More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1382 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_5133  seryl-tRNA synthetase  87.62 
 
 		 420 aa  748    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.358696  normal  0.0657107 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1382  seryl-tRNA synthetase  100 
 
 		 420 aa  847    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.760435  hitchhiker  0.00693002 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0934  seryl-tRNA synthetase  52.86 
 
 		 437 aa  429  1e-119  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.160638  normal  0.296979 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1830  seryl-tRNA synthetase  54.46 
 
 		 423 aa  423  1e-117  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.436445  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1706  seryl-tRNA synthetase  52.27 
 
 		 424 aa  417  9.999999999999999e-116  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.689506  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1006  seryl-tRNA synthetase  43.76 
 
 		 427 aa  325  1e-87  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.224003  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0424  seryl-tRNA synthetase  39.29 
 
 		 427 aa  323  3e-87  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0102  seryl-tRNA synthetase  38.5 
 
 		 424 aa  319  6e-86  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.133347  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1518  seryl-tRNA synthetase  39.24 
 
 		 426 aa  311  2e-83  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0253  seryl-tRNA synthetase  39.67 
 
 		 425 aa  310  2.9999999999999997e-83  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1511  seryl-tRNA synthetase  36.41 
 
 		 421 aa  307  2.0000000000000002e-82  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0147208 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0979  seryl-tRNA synthetase  40.05 
 
 		 423 aa  306  6e-82  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1195  seryl-tRNA synthetase  38.33 
 
 		 417 aa  305  1.0000000000000001e-81  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.877064  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0885  seryl-tRNA synthetase  41.47 
 
 		 427 aa  304  2.0000000000000002e-81  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1404  seryl-tRNA synthetase  41.37 
 
 		 425 aa  304  2.0000000000000002e-81  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0506465  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0072  seryl-tRNA synthetase  43.27 
 
 		 421 aa  303  4.0000000000000003e-81  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0278  seryl-tRNA synthetase  43.23 
 
 		 433 aa  302  6.000000000000001e-81  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.494659  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2596  seryl-tRNA synthetase  39.86 
 
 		 426 aa  301  2e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.359075  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0008  seryl-tRNA synthetase  39.53 
 
 		 421 aa  301  2e-80  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00944776  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0876  seryl-tRNA synthetase  41.23 
 
 		 469 aa  300  2e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.213441  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0372  seryl-tRNA synthetase  38.81 
 
 		 421 aa  300  4e-80  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2665  seryl-tRNA synthetase  40.19 
 
 		 427 aa  300  4e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.873953  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30330  seryl-tRNA synthetase  39.63 
 
 		 426 aa  300  4e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.705305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1450  seryl-tRNA synthetase  41.41 
 
 		 425 aa  297  2e-79  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3175  seryl-tRNA synthetase  38.93 
 
 		 426 aa  296  5e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.499903  normal  0.106811 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01270  seryl-tRNA synthetase  41.09 
 
 		 421 aa  296  5e-79  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.380237  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1870  seryl-tRNA synthetase  38.52 
 
 		 423 aa  296  6e-79  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.961379  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1490  seryl-tRNA synthetase  40.66 
 
 		 427 aa  294  2e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.693524  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1338  seryl-tRNA synthetase  39.95 
 
 		 427 aa  294  2e-78  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00311598 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1424  seryl-tRNA synthetase  39.53 
 
 		 423 aa  294  2e-78  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.188091 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5272  seryl-tRNA synthetase  43.03 
 
 		 436 aa  293  3e-78  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0719173  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0449  seryl-tRNA synthetase  39.86 
 
 		 428 aa  293  3e-78  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1503  seryl-tRNA synthetase  38 
 
 		 424 aa  293  4e-78  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000981154 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3345  seryl-tRNA synthetase  38.69 
 
 		 426 aa  293  5e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0468703  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28180  seryl-tRNA synthetase  39.34 
 
 		 426 aa  293  5e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.044076  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2342  seryl-tRNA synthetase  41 
 
 		 442 aa  293  5e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.261311  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0011  seryl-tRNA synthetase  41.8 
 
 		 427 aa  292  7e-78  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0824317  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1433  seryl-tRNA synthetase  38.71 
 
 		 425 aa  292  1e-77  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  hitchhiker  0.00416248  decreased coverage  0.0000798458 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3582  seryl-tRNA synthetase  38.69 
 
 		 426 aa  291  1e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0780205  normal  0.476935 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4645  seryl-tRNA synthetase  40.05 
 
 		 424 aa  290  2e-77  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000263094  normal  0.52654 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1145  seryl-tRNA synthetase  43.83 
 
 		 411 aa  291  2e-77  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.579917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0550  seryl-tRNA synthetase  38.61 
 
 		 413 aa  290  3e-77  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0013  seryl-tRNA synthetase  40.71 
 
 		 424 aa  289  6e-77  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00217945  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0013  seryl-tRNA synthetase  40.24 
 
 		 424 aa  288  1e-76  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000183486  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0018  seryl-tRNA synthetase  40.71 
 
 		 424 aa  288  1e-76  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000212252  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_516  seryl-tRNA synthetase  39.09 
 
 		 413 aa  288  1e-76  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0010  Serine--tRNA ligase  38.68 
 
 		 427 aa  288  1e-76  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0427717  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0016  seryl-tRNA synthetase  40.71 
 
 		 424 aa  287  2e-76  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3466  seryl-tRNA synthetase  40.52 
 
 		 424 aa  287  2e-76  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00344693 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0015  seryl-tRNA synthetase  40.71 
 
 		 424 aa  287  2e-76  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0013  seryl-tRNA synthetase  40.71 
 
 		 424 aa  287  2e-76  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.15266  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0012  seryl-tRNA synthetase  40.71 
 
 		 424 aa  287  2e-76  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000751386  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0015  seryl-tRNA synthetase  38.64 
 
 		 424 aa  288  2e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00255283  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0022  seryl-tRNA synthetase  36.58 
 
 		 422 aa  288  2e-76  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3528  seryl-tRNA synthetase  39.9 
 
 		 423 aa  286  2.9999999999999996e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0016  seryl-tRNA synthetase  40.47 
 
 		 424 aa  286  2.9999999999999996e-76  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00101457  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0380  seryl-tRNA synthetase  39.48 
 
 		 421 aa  287  2.9999999999999996e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.241897  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5302  seryl-tRNA synthetase  40.47 
 
 		 424 aa  287  2.9999999999999996e-76  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000149119  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0550  seryl-tRNA synthetase  39.48 
 
 		 421 aa  287  2.9999999999999996e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0012144  hitchhiker  0.0000582933 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0231  seryl-tRNA synthetase  38.1 
 
 		 425 aa  286  4e-76  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0368  seryl-tRNA synthetase  37.97 
 
 		 425 aa  286  4e-76  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0519  seryl-tRNA synthetase  38.39 
 
 		 425 aa  286  4e-76  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.306862  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0710  seryl-tRNA synthetase  38.23 
 
 		 425 aa  286  5e-76  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.102517  normal  0.538462 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2384  seryl-tRNA synthetase  38.41 
 
 		 426 aa  286  5e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00617953 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0013  seryl-tRNA synthetase  40.33 
 
 		 424 aa  286  5e-76  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2507  seryl-tRNA synthetase  37.12 
 
 		 425 aa  286  7e-76  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.781035 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0012  seryl-tRNA synthetase  40 
 
 		 424 aa  286  7e-76  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000327784  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0108  seryl-tRNA synthetase  38.5 
 
 		 422 aa  285  8e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1086  seryl-tRNA synthetase  40.52 
 
 		 424 aa  285  9e-76  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0231  seryl-tRNA synthetase  42.76 
 
 		 420 aa  285  1.0000000000000001e-75  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0089  seryl-tRNA synthetase  38.53 
 
 		 422 aa  285  1.0000000000000001e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000355791 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0014  seryl-tRNA synthetase  39.39 
 
 		 424 aa  285  1.0000000000000001e-75  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000307933  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0118  seryl-tRNA synthetase  41.83 
 
 		 416 aa  285  1.0000000000000001e-75  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0577  seryl-tRNA synthetase  39.09 
 
 		 413 aa  284  2.0000000000000002e-75  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0012  seryl-tRNA synthetase  40 
 
 		 424 aa  284  2.0000000000000002e-75  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0448744  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0013  seryl-tRNA synthetase  37.38 
 
 		 422 aa  283  3.0000000000000004e-75  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000021419  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0533  seryl-tRNA synthetase  36.21 
 
 		 411 aa  283  3.0000000000000004e-75  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1539  seryl-tRNA synthetase  37.96 
 
 		 428 aa  284  3.0000000000000004e-75  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000020455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3252  seryl-tRNA synthetase  37.73 
 
 		 433 aa  283  3.0000000000000004e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00693553  hitchhiker  0.00000188332 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03450  seryl-tRNA synthetase  38.84 
 
 		 427 aa  283  4.0000000000000003e-75  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.375203 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1688  seryl-tRNA synthetase  39.24 
 
 		 427 aa  283  5.000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1382  seryl-tRNA synthetase  36.64 
 
 		 425 aa  283  6.000000000000001e-75  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.346171  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0438  seryl-tRNA synthetase  35.42 
 
 		 411 aa  282  8.000000000000001e-75  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1494  seryl-tRNA synthetase  39.72 
 
 		 424 aa  282  8.000000000000001e-75  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.457179 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0142  Serine--tRNA ligase  40.38 
 
 		 420 aa  282  8.000000000000001e-75  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.116437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2745  seryl-tRNA synthetase  38.66 
 
 		 425 aa  281  1e-74  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0886  seryl-tRNA synthetase  40.28 
 
 		 429 aa  281  1e-74  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.609092 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1569  seryl-tRNA synthetase  35.18 
 
 		 411 aa  281  1e-74  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3404  seryl-tRNA synthetase  38.64 
 
 		 426 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.25013 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1167  seryl-tRNA synthetase  39.86 
 
 		 427 aa  281  2e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0695975  normal  0.170657 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2756  seryl-tRNA synthetase  39.19 
 
 		 424 aa  281  2e-74  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.019051  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3605  seryl-tRNA synthetase  38.88 
 
 		 426 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.837669 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4000  seryl-tRNA synthetase  38.41 
 
 		 426 aa  280  3e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.279963  hitchhiker  0.00302148 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0872  seryl-tRNA synthetase  38.04 
 
 		 420 aa  280  3e-74  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000202567  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06061  seryl-tRNA synthetase  39.1 
 
 		 425 aa  280  3e-74  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.152224 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1850  seryl-tRNA synthetase  36.57 
 
 		 428 aa  280  3e-74  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.285029 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1803  seryl-tRNA synthetase  40.51 
 
 		 431 aa  280  3e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.525065  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26270  seryl-tRNA synthetase  37.59 
 
 		 428 aa  280  3e-74  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4339  seryl-tRNA synthetase  36.52 
 
 		 423 aa  280  4e-74  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.619806  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2594  seryl-tRNA synthetase  38.02 
 
 		 434 aa  280  4e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.365068  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>