More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0108 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0108  seryl-tRNA synthetase  100 
 
 		 422 aa  867    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0037  seryl-tRNA synthetase  75.77 
 
 		 422 aa  680    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3528  seryl-tRNA synthetase  74.35 
 
 		 423 aa  651    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0287  seryl-tRNA synthetase  79.86 
 
 		 422 aa  710    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000736944  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3236  seryl-tRNA synthetase  69.43 
 
 		 423 aa  639    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0089  seryl-tRNA synthetase  99.05 
 
 		 422 aa  861    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000355791 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0616  seryl-tRNA synthetase  72.21 
 
 		 422 aa  648    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0308191  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0326  seryl-tRNA synthetase  68.96 
 
 		 423 aa  598  1e-170  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  4.81003e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0013  seryl-tRNA synthetase  63.96 
 
 		 424 aa  578  1e-164  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000183486  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0015  seryl-tRNA synthetase  63.96 
 
 		 424 aa  578  1e-164  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0013  seryl-tRNA synthetase  63.96 
 
 		 424 aa  578  1e-164  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.15266  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0013  seryl-tRNA synthetase  63.96 
 
 		 424 aa  578  1e-164  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00217945  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0012  seryl-tRNA synthetase  63.96 
 
 		 424 aa  578  1e-164  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000751386  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0016  seryl-tRNA synthetase  63.96 
 
 		 424 aa  578  1e-164  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0012  seryl-tRNA synthetase  64.2 
 
 		 424 aa  578  1e-164  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000327784  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0018  seryl-tRNA synthetase  63.96 
 
 		 424 aa  578  1e-164  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000212252  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0016  seryl-tRNA synthetase  63.72 
 
 		 424 aa  577  1.0000000000000001e-163  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00101457  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5302  seryl-tRNA synthetase  63.96 
 
 		 424 aa  577  1.0000000000000001e-163  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000149119  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0014  seryl-tRNA synthetase  65.25 
 
 		 424 aa  575  1.0000000000000001e-163  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000307933  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0012  seryl-tRNA synthetase  63.72 
 
 		 424 aa  576  1.0000000000000001e-163  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0448744  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0021  seryl-tRNA synthetase  64.69 
 
 		 427 aa  569  1e-161  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.410192  hitchhiker  0.00000214163 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1424  seryl-tRNA synthetase  63.03 
 
 		 423 aa  558  1e-158  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.188091 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0015  seryl-tRNA synthetase  60.99 
 
 		 424 aa  555  1e-157  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00255283  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4339  seryl-tRNA synthetase  61.47 
 
 		 423 aa  553  1e-156  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.619806  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0013  seryl-tRNA synthetase  63.59 
 
 		 424 aa  550  1e-155  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2756  seryl-tRNA synthetase  61.9 
 
 		 424 aa  549  1e-155  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.019051  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2224  seryl-tRNA synthetase  60.99 
 
 		 425 aa  543  1e-153  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21060  seryl-tRNA synthetase  60.67 
 
 		 422 aa  543  1e-153  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2740  seryl-tRNA synthetase  60.76 
 
 		 424 aa  536  1e-151  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.697108 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0965  seryl-tRNA synthetase  59.1 
 
 		 426 aa  535  1e-151  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000308686  hitchhiker  0.0000000659657 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0872  seryl-tRNA synthetase  61.63 
 
 		 420 aa  536  1e-151  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000202567  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0013  seryl-tRNA synthetase  62.17 
 
 		 425 aa  533  1e-150  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0011  seryl-tRNA synthetase  61.88 
 
 		 427 aa  528  1e-149  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0824317  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0391  seryl-tRNA synthetase  60.05 
 
 		 432 aa  528  1e-149  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405433  normal  0.944422 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0010  Serine--tRNA ligase  59.81 
 
 		 427 aa  530  1e-149  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0427717  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2626  seryl-tRNA synthetase  57.11 
 
 		 427 aa  526  1e-148  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2381  seryl-tRNA synthetase  57.82 
 
 		 423 aa  520  1e-146  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0368  seryl-tRNA synthetase  57.92 
 
 		 425 aa  518  1e-146  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0028  seryl-tRNA synthetase  60.1 
 
 		 423 aa  514  1.0000000000000001e-145  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000346844  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0008  seryl-tRNA synthetase  58.51 
 
 		 421 aa  512  1e-144  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00944776  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0014  seryl-tRNA synthetase  57.08 
 
 		 426 aa  511  1e-144  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.192456  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0196  seryl-tRNA synthetase  57.89 
 
 		 427 aa  511  1e-143  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2031  seryl-tRNA synthetase  57.82 
 
 		 423 aa  507  9.999999999999999e-143  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.19968  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2745  seryl-tRNA synthetase  59.23 
 
 		 425 aa  501  1e-141  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0013  seryl-tRNA synthetase  56.03 
 
 		 422 aa  503  1e-141  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000021419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1870  seryl-tRNA synthetase  57.55 
 
 		 423 aa  502  1e-141  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.961379  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0022  seryl-tRNA synthetase  56.87 
 
 		 422 aa  499  1e-140  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1073  seryl-tRNA synthetase  56.74 
 
 		 430 aa  498  1e-140  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.441533 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0014  seryl-tRNA synthetase  56.32 
 
 		 425 aa  488  1e-137  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2307  seryl-tRNA synthetase  55.69 
 
 		 424 aa  488  1e-137  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0356  seryl-tRNA synthetase  55.76 
 
 		 425 aa  486  1e-136  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0014  seryl-tRNA synthetase  56.32 
 
 		 425 aa  486  1e-136  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1006  seryl-tRNA synthetase  53.9 
 
 		 427 aa  483  1e-135  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.224003  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0380  seryl-tRNA synthetase  55.61 
 
 		 421 aa  474  1e-132  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.241897  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03450  seryl-tRNA synthetase  53.88 
 
 		 427 aa  471  1e-132  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.375203 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0541  seryl-tRNA synthetase  55.19 
 
 		 423 aa  473  1e-132  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1195  seryl-tRNA synthetase  54.76 
 
 		 417 aa  473  1e-132  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.877064  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0550  seryl-tRNA synthetase  55.61 
 
 		 421 aa  474  1e-132  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0012144  hitchhiker  0.0000582933 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0102  seryl-tRNA synthetase  54.29 
 
 		 424 aa  469  1.0000000000000001e-131  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.133347  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1765  seryl-tRNA synthetase  54.01 
 
 		 431 aa  471  1.0000000000000001e-131  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3916  seryl-tRNA synthetase  54.67 
 
 		 435 aa  466  9.999999999999999e-131  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.599878  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1229  seryl-tRNA synthetase  53.29 
 
 		 427 aa  466  9.999999999999999e-131  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2419  seryl-tRNA synthetase  53.97 
 
 		 433 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0778112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3853  seryl-tRNA synthetase  54.91 
 
 		 435 aa  467  9.999999999999999e-131  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0940  seryl-tRNA synthetase  53.27 
 
 		 433 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.874713  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1776  seryl-tRNA synthetase  52.46 
 
 		 428 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0781762  hitchhiker  0.00882047 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0500  seryl-tRNA synthetase  53.27 
 
 		 433 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0912435  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1699  seryl-tRNA synthetase  54.72 
 
 		 424 aa  468  9.999999999999999e-131  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.849075 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0979  seryl-tRNA synthetase  53.27 
 
 		 433 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28180  seryl-tRNA synthetase  54.12 
 
 		 426 aa  464  1e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.044076  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0731  seryl-tRNA synthetase  52.69 
 
 		 431 aa  461  1e-129  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.758935 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3994  seryl-tRNA synthetase  54.44 
 
 		 435 aa  462  1e-129  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4082  seryl-tRNA synthetase  53.04 
 
 		 433 aa  462  1e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.159254  normal  0.389584 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2131  seryl-tRNA synthetase  52.69 
 
 		 428 aa  464  1e-129  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0131347  normal  0.0177706 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1823  seryl-tRNA synthetase  53.66 
 
 		 427 aa  464  1e-129  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3978  seryl-tRNA synthetase  55.5 
 
 		 463 aa  462  1e-129  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0426777  normal  0.873279 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0851  seryl-tRNA synthetase  52.57 
 
 		 433 aa  463  1e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.165217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0839  seryl-tRNA synthetase  52.8 
 
 		 433 aa  463  1e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.118464  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2545  seryl-tRNA synthetase  53.65 
 
 		 428 aa  459  9.999999999999999e-129  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1392  seryl-tRNA synthetase  54.18 
 
 		 425 aa  459  9.999999999999999e-129  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0825  seryl-tRNA synthetase  52.84 
 
 		 427 aa  459  9.999999999999999e-129  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.771006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2626  seryl-tRNA synthetase  52.57 
 
 		 433 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.18292  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2118  seryl-tRNA synthetase  52.57 
 
 		 433 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.510487  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2986  seryl-tRNA synthetase  52.57 
 
 		 433 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.340897  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0794  seryl-tRNA synthetase  52.57 
 
 		 433 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3072  seryl-tRNA synthetase  52.57 
 
 		 433 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0946131  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1036  seryl-tRNA synthetase  53.83 
 
 		 427 aa  459  9.999999999999999e-129  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1986  seryl-tRNA synthetase  52.57 
 
 		 433 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0695  seryl-tRNA synthetase  53.04 
 
 		 426 aa  461  9.999999999999999e-129  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0194542  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0931  seryl-tRNA synthetase  54.05 
 
 		 431 aa  458  9.999999999999999e-129  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3038  seryl-tRNA synthetase  52.57 
 
 		 433 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1565  seryl-tRNA synthetase  52.45 
 
 		 433 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.382494  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1129  seryl-tRNA synthetase  54.99 
 
 		 432 aa  460  9.999999999999999e-129  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.645427 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2991  seryl-tRNA synthetase  53.26 
 
 		 429 aa  459  9.999999999999999e-129  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1666  seryl-tRNA synthetase  51.96 
 
 		 428 aa  458  9.999999999999999e-129  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.746595  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1189  seryl-tRNA synthetase  53.81 
 
 		 426 aa  461  9.999999999999999e-129  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.520559  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0253  seryl-tRNA synthetase  52.34 
 
 		 425 aa  456  1e-127  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2195  seryl-tRNA synthetase  52.69 
 
 		 428 aa  455  1e-127  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000518192  normal  0.265088 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26270  seryl-tRNA synthetase  52.69 
 
 		 428 aa  457  1e-127  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2160  seryl-tRNA synthetase  52.46 
 
 		 428 aa  456  1e-127  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0336189  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>