214 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_4010 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_4010  prephenate dehydrogenase  100 
 
 		 266 aa  510  1e-143  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.246742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4379  Prephenate dehydrogenase  96.99 
 
 		 266 aa  496  1e-139  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0691262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4492  Prephenate dehydrogenase  83.65 
 
 		 267 aa  407  1e-113  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.192992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3943  prephenate dehydrogenase  62.86 
 
 		 281 aa  303  3.0000000000000004e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3543  prephenate dehydrogenase  55.69 
 
 		 254 aa  268  5e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.372854 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1369  Prephenate dehydrogenase  61.32 
 
 		 257 aa  256  3e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0997  prephenate dehydrogenase  50.62 
 
 		 237 aa  208  7e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.119392  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0972  prephenate dehydrogenase  42.51 
 
 		 317 aa  157  2e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.161395  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1274  prephenate dehydrogenase  35.93 
 
 		 245 aa  155  7e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.885753  normal  0.198911 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0955  prephenate dehydrogenase  30.12 
 
 		 258 aa  117  1.9999999999999998e-25  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1063  prephenate dehydrogenase  30.12 
 
 		 258 aa  117  1.9999999999999998e-25  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1502  prephenate dehydrogenase  32.81 
 
 		 288 aa  100  3e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119548  arogenate dehydrogenase, putative  27.42 
 
 		 321 aa  97.4  2e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1997  prephenate dehydrogenase  25.52 
 
 		 437 aa  91.7  1e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2811  Prephenate dehydrogenase  32.58 
 
 		 259 aa  85.1  9e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0827  prephenate dehydrogenase  26.23 
 
 		 439 aa  84.3  0.000000000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.666183  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0924  prephenate dehydrogenase  29.33 
 
 		 505 aa  84  0.000000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0760  prephenate dehydrogenase  23.41 
 
 		 443 aa  79  0.00000000000007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.504632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1158  prephenate dehydrogenase  25 
 
 		 439 aa  77  0.0000000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4255  cyclohexadienyl dehydrogenase  34.96 
 
 		 313 aa  76.6  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0061  prephenate dehydrogenase  26.78 
 
 		 443 aa  76.6  0.0000000000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.532803  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4586  Prephenate dehydrogenase  28.28 
 
 		 294 aa  74.7  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1024  prephenate dehydrogenase  25.12 
 
 		 447 aa  72.8  0.000000000005  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1182  prephenate dehydrogenase  36.96 
 
 		 364 aa  73.2  0.000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4102  cyclohexadienyl dehydrogenase  36.99 
 
 		 314 aa  72.4  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.639306  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4928  cyclohexadienyl dehydrogenase  34.62 
 
 		 313 aa  72.4  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0118  Prephenate dehydrogenase  31.94 
 
 		 262 aa  70.5  0.00000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1605  prephenate dehydrogenase  29 
 
 		 374 aa  70.1  0.00000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.294712  normal  0.381468 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1886  cyclohexadienyl/prephenate dehydrogenase  34.06 
 
 		 288 aa  69.3  0.00000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000040742  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2608  Prephenate dehydrogenase  31.51 
 
 		 283 aa  69.3  0.00000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.749464 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1182  cyclohexadienyl dehydrogenase  32.99 
 
 		 311 aa  68.6  0.00000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1560  prephenate dehydrogenase  28.8 
 
 		 276 aa  68.2  0.0000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0460  prephenate dehydrogenase  28.11 
 
 		 287 aa  68.6  0.0000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000113439  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0890  prephenate dehydrogenase  31.82 
 
 		 253 aa  68.6  0.0000000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0437  prephenate dehydrogenase  30.22 
 
 		 288 aa  68.2  0.0000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000137716  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4284  cyclohexadienyl dehydrogenase  32 
 
 		 314 aa  67.8  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0191786 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1946  prephenate dehydrogenase  31 
 
 		 279 aa  67  0.0000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.772286  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3263  cyclohexadienyl dehydrogenase  33.96 
 
 		 298 aa  67.4  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1510  prephenate dehydrogenase  27.35 
 
 		 373 aa  67  0.0000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3767  prephenate dehydrogenase  26.64 
 
 		 242 aa  67  0.0000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000142598  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2607  prephenate dehydrogenase  34.06 
 
 		 290 aa  66.6  0.0000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.535811  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_403  prephenate dehydrogenase  26.67 
 
 		 287 aa  65.9  0.0000000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000225812  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2473  prephenate dehydrogenase  34.16 
 
 		 258 aa  65.5  0.0000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.413514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1453  prephenate dehydrogenase  26.94 
 
 		 373 aa  65.5  0.0000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.542491  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1234  prephenate dehydrogenase  32.17 
 
 		 289 aa  65.1  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.946096 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0545  prephenate dehydrogenase  25.77 
 
 		 283 aa  65.5  0.000000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1747  Prephenate dehydrogenase  31.73 
 
 		 263 aa  64.3  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0673  cyclohexadienyl dehydrogenase  31.96 
 
 		 313 aa  61.2  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1346  prephenate dehydrogenase  31.88 
 
 		 287 aa  60.8  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0599  hypothetical protein  28.23 
 
 		 288 aa  60.8  0.00000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0114109  normal  0.0489829 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0273  Prephenate dehydrogenase  30.43 
 
 		 252 aa  60.5  0.00000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.974204  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3037  Prephenate dehydrogenase  34.97 
 
 		 295 aa  59.7  0.00000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0470856  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1300  prephenate dehydrogenase  32.5 
 
 		 274 aa  59.7  0.00000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.580426  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01188  prephenate dehydrogenase  27.57 
 
 		 375 aa  59.3  0.00000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.282588  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0334  Prephenate dehydrogenase  29.74 
 
 		 292 aa  59.3  0.00000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6599  chorismate mutase  26.78 
 
 		 375 aa  58.5  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2549  cyclohexadienyl dehydrogenase  33.81 
 
 		 308 aa  58.2  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.554787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0953  prephenate dehydrogenase  30.19 
 
 		 288 aa  57.4  0.0000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.02487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0582  cyclohexadienyl dehydrogenase  31.63 
 
 		 311 aa  57.4  0.0000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0176  prephenate dehydrogenase  33.82 
 
 		 286 aa  57.4  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.327955  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1408  cyclohexadienyl dehydrogenase  30.41 
 
 		 311 aa  57.4  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.19218  normal  0.384152 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0718  prephenate dehydrogenase  32.35 
 
 		 302 aa  57  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0863  prephenate dehydrogenase  29.71 
 
 		 286 aa  56.6  0.0000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2945  cyclohexadienyl dehydrogenase  30.77 
 
 		 313 aa  56.6  0.0000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0241407 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3007  cyclohexadienyl dehydrogenase  32.34 
 
 		 301 aa  56.6  0.0000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4157  prephenate dehydrogenase  31.65 
 
 		 308 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.718044 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6542  Prephenate dehydrogenase  28.12 
 
 		 285 aa  56.2  0.0000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1877  chorismate mutase / prephenate dehydrogenase  26.83 
 
 		 344 aa  56.2  0.0000005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.786603 
 
 
-
 
NC_004310  BR1988  cyclohexadienyl dehydrogenase  26.34 
 
 		 321 aa  55.8  0.0000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1033  prephenate dehydrogenase  30.71 
 
 		 274 aa  55.5  0.0000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.393372  normal  0.590632 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1647  Prephenate dehydrogenase  34.69 
 
 		 312 aa  55.8  0.0000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.59901  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2114  prephenate dehydrogenase  28.9 
 
 		 285 aa  55.5  0.0000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.606388 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0992  cyclohexadienyl dehydrogenase  25.37 
 
 		 312 aa  55.5  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0308  arogenate dehydrogenase  40.28 
 
 		 320 aa  55.1  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.582436  normal  0.172957 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43288  prephenate dehydrogenase  21.03 
 
 		 395 aa  55.1  0.000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1914  cyclohexadienyl dehydrogenase  25.85 
 
 		 321 aa  55.5  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1278  chorismate mutase  26.46 
 
 		 346 aa  54.3  0.000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1209  Arogenate dehydrogenase  42.86 
 
 		 318 aa  54.7  0.000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0362078 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1009  Prephenate dehydrogenase  30 
 
 		 364 aa  54.7  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000207637 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0611  arogenate dehydrogenase  28.85 
 
 		 278 aa  53.9  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.423304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4079  prephenate dehydrogenase  32.59 
 
 		 330 aa  53.9  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0596  arogenate dehydrogenase  28.85 
 
 		 278 aa  53.9  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1003  prephenate dehydrogenase  31.65 
 
 		 308 aa  53.9  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3229  cyclohexadienyl dehydrogenase  30.46 
 
 		 312 aa  53.5  0.000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.303966 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0565  prephenate dehydrogenase  31.65 
 
 		 329 aa  53.1  0.000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0671  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  26.74 
 
 		 374 aa  53.5  0.000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.106766  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1044  prephenate dehydrogenase  31.65 
 
 		 329 aa  53.1  0.000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1874  prephenate dehydrogenase  33.58 
 
 		 313 aa  53.1  0.000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0158043 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1463  prephenate dehydrogenase  27.55 
 
 		 286 aa  53.1  0.000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000154009  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4397  arogenate dehydrogenase  29.66 
 
 		 284 aa  53.1  0.000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.229138  hitchhiker  0.0000184997 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2149  Prephenate dehydrogenase  31.76 
 
 		 288 aa  53.1  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3579  cyclohexadienyl dehydrogenase  31.88 
 
 		 308 aa  53.1  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0656619 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2212  cyclohexadienyl dehydrogenase  30.87 
 
 		 311 aa  53.1  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1429  prephenate dehydrogenase  26.22 
 
 		 279 aa  52.8  0.000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.394252  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2573  prephenate dehydrogenase  30.66 
 
 		 298 aa  52.4  0.000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.256173  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1785  prephenate dehydrogenase  27.27 
 
 		 250 aa  52.4  0.000008  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2807  Prephenate dehydrogenase  29.81 
 
 		 289 aa  52.4  0.000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3872  cyclohexadienyl dehydrogenase  28.26 
 
 		 307 aa  52  0.000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.402966  normal  0.0868763 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6215  cyclohexadienyl dehydrogenase  32.21 
 
 		 311 aa  52  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.951807  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0960  cyclohexadienyl dehydrogenase  32.21 
 
 		 311 aa  52  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0394985  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>