202 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1157 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1157  hydrogenase expression/formation protein  100 
 
 		 195 aa  392  1e-108  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.486513  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1165  hydrogenase expression/formation protein  75.68 
 
 		 203 aa  281  3.0000000000000004e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.464172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1999  hydrogenase maturation  72.73 
 
 		 195 aa  277  6e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.116789  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3769  hydrogenase expression/formation protein  69.06 
 
 		 209 aa  248  3e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.645157  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1293  HyaD peptidase  55.61 
 
 		 221 aa  209  1e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000175592  normal  0.533116 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2026  HyaD peptidase  63.03 
 
 		 208 aa  206  2e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.462165  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50560  hydrogenase expression/formation protein, HoxM  63.35 
 
 		 207 aa  206  2e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00480221  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2150  hydrogenase expression/formation protein  59.56 
 
 		 206 aa  202  3e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.133093  normal  0.20367 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0499  HyaD peptidase  58.33 
 
 		 206 aa  201  5e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3372  hypothetical protein  60.11 
 
 		 206 aa  201  6e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.288217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2822  Ni-Fe hydrogenase maturation factor-like protein  52.97 
 
 		 224 aa  199  3e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3101  hydrogenase expression/formation protein  55.21 
 
 		 222 aa  198  5e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1971  hydrogenase expression/formation protein  54.75 
 
 		 223 aa  195  3e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.814536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1164  HyaD peptidase  57.22 
 
 		 198 aa  195  4.0000000000000005e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3986  HyaD peptidase  60.13 
 
 		 204 aa  192  3e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0162  hydrogenase expression/formation protein  48.66 
 
 		 201 aa  178  4e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.793155  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1153  hydrogenase expression/formation protein  58.11 
 
 		 218 aa  172  2.9999999999999996e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.838065  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7262  hydrogenase expression/formation protein  48.07 
 
 		 214 aa  171  9e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.356245 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1090  hydrogenase 1 maturation protease  47.22 
 
 		 195 aa  169  3e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0557672  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2340  hydrogenase 1 maturation protease  47.22 
 
 		 195 aa  167  9e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.732485  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1211  hydrogenase 1 maturation protease  47.22 
 
 		 195 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1529  hydrogenase 1 maturation protease  47.28 
 
 		 198 aa  163  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.468604  normal  0.329104 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00978  HyaD  47.22 
 
 		 195 aa  162  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.106803  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2669  hydrogenase expression/formation protein  47.22 
 
 		 195 aa  162  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.112067  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00985  hypothetical protein  47.22 
 
 		 195 aa  162  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.112928  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2621  hydrogenase 1 maturation protease  47.22 
 
 		 195 aa  162  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00823631 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1083  hydrogenase 1 maturation protease  47.22 
 
 		 195 aa  162  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1927  hydrogenase 1 maturation protease  45.9 
 
 		 198 aa  161  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.822664  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1931  hydrogenase 1 maturation protease  45.9 
 
 		 198 aa  161  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2176  hydrogenase expression/formation protein  47.31 
 
 		 208 aa  161  5.0000000000000005e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0123485  normal  0.201269 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1345  hydrogenase 1 maturation protease  45.36 
 
 		 198 aa  161  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1635  hydrogenase expression/formation protein  48.77 
 
 		 202 aa  161  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1707  hydrogenase expression/formation protein  49.07 
 
 		 202 aa  160  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.460815  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2142  hydrogenase 1 maturation protease  46.67 
 
 		 195 aa  160  8.000000000000001e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.152456  normal  0.47053 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1640  hydrogenase expression/formation protein  48.77 
 
 		 202 aa  160  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1800  hydrogenase expression/formation protein  48.77 
 
 		 202 aa  160  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.16559  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1648  hydrogenase expression/formation protein  48.77 
 
 		 202 aa  160  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0335  hydrogenase expression/formation protein  50.96 
 
 		 191 aa  159  2e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00352637  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1987  hydrogenase 1 maturation protease  45.36 
 
 		 198 aa  159  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0834  hydrogenase maturation protease  43.48 
 
 		 177 aa  128  5.0000000000000004e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.850937  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3145  hydrogenase expression/formation protein  42.77 
 
 		 159 aa  121  7e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00208925  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3328  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  44.17 
 
 		 164 aa  115  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.581349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3319  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  44.17 
 
 		 164 aa  115  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00237916  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3399  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  44.17 
 
 		 164 aa  115  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1449  peptidase M52, hydrogen uptake protein  42.11 
 
 		 158 aa  115  3.9999999999999997e-25  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.230112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2322  hydrogenase expression/formation protein  41.36 
 
 		 166 aa  115  3.9999999999999997e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.659738  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3494  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  44.17 
 
 		 164 aa  115  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.627392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3393  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  44.17 
 
 		 164 aa  115  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.441153 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02869  predicted maturation element for hydrogenase 2  44.1 
 
 		 164 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0703  hydrogenase expression/formation protein  44.1 
 
 		 164 aa  113  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3420  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  44.1 
 
 		 164 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3279  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  44.1 
 
 		 164 aa  113  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0269  hydrogenase expression/formation protein  42.68 
 
 		 168 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0820491 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4305  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  44.1 
 
 		 164 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.227122  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02818  hypothetical protein  44.1 
 
 		 164 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0700  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  44.1 
 
 		 164 aa  113  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3462  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  44.1 
 
 		 164 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3173  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  44.1 
 
 		 164 aa  113  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1414  hydrogenase expression/formation protein  40.62 
 
 		 166 aa  111  7.000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3970  HybD peptidase  37.66 
 
 		 159 aa  110  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0858  hydrogenase maturation protease  41.29 
 
 		 157 aa  110  1.0000000000000001e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2530  hydrogenase expression/formation protein  41.36 
 
 		 169 aa  108  4.0000000000000004e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.780336  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1859  hydrogenase maturation protease  45.67 
 
 		 194 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0857  hydrogenase maturation protease  39.33 
 
 		 157 aa  108  5e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.685665  normal  0.316463 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4092  peptidase M52, hydrogen uptake protein  37.18 
 
 		 174 aa  107  7.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0783921  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1037  hydrogenase expression/formation protein  42 
 
 		 161 aa  106  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0456714  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0542  hydrogenase expression/formation protein  40.61 
 
 		 169 aa  105  4e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.995345  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0267  hydrogenase expression/formation protein  37.58 
 
 		 165 aa  105  5e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.312911  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0380  hydrogenase maturation protease  36.31 
 
 		 176 aa  104  8e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0975  hydrogenase maturation protease  39.35 
 
 		 167 aa  104  8e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0660111  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1590  hydrogenase maturation protease  39.61 
 
 		 160 aa  104  8e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3329  peptidase M52, hydrogenase maturation peptidase  39.49 
 
 		 172 aa  102  2e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0173  hydrogenase maturation protease  37.91 
 
 		 170 aa  102  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0051  hydrogenase maturation protease  37.18 
 
 		 166 aa  101  7e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0212564  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2139  hydrogenase expression/formation protein  36.36 
 
 		 165 aa  99  4e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2951  hydrogenase expression/formation protein  40 
 
 		 170 aa  99  4e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.585714 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1244  hydrogenase expression/formation protein  38.85 
 
 		 165 aa  98.6  5e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.791163  normal  0.298279 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0522  hydrogenase maturation protease  34.34 
 
 		 177 aa  96.3  3e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2036  peptidase M52, hydrogen uptake protein  33.92 
 
 		 190 aa  93.2  2e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1947  hydrogenase maturation protease  31.9 
 
 		 166 aa  92.4  4e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1233  hydrogenase maturation protease  32.68 
 
 		 172 aa  91.3  8e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.120838  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2136  peptidase M52, hydrogen uptake protein  37.74 
 
 		 156 aa  91.3  9e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0120  hydrogenase maturation protease  42.25 
 
 		 144 aa  90.9  1e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2053  hydrogenase maturation protease  37.84 
 
 		 152 aa  90.9  1e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.52965  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3281  hydrogenase maturation protease  39.87 
 
 		 158 aa  90.1  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0765  hydrogenase expression/formation protein  35.88 
 
 		 161 aa  90.1  2e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2879  hydrogenase maturation protease  39.87 
 
 		 158 aa  90.1  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.980378 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2502  HybD peptidase  38.32 
 
 		 183 aa  89.7  3e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0644035 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2740  hydrogenase maturation protease  36 
 
 		 164 aa  88.6  5e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000112894  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0362  hydrogenase maturation protease  36.81 
 
 		 176 aa  87  1e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120918 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2131  hydrogenase maturation protease  39.07 
 
 		 181 aa  86.3  3e-16  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.829671 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00344  hydrogenase 2 maturation protease  31.37 
 
 		 184 aa  85.1  6e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3406  hydrogenase maturation protease  38.51 
 
 		 191 aa  84  0.000000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0109  hydrogenase maturation protease  35.2 
 
 		 160 aa  83.6  0.000000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0259  hydrogenase maturation protease  36.29 
 
 		 160 aa  83.6  0.000000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_119  Ni/Fe hydrogenase maturation protease  34.68 
 
 		 160 aa  82  0.000000000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0272  hydrogenase maturation protease  35.56 
 
 		 159 aa  81.6  0.000000000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.268401 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1271  peptidase M52, hydrogen uptake protein  32.7 
 
 		 167 aa  81.6  0.000000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.813931  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0786  hydrogenase maturation protease  31.45 
 
 		 160 aa  79  0.00000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.177407  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1380  peptidase M52, hydrogen uptake protein  37.5 
 
 		 156 aa  79  0.00000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0298181  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>