195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1075 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1075  peptidase M52, hydrogen uptake protein  100 
 
 		 188 aa  364  1e-100  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0439307  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3225  hydrogenase maturation protease  64.1 
 
 		 271 aa  201  5e-51  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.679402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3804  hydrogenase maturation protease  63.09 
 
 		 157 aa  188  4e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2367  hydrogenase maturation protease  64.08 
 
 		 257 aa  181  8.000000000000001e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0307441 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0472  hydrogenase maturation protease  60.99 
 
 		 173 aa  167  7e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.196333 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0333  hydrogenase maturation protease  42.41 
 
 		 161 aa  142  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.835463 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0326  hydrogenase maturation protease  42.41 
 
 		 161 aa  142  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3367  hydrogenase maturation protease  46.67 
 
 		 157 aa  141  5e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.239776  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1819  hydrogenase maturation protease  45.89 
 
 		 157 aa  137  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3947  peptidase M52, hydrogen uptake protein  46.98 
 
 		 153 aa  136  2e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.974859  normal  0.0407707 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1318  hydrogenase maturation protease  45.16 
 
 		 157 aa  136  2e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3201  hydrogenase maturation protease  47.66 
 
 		 161 aa  122  2e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3760  hydrogenase maturation protease  48.09 
 
 		 158 aa  118  4.9999999999999996e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0705  hydrogenase maturation protease  41.89 
 
 		 157 aa  112  4.0000000000000004e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.862619  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0853  hydrogenase maturation protease  41.89 
 
 		 157 aa  112  4.0000000000000004e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3885  hydrogenase maturation protease  38.82 
 
 		 158 aa  103  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.445128  normal  0.911983 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0259  hydrogenase maturation protease  33.33 
 
 		 160 aa  86.3  2e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0109  hydrogenase maturation protease  31.65 
 
 		 160 aa  84.7  7e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_119  Ni/Fe hydrogenase maturation protease  30.77 
 
 		 160 aa  80.9  0.000000000000009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3135  hydrogenase maturation protease  32.24 
 
 		 159 aa  79.7  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1127  hydrogenase maturation protease  32.24 
 
 		 159 aa  78.6  0.00000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0542  hydrogenase expression/formation protein  33.99 
 
 		 169 aa  74.7  0.0000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.995345  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03840  hydrogenase maturation protease  30.43 
 
 		 137 aa  73.9  0.000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3329  peptidase M52, hydrogenase maturation peptidase  31.54 
 
 		 172 aa  71.2  0.000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0380  hydrogenase maturation protease  31.08 
 
 		 176 aa  69.3  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2053  hydrogenase maturation protease  30.87 
 
 		 152 aa  69.3  0.00000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.52965  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0464  hydrogenase maturation protease HyaD  47.3 
 
 		 92 aa  68.6  0.00000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0496486 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3909  hydrogenase maturation protease  29.93 
 
 		 168 aa  68.2  0.00000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4092  peptidase M52, hydrogen uptake protein  30.07 
 
 		 174 aa  67.8  0.00000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0783921  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0120  hydrogenase maturation protease  36.23 
 
 		 144 aa  66.6  0.0000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1233  hydrogenase maturation protease  26.21 
 
 		 172 aa  65.9  0.0000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.120838  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0786  hydrogenase maturation protease  31.08 
 
 		 160 aa  64.7  0.0000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.177407  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2220  hydrogenase maturation protease  41.07 
 
 		 170 aa  64.3  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.861671  normal  0.717829 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2740  hydrogenase maturation protease  24.18 
 
 		 164 aa  63.5  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000112894  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1947  hydrogenase maturation protease  28 
 
 		 166 aa  62  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1414  hydrogenase expression/formation protein  32.67 
 
 		 166 aa  61.6  0.000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2012  hydrogenase maturation protease  38.79 
 
 		 160 aa  60.5  0.00000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0522  hydrogenase maturation protease  42.86 
 
 		 177 aa  60.1  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2951  hydrogenase expression/formation protein  29.08 
 
 		 170 aa  59.3  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.585714 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2733  hydrogenase maturation protease  28.38 
 
 		 165 aa  58.9  0.00000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2546  hydrogenase maturation protease  42.67 
 
 		 170 aa  58.5  0.00000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.316612  normal  0.0941351 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1247  hydrogenase maturation protease  34.18 
 
 		 156 aa  57  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.188771 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0014  coenzyme F420-reducing hydrogenase, delta subunit  36.59 
 
 		 160 aa  57.4  0.0000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1014  hydrogenase maturation protease  36.54 
 
 		 158 aa  57  0.0000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  hitchhiker  0.00768049  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0478  hydrogenase maturation protease  29.45 
 
 		 181 aa  57.4  0.0000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0148  hydrogenase maturation protease  28.29 
 
 		 161 aa  56.6  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2659  hydrogenase maturation protease  29.79 
 
 		 148 aa  56.6  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.196186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4495  peptidase M52, hydrogen uptake protein  33.78 
 
 		 177 aa  55.8  0.0000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0085  coenzyme F420-reducing hydrogenase delta subunit  32.38 
 
 		 181 aa  55.8  0.0000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0501687  normal  0.0549727 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1650  hydrogenase maturation protease  37.69 
 
 		 161 aa  55.8  0.0000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0451  coenzyme F420-reducing hydrogenase, delta subunit  32.69 
 
 		 159 aa  55.8  0.0000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1876  hydrogenase maturation protease  26.17 
 
 		 165 aa  55.8  0.0000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252899  normal  0.719205 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1244  hydrogenase expression/formation protein  42.68 
 
 		 165 aa  55.1  0.0000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.791163  normal  0.298279 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0272  hydrogenase maturation protease  35.44 
 
 		 159 aa  55.1  0.0000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.268401 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0477  peptidase M52, hydrogen uptake protein  31.08 
 
 		 175 aa  54.7  0.0000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4241  peptidase M52, hydrogen uptake protein  30.5 
 
 		 182 aa  55.1  0.0000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1139  hydrogenase maturation protease  36.3 
 
 		 157 aa  54.3  0.0000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2879  hydrogenase maturation protease  39.51 
 
 		 158 aa  53.9  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.980378 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3281  hydrogenase maturation protease  39.51 
 
 		 158 aa  53.9  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3819  hydrogenase maturation protease  31.37 
 
 		 167 aa  54.3  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.704224  normal  0.0594228 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0173  hydrogenase maturation protease  34.09 
 
 		 170 aa  53.9  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1211  hydrogenase 1 maturation protease  37.97 
 
 		 195 aa  53.1  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3432  hydrogenase maturation protease  34 
 
 		 191 aa  53.1  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04410  soluble hydrogenase processing peptidase, HoxW  36.88 
 
 		 160 aa  53.5  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1153  hydrogenase expression/formation protein  40.48 
 
 		 218 aa  53.1  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.838065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2890  peptidase M52, hydrogen uptake protein  37.97 
 
 		 1053 aa  52.8  0.000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3415  peptidase M52, hydrogen uptake protein  32.21 
 
 		 166 aa  52.8  0.000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.100638  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2502  HybD peptidase  40 
 
 		 183 aa  52.8  0.000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0644035 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3478  hydrogenase maturation protease  32.21 
 
 		 166 aa  52.8  0.000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.314685  normal  0.0224154 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3145  hydrogenase expression/formation protein  27.03 
 
 		 159 aa  52.8  0.000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00208925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2131  hydrogenase maturation protease  30.25 
 
 		 181 aa  52.8  0.000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.829671 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00978  HyaD  37.97 
 
 		 195 aa  52.4  0.000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.106803  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00985  hypothetical protein  37.97 
 
 		 195 aa  52.4  0.000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.112928  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2669  hydrogenase expression/formation protein  37.97 
 
 		 195 aa  52.4  0.000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.112067  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1940  peptidase M52, hydrogen uptake protein  35.25 
 
 		 201 aa  52.4  0.000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7262  hydrogenase expression/formation protein  34.93 
 
 		 214 aa  52.4  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.356245 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0834  hydrogenase maturation protease  33.33 
 
 		 177 aa  52.4  0.000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.850937  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1083  hydrogenase 1 maturation protease  37.97 
 
 		 195 aa  52.4  0.000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1090  hydrogenase 1 maturation protease  37.97 
 
 		 195 aa  52.4  0.000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0557672  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2340  hydrogenase 1 maturation protease  37.97 
 
 		 195 aa  52.4  0.000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.732485  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2621  hydrogenase 1 maturation protease  37.97 
 
 		 195 aa  52.4  0.000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00823631 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0510  hydrogenase maturation protease  38.89 
 
 		 175 aa  52  0.000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3970  HybD peptidase  27.03 
 
 		 159 aa  52  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0505  hydrogenase maturation protease  38.89 
 
 		 175 aa  52  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1844  hydrogenase expression/formation protein  30.38 
 
 		 161 aa  51.6  0.000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2136  peptidase M52, hydrogen uptake protein  34.62 
 
 		 156 aa  51.6  0.000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2322  hydrogenase expression/formation protein  26.85 
 
 		 166 aa  52  0.000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.659738  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00344  hydrogenase 2 maturation protease  27.81 
 
 		 184 aa  51.6  0.000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3372  hypothetical protein  40.54 
 
 		 206 aa  51.6  0.000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.288217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0777  coenzyme F420-reducing hydrogenase delta subunit  31.03 
 
 		 158 aa  51.6  0.000007  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.470969  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2175  hydrogenase maturation protease  28.97 
 
 		 186 aa  51.2  0.000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2422  hydrogenase maturation protease  33.09 
 
 		 155 aa  51.2  0.000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.873028  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2530  hydrogenase expression/formation protein  30.2 
 
 		 169 aa  50.4  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.780336  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1164  HyaD peptidase  40.74 
 
 		 198 aa  50.4  0.00001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2150  hydrogenase expression/formation protein  39.47 
 
 		 206 aa  50.8  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.133093  normal  0.20367 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2606  hydrogenase maturation protease  43.48 
 
 		 150 aa  50.4  0.00001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0209681  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2487  hydrogenase maturation protease  48.57 
 
 		 170 aa  50.8  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3328  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  26 
 
 		 164 aa  49.7  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.581349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3319  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  26 
 
 		 164 aa  49.7  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00237916  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2331  peptidase M52, hydrogenase maturation peptidase  30.26 
 
 		 183 aa  50.1  0.00002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>