More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0757 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0757  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
291 aa  587  1e-167  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.953109  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2775  extracellular solute-binding protein family 3  56.13 
 
 
294 aa  297  1e-79  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9353  amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein, putative  55.29 
 
 
286 aa  292  4e-78  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.663488 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3557  extracellular solute-binding protein family 3  59.59 
 
 
290 aa  291  1e-77  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.838933 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4575  extracellular solute-binding protein  56.57 
 
 
297 aa  286  2e-76  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3098  extracellular solute-binding protein family 3  50.61 
 
 
293 aa  254  8e-67  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6884  extracellular solute-binding protein family 3  47.48 
 
 
285 aa  236  4e-61  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5107  extracellular solute-binding protein  44.68 
 
 
286 aa  198  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0875  amino acid ABC transporter/signal transduction systems periplasmic protein  37.27 
 
 
287 aa  178  1e-43  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00496425  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0661  extracellular solute-binding protein family 3  31.18 
 
 
279 aa  110  2.0000000000000002e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000289878  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2962  extracellular solute-binding protein  32.87 
 
 
287 aa  105  6e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.209955  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2804  extracellular solute-binding protein family 3  30.52 
 
 
276 aa  102  6e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.22333 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0501  extracellular solute-binding protein  33.48 
 
 
281 aa  98.2  1e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3010  extracellular solute-binding protein  30.66 
 
 
294 aa  97.1  3e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7637  extracellular solute-binding protein, family 3  27.39 
 
 
290 aa  96.3  5e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.636855 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0329  extracellular solute-binding protein family 3  31.32 
 
 
282 aa  95.9  8e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0708  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  28.9 
 
 
276 aa  93.2  5e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0551  glytamine ABC transporter substrate-binding protein  28.9 
 
 
276 aa  93.2  5e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0676  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  28.9 
 
 
276 aa  93.2  5e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0769  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  28.9 
 
 
276 aa  92.8  6e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4662  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  28.9 
 
 
276 aa  92.8  7e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.257219  hitchhiker  2.83751e-21 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0607  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  28.52 
 
 
276 aa  92  1e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.510404  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0552  glutamine ABC transporter substrate-binding protein  28.52 
 
 
276 aa  92  1e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.368136  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0640  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  28.52 
 
 
276 aa  92  1e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223136  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0697  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  28.52 
 
 
276 aa  92  1e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0588  extracellular solute-binding protein family 3  30.94 
 
 
247 aa  92  1e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00341778  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1148  extracellular solute-binding protein  29.09 
 
 
283 aa  91.3  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1040  extracellular solute-binding protein  30.56 
 
 
249 aa  88.6  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0410821 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3922  extracellular solute-binding protein family 3  29.24 
 
 
282 aa  88.6  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.998829  normal  0.0650452 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0553  extracellular solute-binding protein  27.76 
 
 
276 aa  88.6  1e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5576  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.67 
 
 
503 aa  87  3e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2306  extracellular solute-binding protein  34.63 
 
 
246 aa  86.3  5e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000079937  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2357  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.76 
 
 
253 aa  85.5  9e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1126  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.76 
 
 
250 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1406  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.76 
 
 
250 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.584446  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2391  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.76 
 
 
250 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2098  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.76 
 
 
250 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.230871  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0541  extracellular solute-binding protein  27.14 
 
 
275 aa  84  0.000000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1487  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.76 
 
 
250 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3272  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.76 
 
 
250 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3158  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.76 
 
 
250 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0137955  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0860  extracellular solute-binding protein family 3  32.04 
 
 
246 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.599972 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3442  extracellular solute-binding protein  32.43 
 
 
285 aa  83.6  0.000000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1070  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  28.51 
 
 
263 aa  83.6  0.000000000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.623597  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4160  extracellular solute-binding protein  30.53 
 
 
247 aa  82.8  0.000000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.757716  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1050  extracellular solute-binding protein  29.78 
 
 
286 aa  82.8  0.000000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.875025  normal  0.0927945 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3149  extracellular solute-binding protein  27.91 
 
 
281 aa  82.4  0.000000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24310  periplasmic component of amino acid ABC-type transporter/signal transduction system  28.52 
 
 
264 aa  81.6  0.00000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.268105  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5891  putative periplasmic binding protein  30.51 
 
 
250 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68070  putative periplasmic binding protein  30.51 
 
 
250 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.467705  normal  0.0215943 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0429  extracellular solute-binding protein family 3  28.16 
 
 
283 aa  80.9  0.00000000000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1961  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.92 
 
 
250 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.40948  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0131  glutamine transport system substrate-binding protein  31.88 
 
 
285 aa  80.9  0.00000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.210199  normal  0.0525108 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  32.62 
 
 
266 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1824  extracellular solute-binding protein  32.35 
 
 
246 aa  80.5  0.00000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0824863  normal  0.890252 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1594  extracellular solute-binding protein  29.77 
 
 
252 aa  80.1  0.00000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.854968  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4284  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.92 
 
 
250 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0592  extracellular solute-binding protein family 3  27.4 
 
 
272 aa  80.1  0.00000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4082  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.92 
 
 
250 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.314608  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  31.33 
 
 
266 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  31.9 
 
 
266 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  27.69 
 
 
257 aa  79.3  0.00000000000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4752  extracellular solute-binding protein family 3  25.98 
 
 
269 aa  79.3  0.00000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000170582  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5481  extracellular solute-binding protein  30 
 
 
270 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3406  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.48 
 
 
251 aa  79  0.00000000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.940811  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3585  extracellular solute-binding protein  30.56 
 
 
266 aa  79  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435512  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3298  extracellular solute-binding protein  28.38 
 
 
254 aa  78.2  0.0000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6986  extracellular solute-binding protein family 3  28.46 
 
 
271 aa  77  0.0000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.821047  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0433  extracellular solute-binding protein  28.27 
 
 
266 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980273  hitchhiker  0.00000000179971 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0589  extracellular solute-binding protein family 3  29.9 
 
 
247 aa  76.6  0.0000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0251025  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3441  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.31 
 
 
250 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2053  extracellular solute-binding protein family 3  28.42 
 
 
271 aa  76.6  0.0000000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0351  extracellular solute-binding protein  28.69 
 
 
266 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1476  extracellular solute-binding protein family 3  27.7 
 
 
286 aa  76.3  0.0000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1232  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.3 
 
 
503 aa  76.3  0.0000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0615942 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2649  extracellular solute-binding protein  28.27 
 
 
266 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0458  extracellular solute-binding protein  28.27 
 
 
266 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357598  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3548  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  28.27 
 
 
266 aa  75.9  0.0000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.233102 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3045  extracellular solute-binding protein  28.44 
 
 
252 aa  75.9  0.0000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.29813  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2806  extracellular solute-binding protein family 3  28.68 
 
 
281 aa  75.9  0.0000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0382  extracellular solute-binding protein  27.85 
 
 
266 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0366  extracellular solute-binding protein  27.85 
 
 
266 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0588118  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  27.54 
 
 
260 aa  75.5  0.0000000000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4928  extracellular solute-binding protein  28.76 
 
 
250 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0454768  hitchhiker  0.0000000841601 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4912  extracellular solute-binding protein  30.3 
 
 
254 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0305  extracellular solute-binding protein  29.52 
 
 
250 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000409143  normal  0.868034 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0311  extracellular solute-binding protein  27.48 
 
 
248 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00127977  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2490  extracellular solute-binding protein family 3  27.8 
 
 
273 aa  74.7  0.000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0326  extracellular solute-binding protein  29.54 
 
 
310 aa  74.7  0.000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1060  extracellular solute-binding protein  30.39 
 
 
252 aa  74.3  0.000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.703174  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0282  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.07 
 
 
250 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0338349  hitchhiker  0.000164452 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5358  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.87 
 
 
254 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1959  extracellular solute-binding protein  28.89 
 
 
222 aa  73.9  0.000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.553895 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1470  extracellular solute-binding protein family 3  27.94 
 
 
274 aa  73.9  0.000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.506058  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2062  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  28.09 
 
 
499 aa  73.6  0.000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0237  extracellular solute-binding protein family 3  28.35 
 
 
267 aa  73.6  0.000000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.640745  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1130  hypothetical protein  27.92 
 
 
231 aa  73.2  0.000000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4620  arginine-binding periplasmic protein 2  29.27 
 
 
246 aa  73.2  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.370137  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1930  extracellular solute-binding protein family 3  29.05 
 
 
248 aa  73.2  0.000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000351018  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4024  extracellular solute-binding protein  27.19 
 
 
270 aa  72.8  0.000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.400278  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>