143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_4495 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_4495  peptidase M52, hydrogen uptake protein  100 
 
 		 177 aa  349  1e-95  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2659  hydrogenase maturation protease  38.26 
 
 		 148 aa  112  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.196186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0508  hydrogenase maturation protease  41.1 
 
 		 180 aa  104  5e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4827  hydrogenase maturation protease  42.68 
 
 		 166 aa  102  3e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.385637  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1020  hydrogenase maturation protease  41.4 
 
 		 180 aa  99.4  2e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00482421 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1139  hydrogenase maturation protease  41.72 
 
 		 157 aa  94.7  7e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1857  hydrogenase maturation protease  43.61 
 
 		 171 aa  91.7  6e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04410  soluble hydrogenase processing peptidase, HoxW  36.36 
 
 		 160 aa  89.4  3e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3432  hydrogenase maturation protease  38.96 
 
 		 191 aa  82.8  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3415  peptidase M52, hydrogen uptake protein  39.31 
 
 		 166 aa  81.6  0.000000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.100638  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3478  hydrogenase maturation protease  39.31 
 
 		 166 aa  81.6  0.000000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.314685  normal  0.0224154 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3329  peptidase M52, hydrogenase maturation peptidase  31.06 
 
 		 172 aa  77  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2591  hydrogenase maturation protease  46.51 
 
 		 149 aa  73.9  0.0000000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.584226  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3426  hydrogenase maturation protease  38.58 
 
 		 166 aa  73.2  0.000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.141018 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0472  hydrogenase maturation protease  35.37 
 
 		 173 aa  68.2  0.00000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.196333 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0259  hydrogenase maturation protease  26.85 
 
 		 160 aa  67.4  0.00000000009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3804  hydrogenase maturation protease  32.43 
 
 		 157 aa  67.4  0.00000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0109  hydrogenase maturation protease  26.75 
 
 		 160 aa  67  0.0000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1247  hydrogenase maturation protease  33.02 
 
 		 156 aa  66.2  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.188771 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0542  hydrogenase expression/formation protein  27.15 
 
 		 169 aa  66.6  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.995345  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_119  Ni/Fe hydrogenase maturation protease  25.5 
 
 		 160 aa  65.9  0.0000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2136  peptidase M52, hydrogen uptake protein  28.08 
 
 		 156 aa  65.5  0.0000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0272  hydrogenase maturation protease  29.93 
 
 		 159 aa  64.7  0.0000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.268401 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1233  hydrogenase maturation protease  27.4 
 
 		 172 aa  64.7  0.0000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.120838  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0380  hydrogenase maturation protease  30.41 
 
 		 176 aa  64.3  0.0000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2012  hydrogenase maturation protease  33.12 
 
 		 160 aa  63.5  0.000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0522  hydrogenase maturation protease  31.97 
 
 		 177 aa  63.2  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2386  hypothetical protein  28.29 
 
 		 159 aa  62  0.000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2740  hydrogenase maturation protease  27.89 
 
 		 164 aa  62  0.000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000112894  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3399  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  32.45 
 
 		 164 aa  61.6  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3328  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  32.45 
 
 		 164 aa  61.6  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.581349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3319  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  32.45 
 
 		 164 aa  61.6  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00237916  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3393  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  32.45 
 
 		 164 aa  61.2  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.441153 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3494  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  32.45 
 
 		 164 aa  61.2  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.627392  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2531  hypothetical protein  29.33 
 
 		 159 aa  59.7  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2053  hydrogenase maturation protease  28.67 
 
 		 152 aa  59.7  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.52965  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3281  hydrogenase maturation protease  33.58 
 
 		 158 aa  58.9  0.00000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0705  hydrogenase maturation protease  30.97 
 
 		 157 aa  58.9  0.00000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.862619  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0853  hydrogenase maturation protease  30.97 
 
 		 157 aa  58.9  0.00000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2879  hydrogenase maturation protease  33.58 
 
 		 158 aa  58.9  0.00000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.980378 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1075  peptidase M52, hydrogen uptake protein  33.76 
 
 		 188 aa  58.5  0.00000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0439307  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3406  hydrogenase maturation protease  32.12 
 
 		 191 aa  58.5  0.00000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2890  peptidase M52, hydrogen uptake protein  30.23 
 
 		 1053 aa  58.2  0.00000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3462  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  31.79 
 
 		 164 aa  58.2  0.00000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4305  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  31.79 
 
 		 164 aa  58.2  0.00000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.227122  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02869  predicted maturation element for hydrogenase 2  31.79 
 
 		 164 aa  57.8  0.00000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0333  hydrogenase maturation protease  25 
 
 		 161 aa  57.8  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.835463 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0326  hydrogenase maturation protease  25 
 
 		 161 aa  57.8  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3420  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  31.79 
 
 		 164 aa  57.8  0.00000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02818  hypothetical protein  31.79 
 
 		 164 aa  57.8  0.00000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0703  hydrogenase expression/formation protein  31.79 
 
 		 164 aa  57.8  0.00000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3173  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  31.79 
 
 		 164 aa  57.8  0.00000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0700  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  31.79 
 
 		 164 aa  57.8  0.00000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3279  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  31.79 
 
 		 164 aa  57.8  0.00000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2322  hydrogenase expression/formation protein  29.93 
 
 		 166 aa  57.4  0.0000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.659738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1153  hydrogenase expression/formation protein  27.81 
 
 		 218 aa  57.4  0.0000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.838065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3323  peptidase M52, hydrogen uptake protein  34.93 
 
 		 154 aa  56.6  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1650  hydrogenase maturation protease  36.59 
 
 		 161 aa  56.2  0.0000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2530  hydrogenase expression/formation protein  28.31 
 
 		 169 aa  56.6  0.0000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.780336  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4092  peptidase M52, hydrogen uptake protein  25.85 
 
 		 174 aa  55.8  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0783921  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1947  hydrogenase maturation protease  24.32 
 
 		 166 aa  55.8  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3969  hydrogenase maturation protease  34.57 
 
 		 156 aa  55.5  0.0000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000953733 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1414  hydrogenase expression/formation protein  31.16 
 
 		 166 aa  54.3  0.0000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3367  hydrogenase maturation protease  27.03 
 
 		 157 aa  54.3  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.239776  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0362  hydrogenase maturation protease  30.72 
 
 		 176 aa  53.9  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120918 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0148  hydrogenase maturation protease  24.5 
 
 		 161 aa  53.9  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0477  peptidase M52, hydrogen uptake protein  29.27 
 
 		 175 aa  53.1  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0975  hydrogenase maturation protease  27.39 
 
 		 167 aa  53.1  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0660111  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00344  hydrogenase 2 maturation protease  31.25 
 
 		 184 aa  53.5  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2422  hydrogenase maturation protease  34.93 
 
 		 155 aa  52.8  0.000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.873028  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03840  hydrogenase maturation protease  22.96 
 
 		 137 aa  52.4  0.000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1819  hydrogenase maturation protease  29.11 
 
 		 157 aa  52.4  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2951  hydrogenase expression/formation protein  26.53 
 
 		 170 aa  52  0.000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.585714 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3101  hydrogenase expression/formation protein  31.25 
 
 		 222 aa  52  0.000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1859  hydrogenase maturation protease  26.21 
 
 		 194 aa  52  0.000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3819  hydrogenase maturation protease  31.65 
 
 		 167 aa  52  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.704224  normal  0.0594228 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3760  hydrogenase maturation protease  29.2 
 
 		 158 aa  51.6  0.000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2733  hydrogenase maturation protease  27.04 
 
 		 165 aa  51.6  0.000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1014  hydrogenase maturation protease  25.9 
 
 		 158 aa  51.2  0.000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  hitchhiker  0.00768049  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3145  hydrogenase expression/formation protein  27.4 
 
 		 159 aa  51.6  0.000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00208925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3947  peptidase M52, hydrogen uptake protein  30.07 
 
 		 153 aa  50.4  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.974859  normal  0.0407707 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1449  peptidase M52, hydrogen uptake protein  24.82 
 
 		 158 aa  50.4  0.00001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.230112  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3225  hydrogenase maturation protease  27.08 
 
 		 271 aa  50.4  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.679402  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3881  hydrogenase maturation protease  34.85 
 
 		 156 aa  50.8  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0120  hydrogenase maturation protease  28.57 
 
 		 144 aa  50.1  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2502  HybD peptidase  27.33 
 
 		 183 aa  49.7  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0644035 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3909  hydrogenase maturation protease  28.38 
 
 		 168 aa  50.1  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1556  hydrogenase maturation protease  32.53 
 
 		 176 aa  49.7  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2367  hydrogenase maturation protease  30.99 
 
 		 257 aa  49.3  0.00003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0307441 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2131  hydrogenase maturation protease  31.9 
 
 		 181 aa  48.5  0.00005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.829671 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2546  hydrogenase maturation protease  29.58 
 
 		 170 aa  47.8  0.00007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.316612  normal  0.0941351 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0857  hydrogenase maturation protease  26.47 
 
 		 157 aa  48.1  0.00007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.685665  normal  0.316463 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2176  hydrogenase expression/formation protein  28.57 
 
 		 208 aa  47.8  0.00009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0123485  normal  0.201269 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1876  hydrogenase maturation protease  27.45 
 
 		 165 aa  47.4  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252899  normal  0.719205 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0858  hydrogenase maturation protease  28.36 
 
 		 157 aa  47  0.0001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0834  hydrogenase maturation protease  26.47 
 
 		 177 aa  47  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.850937  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4291  hydrogenase maturation protease  44 
 
 		 171 aa  47.4  0.0001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3135  hydrogenase maturation protease  22.97 
 
 		 159 aa  47  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1127  hydrogenase maturation protease  22.97 
 
 		 159 aa  46.6  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3970  HybD peptidase  24.49 
 
 		 159 aa  46.6  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>