296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_2408 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_2408  Prephenate dehydrogenase  100 
 
 		 289 aa  592  1e-168  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2572  prephenate dehydrogenase  58.89 
 
 		 289 aa  349  4e-95  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.474383  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2431  Prephenate dehydrogenase  57.6 
 
 		 288 aa  338  8e-92  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2807  Prephenate dehydrogenase  60.28 
 
 		 289 aa  337  9e-92  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0018  prephenate dehydrogenase  53.17 
 
 		 288 aa  318  9e-86  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2164  Prephenate dehydrogenase  53.38 
 
 		 288 aa  311  6.999999999999999e-84  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.854541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2049  prephenate dehydrogenase  50 
 
 		 290 aa  289  3e-77  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1803  Prephenate dehydrogenase  33.56 
 
 		 373 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.411636  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2607  prephenate dehydrogenase  32.64 
 
 		 290 aa  124  1e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.535811  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3259  Prephenate dehydrogenase  33.22 
 
 		 286 aa  123  4e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10360  Prephenate dehydrogenase  33.2 
 
 		 291 aa  121  9.999999999999999e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000165281  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0991  Prephenate dehydrogenase  32.86 
 
 		 286 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1426  prephenate dehydrogenase  30.31 
 
 		 280 aa  120  3e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000102552  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1796  prephenate dehydrogenase  27.46 
 
 		 365 aa  119  3.9999999999999996e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1162  prephenate dehydrogenase  30.92 
 
 		 286 aa  119  4.9999999999999996e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3803  Prephenate dehydrogenase  32.4 
 
 		 322 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000296114  normal  0.352645 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0992  cyclohexadienyl dehydrogenase  32.73 
 
 		 312 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1206  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  29.67 
 
 		 780 aa  117  1.9999999999999998e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.610993 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1058  Prephenate dehydrogenase  32.86 
 
 		 281 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1463  prephenate dehydrogenase  30.56 
 
 		 286 aa  116  3.9999999999999997e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000154009  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2136  prephenate dehydrogenase  30.45 
 
 		 367 aa  116  3.9999999999999997e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.535624  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1025  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  30.85 
 
 		 742 aa  116  5e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1248  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  29.47 
 
 		 770 aa  115  7.999999999999999e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.757925  normal  0.0192474 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2549  cyclohexadienyl dehydrogenase  30.56 
 
 		 308 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.554787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1195  prephenate dehydrogenase  27.53 
 
 		 286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0659  prephenate dehydrogenase  30.28 
 
 		 276 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.773166  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1685  prephenate dehydrogenase  32.94 
 
 		 276 aa  113  4.0000000000000004e-24  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.138002  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2881  Prephenate dehydrogenase  27.62 
 
 		 366 aa  112  6e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.525395  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2149  Prephenate dehydrogenase  29.76 
 
 		 288 aa  112  6e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1500  prephenate dehydrogenase  30.83 
 
 		 276 aa  112  7.000000000000001e-24  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1184  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  28.23 
 
 		 778 aa  112  9e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.372461 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2997  prephenate dehydrogenase  32.99 
 
 		 328 aa  111  1.0000000000000001e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.268704  normal  0.0386935 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4079  prephenate dehydrogenase  32.17 
 
 		 330 aa  112  1.0000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3229  cyclohexadienyl dehydrogenase  27.42 
 
 		 312 aa  110  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.303966 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2023  prephenate dehydrogenase  33.1 
 
 		 328 aa  110  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000998915 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0743  prephenate dehydrogenase  28.72 
 
 		 334 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0175  prephenate dehydrogenase  28.57 
 
 		 297 aa  109  5e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000165  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0844  Prephenate dehydrogenase  31.71 
 
 		 280 aa  109  7.000000000000001e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0863  prephenate dehydrogenase  29.17 
 
 		 286 aa  108  7.000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0962  prephenate dehydrogenase  29.2 
 
 		 293 aa  108  1e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1311  Prephenate dehydrogenase  30.1 
 
 		 293 aa  108  1e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000231 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1203  prephenate dehydrogenase  31.34 
 
 		 280 aa  108  1e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1988  cyclohexadienyl dehydrogenase  29.96 
 
 		 321 aa  107  2e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1182  prephenate dehydrogenase  30.88 
 
 		 364 aa  107  2e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4033  cyclohexadienyl dehydrogenase  28.92 
 
 		 311 aa  107  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0673  cyclohexadienyl dehydrogenase  26.89 
 
 		 313 aa  107  2e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1914  cyclohexadienyl dehydrogenase  29.6 
 
 		 321 aa  107  3e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1003  prephenate dehydrogenase  27.63 
 
 		 308 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6215  cyclohexadienyl dehydrogenase  28.47 
 
 		 311 aa  106  4e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.951807  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0960  cyclohexadienyl dehydrogenase  28.47 
 
 		 311 aa  106  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0394985  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2794  prephenate dehydrogenase  27.92 
 
 		 292 aa  106  4e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00146158 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0483  prephenate dehydrogenase  29.45 
 
 		 367 aa  106  5e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3283  prephenate dehydrogenase  31.92 
 
 		 298 aa  105  6e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0269718  normal  0.62503 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3085  cyclohexadienyl dehydrogenase  28.18 
 
 		 319 aa  105  7e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3579  cyclohexadienyl dehydrogenase  28.42 
 
 		 308 aa  105  9e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0656619 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2539  prephenate dehydrogenase  29.15 
 
 		 369 aa  105  9e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.213601  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2114  prephenate dehydrogenase  28.95 
 
 		 285 aa  105  1e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.606388 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2195  prephenate dehydrogenase  28.57 
 
 		 319 aa  105  1e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.598463  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3872  cyclohexadienyl dehydrogenase  27.72 
 
 		 307 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.402966  normal  0.0868763 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0725  prephenate dehydrogenase  30.57 
 
 		 339 aa  104  2e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0130127  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1182  cyclohexadienyl dehydrogenase  26.8 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1965  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  31.25 
 
 		 746 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4255  cyclohexadienyl dehydrogenase  26.28 
 
 		 313 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0230  Prephenate dehydrogenase  32.29 
 
 		 275 aa  103  4e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1852  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  30.94 
 
 		 746 aa  103  4e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0582  cyclohexadienyl dehydrogenase  26.25 
 
 		 311 aa  103  5e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2748  prephenate dehydrogenase  27.97 
 
 		 369 aa  102  5e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0928  prephenate dehydrogenase  28.87 
 
 		 296 aa  102  5e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.582282  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1358  Prephenate dehydrogenase  28.03 
 
 		 290 aa  102  6e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.329341  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0943  prephenate dehydrogenase  31.8 
 
 		 276 aa  102  7e-21  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.0000180721  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4102  cyclohexadienyl dehydrogenase  26.78 
 
 		 314 aa  102  7e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.639306  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4928  cyclohexadienyl dehydrogenase  26.49 
 
 		 313 aa  102  7e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0515  prephenate dehydrogenase  28.97 
 
 		 284 aa  102  7e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.331707  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4722  prephenate dehydrogenase  28.01 
 
 		 292 aa  102  9e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3007  cyclohexadienyl dehydrogenase  26.92 
 
 		 301 aa  101  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1009  Prephenate dehydrogenase  30.28 
 
 		 364 aa  101  1e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000207637 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0930  prephenate dehydrogenase  29.35 
 
 		 293 aa  101  1e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000476657  normal  0.448551 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1074  prephenate dehydrogenase  29.35 
 
 		 293 aa  101  1e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0222409  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2100  cyclohexadienyl dehydrogenase  26.19 
 
 		 310 aa  102  1e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2260  prephenate dehydrogenase  27.76 
 
 		 322 aa  102  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.341011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1908  prephenate dehydrogenase  26.8 
 
 		 354 aa  102  1e-20  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1346  prephenate dehydrogenase  28.12 
 
 		 287 aa  101  1e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2212  cyclohexadienyl dehydrogenase  29.11 
 
 		 311 aa  101  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2945  cyclohexadienyl dehydrogenase  26.92 
 
 		 313 aa  102  1e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0241407 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1150  Prephenate dehydrogenase  31.33 
 
 		 367 aa  101  2e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0953  prephenate dehydrogenase  28.72 
 
 		 288 aa  101  2e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.02487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1886  cyclohexadienyl/prephenate dehydrogenase  28.87 
 
 		 288 aa  100  2e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000040742  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4157  prephenate dehydrogenase  27.57 
 
 		 308 aa  101  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.718044 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3263  cyclohexadienyl dehydrogenase  29.27 
 
 		 298 aa  100  2e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1620  Prephenate dehydrogenase  29.32 
 
 		 270 aa  100  2e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.908357  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1568  prephenate dehydrogenase  26.6 
 
 		 290 aa  100  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.513698  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1040  prephenate dehydrogenase  29.79 
 
 		 370 aa  101  2e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0214321 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0565  prephenate dehydrogenase  26.97 
 
 		 329 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23310  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  30.29 
 
 		 746 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0308529 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1044  prephenate dehydrogenase  26.97 
 
 		 329 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2573  prephenate dehydrogenase  29.27 
 
 		 298 aa  100  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.256173  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0125  prephenate dehydrogenase  28.11 
 
 		 275 aa  100  4e-20  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3122  prephenate dehydrogenase  25.83 
 
 		 300 aa  100  4e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0305088 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3944  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  30.2 
 
 		 746 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.474784  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1377  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  30.87 
 
 		 746 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>