More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_516 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002936  DET0577  seryl-tRNA synthetase  94.42 
 
 		 413 aa  803    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0550  seryl-tRNA synthetase  95.88 
 
 		 413 aa  822    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_516  seryl-tRNA synthetase  100 
 
 		 413 aa  852    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0979  seryl-tRNA synthetase  57.21 
 
 		 423 aa  496  1e-139  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3466  seryl-tRNA synthetase  56.26 
 
 		 424 aa  493  9.999999999999999e-139  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00344693 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1494  seryl-tRNA synthetase  54.61 
 
 		 424 aa  481  1e-134  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.457179 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1426  seryl-tRNA synthetase  55.16 
 
 		 426 aa  471  1e-132  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0522014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4342  seryl-tRNA synthetase  52.76 
 
 		 422 aa  451  1e-125  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21060  seryl-tRNA synthetase  51.42 
 
 		 422 aa  451  1e-125  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0015  seryl-tRNA synthetase  50.72 
 
 		 424 aa  449  1e-125  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00255283  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0089  seryl-tRNA synthetase  50.96 
 
 		 422 aa  442  1e-123  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000355791 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0872  seryl-tRNA synthetase  51.18 
 
 		 420 aa  444  1e-123  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000202567  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0108  seryl-tRNA synthetase  50.96 
 
 		 422 aa  443  1e-123  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0012  seryl-tRNA synthetase  50.96 
 
 		 424 aa  440  9.999999999999999e-123  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000327784  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0014  seryl-tRNA synthetase  51.65 
 
 		 424 aa  441  9.999999999999999e-123  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000307933  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0037  seryl-tRNA synthetase  49.76 
 
 		 422 aa  436  1e-121  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1006  seryl-tRNA synthetase  48.44 
 
 		 427 aa  436  1e-121  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.224003  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4339  seryl-tRNA synthetase  48.92 
 
 		 423 aa  437  1e-121  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.619806  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0013  seryl-tRNA synthetase  50 
 
 		 424 aa  432  1e-120  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000183486  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0015  seryl-tRNA synthetase  50.24 
 
 		 424 aa  432  1e-120  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0013  seryl-tRNA synthetase  50.24 
 
 		 424 aa  432  1e-120  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.15266  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0013  seryl-tRNA synthetase  50.24 
 
 		 424 aa  432  1e-120  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00217945  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0287  seryl-tRNA synthetase  50.24 
 
 		 422 aa  433  1e-120  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000736944  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0011  seryl-tRNA synthetase  50 
 
 		 427 aa  432  1e-120  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0824317  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2381  seryl-tRNA synthetase  47.99 
 
 		 423 aa  433  1e-120  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0012  seryl-tRNA synthetase  50.24 
 
 		 424 aa  432  1e-120  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000751386  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5302  seryl-tRNA synthetase  50 
 
 		 424 aa  431  1e-120  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000149119  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0016  seryl-tRNA synthetase  50.24 
 
 		 424 aa  432  1e-120  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0616  seryl-tRNA synthetase  48.8 
 
 		 422 aa  432  1e-120  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0308191  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0008  seryl-tRNA synthetase  48.93 
 
 		 421 aa  429  1e-119  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00944776  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0018  seryl-tRNA synthetase  50 
 
 		 424 aa  431  1e-119  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000212252  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0012  seryl-tRNA synthetase  49.76 
 
 		 424 aa  431  1e-119  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0448744  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0016  seryl-tRNA synthetase  50 
 
 		 424 aa  431  1e-119  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00101457  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2756  seryl-tRNA synthetase  49.53 
 
 		 424 aa  427  1e-118  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.019051  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3528  seryl-tRNA synthetase  50.72 
 
 		 423 aa  426  1e-118  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0102  seryl-tRNA synthetase  48.82 
 
 		 424 aa  426  1e-118  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.133347  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2224  seryl-tRNA synthetase  50.12 
 
 		 425 aa  424  1e-117  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0021  seryl-tRNA synthetase  47.72 
 
 		 427 aa  424  1e-117  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.410192  hitchhiker  0.00000214163 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0013  seryl-tRNA synthetase  49.76 
 
 		 424 aa  424  1e-117  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0028  seryl-tRNA synthetase  47.32 
 
 		 423 aa  420  1e-116  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000346844  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0013  seryl-tRNA synthetase  49.29 
 
 		 425 aa  421  1e-116  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2031  seryl-tRNA synthetase  48.56 
 
 		 423 aa  417  9.999999999999999e-116  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.19968  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0196  seryl-tRNA synthetase  48.44 
 
 		 427 aa  415  9.999999999999999e-116  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1404  seryl-tRNA synthetase  50.71 
 
 		 425 aa  415  9.999999999999999e-116  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0506465  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0010  Serine--tRNA ligase  47.96 
 
 		 427 aa  416  9.999999999999999e-116  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0427717  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3236  seryl-tRNA synthetase  46.88 
 
 		 423 aa  414  1e-114  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0541  seryl-tRNA synthetase  48.33 
 
 		 423 aa  411  1e-114  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1338  seryl-tRNA synthetase  48.95 
 
 		 427 aa  409  1e-113  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00311598 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2740  seryl-tRNA synthetase  48.2 
 
 		 424 aa  408  1e-113  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.697108 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0253  seryl-tRNA synthetase  47.64 
 
 		 425 aa  411  1e-113  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1424  seryl-tRNA synthetase  46.52 
 
 		 423 aa  410  1e-113  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.188091 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0022  seryl-tRNA synthetase  47.24 
 
 		 422 aa  406  1.0000000000000001e-112  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2626  seryl-tRNA synthetase  45.97 
 
 		 427 aa  407  1.0000000000000001e-112  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1195  seryl-tRNA synthetase  48.33 
 
 		 417 aa  407  1.0000000000000001e-112  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.877064  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1518  seryl-tRNA synthetase  47.42 
 
 		 426 aa  403  1e-111  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0014  seryl-tRNA synthetase  46.17 
 
 		 426 aa  399  9.999999999999999e-111  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.192456  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0965  seryl-tRNA synthetase  45.56 
 
 		 426 aa  399  9.999999999999999e-111  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000308686  hitchhiker  0.0000000659657 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26270  seryl-tRNA synthetase  48 
 
 		 428 aa  399  9.999999999999999e-111  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0594  seryl-tRNA synthetase  47.79 
 
 		 430 aa  395  1e-109  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2307  seryl-tRNA synthetase  47.16 
 
 		 424 aa  397  1e-109  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0391  seryl-tRNA synthetase  46.59 
 
 		 432 aa  397  1e-109  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405433  normal  0.944422 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2745  seryl-tRNA synthetase  47 
 
 		 425 aa  396  1e-109  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1450  seryl-tRNA synthetase  50.24 
 
 		 425 aa  394  1e-108  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2545  seryl-tRNA synthetase  45.45 
 
 		 428 aa  392  1e-108  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0326  seryl-tRNA synthetase  47.48 
 
 		 423 aa  391  1e-108  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  4.81003e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0014  seryl-tRNA synthetase  44.24 
 
 		 425 aa  392  1e-108  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1724  seryl-tRNA synthetase  44.32 
 
 		 426 aa  390  1e-107  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0695  seryl-tRNA synthetase  45.45 
 
 		 426 aa  389  1e-107  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0194542  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0449  seryl-tRNA synthetase  46.24 
 
 		 428 aa  390  1e-107  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0009  seryl-tRNA synthetase  44.74 
 
 		 428 aa  390  1e-107  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0014  seryl-tRNA synthetase  44 
 
 		 425 aa  389  1e-107  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2991  seryl-tRNA synthetase  48.13 
 
 		 429 aa  390  1e-107  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2729  seryl-tRNA synthetase  44.96 
 
 		 426 aa  389  1e-107  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0009  seryl-tRNA synthetase  44.74 
 
 		 428 aa  390  1e-107  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0368  seryl-tRNA synthetase  46.65 
 
 		 425 aa  389  1e-107  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1765  seryl-tRNA synthetase  45.12 
 
 		 431 aa  389  1e-107  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0356  seryl-tRNA synthetase  45.05 
 
 		 425 aa  385  1e-106  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0825  seryl-tRNA synthetase  45.54 
 
 		 427 aa  388  1e-106  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.771006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1503  seryl-tRNA synthetase  45.07 
 
 		 424 aa  387  1e-106  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000981154 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0013  seryl-tRNA synthetase  44.55 
 
 		 422 aa  387  1e-106  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000021419  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03450  seryl-tRNA synthetase  46.59 
 
 		 427 aa  383  1e-105  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.375203 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4645  seryl-tRNA synthetase  45.58 
 
 		 424 aa  382  1e-105  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000263094  normal  0.52654 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0931  seryl-tRNA synthetase  45.92 
 
 		 431 aa  384  1e-105  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1776  seryl-tRNA synthetase  45.73 
 
 		 428 aa  382  1e-105  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0781762  hitchhiker  0.00882047 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1823  seryl-tRNA synthetase  45.31 
 
 		 427 aa  382  1e-105  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0367  seryl-tRNA synthetase  45.5 
 
 		 459 aa  382  1e-105  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1073  seryl-tRNA synthetase  43.87 
 
 		 430 aa  384  1e-105  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.441533 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1828  seryl-tRNA synthetase  45.56 
 
 		 430 aa  380  1e-104  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0885  seryl-tRNA synthetase  46.32 
 
 		 427 aa  378  1e-104  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0876  seryl-tRNA synthetase  46.56 
 
 		 469 aa  379  1e-104  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.213441  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2178  seryl-tRNA synthetase  45.72 
 
 		 459 aa  381  1e-104  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2342  seryl-tRNA synthetase  45.58 
 
 		 442 aa  381  1e-104  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.261311  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0097  seryl-tRNA synthetase  44.21 
 
 		 435 aa  375  1e-103  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000017376  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0114  seryl-tRNA synthetase  44.5 
 
 		 418 aa  376  1e-103  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1167  seryl-tRNA synthetase  44.63 
 
 		 427 aa  374  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0695975  normal  0.170657 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3030  seryl-tRNA synthetase  44.6 
 
 		 435 aa  374  1e-102  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.134958  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1968  seryl-tRNA synthetase  47.53 
 
 		 426 aa  370  1e-101  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.355575  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3853  seryl-tRNA synthetase  44.89 
 
 		 435 aa  370  1e-101  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0731  seryl-tRNA synthetase  44.52 
 
 		 431 aa  370  1e-101  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.758935 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1870  seryl-tRNA synthetase  44 
 
 		 423 aa  370  1e-101  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.961379  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>