193 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2213 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2213  type III secretion protein, HrpO family  100 
 
 		 86 aa  163  9e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1884  type III secretion protein, HrpO family  81.93 
 
 		 86 aa  116  7.999999999999999e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1394  type III secretion protein HrcS  62.79 
 
 		 88 aa  111  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0047  HrpO family type III secretion protein  61.18 
 
 		 87 aa  108  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1207  type III secretion protein HrcS  62.79 
 
 		 88 aa  97.8  4e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.427882 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2414  type III secretion protein, HrpO family  52.86 
 
 		 86 aa  73.9  0.0000000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003361  type III secretion protein YscS  48.78 
 
 		 88 aa  73.2  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01725  Type III secretory pathway, component EscS  47.56 
 
 		 88 aa  71.6  0.000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3009  HrpO family type III secretion protein  51.43 
 
 		 86 aa  71.2  0.000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.189658  n/a   
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0046  type III secretion apparatus protein YscS  47.95 
 
 		 88 aa  67  0.00000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000568257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0847  HrpO family type III secretion protein  38.1 
 
 		 86 aa  63.5  0.0000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.693953  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4140  type III secretion apparatus protein EpaQ  38.1 
 
 		 86 aa  63.5  0.0000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000912343 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3183  type III secretion apparatus protein EpaQ  38.1 
 
 		 86 aa  63.5  0.0000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3017  type III secretion apparatus protein EpaQ  38.1 
 
 		 86 aa  63.5  0.0000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000282862  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1667  export protein FliQ family 3  43.04 
 
 		 92 aa  62.4  0.000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00810896  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1410  flagellar biosynthetic protein FliQ  40.74 
 
 		 89 aa  62  0.000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.741947  normal  0.72353 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2698  flagellar biosynthetic protein FliQ  42.19 
 
 		 89 aa  60.5  0.000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.201121  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3094  hypothetical protein  48.33 
 
 		 86 aa  59.7  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000227006 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3042  EpaQ  48.33 
 
 		 86 aa  59.7  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.230102 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3011  EpaQ  48.33 
 
 		 86 aa  59.7  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3079  secretory protein EpaQ  48.33 
 
 		 86 aa  59.7  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.851398 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3199  hypothetical protein  48.33 
 
 		 86 aa  59.7  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5211  type III secretion protein, HrpO family  41.03 
 
 		 91 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.221369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0188  Spa9  40.91 
 
 		 86 aa  58.5  0.00000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1975  HrpO family type III secretion protein  50 
 
 		 89 aa  58.2  0.00000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2279  HrpO family type III secretion protein  50 
 
 		 89 aa  57.8  0.00000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0217688  normal  0.613678 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2942  flagellar biosynthetic protein FliQ  42.19 
 
 		 89 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0852  type III secretion inner membrane protein SctS  33.33 
 
 		 94 aa  56.2  0.0000001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2156  flagellar biosynthetic protein FliQ  35.53 
 
 		 89 aa  56.2  0.0000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.504575  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1627  type III secretion inner membrane protein SctS  38.96 
 
 		 87 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.878926  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0675  type III secretion inner membrane protein SctS  38.96 
 
 		 87 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0793494  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0755  type III secretion inner membrane protein SctS  36.99 
 
 		 87 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.313382  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2034  flagellar biosynthetic protein FliQ  44.44 
 
 		 89 aa  56.2  0.0000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.269793  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1958  type III secretion inner membrane protein SctS  38.96 
 
 		 87 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2277  HrpO family type III secretion protein  38.96 
 
 		 87 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2194  HrpO family type III secretion protein  38.96 
 
 		 87 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0638  type III secretion inner membrane protein SctS  38.96 
 
 		 87 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.864353  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3740  HrpO family type III secretion protein  41.86 
 
 		 92 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.721629  hitchhiker  0.00976692 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4752  HrpO family type III secretion protein  41.86 
 
 		 92 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1169  flagellar biosynthetic protein FliQ  43.75 
 
 		 89 aa  55.1  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.843837  normal  0.0664804 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5429  HrpO family type III secretion protein  41.86 
 
 		 92 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.751272  normal  0.141963 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3511  Type III secretion protein HrpO  41.86 
 
 		 92 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.124338  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4855  HrpO family type III secretion protein  41.86 
 
 		 92 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.121138  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0374  flagellar biosynthesis protein FliQ  42.19 
 
 		 89 aa  54.3  0.0000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0711  flagellar biosynthetic protein FliQ  41.77 
 
 		 89 aa  54.3  0.0000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5880  flagellar biosynthesis protein FliQ  42.19 
 
 		 89 aa  54.3  0.0000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.11552  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0738  type III secretion protein, HrpO family  37.04 
 
 		 88 aa  54.3  0.0000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.248563  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4229  HrpO family type III secretion protein  40.7 
 
 		 92 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.619618  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0585  flagellar biosynthetic protein FliQ  42.19 
 
 		 91 aa  54.3  0.0000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2395  flagellar biosynthetic protein FliQ  43.75 
 
 		 89 aa  53.9  0.0000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0858  flagellar biosynthetic protein FliQ  40.26 
 
 		 91 aa  53.5  0.0000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.387191  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0737  type III secretion protein, HrpO family  37.04 
 
 		 88 aa  53.1  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0357891  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3681  flagellar biosynthesis protein FliQ  42.19 
 
 		 89 aa  53.1  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.123867  normal  0.80121 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4758  flagellar biosynthesis protein FliQ  42.19 
 
 		 89 aa  53.1  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0972235  normal  0.81489 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0742  export protein FliQ  43.75 
 
 		 89 aa  52.8  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0052  flagellar biosynthetic protein FliQ  33.33 
 
 		 89 aa  51.6  0.000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0961  export protein FliQ family 3  39.73 
 
 		 91 aa  51.6  0.000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2131  export protein FliQ  38.55 
 
 		 88 aa  52  0.000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0431  type III secretion inner membrane protein SctS  46.77 
 
 		 87 aa  51.2  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0732733  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0280  flagellar biosynthetic protein FliQ  47.62 
 
 		 87 aa  51.2  0.000004  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31050  flagellar biosynthetic protein FliQ  38.36 
 
 		 90 aa  51.6  0.000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1395  flagellar biosynthetic protein FliQ  37.66 
 
 		 88 aa  51.6  0.000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2001  HrpO family type III secretion protein  46.77 
 
 		 87 aa  51.2  0.000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.573614  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1909  HrpO family type III secretion protein  46.77 
 
 		 87 aa  51.2  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0048  flagellar biosynthesis protein FliQ  31.71 
 
 		 88 aa  50.8  0.000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2330  export protein FliQ family 3  37.97 
 
 		 90 aa  50.8  0.000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0202535  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0656  flagellar biosynthetic protein FliQ  40.62 
 
 		 89 aa  50.4  0.000007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0009  flagellar biosynthetic protein FliQ  42.47 
 
 		 89 aa  50.4  0.000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.716159  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2032  flagellar biosynthetic protein FliQ  44.07 
 
 		 90 aa  50.4  0.000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0762  flagellar biosynthesis protein FliQ  43.1 
 
 		 83 aa  49.7  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.187731  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42630  putative translocation protein in type III secretion  42.47 
 
 		 88 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.355777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0448  HrpO family type III secretion protein  39.73 
 
 		 87 aa  50.1  0.00001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.100595 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2911  flagellar biosynthesis protein FliQ  39.68 
 
 		 89 aa  50.1  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.363485  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1565  flagellar biosynthesis protein FliQ  36.92 
 
 		 89 aa  49.3  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.101104  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0273  flagellar biosynthesis protein FliQ  34.15 
 
 		 88 aa  48.9  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.941775  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1676  flagellar biosynthesis protein FliQ  39.68 
 
 		 89 aa  48.9  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3441  export protein FliQ family 3  33.33 
 
 		 91 aa  48.9  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3901  HrpO family type III secretion protein  42.59 
 
 		 97 aa  48.5  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.352206  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3928  HrpO family type III secretion protein  42.59 
 
 		 93 aa  48.1  0.00004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0216  flagellar biosynthetic protein FliQ  45.07 
 
 		 93 aa  48.1  0.00004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.397416  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3813  HrpO family type III secretion protein  42.59 
 
 		 93 aa  48.1  0.00004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1751  flagellar biosynthetic protein FliQ  48.39 
 
 		 87 aa  47.8  0.00005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1407  flagellar biosynthetic protein FliQ  43.75 
 
 		 89 aa  47.8  0.00005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0866  hypothetical protein  47.22 
 
 		 90 aa  47.4  0.00007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5927  HrpO family type III secretion protein  32.43 
 
 		 87 aa  47.4  0.00007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.116559 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0649  flagellar biosynthetic protein FliQ  39.06 
 
 		 89 aa  47.4  0.00007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02876  flagellar biosynthesis  31.25 
 
 		 89 aa  47  0.00008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2010  flagellar biosynthetic protein FliQ  36.99 
 
 		 90 aa  47  0.00009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4198  flagellar biosynthetic protein FliQ  34.57 
 
 		 89 aa  47  0.00009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3907  flagellar biosynthetic protein FliQ  35.8 
 
 		 89 aa  46.2  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00325384 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3070  flagellar biosynthetic protein FliQ  37.5 
 
 		 89 aa  46.6  0.0001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0602281  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3823  flagellar biosynthetic protein FliQ  35.8 
 
 		 89 aa  46.2  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1395  flagellar biosynthesis protein FliQ  44.26 
 
 		 87 aa  46.2  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.276926  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0111  export protein FliQ  41.82 
 
 		 79 aa  46.6  0.0001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.131066  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1127  flagellar biosynthesis protein FliQ  30.86 
 
 		 89 aa  46.2  0.0001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5862  HrpO family type III secretion protein  33.77 
 
 		 87 aa  46.2  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5645  HrpO family type III secretion protein  33.77 
 
 		 87 aa  46.6  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0584455 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0185  flagellar biosynthetic protein FliQ  40.62 
 
 		 89 aa  47  0.0001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.67904e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0744  export protein FliQ  41.1 
 
 		 88 aa  46.6  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0254448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1135  flagellar biosynthesis protein FliQ  44.26 
 
 		 87 aa  45.4  0.0002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>