72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0292 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0292  isochorismatase family protein  100 
 
 		 185 aa  382  1e-105  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06910  nicotinamidase-like amidase  43.48 
 
 		 215 aa  159  2e-38  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30640  nicotinamidase-like amidase  41.11 
 
 		 204 aa  137  7e-32  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0796  isochorismatase hydrolase  39.89 
 
 		 177 aa  134  9.999999999999999e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.162192 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4929  isochorismatase hydrolase  37.97 
 
 		 180 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.151411  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2989  isochorismatase hydrolase  30.27 
 
 		 192 aa  75.9  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.486684  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0763  isochorismatase hydrolase  29.89 
 
 		 203 aa  68.9  0.00000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1015  isochorismatase hydrolase  29.89 
 
 		 203 aa  68.2  0.00000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.174474  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7116  isochorismatase hydrolase  25.39 
 
 		 192 aa  67  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.902933  normal  0.0479285 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1758  isochorismatase hydrolase  26.37 
 
 		 181 aa  60.5  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1636  isochorismatase hydrolase  27.32 
 
 		 203 aa  59.7  0.00000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.26206  normal  1 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3825  isochorismatase hydrolase  26.74 
 
 		 204 aa  58.9  0.00000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29250  nicotinamidase-like amidase  27.92 
 
 		 206 aa  58.9  0.00000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.810244  normal  0.427869 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2805  isochorismatase hydrolase  27.57 
 
 		 208 aa  58.2  0.00000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2986  isochorismatase hydrolase  26.2 
 
 		 204 aa  57.8  0.0000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.688868 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2663  isochorismatase hydrolase  27.71 
 
 		 202 aa  57  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0767391  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1327  isochorismatase hydrolase  27.03 
 
 		 203 aa  55.8  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.240514 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4310  isochorismatase hydrolase  28.38 
 
 		 203 aa  53.1  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.527852  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2408  isochorismatase hydrolase  26.29 
 
 		 208 aa  52.8  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796246  normal  0.116449 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1314  isochorismatase hydrolase  47.06 
 
 		 172 aa  52.4  0.000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.164435  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4483  isochorismatase hydrolase  25.13 
 
 		 194 aa  52.4  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0062  isochorismatase hydrolase  26.51 
 
 		 203 aa  50.8  0.00001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0850  isochorismatase hydrolase  27.37 
 
 		 227 aa  50.4  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.633323  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6308  hypothetical protein  43.4 
 
 		 217 aa  48.9  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.542442  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72660  hypothetical protein  43.4 
 
 		 217 aa  48.9  0.00004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.280253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3479  isochorismatase hydrolase  27.67 
 
 		 237 aa  47  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.522035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1301  isochorismatase hydrolase  28.72 
 
 		 194 aa  46.6  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.171639  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2198  isochorismatase hydrolase  23.43 
 
 		 193 aa  47  0.0002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1242  isochorismatase hydrolase  29.37 
 
 		 192 aa  46.2  0.0003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1876  isochorismatase hydrolase  35.62 
 
 		 194 aa  45.8  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2783  hypothetical protein  27.04 
 
 		 192 aa  45.4  0.0004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.163841  normal  0.0349806 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_26363  predicted protein  25.12 
 
 		 230 aa  45.4  0.0005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1123  isochorismatase hydrolase  34.41 
 
 		 226 aa  45.4  0.0005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2014  isochorismatase hydrolase  33 
 
 		 226 aa  45.4  0.0005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.35213  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1817  isochorismatase hydrolase  25.97 
 
 		 189 aa  45.4  0.0005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1695  isochorismatase hydrolase  33 
 
 		 226 aa  45.4  0.0005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.305053  normal  0.0828387 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6453  isochorismatase hydrolase  25.49 
 
 		 234 aa  45.1  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.344539  normal  0.0179591 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5654  hypothetical protein  25 
 
 		 233 aa  44.7  0.0008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3011  isochorismatase hydrolase  22.95 
 
 		 235 aa  44.7  0.0009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.679092  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2603  isochorismatase hydrolase  31.34 
 
 		 193 aa  43.9  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.966774 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6622  isochorismatase hydrolase  24.24 
 
 		 215 aa  43.9  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.105038  normal  0.886769 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1920  isochorismatase hydrolase  40 
 
 		 208 aa  44.3  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0399  isochorismatase hydrolase  26.06 
 
 		 192 aa  44.3  0.001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0638  isochorismatase hydrolase  38.33 
 
 		 200 aa  43.5  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1270  isochorismatase hydrolase  28.72 
 
 		 178 aa  42.7  0.003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3877  isochorismatase hydrolase  27.12 
 
 		 192 aa  42.7  0.003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.673276  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0649  isochorismatase family protein  30 
 
 		 179 aa  42.7  0.003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.671  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2126  isochorismatase hydrolase  27.33 
 
 		 182 aa  42.7  0.003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.996682  normal  0.575884 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2024  isochorismatase hydrolase  26.47 
 
 		 239 aa  42.4  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.166105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2658  isochorismatase hydrolase  26.74 
 
 		 223 aa  42.4  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.481302  normal  0.112501 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5596  putative isochorismatase family protein  34.12 
 
 		 216 aa  42  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0842496  normal  0.247182 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1643  nicotinamidase  27.78 
 
 		 208 aa  42  0.005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.721224 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4478  isochorismatase hydrolase  25.49 
 
 		 234 aa  42  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1705  isochorismatase hydrolase  26.47 
 
 		 239 aa  42  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.936948 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2040  isochorismatase hydrolase  26.44 
 
 		 174 aa  41.6  0.006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000192463  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5340  isochorismatase hydrolase  25.78 
 
 		 222 aa  41.6  0.007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4490  isochorismatase hydrolase  43.75 
 
 		 220 aa  41.6  0.007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.628501  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4714  isochorismatase hydrolase  34.34 
 
 		 196 aa  41.6  0.007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.249873 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_8142  predicted protein  32.63 
 
 		 96 aa  41.6  0.007  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0188  isochorismatase hydrolase  29.07 
 
 		 216 aa  41.6  0.007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0521  isochorismatase hydrolase  38 
 
 		 220 aa  41.6  0.007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.592648  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0542  isochorismatase hydrolase  28.8 
 
 		 199 aa  41.6  0.007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.881223 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2825  Nicotinamidase  39.39 
 
 		 208 aa  41.2  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.538544  normal  0.188914 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01826  hypothetical protein  27.98 
 
 		 188 aa  41.2  0.009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1961  hypothetical protein  27.98 
 
 		 188 aa  41.2  0.009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2603  hypothetical protein  27.98 
 
 		 188 aa  41.2  0.009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.894435  normal  0.54824 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1765  hypothetical protein  27.98 
 
 		 188 aa  41.2  0.009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1773  isochorismatase hydrolase  27.98 
 
 		 188 aa  41.2  0.009  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00431212  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01838  predicted hydrolase  27.98 
 
 		 188 aa  41.2  0.009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1993  isochorismatase hydrolase  37.04 
 
 		 210 aa  40.8  0.01  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.94623 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1111  isochorismatase hydrolase  26.84 
 
 		 239 aa  40.8  0.01  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.77446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1165  isochorismatase hydrolase  30.77 
 
 		 228 aa  40.8  0.01  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.712866  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>