More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_2807 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_2807  Prephenate dehydrogenase  100 
 
 		 289 aa  586  1e-166  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2572  prephenate dehydrogenase  64.93 
 
 		 289 aa  399  9.999999999999999e-111  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.474383  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2408  Prephenate dehydrogenase  60.28 
 
 		 289 aa  357  9.999999999999999e-98  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2431  Prephenate dehydrogenase  58.42 
 
 		 288 aa  347  1e-94  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0018  prephenate dehydrogenase  55.79 
 
 		 288 aa  341  8e-93  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2049  prephenate dehydrogenase  54.23 
 
 		 290 aa  324  1e-87  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2164  Prephenate dehydrogenase  56.68 
 
 		 288 aa  312  3.9999999999999997e-84  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.854541  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1162  prephenate dehydrogenase  33 
 
 		 286 aa  137  1e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3259  Prephenate dehydrogenase  34.3 
 
 		 286 aa  125  1e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2573  prephenate dehydrogenase  32.14 
 
 		 298 aa  123  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.256173  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0991  Prephenate dehydrogenase  33.94 
 
 		 286 aa  123  3e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1803  Prephenate dehydrogenase  31.71 
 
 		 373 aa  122  5e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.411636  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1568  prephenate dehydrogenase  31.79 
 
 		 290 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.513698  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1463  prephenate dehydrogenase  31.12 
 
 		 286 aa  119  7.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000154009  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0962  prephenate dehydrogenase  30.07 
 
 		 293 aa  118  9.999999999999999e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1182  cyclohexadienyl dehydrogenase  30.56 
 
 		 311 aa  118  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2997  prephenate dehydrogenase  34.59 
 
 		 328 aa  117  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.268704  normal  0.0386935 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2242  prephenate dehydrogenase  31.47 
 
 		 294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0673  cyclohexadienyl dehydrogenase  31.68 
 
 		 313 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3803  Prephenate dehydrogenase  32.75 
 
 		 322 aa  116  5e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000296114  normal  0.352645 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0718  prephenate dehydrogenase  30.47 
 
 		 302 aa  116  6e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4255  cyclohexadienyl dehydrogenase  30.61 
 
 		 313 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2607  prephenate dehydrogenase  32.18 
 
 		 290 aa  115  7.999999999999999e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.535811  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3263  cyclohexadienyl dehydrogenase  30.95 
 
 		 298 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1311  Prephenate dehydrogenase  27.97 
 
 		 293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000231 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1003  prephenate dehydrogenase  33.11 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3122  prephenate dehydrogenase  30.77 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0305088 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1025  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  31.48 
 
 		 742 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1195  prephenate dehydrogenase  29.41 
 
 		 286 aa  114  3e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2023  prephenate dehydrogenase  33.79 
 
 		 328 aa  113  4.0000000000000004e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000998915 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1150  prephenate dehydrogenase  29.01 
 
 		 299 aa  112  5e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0141038  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1022  Prephenate dehydrogenase  27.78 
 
 		 291 aa  112  6e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.108849  unclonable  0.0000000000327113 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0900  prephenate dehydrogenase  27.78 
 
 		 301 aa  112  7.000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2748  prephenate dehydrogenase  30.21 
 
 		 369 aa  112  8.000000000000001e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2100  cyclohexadienyl dehydrogenase  31.16 
 
 		 310 aa  112  8.000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3283  prephenate dehydrogenase  33.33 
 
 		 298 aa  112  8.000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0269718  normal  0.62503 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2794  prephenate dehydrogenase  30.25 
 
 		 292 aa  112  8.000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00146158 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0743  prephenate dehydrogenase  30 
 
 		 334 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1182  prephenate dehydrogenase  31.84 
 
 		 364 aa  111  1.0000000000000001e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2149  Prephenate dehydrogenase  31.12 
 
 		 288 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1009  Prephenate dehydrogenase  31.23 
 
 		 364 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000207637 
 
 
-
 
NC_004310  BR1988  cyclohexadienyl dehydrogenase  33.09 
 
 		 321 aa  110  2.0000000000000002e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2136  prephenate dehydrogenase  29.12 
 
 		 367 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.535624  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0175  prephenate dehydrogenase  29.75 
 
 		 297 aa  111  2.0000000000000002e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1914  cyclohexadienyl dehydrogenase  32.73 
 
 		 321 aa  110  3e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0565  prephenate dehydrogenase  31.76 
 
 		 329 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0725  prephenate dehydrogenase  33.49 
 
 		 339 aa  110  3e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0130127  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1044  prephenate dehydrogenase  31.76 
 
 		 329 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4722  prephenate dehydrogenase  30.88 
 
 		 292 aa  109  4.0000000000000004e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1426  prephenate dehydrogenase  28.67 
 
 		 280 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000102552  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2549  cyclohexadienyl dehydrogenase  32.29 
 
 		 308 aa  109  5e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.554787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4157  prephenate dehydrogenase  31.99 
 
 		 308 aa  109  6e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.718044 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3872  cyclohexadienyl dehydrogenase  30.27 
 
 		 307 aa  108  7.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.402966  normal  0.0868763 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3579  cyclohexadienyl dehydrogenase  29.93 
 
 		 308 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0656619 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0992  cyclohexadienyl dehydrogenase  33.81 
 
 		 312 aa  108  9.000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0863  prephenate dehydrogenase  30.5 
 
 		 286 aa  108  1e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0659  prephenate dehydrogenase  28.52 
 
 		 276 aa  108  1e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.773166  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2881  Prephenate dehydrogenase  27.5 
 
 		 366 aa  108  1e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.525395  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1796  prephenate dehydrogenase  25.17 
 
 		 365 aa  108  1e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2165  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  32.76 
 
 		 750 aa  108  1e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.166945  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0906  putative prephenate dehydrogenase oxidoreductase protein  29.96 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3085  cyclohexadienyl dehydrogenase  30.13 
 
 		 319 aa  107  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1908  prephenate dehydrogenase  26.88 
 
 		 354 aa  107  2e-22  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10360  Prephenate dehydrogenase  30.45 
 
 		 291 aa  107  3e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000165281  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1886  cyclohexadienyl/prephenate dehydrogenase  29.5 
 
 		 288 aa  106  3e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000040742  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0847  Prephenate dehydrogenase  30.69 
 
 		 292 aa  106  4e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.052924 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4928  cyclohexadienyl dehydrogenase  29.53 
 
 		 313 aa  105  6e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2283  prephenate dehydrogenase  29.17 
 
 		 366 aa  105  7e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000918278 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1058  Prephenate dehydrogenase  28.42 
 
 		 281 aa  105  7e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1791  prephenate dehydrogenase  29.72 
 
 		 292 aa  105  7e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00108335 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2260  prephenate dehydrogenase  31.86 
 
 		 322 aa  104  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.341011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0776  Prephenate dehydrogenase  29.6 
 
 		 302 aa  105  1e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00454993 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2195  prephenate dehydrogenase  27.84 
 
 		 319 aa  104  1e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.598463  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1393  Prephenate dehydrogenase  28.47 
 
 		 294 aa  104  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0627077  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5258  prephenate dehydrogenase  29.63 
 
 		 307 aa  105  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.426217  normal  0.0448039 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2539  prephenate dehydrogenase  27.92 
 
 		 369 aa  105  1e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.213601  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0566  prephenate dehydrogenase  29.68 
 
 		 291 aa  105  1e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1500  prephenate dehydrogenase  28.69 
 
 		 276 aa  104  1e-21  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2467  prephenate dehydrogenase  28.47 
 
 		 294 aa  105  1e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.200219 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1209  Arogenate dehydrogenase  30.16 
 
 		 318 aa  104  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0362078 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2114  prephenate dehydrogenase  31.82 
 
 		 285 aa  103  2e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.606388 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4033  cyclohexadienyl dehydrogenase  30.21 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4079  prephenate dehydrogenase  29.67 
 
 		 330 aa  103  2e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4284  cyclohexadienyl dehydrogenase  28.71 
 
 		 314 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0191786 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0979  prephenate dehydrogenase  33.19 
 
 		 310 aa  104  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4102  cyclohexadienyl dehydrogenase  29.47 
 
 		 314 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.639306  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3229  cyclohexadienyl dehydrogenase  29.47 
 
 		 312 aa  103  2e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.303966 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0497  prephenate dehydrogenase  28.33 
 
 		 293 aa  103  3e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0756332  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0920  prephenate dehydrogenase  30.67 
 
 		 329 aa  103  3e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0948545  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3001  prephenate dehydrogenase  29.17 
 
 		 366 aa  103  3e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000103153  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1361  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  31.6 
 
 		 746 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.290163  normal  0.0329548 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3004  Prephenate dehydrogenase  30.82 
 
 		 313 aa  102  5e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.548838  normal  0.0491743 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1346  prephenate dehydrogenase  28.67 
 
 		 287 aa  103  5e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3037  Prephenate dehydrogenase  31.76 
 
 		 295 aa  102  6e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0470856  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0483  prephenate dehydrogenase  29.25 
 
 		 367 aa  102  7e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1647  Prephenate dehydrogenase  30.41 
 
 		 312 aa  102  7e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.59901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3944  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  31.6 
 
 		 746 aa  102  9e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.474784  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0582  cyclohexadienyl dehydrogenase  29.61 
 
 		 311 aa  101  1e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2957  prephenate dehydrogenase  29.17 
 
 		 366 aa  101  1e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4074  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  31.94 
 
 		 735 aa  100  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00116499  normal  0.153995 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>