  0.539705 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0912  metallo-beta-lactamase superfamily protein  32.65 
 
 		 293 aa  157  3e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2976  twin-arginine translocation pathway signal  32.23 
 
 		 329 aa  155  9e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.340706 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1885  beta-lactamase domain-containing protein  34.06 
 
 		 279 aa  154  2e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0431  beta-lactamase domain protein  31.58 
 
 		 330 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0378  beta-lactamase domain-containing protein  31.62 
 
 		 326 aa  153  5e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.433622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0578  beta-lactamase domain-containing protein  34 
 
 		 292 aa  152  5.9999999999999996e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.456404 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2513  beta-lactamase domain-containing protein  32.65 
 
 		 331 aa  150  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.695976  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5326  beta-lactamase domain-containing protein  36.49 
 
 		 315 aa  149  7e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.524715 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1157  beta-lactamase domain protein  34.4 
 
 		 279 aa  149  8e-35  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0062155 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1682  beta-lactamase domain protein  32.64 
 
 		 291 aa  149  8e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.779181  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0705  beta-lactamase domain-containing protein  34 
 
 		 329 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0720055 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0476  beta-lactamase domain protein  32.99 
 
 		 330 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3592  beta-lactamase domain protein  30.77 
 
 		 315 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.869389  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2983  beta-lactamase domain-containing protein  33.77 
 
 		 304 aa  145  1e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.518136  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3268  beta-lactamase domain-containing protein  31.79 
 
 		 318 aa  144  2e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.629137 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5263  beta-lactamase domain protein  33.45 
 
 		 326 aa  144  2e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000854827 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3466  beta-lactamase domain protein  32.65 
 
 		 314 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2325  hypothetical protein  32.3 
 
 		 321 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.281842  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0290  beta-lactamase domain-containing protein  35.81 
 
 		 285 aa  140  1.9999999999999998e-32  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5891  beta-lactamase domain-containing protein  32.87 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.213957  normal  0.126369 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7261  beta-lactamase domain protein  30.35 
 
 		 301 aa  139  8.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3433  beta-lactamase domain protein  29.63 
 
 		 324 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2803  beta-lactamase domain-containing protein  29.14 
 
 		 312 aa  137  2e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.428176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2909  hypothetical protein  28.61 
 
 		 332 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.17832 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2457  beta-lactamase domain-containing protein  30.67 
 
 		 307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.047493 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1564  beta-lactamase domain protein  31.9 
 
 		 291 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.074508  normal  0.0114849 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0799  hypothetical protein  30.67 
 
 		 309 aa  133  3e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0612  beta-lactamase domain protein  30.74 
 
 		 305 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3769  Beta-lactamase-like  29.39 
 
 		 326 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3910  aldehyde dehydrogenase  31.49 
 
 		 300 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.259628 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1412  beta-lactamase domain protein  29.93 
 
 		 278 aa  130  3e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.270255  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2276  twin-arginine translocation pathway signal  31.94 
 
 		 312 aa  127  3e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.759602 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3467  metal dependent hydrolase  25.3 
 
 		 272 aa  124  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2787  beta-lactamase domain-containing protein  27.67 
 
 		 305 aa  124  3e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2454  Beta-lactamase-like  27.8 
 
 		 319 aa  124  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0756  beta-lactamase domain-containing protein  35.85 
 
 		 291 aa  124  3e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.401313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2354  beta-lactamase domain-containing protein  29.49 
 
 		 306 aa  122  9.999999999999999e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.186414 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0380  beta-lactamase domain-containing protein  29.69 
 
 		 306 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.887943  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>