More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_1338 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_1338  seryl-tRNA synthetase  100 
 
 		 427 aa  891    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00311598 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26270  seryl-tRNA synthetase  69.58 
 
 		 428 aa  629  1e-179  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2991  seryl-tRNA synthetase  67.67 
 
 		 429 aa  609  1e-173  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03450  seryl-tRNA synthetase  65.65 
 
 		 427 aa  579  1e-164  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.375203 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0014  seryl-tRNA synthetase  57.38 
 
 		 424 aa  502  1e-141  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000307933  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4339  seryl-tRNA synthetase  55.63 
 
 		 423 aa  489  1e-137  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.619806  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1195  seryl-tRNA synthetase  55.58 
 
 		 417 aa  488  1e-137  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.877064  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0368  seryl-tRNA synthetase  55.22 
 
 		 425 aa  488  1e-137  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0015  seryl-tRNA synthetase  56.34 
 
 		 424 aa  491  1e-137  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00255283  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0013  seryl-tRNA synthetase  56.67 
 
 		 424 aa  486  1e-136  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21060  seryl-tRNA synthetase  56.44 
 
 		 422 aa  486  1e-136  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0356  seryl-tRNA synthetase  54.42 
 
 		 425 aa  481  1e-135  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2224  seryl-tRNA synthetase  55.01 
 
 		 425 aa  483  1e-135  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0012  seryl-tRNA synthetase  55.97 
 
 		 424 aa  484  1e-135  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000327784  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1870  seryl-tRNA synthetase  55.61 
 
 		 423 aa  482  1e-135  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.961379  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2031  seryl-tRNA synthetase  54.23 
 
 		 423 aa  481  1e-134  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.19968  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1518  seryl-tRNA synthetase  54.57 
 
 		 426 aa  480  1e-134  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0010  Serine--tRNA ligase  54.88 
 
 		 427 aa  481  1e-134  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0427717  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0011  seryl-tRNA synthetase  55.01 
 
 		 427 aa  477  1e-133  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0824317  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0015  seryl-tRNA synthetase  54.8 
 
 		 424 aa  476  1e-133  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0013  seryl-tRNA synthetase  54.8 
 
 		 424 aa  476  1e-133  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.15266  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0013  seryl-tRNA synthetase  54.8 
 
 		 424 aa  477  1e-133  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00217945  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0016  seryl-tRNA synthetase  54.8 
 
 		 424 aa  476  1e-133  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0012  seryl-tRNA synthetase  54.8 
 
 		 424 aa  476  1e-133  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000751386  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0016  seryl-tRNA synthetase  54.57 
 
 		 424 aa  475  1e-133  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00101457  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5302  seryl-tRNA synthetase  54.57 
 
 		 424 aa  475  1e-133  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000149119  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0253  seryl-tRNA synthetase  54.39 
 
 		 425 aa  477  1e-133  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0018  seryl-tRNA synthetase  54.8 
 
 		 424 aa  476  1e-133  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000212252  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0009  seryl-tRNA synthetase  56.64 
 
 		 428 aa  474  1e-132  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0013  seryl-tRNA synthetase  54.57 
 
 		 424 aa  474  1e-132  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000183486  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0012  seryl-tRNA synthetase  54.33 
 
 		 424 aa  473  1e-132  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0448744  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0022  seryl-tRNA synthetase  54.57 
 
 		 422 aa  472  1e-132  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2756  seryl-tRNA synthetase  53.86 
 
 		 424 aa  472  1e-132  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.019051  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0009  seryl-tRNA synthetase  56.64 
 
 		 428 aa  474  1e-132  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1006  seryl-tRNA synthetase  54.08 
 
 		 427 aa  471  1e-132  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.224003  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2545  seryl-tRNA synthetase  55.92 
 
 		 428 aa  469  1.0000000000000001e-131  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2740  seryl-tRNA synthetase  55.4 
 
 		 424 aa  468  1.0000000000000001e-131  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.697108 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2626  seryl-tRNA synthetase  54.46 
 
 		 427 aa  469  1.0000000000000001e-131  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0008  seryl-tRNA synthetase  53.57 
 
 		 421 aa  468  1.0000000000000001e-131  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00944776  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0021  seryl-tRNA synthetase  53.47 
 
 		 427 aa  469  1.0000000000000001e-131  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.410192  hitchhiker  0.00000214163 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0102  seryl-tRNA synthetase  53.44 
 
 		 424 aa  468  1.0000000000000001e-131  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.133347  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0287  seryl-tRNA synthetase  55.4 
 
 		 422 aa  470  1.0000000000000001e-131  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000736944  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3236  seryl-tRNA synthetase  53.99 
 
 		 423 aa  467  9.999999999999999e-131  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0013  seryl-tRNA synthetase  53.86 
 
 		 422 aa  466  9.999999999999999e-131  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000021419  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0872  seryl-tRNA synthetase  53.79 
 
 		 420 aa  465  9.999999999999999e-131  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000202567  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0013  seryl-tRNA synthetase  55.63 
 
 		 425 aa  465  9.999999999999999e-131  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1424  seryl-tRNA synthetase  54.46 
 
 		 423 aa  466  9.999999999999999e-131  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.188091 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0108  seryl-tRNA synthetase  53.99 
 
 		 422 aa  462  1e-129  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0028  seryl-tRNA synthetase  55.04 
 
 		 423 aa  464  1e-129  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000346844  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0616  seryl-tRNA synthetase  53.4 
 
 		 422 aa  463  1e-129  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0308191  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0037  seryl-tRNA synthetase  52.58 
 
 		 422 aa  458  9.999999999999999e-129  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0089  seryl-tRNA synthetase  53.76 
 
 		 422 aa  461  9.999999999999999e-129  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000355791 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0391  seryl-tRNA synthetase  53.6 
 
 		 432 aa  461  9.999999999999999e-129  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405433  normal  0.944422 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1075  seryl-tRNA synthetase  54.46 
 
 		 429 aa  459  9.999999999999999e-129  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0171622  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0965  seryl-tRNA synthetase  53.38 
 
 		 426 aa  456  1e-127  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000308686  hitchhiker  0.0000000659657 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2020  seryl-tRNA synthetase  53.23 
 
 		 428 aa  455  1e-127  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000521115  hitchhiker  0.00090554 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3528  seryl-tRNA synthetase  54.93 
 
 		 423 aa  457  1e-127  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2381  seryl-tRNA synthetase  51.29 
 
 		 423 aa  458  1e-127  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1747  seryl-tRNA synthetase  54.15 
 
 		 428 aa  455  1e-127  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.387448  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0500  seryl-tRNA synthetase  54.4 
 
 		 433 aa  455  1e-127  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0912435  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0979  seryl-tRNA synthetase  54.4 
 
 		 433 aa  455  1e-127  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2307  seryl-tRNA synthetase  52.8 
 
 		 424 aa  453  1.0000000000000001e-126  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0940  seryl-tRNA synthetase  53.94 
 
 		 433 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.874713  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4082  seryl-tRNA synthetase  54.17 
 
 		 433 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.159254  normal  0.389584 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0196  seryl-tRNA synthetase  52.68 
 
 		 427 aa  451  1.0000000000000001e-126  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0628  seryl-tRNA synthetase  52.16 
 
 		 435 aa  451  1.0000000000000001e-126  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0256221  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2131  seryl-tRNA synthetase  53.36 
 
 		 428 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0131347  normal  0.0177706 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1404  seryl-tRNA synthetase  53.99 
 
 		 425 aa  452  1.0000000000000001e-126  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0506465  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2479  seryl-tRNA synthetase  53.46 
 
 		 428 aa  449  1e-125  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00110643  hitchhiker  0.00000482447 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2353  seryl-tRNA synthetase  51.96 
 
 		 431 aa  449  1e-125  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1300  seryl-tRNA synthetase  53.15 
 
 		 427 aa  449  1e-125  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.341204  normal  0.68468 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0850  seryl-tRNA synthetase  52.8 
 
 		 426 aa  451  1e-125  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.154901  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0851  seryl-tRNA synthetase  53.47 
 
 		 433 aa  448  1e-125  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.165217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1776  seryl-tRNA synthetase  53.61 
 
 		 428 aa  451  1e-125  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0781762  hitchhiker  0.00882047 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00897  seryl-tRNA synthetase  52.5 
 
 		 430 aa  445  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.210113  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2750  seryl-tRNA synthetase  52.5 
 
 		 430 aa  445  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00225777  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2435  seryl-tRNA synthetase  52.5 
 
 		 430 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.881624  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0885  seryl-tRNA synthetase  52.47 
 
 		 427 aa  447  1.0000000000000001e-124  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0968  seryl-tRNA synthetase  52.5 
 
 		 430 aa  447  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.462799  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0097  seryl-tRNA synthetase  51.4 
 
 		 435 aa  447  1.0000000000000001e-124  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000017376  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2419  seryl-tRNA synthetase  53.47 
 
 		 433 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0778112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1229  seryl-tRNA synthetase  52.08 
 
 		 427 aa  446  1.0000000000000001e-124  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0326  seryl-tRNA synthetase  53.72 
 
 		 423 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  4.81003e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1616  seryl-tRNA synthetase  52.97 
 
 		 430 aa  445  1.0000000000000001e-124  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.466666  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0998  seryl-tRNA synthetase  52.5 
 
 		 430 aa  445  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0131648  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2227  seryl-tRNA synthetase  52.5 
 
 		 430 aa  445  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.495423  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0876  seryl-tRNA synthetase  52.71 
 
 		 469 aa  447  1.0000000000000001e-124  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.213441  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1565  seryl-tRNA synthetase  53.24 
 
 		 433 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.382494  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2229  seryl-tRNA synthetase  52.28 
 
 		 428 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0252643  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0968  seryl-tRNA synthetase  52.5 
 
 		 430 aa  445  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.246515  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2703  seryl-tRNA synthetase  52.5 
 
 		 430 aa  445  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.48584  normal  0.850161 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2745  seryl-tRNA synthetase  52.93 
 
 		 425 aa  446  1.0000000000000001e-124  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1028  seryl-tRNA synthetase  52.5 
 
 		 430 aa  447  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00904  hypothetical protein  52.5 
 
 		 430 aa  445  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.178726  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1055  seryl-tRNA synthetase  52.5 
 
 		 430 aa  445  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.208173  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2593  seryl-tRNA synthetase  52.97 
 
 		 430 aa  445  1.0000000000000001e-124  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0839  seryl-tRNA synthetase  53.47 
 
 		 433 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.118464  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1062  seryl-tRNA synthetase  52.5 
 
 		 430 aa  447  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2681  seryl-tRNA synthetase  52.97 
 
 		 430 aa  445  1.0000000000000001e-124  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.252056  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2257  seryl-tRNA synthetase  52.52 
 
 		 431 aa  445  1.0000000000000001e-124  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.510223  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>