More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_1429 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013162  Coch_1429  prephenate dehydrogenase  100 
 
 
279 aa  573  1.0000000000000001e-162  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.394252  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0515  prephenate dehydrogenase  49.82 
 
 
284 aa  289  3e-77  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.331707  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1939  prephenate dehydrogenase  47.84 
 
 
280 aa  258  9e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6542  Prephenate dehydrogenase  47.64 
 
 
285 aa  249  3e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3793  prephenate dehydrogenase  46.4 
 
 
282 aa  242  6e-63  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3139  prephenate dehydrogenase  46.55 
 
 
285 aa  238  6.999999999999999e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0659  prephenate dehydrogenase  38.69 
 
 
276 aa  191  9e-48  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.773166  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0230  Prephenate dehydrogenase  39.15 
 
 
275 aa  182  5.0000000000000004e-45  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1203  prephenate dehydrogenase  35.5 
 
 
280 aa  169  3e-41  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2195  prephenate dehydrogenase  36.01 
 
 
319 aa  167  2e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.598463  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1500  prephenate dehydrogenase  36.29 
 
 
276 aa  166  5e-40  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0943  prephenate dehydrogenase  36.11 
 
 
276 aa  164  1.0000000000000001e-39  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.0000180721  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2225  prephenate dehydrogenase  36.51 
 
 
276 aa  165  1.0000000000000001e-39  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000370984  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0165  prephenate dehydrogenase  35.86 
 
 
275 aa  158  9e-38  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000395758  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0930  prephenate dehydrogenase  35.56 
 
 
293 aa  157  1e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000476657  normal  0.448551 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1074  prephenate dehydrogenase  35.56 
 
 
293 aa  157  1e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0222409  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0143  prephenate dehydrogenase  35.86 
 
 
275 aa  158  1e-37  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000169587  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0125  prephenate dehydrogenase  35.06 
 
 
275 aa  154  2e-36  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0175  prephenate dehydrogenase  36.8 
 
 
297 aa  153  2.9999999999999998e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000165  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0582  cyclohexadienyl dehydrogenase  33.69 
 
 
311 aa  152  5e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1685  prephenate dehydrogenase  33.08 
 
 
276 aa  151  1e-35  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.138002  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0216  prephenate dehydrogenase  34.26 
 
 
275 aa  151  1e-35  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00047126  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4928  cyclohexadienyl dehydrogenase  32.74 
 
 
313 aa  149  4e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1182  cyclohexadienyl dehydrogenase  33.45 
 
 
311 aa  149  4e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4255  cyclohexadienyl dehydrogenase  32.03 
 
 
313 aa  149  5e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0953  prephenate dehydrogenase  33.69 
 
 
288 aa  149  7e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.02487  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1416  prephenate dehydrogenase  36.04 
 
 
290 aa  148  8e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0973759  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1334  Prephenate dehydrogenase  33.1 
 
 
292 aa  147  1.0000000000000001e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.530233  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5818  Prephenate dehydrogenase  32.03 
 
 
309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1568  prephenate dehydrogenase  34.91 
 
 
290 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.513698  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3259  Prephenate dehydrogenase  32.46 
 
 
286 aa  146  3e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0673  cyclohexadienyl dehydrogenase  32.75 
 
 
313 aa  146  4.0000000000000006e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4102  cyclohexadienyl dehydrogenase  31.32 
 
 
314 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.639306  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0991  Prephenate dehydrogenase  31.72 
 
 
286 aa  144  1e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5258  prephenate dehydrogenase  31.32 
 
 
307 aa  144  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.426217  normal  0.0448039 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4284  cyclohexadienyl dehydrogenase  31.67 
 
 
314 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0191786 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2149  Prephenate dehydrogenase  33.33 
 
 
288 aa  142  6e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1592  prephenate dehydrogenase  34.29 
 
 
312 aa  141  9e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.136189  normal  0.110316 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3263  cyclohexadienyl dehydrogenase  30.71 
 
 
298 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1234  prephenate dehydrogenase  32.98 
 
 
289 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.946096 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1873  Prephenate dehydrogenase  34.29 
 
 
312 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.114366  normal  0.172447 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1009  Prephenate dehydrogenase  34.41 
 
 
364 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207637 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2136  prephenate dehydrogenase  32.25 
 
 
367 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.535624  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2945  cyclohexadienyl dehydrogenase  32.26 
 
 
313 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0241407 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1003  prephenate dehydrogenase  33.33 
 
 
308 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1647  Prephenate dehydrogenase  32.5 
 
 
312 aa  140  3e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.59901  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1408  cyclohexadienyl dehydrogenase  31.43 
 
 
311 aa  140  3e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.19218  normal  0.384152 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1195  prephenate dehydrogenase  33.69 
 
 
286 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2260  prephenate dehydrogenase  35.47 
 
 
322 aa  139  6e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.341011  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1209  Prephenate dehydrogenase  32.51 
 
 
293 aa  139  7e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0228431  normal  0.063909 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2607  prephenate dehydrogenase  31.21 
 
 
290 aa  138  7.999999999999999e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.535811  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0308  arogenate dehydrogenase  31.56 
 
 
320 aa  138  7.999999999999999e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.582436  normal  0.172957 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0992  cyclohexadienyl dehydrogenase  30.25 
 
 
312 aa  137  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2100  cyclohexadienyl dehydrogenase  31.18 
 
 
310 aa  138  1e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0566  prephenate dehydrogenase  34.77 
 
 
291 aa  137  2e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1988  cyclohexadienyl dehydrogenase  30.25 
 
 
321 aa  137  2e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4033  cyclohexadienyl dehydrogenase  30.6 
 
 
311 aa  137  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1393  Prephenate dehydrogenase  34.42 
 
 
294 aa  137  2e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0627077  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2467  prephenate dehydrogenase  34.42 
 
 
294 aa  137  2e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.200219 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3737  Prephenate dehydrogenase  30.22 
 
 
356 aa  137  3.0000000000000003e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0795194 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0393  arogenate dehydrogenase  30.63 
 
 
313 aa  136  3.0000000000000003e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0833829  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3872  cyclohexadienyl dehydrogenase  30.11 
 
 
307 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.402966  normal  0.0868763 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2794  prephenate dehydrogenase  33.09 
 
 
292 aa  137  3.0000000000000003e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00146158 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0979  prephenate dehydrogenase  34.85 
 
 
310 aa  136  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1914  cyclohexadienyl dehydrogenase  29.89 
 
 
321 aa  136  4e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1584  prephenate dehydrogenase  32.18 
 
 
317 aa  135  5e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.406004 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3037  Prephenate dehydrogenase  33.21 
 
 
295 aa  135  6.0000000000000005e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0470856  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1791  prephenate dehydrogenase  34.06 
 
 
292 aa  135  6.0000000000000005e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00108335 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0565  prephenate dehydrogenase  33.33 
 
 
329 aa  135  8e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1044  prephenate dehydrogenase  33.33 
 
 
329 aa  135  8e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0776  Prephenate dehydrogenase  32.73 
 
 
302 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00454993 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0847  Prephenate dehydrogenase  32.36 
 
 
292 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.052924 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2146  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  32.86 
 
 
745 aa  134  9.999999999999999e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.470632  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3004  Prephenate dehydrogenase  34.21 
 
 
313 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.548838  normal  0.0491743 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1209  Arogenate dehydrogenase  29.54 
 
 
318 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0362078 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0906  putative prephenate dehydrogenase oxidoreductase protein  32.73 
 
 
298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1886  cyclohexadienyl/prephenate dehydrogenase  32.84 
 
 
288 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000040742  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0199  bifunctional prephenate dehydrogenase/3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  34.98 
 
 
749 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0949  bifunctional prephenate dehydrogenase/3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  34.98 
 
 
749 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1346  prephenate dehydrogenase  30.5 
 
 
287 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2574  bifunctional prephenate dehydrogenase/3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  34.98 
 
 
749 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.593248  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3122  prephenate dehydrogenase  33.58 
 
 
300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0305088 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1361  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  34.15 
 
 
746 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.290163  normal  0.0329548 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1796  prephenate dehydrogenase  30.22 
 
 
365 aa  133  3e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1616  Prephenate dehydrogenase  36.03 
 
 
293 aa  133  3.9999999999999996e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1358  Prephenate dehydrogenase  32.2 
 
 
290 aa  132  5e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.329341  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2549  cyclohexadienyl dehydrogenase  31.16 
 
 
308 aa  132  5e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.554787  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0920  prephenate dehydrogenase  32.99 
 
 
329 aa  132  5e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0948545  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3007  cyclohexadienyl dehydrogenase  29.29 
 
 
301 aa  132  5e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3944  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  34.15 
 
 
746 aa  132  5e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.474784  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2857  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  32.49 
 
 
748 aa  131  9e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0613537  hitchhiker  0.0000000406549 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0962  prephenate dehydrogenase  31.41 
 
 
293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4074  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  31.8 
 
 
735 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00116499  normal  0.153995 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0743  prephenate dehydrogenase  33.83 
 
 
334 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1248  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  30.77 
 
 
770 aa  131  1.0000000000000001e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.757925  normal  0.0192474 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0863  prephenate dehydrogenase  30.47 
 
 
286 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2242  prephenate dehydrogenase  32.36 
 
 
294 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1832  Prephenate dehydrogenase  28.17 
 
 
302 aa  130  3e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1770  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  34.39 
 
 
746 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.151149  normal  0.0620649 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4157  prephenate dehydrogenase  33.22 
 
 
308 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.718044 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>