More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_6542 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_6542  Prephenate dehydrogenase  100 
 
 
285 aa  583  1e-166  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3139  prephenate dehydrogenase  70.53 
 
 
285 aa  431  1e-120  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1939  prephenate dehydrogenase  48.75 
 
 
280 aa  283  2.0000000000000002e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0515  prephenate dehydrogenase  46.67 
 
 
284 aa  270  2e-71  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.331707  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3793  prephenate dehydrogenase  45.36 
 
 
282 aa  263  2e-69  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1429  prephenate dehydrogenase  47.64 
 
 
279 aa  249  3e-65  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.394252  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0943  prephenate dehydrogenase  36.8 
 
 
276 aa  169  6e-41  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.0000180721  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0659  prephenate dehydrogenase  34.64 
 
 
276 aa  169  7e-41  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.773166  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0230  Prephenate dehydrogenase  36.36 
 
 
275 aa  167  2e-40  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1500  prephenate dehydrogenase  36.51 
 
 
276 aa  167  2e-40  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2225  prephenate dehydrogenase  37.2 
 
 
276 aa  164  1.0000000000000001e-39  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000370984  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1685  prephenate dehydrogenase  36.36 
 
 
276 aa  162  4.0000000000000004e-39  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.138002  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0165  prephenate dehydrogenase  37.4 
 
 
275 aa  161  9e-39  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000395758  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0143  prephenate dehydrogenase  37.01 
 
 
275 aa  160  3e-38  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000169587  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1886  cyclohexadienyl/prephenate dehydrogenase  34.06 
 
 
288 aa  159  7e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000040742  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0125  prephenate dehydrogenase  37.01 
 
 
275 aa  158  1e-37  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0216  prephenate dehydrogenase  34.4 
 
 
275 aa  156  3e-37  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00047126  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1346  prephenate dehydrogenase  32.62 
 
 
287 aa  154  2e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1150  prephenate dehydrogenase  32.01 
 
 
299 aa  150  2e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0141038  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1182  cyclohexadienyl dehydrogenase  34.53 
 
 
311 aa  149  4e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1408  cyclohexadienyl dehydrogenase  34.53 
 
 
311 aa  149  4e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.19218  normal  0.384152 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2195  prephenate dehydrogenase  34.59 
 
 
319 aa  148  1.0000000000000001e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.598463  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2607  prephenate dehydrogenase  32.18 
 
 
290 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.535811  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1009  Prephenate dehydrogenase  32.97 
 
 
364 aa  145  5e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207637 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4255  cyclohexadienyl dehydrogenase  32.01 
 
 
313 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0566  prephenate dehydrogenase  34.27 
 
 
291 aa  143  2e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3007  cyclohexadienyl dehydrogenase  32.26 
 
 
301 aa  144  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1003  prephenate dehydrogenase  35 
 
 
308 aa  142  4e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1209  Arogenate dehydrogenase  33.57 
 
 
318 aa  142  5e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0362078 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15850  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  34.41 
 
 
752 aa  142  7e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2573  prephenate dehydrogenase  35.51 
 
 
298 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.256173  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1150  Prephenate dehydrogenase  31.65 
 
 
367 aa  141  9.999999999999999e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0863  prephenate dehydrogenase  31.8 
 
 
286 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0930  prephenate dehydrogenase  34.66 
 
 
293 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000476657  normal  0.448551 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1074  prephenate dehydrogenase  34.66 
 
 
293 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0222409  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4102  cyclohexadienyl dehydrogenase  31.91 
 
 
314 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.639306  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0673  cyclohexadienyl dehydrogenase  32.37 
 
 
313 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4928  cyclohexadienyl dehydrogenase  33.09 
 
 
313 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1334  Prephenate dehydrogenase  32.38 
 
 
292 aa  140  3e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.530233  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0953  prephenate dehydrogenase  33.33 
 
 
288 aa  140  3e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.02487  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1248  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  31.45 
 
 
770 aa  140  3e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.757925  normal  0.0192474 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4284  cyclohexadienyl dehydrogenase  31.65 
 
 
314 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0191786 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1203  prephenate dehydrogenase  32.56 
 
 
280 aa  140  3e-32  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2165  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  33.81 
 
 
750 aa  139  4.999999999999999e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.166945  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3037  Prephenate dehydrogenase  33.85 
 
 
295 aa  139  4.999999999999999e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0470856  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0743  prephenate dehydrogenase  33.96 
 
 
334 aa  139  6e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1416  prephenate dehydrogenase  37.02 
 
 
290 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0973759  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1463  prephenate dehydrogenase  32.57 
 
 
286 aa  139  7.999999999999999e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000154009  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2549  cyclohexadienyl dehydrogenase  31.9 
 
 
308 aa  138  8.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.554787  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3803  Prephenate dehydrogenase  31.12 
 
 
322 aa  138  8.999999999999999e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000296114  normal  0.352645 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0847  Prephenate dehydrogenase  32.48 
 
 
292 aa  137  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.052924 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1311  Prephenate dehydrogenase  31.43 
 
 
293 aa  137  2e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000231 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0308  arogenate dehydrogenase  32.37 
 
 
320 aa  137  2e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.582436  normal  0.172957 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5818  Prephenate dehydrogenase  31.43 
 
 
309 aa  137  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2260  prephenate dehydrogenase  35.38 
 
 
322 aa  137  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.341011  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0565  prephenate dehydrogenase  34.62 
 
 
329 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1044  prephenate dehydrogenase  34.62 
 
 
329 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0582  cyclohexadienyl dehydrogenase  32.01 
 
 
311 aa  136  4e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0175  prephenate dehydrogenase  31.3 
 
 
297 aa  136  5e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000165  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2023  prephenate dehydrogenase  32.52 
 
 
328 aa  135  6.0000000000000005e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000998915 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0776  Prephenate dehydrogenase  32.82 
 
 
302 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00454993 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0960  cyclohexadienyl dehydrogenase  31.65 
 
 
311 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0394985  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6215  cyclohexadienyl dehydrogenase  31.65 
 
 
311 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.951807  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4074  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  33.21 
 
 
735 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00116499  normal  0.153995 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5258  prephenate dehydrogenase  31.79 
 
 
307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.426217  normal  0.0448039 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0920  prephenate dehydrogenase  35.38 
 
 
329 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0948545  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0497  prephenate dehydrogenase  32.5 
 
 
293 aa  133  3e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0756332  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1647  Prephenate dehydrogenase  31.77 
 
 
312 aa  133  3e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.59901  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2149  Prephenate dehydrogenase  34.47 
 
 
288 aa  133  3e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0906  putative prephenate dehydrogenase oxidoreductase protein  32.48 
 
 
298 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2945  cyclohexadienyl dehydrogenase  30.58 
 
 
313 aa  132  5e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0241407 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1852  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  34.78 
 
 
746 aa  132  6e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0176  prephenate dehydrogenase  30.47 
 
 
286 aa  132  7.999999999999999e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.327955  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0718  prephenate dehydrogenase  34.48 
 
 
302 aa  132  7.999999999999999e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0440  prephenate dehydrogenase  31.71 
 
 
301 aa  132  9e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0393  arogenate dehydrogenase  32.37 
 
 
313 aa  131  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0833829  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4157  prephenate dehydrogenase  34.62 
 
 
308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.718044 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1035  cyclohexadienyl dehydrogenase  29.86 
 
 
310 aa  131  1.0000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.514504  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1796  prephenate dehydrogenase  29.09 
 
 
365 aa  131  1.0000000000000001e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1748  prephenate dehydrogenase/3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase family protein  32.97 
 
 
535 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0692741  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2997  prephenate dehydrogenase  31.94 
 
 
328 aa  130  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.268704  normal  0.0386935 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1234  prephenate dehydrogenase  31.68 
 
 
289 aa  129  4.0000000000000003e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.946096 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0979  prephenate dehydrogenase  34.48 
 
 
310 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23310  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  34.53 
 
 
746 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0308529 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1828  Prephenate dehydrogenase  32.63 
 
 
297 aa  129  7.000000000000001e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1182  prephenate dehydrogenase  33.33 
 
 
364 aa  128  8.000000000000001e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0199  bifunctional prephenate dehydrogenase/3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  35.38 
 
 
749 aa  128  8.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0949  bifunctional prephenate dehydrogenase/3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  35.38 
 
 
749 aa  128  8.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1874  prephenate dehydrogenase  32.14 
 
 
313 aa  128  8.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0158043 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2574  bifunctional prephenate dehydrogenase/3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  35.38 
 
 
749 aa  128  8.000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.593248  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2947  bifunctional prephenate dehydrogenase/3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  35.38 
 
 
749 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2881  Prephenate dehydrogenase  30.71 
 
 
366 aa  127  1.0000000000000001e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.525395  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1965  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  33.79 
 
 
746 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2884  bifunctional prephenate dehydrogenase/3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  35.38 
 
 
753 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.052366  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3004  Prephenate dehydrogenase  34.1 
 
 
313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.548838  normal  0.0491743 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1832  Prephenate dehydrogenase  31.23 
 
 
302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3644  prephenate dehydrogenase  33.09 
 
 
534 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0309722  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06830  prephenate dehydrogenase  30.56 
 
 
379 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.397178 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2212  cyclohexadienyl dehydrogenase  30.22 
 
 
311 aa  126  3e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1791  prephenate dehydrogenase  31.78 
 
 
292 aa  126  3e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00108335 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>