51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1986 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1986  hypothetical protein  100 
 
 		 299 aa  585  1e-166  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000747383 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0602  hypothetical protein  45.16 
 
 		 124 aa  98.2  1e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2184  Planctomycete cytochrome C  29.96 
 
 		 646 aa  83.6  0.000000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3699  hypothetical protein  38.38 
 
 		 503 aa  68.9  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.478102  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2712  hypothetical protein  40.62 
 
 		 468 aa  65.1  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5931  Leucine-rich repeat, ribonuclease inhibitor subtype  34.11 
 
 		 507 aa  62  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0957  protein of unknown function DUF1549  32.85 
 
 		 785 aa  59.7  0.00000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.244644 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3693  hypothetical protein  35.64 
 
 		 132 aa  59.3  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0141  hypothetical protein  32.58 
 
 		 251 aa  58.9  0.0000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0465  hypothetical protein  33.64 
 
 		 136 aa  58.2  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1451  WD-40 repeat protein  26.67 
 
 		 756 aa  56.2  0.0000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0817  hypothetical protein  35.87 
 
 		 465 aa  55.5  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5046  hypothetical protein  36.96 
 
 		 189 aa  55.5  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.106012  normal  0.401847 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0336  transmembrane region and signal peptide prediction  31.37 
 
 		 129 aa  54.3  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000151366  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1040  protein of unknown function DUF1549  32.73 
 
 		 768 aa  53.9  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0289706  normal  0.181219 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0961  hypothetical protein  33.72 
 
 		 729 aa  53.1  0.000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.0000000466384  normal  0.0803995 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1151  protein of unknown function DUF1549  28.11 
 
 		 1737 aa  53.1  0.000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1120  protein of unknown function DUF1549  32.74 
 
 		 841 aa  52.8  0.000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4084  protein of unknown function DUF1549  36.67 
 
 		 917 aa  50.8  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0328965  normal  0.233316 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1593  hypothetical protein  31.67 
 
 		 716 aa  50.4  0.00004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3702  protein of unknown function DUF1549  36.67 
 
 		 922 aa  49.7  0.00006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1119  hypothetical protein  34.44 
 
 		 405 aa  48.9  0.00009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.697257 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1806  fatty acid cis/trans isomerase, putative  52.5 
 
 		 798 aa  48.1  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.356281  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5453  protein of unknown function DUF1549  33.71 
 
 		 924 aa  47.8  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.996886  normal  0.769679 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2715  protein of unknown function DUF1549  30.84 
 
 		 911 aa  47.8  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.328097  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1142  hypothetical protein  33.64 
 
 		 406 aa  46.2  0.0007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1890  protein of unknown function DUF1549  33.33 
 
 		 922 aa  46.2  0.0007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3674  Fibronectin type III domain protein  33.98 
 
 		 484 aa  46.2  0.0007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.457522  hitchhiker  0.000917339 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1476  cytochrome c class I  30.53 
 
 		 317 aa  46.2  0.0007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.993128  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0376  cis/trans isomerase  37.25 
 
 		 827 aa  45.8  0.0008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.799569 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1739  protein of unknown function DUF1549  33.7 
 
 		 805 aa  45.4  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3921  protein of unknown function DUF1549  29.56 
 
 		 1097 aa  45.1  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0299  Planctomycete cytochrome C  29.32 
 
 		 147 aa  45.4  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1976  Planctomycete cytochrome C  27.56 
 
 		 724 aa  44.3  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.187596  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0780  putative transmembrane protein  28.85 
 
 		 399 aa  44.3  0.002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3541  hypothetical protein  31.45 
 
 		 137 aa  45.1  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0638  hypothetical protein  28.71 
 
 		 132 aa  43.9  0.003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.134995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0886  hypothetical protein  29.13 
 
 		 402 aa  43.5  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0272876  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3229  protein of unknown function DUF1549  28.48 
 
 		 1171 aa  43.1  0.005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3808  fatty acid cistrans isomerase  38.78 
 
 		 797 aa  43.1  0.005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0362  fatty acid cistrans isomerase  40.48 
 
 		 788 aa  43.1  0.005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3990  fatty acid cistrans isomerase  38.78 
 
 		 797 aa  43.1  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3865  fatty acid cistrans isomerase  38.78 
 
 		 797 aa  43.1  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0451  fatty acid cistrans isomerase  38.78 
 
 		 797 aa  43.1  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2376  fatty acid cistrans isomerase  35.94 
 
 		 766 aa  43.1  0.006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1983  fatty acid cistrans isomerase  35.94 
 
 		 766 aa  43.1  0.006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.346862 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3319  fatty acid cistrans isomerase  35.94 
 
 		 795 aa  43.1  0.006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.115406 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2064  fatty acid cis/trans isomerase, putative  37.78 
 
 		 784 aa  43.1  0.006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1585  fatty acid cis/trans isomerase, putative  40.38 
 
 		 783 aa  42.7  0.006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2203  protein of unknown function DUF1549  31.62 
 
 		 1091 aa  42.7  0.007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0500  fatty acid cistrans isomerase  29.82 
 
 		 797 aa  42.4  0.008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>