283 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_01712 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_01712  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  100 
 
 
384 aa  796    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.149825  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1588  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  60.16 
 
 
375 aa  484  1e-135  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0880  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  55.53 
 
 
373 aa  443  1e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.404976  normal  0.139237 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3079  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  53.64 
 
 
373 aa  439  9.999999999999999e-123  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.394407  normal  0.0294046 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3356  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  54.99 
 
 
373 aa  436  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004405  chorismate mutase I/cyclohexadienyl dehydrogenase  53.39 
 
 
375 aa  435  1e-121  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3483  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  54.99 
 
 
373 aa  437  1e-121  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.250939 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3219  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  54.99 
 
 
373 aa  436  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0654  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  53.93 
 
 
377 aa  436  1e-121  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00993  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  53.66 
 
 
375 aa  434  1e-120  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0227  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  54.05 
 
 
375 aa  434  1e-120  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02489  fused chorismate mutase T/prephenate dehydrogenase  53.64 
 
 
373 aa  427  1e-118  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.555514  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1074  chorismate mutase  53.64 
 
 
373 aa  427  1e-118  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.134673  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02453  hypothetical protein  53.64 
 
 
373 aa  427  1e-118  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.58394  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2884  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  53.37 
 
 
373 aa  426  1e-118  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0271953  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1083  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  53.64 
 
 
373 aa  427  1e-118  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.676844  hitchhiker  0.000106918 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2987  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  53.64 
 
 
373 aa  427  1e-118  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000572711  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3839  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  53.64 
 
 
373 aa  427  1e-118  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00182808  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2757  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  53.64 
 
 
373 aa  427  1e-118  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000176639  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2752  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  53.64 
 
 
373 aa  427  1e-118  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000708785  normal  0.0483395 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2996  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  52.83 
 
 
373 aa  424  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2863  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  52.56 
 
 
373 aa  422  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0273979 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2813  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  52.83 
 
 
373 aa  424  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2884  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  52.83 
 
 
373 aa  424  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.28721 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2882  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  52.56 
 
 
373 aa  422  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0721758  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1132  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  52.3 
 
 
373 aa  418  1e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2854  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  53.66 
 
 
373 aa  420  1e-116  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.663764  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3147  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  52.3 
 
 
373 aa  419  1e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3953  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  56.49 
 
 
381 aa  415  9.999999999999999e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0998  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  52.85 
 
 
372 aa  417  9.999999999999999e-116  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0287  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  50.4 
 
 
375 aa  405  1.0000000000000001e-112  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1068  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  51.08 
 
 
384 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0518794  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1164  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  51.35 
 
 
379 aa  396  1e-109  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00398091  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0894  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  50.81 
 
 
379 aa  392  1e-108  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.121322  normal  0.591266 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2833  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  50.81 
 
 
379 aa  388  1e-107  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00724041  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2915  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  50.81 
 
 
379 aa  388  1e-107  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0333151  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3012  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  50.81 
 
 
379 aa  389  1e-107  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0411144  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1173  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  51.35 
 
 
383 aa  389  1e-107  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00322769  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1259  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  50.81 
 
 
379 aa  389  1e-107  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00675448  hitchhiker  0.000301963 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1362  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  50.81 
 
 
379 aa  387  1e-106  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3098  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  50.27 
 
 
379 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000040953  normal  0.11712 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1054  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  49.46 
 
 
384 aa  386  1e-106  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.189276  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1259  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  50.27 
 
 
383 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0378227  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1215  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  50.27 
 
 
383 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000459834  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1292  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  50 
 
 
383 aa  383  1e-105  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0548711  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2915  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  50.41 
 
 
383 aa  373  1e-102  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.449795  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2749  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  50.27 
 
 
384 aa  370  1e-101  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.186478  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0671  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  46.34 
 
 
374 aa  368  1e-101  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.106766  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23140  chorismate mutase, clade 2  41.52 
 
 
706 aa  204  2e-51  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.839893  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2269  Prephenate dehydrogenase  36.09 
 
 
371 aa  167  2e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00760536 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1560  prephenate dehydrogenase  34.85 
 
 
276 aa  156  5.0000000000000005e-37  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1300  prephenate dehydrogenase  32.58 
 
 
274 aa  152  1e-35  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.580426  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0599  hypothetical protein  31.4 
 
 
288 aa  139  1e-31  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0114109  normal  0.0489829 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1033  prephenate dehydrogenase  31.45 
 
 
274 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.393372  normal  0.590632 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2608  Prephenate dehydrogenase  30.37 
 
 
283 aa  136  5e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.749464 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0924  prephenate dehydrogenase  30.5 
 
 
505 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1024  prephenate dehydrogenase  30.29 
 
 
447 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1158  prephenate dehydrogenase  31.29 
 
 
439 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0061  prephenate dehydrogenase  30.94 
 
 
443 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.532803  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0760  prephenate dehydrogenase  31.29 
 
 
443 aa  127  3e-28  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.504632  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3767  prephenate dehydrogenase  32.91 
 
 
242 aa  126  7e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000142598  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0827  prephenate dehydrogenase  28.16 
 
 
439 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.666183  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1997  prephenate dehydrogenase  28.1 
 
 
437 aa  116  7.999999999999999e-25  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1502  prephenate dehydrogenase  30.29 
 
 
288 aa  113  5e-24  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1648  hypothetical protein  23.82 
 
 
351 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.0329926 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1946  prephenate dehydrogenase  28.32 
 
 
279 aa  110  5e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.772286  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6599  chorismate mutase  27.34 
 
 
375 aa  108  2e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1510  prephenate dehydrogenase  31.06 
 
 
373 aa  107  5e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2473  prephenate dehydrogenase  31.2 
 
 
258 aa  106  6e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.413514  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1453  prephenate dehydrogenase  30.68 
 
 
373 aa  104  2e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.542491  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01188  prephenate dehydrogenase  32.74 
 
 
375 aa  101  3e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.282588  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1605  prephenate dehydrogenase  31.9 
 
 
374 aa  100  5e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.294712  normal  0.381468 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0118  Prephenate dehydrogenase  27.72 
 
 
262 aa  96.3  8e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2811  Prephenate dehydrogenase  28.7 
 
 
259 aa  92.8  9e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0334  Prephenate dehydrogenase  27.47 
 
 
292 aa  92.8  1e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4586  Prephenate dehydrogenase  24.25 
 
 
294 aa  90.5  4e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1747  Prephenate dehydrogenase  27.66 
 
 
263 aa  87  4e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3485  prephenate dehydrogenase  27.95 
 
 
260 aa  84  0.000000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0460  prephenate dehydrogenase  23.68 
 
 
287 aa  80.9  0.00000000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000113439  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1877  chorismate mutase / prephenate dehydrogenase  27.08 
 
 
344 aa  79.7  0.00000000000008  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.786603 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_403  prephenate dehydrogenase  23.13 
 
 
287 aa  74.7  0.000000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000225812  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1278  chorismate mutase  24.35 
 
 
346 aa  73.2  0.000000000007  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0437  prephenate dehydrogenase  22.9 
 
 
288 aa  72  0.00000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000137716  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1368  Prephenate dehydrogenase  28.98 
 
 
332 aa  72  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1274  prephenate dehydrogenase  28.87 
 
 
245 aa  68.9  0.0000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.885753  normal  0.198911 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2392  Prephenate dehydrogenase  28 
 
 
287 aa  63.5  0.000000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.801901  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2595  chorismate mutase  43.59 
 
 
107 aa  62.8  0.00000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1206  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  26.18 
 
 
780 aa  61.2  0.00000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.610993 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0997  prephenate dehydrogenase  27.07 
 
 
237 aa  60.5  0.00000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.119392  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3447  chorismate mutase  40 
 
 
94 aa  59.7  0.00000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.734851  normal  0.21213 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0545  prephenate dehydrogenase  24.15 
 
 
283 aa  59.3  0.0000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0808  chorismate mutase  25.53 
 
 
333 aa  57.8  0.0000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0594729  normal  0.450237 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2807  Prephenate dehydrogenase  25.69 
 
 
289 aa  57.4  0.0000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_404  chorismate mutase / prephenate dehydratase  37.33 
 
 
358 aa  57.8  0.0000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000273444  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0801  chorismate mutase  36.71 
 
 
359 aa  57.8  0.0000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0026  chorismate mutase  37.18 
 
 
96 aa  57  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.630084  normal  0.0206275 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1184  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  24.61 
 
 
778 aa  57  0.0000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.372461 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2357  Prephenate dehydrogenase  28.51 
 
 
243 aa  57.4  0.0000005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.350726  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3340  chorismate mutase  41.77 
 
 
108 aa  57  0.0000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.113481  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1535  prephenate dehydrogenase  28 
 
 
369 aa  57  0.0000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000209792 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>