124 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_01188 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010717  PXO_01188  prephenate dehydrogenase  100 
 
 
375 aa  761    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.282588  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1510  prephenate dehydrogenase  69.35 
 
 
373 aa  524  1e-148  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1453  prephenate dehydrogenase  69.35 
 
 
373 aa  525  1e-148  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.542491  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1605  prephenate dehydrogenase  70.6 
 
 
374 aa  505  9.999999999999999e-143  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.294712  normal  0.381468 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1560  prephenate dehydrogenase  35.18 
 
 
276 aa  129  8.000000000000001e-29  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1024  prephenate dehydrogenase  25.08 
 
 
447 aa  122  9e-27  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0599  hypothetical protein  33.04 
 
 
288 aa  117  5e-25  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0114109  normal  0.0489829 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0061  prephenate dehydrogenase  24.01 
 
 
443 aa  112  8.000000000000001e-24  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.532803  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2608  Prephenate dehydrogenase  33.07 
 
 
283 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.749464 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0760  prephenate dehydrogenase  23.75 
 
 
443 aa  111  3e-23  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.504632  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1158  prephenate dehydrogenase  23.48 
 
 
439 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1033  prephenate dehydrogenase  31.8 
 
 
274 aa  109  8.000000000000001e-23  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.393372  normal  0.590632 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0227  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  33.45 
 
 
375 aa  108  1e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1300  prephenate dehydrogenase  31.05 
 
 
274 aa  107  3e-22  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.580426  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0827  prephenate dehydrogenase  24.03 
 
 
439 aa  105  1e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.666183  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1502  prephenate dehydrogenase  28.9 
 
 
288 aa  104  3e-21  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3767  prephenate dehydrogenase  30.04 
 
 
242 aa  100  6e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000142598  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01712  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  30.38 
 
 
384 aa  99  1e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.149825  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1259  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  32 
 
 
379 aa  98.2  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00675448  hitchhiker  0.000301963 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1164  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  31.27 
 
 
379 aa  93.6  5e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00398091  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1997  prephenate dehydrogenase  25.64 
 
 
437 aa  93.2  6e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2915  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  31.5 
 
 
383 aa  92.8  9e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.449795  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0924  prephenate dehydrogenase  26.32 
 
 
505 aa  92  2e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1946  prephenate dehydrogenase  31.44 
 
 
279 aa  91.3  2e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.772286  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1054  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  31.4 
 
 
384 aa  90.5  4e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.189276  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1215  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  32.06 
 
 
383 aa  89.7  7e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000459834  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3098  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  32.06 
 
 
379 aa  89.4  9e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000040953  normal  0.11712 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1259  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  32.06 
 
 
383 aa  89.4  1e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0378227  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1292  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  32.06 
 
 
383 aa  87.8  3e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0548711  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004405  chorismate mutase I/cyclohexadienyl dehydrogenase  28.15 
 
 
375 aa  87.4  4e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1068  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  30.92 
 
 
384 aa  87.4  4e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0518794  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1173  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  31.3 
 
 
383 aa  87  5e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00322769  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2833  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  30.22 
 
 
379 aa  86.7  7e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00724041  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2915  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  30.22 
 
 
379 aa  86.7  7e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0333151  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3012  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  30.22 
 
 
379 aa  86.3  9e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0411144  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00993  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  27.76 
 
 
375 aa  85.9  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1362  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  30.42 
 
 
379 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1588  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  29.73 
 
 
375 aa  84  0.000000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0654  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  27.85 
 
 
377 aa  83.6  0.000000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2749  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  30.59 
 
 
384 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.186478  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0287  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  26.95 
 
 
375 aa  82.4  0.00000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6599  chorismate mutase  27.73 
 
 
375 aa  80.1  0.00000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0437  prephenate dehydrogenase  26.91 
 
 
288 aa  79  0.0000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000137716  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0894  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  29.96 
 
 
379 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.121322  normal  0.591266 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0880  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  28.35 
 
 
373 aa  78.2  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.404976  normal  0.139237 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3953  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  27.47 
 
 
381 aa  77  0.0000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_403  prephenate dehydrogenase  25.09 
 
 
287 aa  77.4  0.0000000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000225812  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3079  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  28.01 
 
 
373 aa  77.4  0.0000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.394407  normal  0.0294046 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0671  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  29.15 
 
 
374 aa  77  0.0000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.106766  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1648  hypothetical protein  28.57 
 
 
351 aa  76.3  0.0000000000009  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.0329926 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2854  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  27.92 
 
 
373 aa  75.5  0.000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.663764  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3483  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  29.07 
 
 
373 aa  72.8  0.000000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.250939 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1074  chorismate mutase  26.6 
 
 
373 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.134673  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3839  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  26.6 
 
 
373 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00182808  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02489  fused chorismate mutase T/prephenate dehydrogenase  26.6 
 
 
373 aa  72  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.555514  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02453  hypothetical protein  26.6 
 
 
373 aa  72  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.58394  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3219  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  30 
 
 
373 aa  71.6  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2757  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  26.6 
 
 
373 aa  72  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000176639  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2884  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  26.6 
 
 
373 aa  72  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0271953  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3356  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  30 
 
 
373 aa  71.6  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1083  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  26.6 
 
 
373 aa  72  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.676844  hitchhiker  0.000106918 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2752  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  26.6 
 
 
373 aa  72  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000708785  normal  0.0483395 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2987  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  26.6 
 
 
373 aa  72  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000572711  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3543  prephenate dehydrogenase  28.63 
 
 
254 aa  70.5  0.00000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.372854 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0998  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  26.74 
 
 
372 aa  68.9  0.0000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2884  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  26.33 
 
 
373 aa  68.2  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.28721 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2813  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  26.33 
 
 
373 aa  68.2  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2996  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  26.33 
 
 
373 aa  68.2  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2882  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  26.33 
 
 
373 aa  68.2  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0721758  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2863  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  26.33 
 
 
373 aa  67.8  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0273979 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0997  prephenate dehydrogenase  28.63 
 
 
237 aa  67.4  0.0000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.119392  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0460  prephenate dehydrogenase  23.68 
 
 
287 aa  67  0.0000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000113439  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1132  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  26.32 
 
 
373 aa  67  0.0000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1274  prephenate dehydrogenase  31.71 
 
 
245 aa  66.2  0.0000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.885753  normal  0.198911 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3147  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  25.94 
 
 
373 aa  65.9  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1426  prephenate dehydrogenase  25.08 
 
 
363 aa  63.5  0.000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1455  prephenate dehydrogenase  25.08 
 
 
363 aa  63.5  0.000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2269  Prephenate dehydrogenase  25.34 
 
 
371 aa  63.2  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00760536 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2607  prephenate dehydrogenase  27.43 
 
 
290 aa  63.2  0.000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.535811  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4010  prephenate dehydrogenase  27.8 
 
 
266 aa  62.4  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.246742  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4379  Prephenate dehydrogenase  27.56 
 
 
266 aa  62.8  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0691262  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3943  prephenate dehydrogenase  26.56 
 
 
281 aa  62  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4492  Prephenate dehydrogenase  27.34 
 
 
267 aa  58.9  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.192992  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4586  Prephenate dehydrogenase  25.66 
 
 
294 aa  57.8  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1209  Prephenate dehydrogenase  27.13 
 
 
293 aa  57.4  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0228431  normal  0.063909 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1369  Prephenate dehydrogenase  28.85 
 
 
257 aa  56.6  0.0000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2473  prephenate dehydrogenase  25.56 
 
 
258 aa  52.8  0.00001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.413514  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0863  prephenate dehydrogenase  26.52 
 
 
286 aa  51.6  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23140  chorismate mutase, clade 2  29.96 
 
 
706 aa  50.8  0.00004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.839893  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0118  Prephenate dehydrogenase  24.15 
 
 
262 aa  50.1  0.00006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0890  prephenate dehydrogenase  26.01 
 
 
253 aa  48.1  0.0002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1463  prephenate dehydrogenase  26.92 
 
 
286 aa  48.1  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000154009  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0545  prephenate dehydrogenase  22.41 
 
 
283 aa  48.1  0.0002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1182  prephenate dehydrogenase  26.32 
 
 
364 aa  47.8  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1009  Prephenate dehydrogenase  25.83 
 
 
364 aa  48.1  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207637 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2357  Prephenate dehydrogenase  30.11 
 
 
243 aa  47.8  0.0003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.350726  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0936  prephenate dehydrogenase  22.3 
 
 
362 aa  47.4  0.0004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1852  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  29.14 
 
 
746 aa  47.4  0.0004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0440  prephenate dehydrogenase  25.56 
 
 
301 aa  47  0.0005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2136  prephenate dehydrogenase  25.63 
 
 
367 aa  46.6  0.0007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.535624  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>