274 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_2539 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_2539  prephenate dehydrogenase  100 
 
 
369 aa  753    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.213601  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1796  prephenate dehydrogenase  44.63 
 
 
365 aa  281  9e-75  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2881  Prephenate dehydrogenase  39.84 
 
 
366 aa  278  1e-73  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.525395  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2136  prephenate dehydrogenase  39.73 
 
 
367 aa  249  6e-65  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.535624  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0483  prephenate dehydrogenase  38.63 
 
 
367 aa  236  4e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2748  prephenate dehydrogenase  36.02 
 
 
369 aa  220  3e-56  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2954  prephenate dehydrogenase  36.64 
 
 
378 aa  219  7e-56  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.140403  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2954  prephenate dehydrogenase  36.91 
 
 
366 aa  219  7.999999999999999e-56  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.0651000000000002e-25 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2745  prephenate dehydrogenase  36.64 
 
 
366 aa  218  1e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2695  prephenate dehydrogenase  36.64 
 
 
366 aa  218  2e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2674  prephenate dehydrogenase  36.91 
 
 
366 aa  218  2e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2283  prephenate dehydrogenase  37.19 
 
 
366 aa  216  5e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000918278 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2957  prephenate dehydrogenase  36.36 
 
 
366 aa  215  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3001  prephenate dehydrogenase  36.64 
 
 
366 aa  215  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000103153  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2995  prephenate dehydrogenase  36.09 
 
 
378 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.15809  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1150  Prephenate dehydrogenase  32.88 
 
 
367 aa  205  1e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1009  Prephenate dehydrogenase  33.88 
 
 
364 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207637 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1803  Prephenate dehydrogenase  34.07 
 
 
373 aa  199  5e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.411636  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1040  prephenate dehydrogenase  31.11 
 
 
370 aa  197  2.0000000000000003e-49  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.0214321 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0692  prephenate dehydrogenase  31.97 
 
 
368 aa  197  3e-49  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0936  prephenate dehydrogenase  37.5 
 
 
362 aa  196  5.000000000000001e-49  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1455  prephenate dehydrogenase  33.72 
 
 
363 aa  192  9e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1426  prephenate dehydrogenase  33.72 
 
 
363 aa  192  9e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1333  prephenate dehydrogenase  32.67 
 
 
375 aa  188  1e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000339582  normal  0.134491 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1182  prephenate dehydrogenase  30.48 
 
 
364 aa  185  9e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1426  prephenate dehydrogenase  37.46 
 
 
280 aa  173  5e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000102552  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1908  prephenate dehydrogenase  37.16 
 
 
354 aa  172  5.999999999999999e-42  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1613  Prephenate dehydrogenase  31.23 
 
 
360 aa  170  3e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0397928 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1195  prephenate dehydrogenase  34.77 
 
 
286 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1150  prephenate dehydrogenase  31.51 
 
 
299 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0141038  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0566  prephenate dehydrogenase  33.57 
 
 
291 aa  166  8e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2607  prephenate dehydrogenase  30.74 
 
 
290 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.535811  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0175  prephenate dehydrogenase  33.1 
 
 
297 aa  164  3e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000165  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1349  prephenate dehydrogenase  30.33 
 
 
334 aa  162  6e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000774575  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1025  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  31.69 
 
 
742 aa  160  3e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1346  prephenate dehydrogenase  31.8 
 
 
287 aa  160  4e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06830  prephenate dehydrogenase  32.33 
 
 
379 aa  159  5e-38  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.397178 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2857  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  33.45 
 
 
748 aa  159  7e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0613537  hitchhiker  0.0000000406549 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1965  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  33.45 
 
 
746 aa  159  8e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1886  cyclohexadienyl/prephenate dehydrogenase  31.8 
 
 
288 aa  158  1e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000040742  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0844  Prephenate dehydrogenase  34.04 
 
 
280 aa  157  2e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2149  Prephenate dehydrogenase  31.07 
 
 
288 aa  158  2e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2103  Prephenate dehydrogenase  29.8 
 
 
360 aa  157  2e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23310  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  33.79 
 
 
746 aa  157  3e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0308529 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3263  cyclohexadienyl dehydrogenase  29.17 
 
 
298 aa  156  7e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4074  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  31.85 
 
 
735 aa  155  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00116499  normal  0.153995 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1852  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  32.56 
 
 
746 aa  155  2e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5818  Prephenate dehydrogenase  30.28 
 
 
309 aa  153  4e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3259  Prephenate dehydrogenase  31.79 
 
 
286 aa  152  8.999999999999999e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0582  cyclohexadienyl dehydrogenase  31.34 
 
 
311 aa  151  1e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1770  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  33.56 
 
 
746 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.151149  normal  0.0620649 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0991  Prephenate dehydrogenase  31.07 
 
 
286 aa  150  2e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1209  Prephenate dehydrogenase  32.86 
 
 
293 aa  151  2e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0228431  normal  0.063909 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1463  prephenate dehydrogenase  31.8 
 
 
286 aa  150  3e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000154009  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2165  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  32.61 
 
 
750 aa  150  3e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.166945  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0176  prephenate dehydrogenase  33.22 
 
 
286 aa  150  5e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.327955  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3944  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  33.45 
 
 
746 aa  150  5e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.474784  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0930  prephenate dehydrogenase  31.36 
 
 
293 aa  149  7e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000476657  normal  0.448551 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1074  prephenate dehydrogenase  31.36 
 
 
293 aa  149  7e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0222409  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1361  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  33.22 
 
 
746 aa  149  8e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.290163  normal  0.0329548 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1209  Arogenate dehydrogenase  30.25 
 
 
318 aa  149  9e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0362078 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0863  prephenate dehydrogenase  31.1 
 
 
286 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1377  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  32.88 
 
 
746 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15850  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  31.51 
 
 
752 aa  147  3e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3644  prephenate dehydrogenase  32.5 
 
 
534 aa  146  5e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0309722  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4928  cyclohexadienyl dehydrogenase  29.23 
 
 
313 aa  146  6e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3737  Prephenate dehydrogenase  26.93 
 
 
356 aa  146  6e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0795194 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1182  cyclohexadienyl dehydrogenase  31.23 
 
 
311 aa  145  9e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2500  prephenate dehydrogenase  28.03 
 
 
361 aa  145  1e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1748  prephenate dehydrogenase/3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase family protein  31.79 
 
 
535 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0692741  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0673  cyclohexadienyl dehydrogenase  30.28 
 
 
313 aa  144  2e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4255  cyclohexadienyl dehydrogenase  29.93 
 
 
313 aa  144  3e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4284  cyclohexadienyl dehydrogenase  30.28 
 
 
314 aa  144  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0191786 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5258  prephenate dehydrogenase  28.87 
 
 
307 aa  143  5e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.426217  normal  0.0448039 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4079  prephenate dehydrogenase  31.49 
 
 
330 aa  143  6e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2195  prephenate dehydrogenase  31.79 
 
 
319 aa  142  6e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.598463  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1203  prephenate dehydrogenase  33.86 
 
 
280 aa  142  9.999999999999999e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4102  cyclohexadienyl dehydrogenase  29.58 
 
 
314 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.639306  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0393  arogenate dehydrogenase  30.18 
 
 
313 aa  142  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0833829  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1416  prephenate dehydrogenase  30.45 
 
 
290 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0973759  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0725  prephenate dehydrogenase  29.05 
 
 
339 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0130127  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2945  cyclohexadienyl dehydrogenase  29.93 
 
 
313 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0241407 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4139  prephenate dehydrogenase  28.52 
 
 
348 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.343894  normal  0.0588335 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0928  prephenate dehydrogenase  32.52 
 
 
296 aa  140  3e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.582282  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1540  Prephenate dehydrogenase  31.69 
 
 
285 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0953  prephenate dehydrogenase  33.09 
 
 
288 aa  139  7.999999999999999e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.02487  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1647  Prephenate dehydrogenase  29.93 
 
 
312 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.59901  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1334  Prephenate dehydrogenase  29.37 
 
 
292 aa  139  8.999999999999999e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.530233  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3007  cyclohexadienyl dehydrogenase  26.79 
 
 
301 aa  139  8.999999999999999e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2462  prephenate dehydrogenase  30 
 
 
361 aa  139  8.999999999999999e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2146  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  30.04 
 
 
745 aa  139  1e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.470632  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3229  cyclohexadienyl dehydrogenase  30.88 
 
 
312 aa  139  1e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.303966 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3393  Prephenate dehydrogenase  31.01 
 
 
303 aa  139  1e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2573  prephenate dehydrogenase  32.98 
 
 
298 aa  138  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.256173  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1022  Prephenate dehydrogenase  31.82 
 
 
291 aa  137  2e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.108849  unclonable  0.0000000000327113 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2242  prephenate dehydrogenase  30.39 
 
 
294 aa  138  2e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0847  Prephenate dehydrogenase  31.14 
 
 
292 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.052924 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0900  prephenate dehydrogenase  31.82 
 
 
301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2212  cyclohexadienyl dehydrogenase  29.62 
 
 
311 aa  137  4e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1331  Prephenate dehydrogenase  30.77 
 
 
390 aa  136  5e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.762233  normal  0.318858 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>