143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_02045 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_02045  Site-specific recombinase XerD-like protein  100 
 
 		 424 aa  881    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.317068  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7902  integrase family protein  26.89 
 
 		 353 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.356547  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8481  integrase family protein  26.61 
 
 		 353 aa  110  5e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383754  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6128  integrase family protein  26.99 
 
 		 353 aa  104  3e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.440777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5646  integrase family protein  27.56 
 
 		 353 aa  99.4  1e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.575287  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1883  site-specific recombinase XerD-like  25.68 
 
 		 649 aa  82.8  0.00000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1674  phage integrase family protein  24.09 
 
 		 330 aa  82.8  0.00000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.198845 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0638  putative phage recombinase  29.47 
 
 		 305 aa  73.2  0.000000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0874979  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4377  phage integrase family protein  23.77 
 
 		 371 aa  70.5  0.00000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.53808 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0237  phage integrase family protein  23.77 
 
 		 331 aa  69.7  0.00000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4680  integrase family protein  26.85 
 
 		 346 aa  67.8  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.163759 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2995  integrase family protein  24.84 
 
 		 323 aa  67  0.0000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.941848  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2382  integrase family protein  25.45 
 
 		 354 aa  65.9  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0941885  normal  0.501513 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2384  phage integrase family site specific recombinase  25.23 
 
 		 369 aa  65.1  0.000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2094  integrase family protein  25.15 
 
 		 400 aa  64.7  0.000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000349759  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2981  Tn4652, cointegrate resolution protein S  25.83 
 
 		 323 aa  64.3  0.000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0457753 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0008  DNA integration/recombination/inversion protein  27.67 
 
 		 314 aa  63.2  0.000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.856285  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2033  phage integrase family protein  24.85 
 
 		 369 aa  62.4  0.00000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.294731 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1943  phage integrase family protein  24.07 
 
 		 369 aa  61.2  0.00000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.171548  normal  0.0940691 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1996  phage integrase family protein  24.07 
 
 		 369 aa  61.2  0.00000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0736379 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6146  integrase family protein  26.57 
 
 		 311 aa  60.5  0.00000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1698  Phage integrase  25.71 
 
 		 328 aa  59.3  0.0000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.265406  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2304  phage integrase  26.46 
 
 		 362 aa  59.3  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0327568  normal  0.0181167 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2466  integrase family protein  25.25 
 
 		 342 aa  59.3  0.0000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0580014  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2535  phage integrase family protein  25.64 
 
 		 326 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2244  phage integrase family protein  22.7 
 
 		 380 aa  58.5  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.111867  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0435  integrase family protein  24.62 
 
 		 299 aa  58.9  0.0000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3181  phage integrase family site specific recombinase  25.64 
 
 		 316 aa  58.2  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  25.24 
 
 		 295 aa  57.8  0.0000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1382  Phage integrase  24.71 
 
 		 335 aa  57.8  0.0000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2263  phage integrase family protein  22.65 
 
 		 371 aa  57.4  0.0000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00650578  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2082  integrase family protein  23.53 
 
 		 371 aa  57.4  0.0000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.024543  hitchhiker  0.000210845 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  23.23 
 
 		 296 aa  57.4  0.0000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6972  integrase family protein  27.68 
 
 		 329 aa  57  0.0000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0164563  normal  0.0336098 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5150  phage integrase domain/SAM domain-containing protein  24.75 
 
 		 399 aa  56.6  0.0000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.384118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0805  tyrosine recombinase XerD  24.66 
 
 		 300 aa  55.8  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2380  phage integrase family protein  23.24 
 
 		 371 aa  56.2  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.503709  normal  0.032696 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3714  tyrosine recombinase XerD  24.68 
 
 		 301 aa  55.5  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4358  phage integrase  26.67 
 
 		 408 aa  54.3  0.000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.245213  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2092  phage integrase family protein  23.79 
 
 		 406 aa  53.1  0.000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8006  integrase protein  28.47 
 
 		 378 aa  52.8  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4195  phage integrase  25.93 
 
 		 408 aa  52.4  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0564405  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0918  integrase family protein  27.11 
 
 		 329 aa  52.8  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.512331  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2987  putative site specific integrase  23.42 
 
 		 318 aa  52.8  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25710  cointegrate resolution protein S  26.42 
 
 		 325 aa  52.4  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.602375  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1908  phage integrase family protein  26.29 
 
 		 338 aa  52  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.454202  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0023  integrase family protein  22.7 
 
 		 291 aa  52  0.00002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0727  tyrosine recombinase XerD  24.09 
 
 		 304 aa  52.4  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.689003 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1659  tyrosine recombinase XerD subunit  23.55 
 
 		 296 aa  51.2  0.00003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.538818 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3359  integrase family protein  26 
 
 		 307 aa  51.2  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4316  phage integrase family protein  24.8 
 
 		 340 aa  51.2  0.00004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2926  Phage integrase  25.87 
 
 		 312 aa  50.4  0.00006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0537176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4367  phage integrase family protein  25 
 
 		 335 aa  50.4  0.00006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1450  integrase family protein  21.45 
 
 		 299 aa  50.1  0.00007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00858396  normal  0.734684 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4157  integrase domain-containing protein  27.17 
 
 		 366 aa  49.7  0.00009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.118927  normal  0.593362 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2249  phage integrase family protein  25.62 
 
 		 319 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.020372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.62 
 
 		 296 aa  49.3  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2347  phage integrase family protein  24.14 
 
 		 332 aa  48.5  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.01871 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  23.84 
 
 		 295 aa  48.5  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2492  integrase family protein  24.61 
 
 		 332 aa  48.9  0.0002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.384565  normal  0.947006 
 
 
-
 
NC_013163  Cyan8802_4591  integrase family protein  23.43 
 
 		 316 aa  48.5  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000000427706  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0626  site-specific tyrosine recombinase XerC  22.55 
 
 		 315 aa  47.8  0.0003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1732  integrase/recombinase XerD  23.36 
 
 		 308 aa  48.1  0.0003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.12 
 
 		 296 aa  48.1  0.0003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.62 
 
 		 296 aa  48.1  0.0003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.62 
 
 		 296 aa  48.1  0.0003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.62 
 
 		 296 aa  48.1  0.0003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.12 
 
 		 296 aa  48.1  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2105  integrase family protein  23.82 
 
 		 313 aa  48.1  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.62 
 
 		 296 aa  48.1  0.0003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0106  phage integrase family protein  25 
 
 		 295 aa  48.1  0.0003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.81 
 
 		 302 aa  48.1  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2392  integrase family protein  23.82 
 
 		 313 aa  48.1  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0530338  normal  0.472164 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6605  integrase family protein  23.19 
 
 		 292 aa  48.1  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7462  integrase family protein  23.19 
 
 		 292 aa  48.1  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.105755  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7619  integrase family protein  23.19 
 
 		 292 aa  48.1  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.192826  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.12 
 
 		 296 aa  47.8  0.0004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3109  cointegrate resolution protein S  25.88 
 
 		 319 aa  47.8  0.0004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00637573  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.12 
 
 		 296 aa  47.8  0.0004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1553  putative integrase/recombinase  23.25 
 
 		 343 aa  47.8  0.0004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  21.67 
 
 		 304 aa  47.8  0.0004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.12 
 
 		 296 aa  47.8  0.0004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2063  tyrosine recombinase XerD  25.83 
 
 		 290 aa  47.4  0.0005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02951  Phage integrase  22.52 
 
 		 336 aa  47.4  0.0005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.203842  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  22.79 
 
 		 295 aa  47  0.0006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  26.94 
 
 		 299 aa  47.4  0.0006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1777  tyrosine recombinase XerD  25.17 
 
 		 290 aa  47  0.0006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1142  tyrosine recombinase XerD  23.17 
 
 		 295 aa  47.4  0.0006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.51 
 
 		 298 aa  47  0.0007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  27.51 
 
 		 298 aa  47  0.0007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  27.51 
 
 		 298 aa  47  0.0007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2739  integrase/recombinase XerD  21.99 
 
 		 321 aa  47  0.0007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  20.53 
 
 		 296 aa  47  0.0007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.51 
 
 		 298 aa  47  0.0007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.51 
 
 		 298 aa  47  0.0007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.51 
 
 		 298 aa  47  0.0007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.51 
 
 		 298 aa  47  0.0007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6957  integrase family protein  21.99 
 
 		 292 aa  47  0.0007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.51 
 
 		 298 aa  47  0.0007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.51 
 
 		 298 aa  46.6  0.0008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.476349 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>