122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3881 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3881  hydrogenase maturation protease  100 
 
 		 156 aa  308  2.9999999999999997e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3969  hydrogenase maturation protease  92.31 
 
 		 156 aa  286  5.0000000000000004e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000953733 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2422  hydrogenase maturation protease  56.38 
 
 		 155 aa  157  4e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.873028  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3323  peptidase M52, hydrogen uptake protein  54.17 
 
 		 154 aa  144  5e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1556  hydrogenase maturation protease  57.89 
 
 		 176 aa  141  4e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2257  hydrogenase maturation protease  36.94 
 
 		 178 aa  75.9  0.0000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2131  hydrogenase maturation protease  35.06 
 
 		 181 aa  63.9  0.0000000007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.829671 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3804  hydrogenase maturation protease  30.4 
 
 		 157 aa  62.4  0.000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2012  hydrogenase maturation protease  32.67 
 
 		 160 aa  61.2  0.000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0380  hydrogenase maturation protease  33.87 
 
 		 176 aa  61.6  0.000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1857  hydrogenase maturation protease  37.3 
 
 		 171 aa  58.9  0.00000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2176  hydrogenase expression/formation protein  29.61 
 
 		 208 aa  58.9  0.00000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0123485  normal  0.201269 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0853  hydrogenase maturation protease  34.69 
 
 		 157 aa  58.9  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0705  hydrogenase maturation protease  34.69 
 
 		 157 aa  58.9  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.862619  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1414  hydrogenase expression/formation protein  32.05 
 
 		 166 aa  57.8  0.00000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1819  hydrogenase maturation protease  29.37 
 
 		 157 aa  57.8  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3329  peptidase M52, hydrogenase maturation peptidase  33.33 
 
 		 172 aa  57.4  0.00000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3372  hypothetical protein  31.21 
 
 		 206 aa  57  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.288217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1271  peptidase M52, hydrogen uptake protein  33.99 
 
 		 167 aa  55.8  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.813931  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0173  hydrogenase maturation protease  30.43 
 
 		 170 aa  56.2  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0542  hydrogenase expression/formation protein  32.03 
 
 		 169 aa  56.2  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.995345  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2053  hydrogenase maturation protease  27.63 
 
 		 152 aa  56.2  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.52965  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_119  Ni/Fe hydrogenase maturation protease  29.17 
 
 		 160 aa  56.2  0.0000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3367  hydrogenase maturation protease  31.75 
 
 		 157 aa  54.7  0.0000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.239776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3909  hydrogenase maturation protease  28.79 
 
 		 168 aa  54.7  0.0000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0109  hydrogenase maturation protease  28.47 
 
 		 160 aa  53.9  0.0000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3947  peptidase M52, hydrogen uptake protein  26.8 
 
 		 153 aa  53.9  0.0000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.974859  normal  0.0407707 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1650  hydrogenase maturation protease  33.61 
 
 		 161 aa  53.9  0.0000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2142  hydrogenase 1 maturation protease  27.69 
 
 		 195 aa  53.9  0.0000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.152456  normal  0.47053 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00978  HyaD  27.69 
 
 		 195 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.106803  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2669  hydrogenase expression/formation protein  27.69 
 
 		 195 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.112067  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00985  hypothetical protein  27.69 
 
 		 195 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.112928  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0333  hydrogenase maturation protease  31.4 
 
 		 161 aa  53.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.835463 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1083  hydrogenase 1 maturation protease  27.69 
 
 		 195 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1090  hydrogenase 1 maturation protease  27.69 
 
 		 195 aa  53.5  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0557672  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2621  hydrogenase 1 maturation protease  27.69 
 
 		 195 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00823631 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2340  hydrogenase 1 maturation protease  27.69 
 
 		 195 aa  53.5  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.732485  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3399  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  32.65 
 
 		 164 aa  53.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3393  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  32.65 
 
 		 164 aa  53.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.441153 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3328  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  32.65 
 
 		 164 aa  53.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.581349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00344  hydrogenase 2 maturation protease  29.51 
 
 		 184 aa  53.5  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3319  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  32.65 
 
 		 164 aa  53.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00237916  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3494  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  32.65 
 
 		 164 aa  53.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.627392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0326  hydrogenase maturation protease  31.4 
 
 		 161 aa  53.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0703  hydrogenase expression/formation protein  31.97 
 
 		 164 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0259  hydrogenase maturation protease  27.78 
 
 		 160 aa  52.4  0.000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3173  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  31.97 
 
 		 164 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3462  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  31.97 
 
 		 164 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0700  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  31.97 
 
 		 164 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3279  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  31.97 
 
 		 164 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1211  hydrogenase 1 maturation protease  27.69 
 
 		 195 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4305  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  31.97 
 
 		 164 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.227122  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3432  hydrogenase maturation protease  32.17 
 
 		 191 aa  52.8  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2659  hydrogenase maturation protease  30.66 
 
 		 148 aa  52.4  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.196186  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2322  hydrogenase expression/formation protein  31.15 
 
 		 166 aa  52  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.659738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3101  hydrogenase expression/formation protein  30.97 
 
 		 222 aa  51.6  0.000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4092  peptidase M52, hydrogen uptake protein  30.72 
 
 		 174 aa  51.2  0.000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0783921  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02869  predicted maturation element for hydrogenase 2  31.29 
 
 		 164 aa  51.2  0.000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3420  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  31.29 
 
 		 164 aa  51.2  0.000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1157  hydrogenase expression/formation protein  28.93 
 
 		 195 aa  50.8  0.000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.486513  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02818  hypothetical protein  31.29 
 
 		 164 aa  51.2  0.000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4495  peptidase M52, hydrogen uptake protein  35.11 
 
 		 177 aa  50.4  0.000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2591  hydrogenase maturation protease  36.07 
 
 		 149 aa  50.4  0.00001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.584226  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2546  hydrogenase maturation protease  34.11 
 
 		 170 aa  49.7  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.316612  normal  0.0941351 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2150  hydrogenase expression/formation protein  28.93 
 
 		 206 aa  50.1  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.133093  normal  0.20367 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0499  HyaD peptidase  28.3 
 
 		 206 aa  49.3  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7262  hydrogenase expression/formation protein  29.14 
 
 		 214 aa  49.3  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.356245 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1707  hydrogenase expression/formation protein  26.14 
 
 		 202 aa  48.9  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.460815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1139  hydrogenase maturation protease  30.07 
 
 		 157 aa  49.3  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1927  hydrogenase 1 maturation protease  27.56 
 
 		 198 aa  48.5  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.822664  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1987  hydrogenase 1 maturation protease  27.56 
 
 		 198 aa  48.5  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1931  hydrogenase 1 maturation protease  27.56 
 
 		 198 aa  48.5  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1345  hydrogenase 1 maturation protease  27.87 
 
 		 198 aa  48.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1529  hydrogenase 1 maturation protease  27.87 
 
 		 198 aa  48.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.468604  normal  0.329104 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3225  hydrogenase maturation protease  27.2 
 
 		 271 aa  48.1  0.00005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.679402  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0472  hydrogenase maturation protease  29.51 
 
 		 173 aa  48.1  0.00005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.196333 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0120  hydrogenase maturation protease  33.94 
 
 		 144 aa  47.8  0.00006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3201  hydrogenase maturation protease  33.33 
 
 		 161 aa  47.8  0.00006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1648  hydrogenase expression/formation protein  26.14 
 
 		 202 aa  47.8  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1640  hydrogenase expression/formation protein  26.14 
 
 		 202 aa  47.8  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1800  hydrogenase expression/formation protein  26.14 
 
 		 202 aa  47.8  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.16559  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3145  hydrogenase expression/formation protein  26.62 
 
 		 159 aa  47.4  0.00007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00208925  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2530  hydrogenase expression/formation protein  31.33 
 
 		 169 aa  47  0.00009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.780336  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1635  hydrogenase expression/formation protein  26.24 
 
 		 202 aa  47.4  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2822  Ni-Fe hydrogenase maturation factor-like protein  27.27 
 
 		 224 aa  46.6  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1999  hydrogenase maturation  28 
 
 		 195 aa  47  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.116789  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1153  hydrogenase expression/formation protein  27.86 
 
 		 218 aa  46.6  0.0001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.838065  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0051  hydrogenase maturation protease  30.83 
 
 		 166 aa  46.6  0.0001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0212564  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1075  peptidase M52, hydrogen uptake protein  29.8 
 
 		 188 aa  46.2  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0439307  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1165  hydrogenase expression/formation protein  26.49 
 
 		 203 aa  45.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.464172  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2367  hydrogenase maturation protease  28.21 
 
 		 257 aa  46.2  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0307441 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1054  hydrogenase maturation protease  36.84 
 
 		 172 aa  45.8  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.402831 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0936  hydrogenase maturation protease  36.84 
 
 		 172 aa  45.8  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1072  hydrogenase maturation protease  32.61 
 
 		 154 aa  46.2  0.0002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00076364  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1318  hydrogenase maturation protease  27.27 
 
 		 157 aa  45.4  0.0003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1014  hydrogenase maturation protease  28.21 
 
 		 158 aa  45.1  0.0003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  hitchhiker  0.00768049  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0522  hydrogenase maturation protease  33.33 
 
 		 177 aa  45.4  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0335  hydrogenase expression/formation protein  28.29 
 
 		 191 aa  45.1  0.0004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00352637  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2026  HyaD peptidase  30 
 
 		 208 aa  44.7  0.0005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.462165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3406  hydrogenase maturation protease  33.88 
 
 		 191 aa  44.3  0.0006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>