More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0572 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0572  50S ribosomal protein L7/L12  100 
 
 		 130 aa  241  3.9999999999999997e-63  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0699  50S ribosomal protein L7/L12  83.97 
 
 		 131 aa  167  4e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6058  50S ribosomal protein L7/L12  93.85 
 
 		 130 aa  161  2.0000000000000002e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.87538  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0298  50S ribosomal protein L12P  82.31 
 
 		 130 aa  157  5e-38  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.489107 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2655  50S ribosomal protein L7/L12  80 
 
 		 130 aa  155  1e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.496978  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4350  ribosomal protein L7/L12  74.24 
 
 		 132 aa  155  2e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4520  ribosomal protein L7/L12  87.79 
 
 		 131 aa  155  2e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29840  LSU ribosomal protein L12P  79.23 
 
 		 127 aa  152  1e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2668  ribosomal protein L7/L12  76.92 
 
 		 129 aa  152  2e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.555743  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3156  50S ribosomal protein L7/L12  76.92 
 
 		 128 aa  150  5e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.254156  normal  0.267482 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0916  ribosomal protein L7/L12  73.08 
 
 		 127 aa  150  5e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.599285  normal  0.231708 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0542  50S ribosomal protein L7/L12  71.43 
 
 		 133 aa  150  7e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.251524  normal  0.125779 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03680  LSU ribosomal protein L12P  75.57 
 
 		 131 aa  149  2e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.770904  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5960  50S ribosomal protein L7/L12  76.15 
 
 		 128 aa  148  2e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.45464  normal  0.865774 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17260  LSU ribosomal protein L12P  79.23 
 
 		 129 aa  147  5e-35  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4326  ribosomal protein L7/L12  75.38 
 
 		 129 aa  147  5e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.488636 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3934  ribosomal protein L7/L12  74.62 
 
 		 128 aa  147  5e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.189008  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0751  ribosomal protein L7/L12  79.39 
 
 		 131 aa  147  6e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.69161  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20970  50S ribosomal protein L7/L12  74.62 
 
 		 129 aa  146  1.0000000000000001e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0679  ribosomal protein L7/L12  86.15 
 
 		 128 aa  144  3e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5100  50S ribosomal protein L7/L12  78.63 
 
 		 130 aa  143  7.0000000000000006e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.125465 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1253  50S ribosomal protein L7/L12  77.1 
 
 		 130 aa  141  3e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.640474  normal  0.12234 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2701  ribosomal protein L7/L12  69.23 
 
 		 125 aa  140  4e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0719525 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5115  ribosomal protein L7/L12  72.31 
 
 		 129 aa  137  3.9999999999999997e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.730152 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0390  ribosomal protein L7/L12  76.23 
 
 		 128 aa  136  1e-31  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0701  50S ribosomal protein L7/L12  59.85 
 
 		 128 aa  135  2e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.48275  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6636  ribosomal protein L7/L12  67.18 
 
 		 127 aa  135  3.0000000000000003e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0619  ribosomal protein L7/L12  78.46 
 
 		 127 aa  134  4e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2989  50S ribosomal protein L12P / LSU ribosomal protein L12P  67.69 
 
 		 123 aa  133  8e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.201729  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1073  RplL  77.1 
 
 		 130 aa  133  9.999999999999999e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.721795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10665  50S ribosomal protein L7/L12  80.92 
 
 		 130 aa  130  6e-30  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  8.67859e-19  normal  0.457138 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0277  ribosomal protein L7/L12  63.85 
 
 		 126 aa  129  1.0000000000000001e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000125688  hitchhiker  0.000433063 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0995  50S ribosomal protein L7/L12  77.86 
 
 		 129 aa  128  3e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0967  50S ribosomal protein L7/L12  77.86 
 
 		 129 aa  128  3e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0985  50S ribosomal protein L7/L12  77.86 
 
 		 129 aa  128  3e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.350838  normal  0.337362 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23950  LSU ribosomal protein L12P  68.46 
 
 		 129 aa  127  4.0000000000000003e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0579  ribosomal protein L7/L12  78.63 
 
 		 128 aa  126  1.0000000000000001e-28  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.573662  normal  0.0129016 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1668  50S ribosomal protein L7/L12  68.46 
 
 		 126 aa  124  5e-28  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0227  ribosomal protein L7/L12  67.69 
 
 		 126 aa  123  1e-27  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1019  ribosomal protein L7/L12  78.63 
 
 		 130 aa  122  2e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0195  50S ribosomal protein L7/L12  55.12 
 
 		 125 aa  114  3.9999999999999997e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00370258  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1926  ribosomal protein L7/L12  65.38 
 
 		 128 aa  114  6e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.252163  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0206  50S ribosomal protein L7/L12  66.92 
 
 		 124 aa  114  6e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000710602  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1125  ribosomal protein L7/L12  70.99 
 
 		 130 aa  114  6e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2721  ribosomal protein L7/L12  59.84 
 
 		 123 aa  112  2.0000000000000002e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.200766  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2330  ribosomal protein L7/L12  62.99 
 
 		 125 aa  112  2.0000000000000002e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1037  50S ribosomal protein L7/L12  55.38 
 
 		 129 aa  112  2.0000000000000002e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.144376  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08450  LSU ribosomal protein L12P  63.78 
 
 		 124 aa  110  5e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0838646  normal  0.398642 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0299  50S ribosomal protein L7/L12  56.92 
 
 		 128 aa  108  2.0000000000000002e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00870762  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2729  50S ribosomal protein L7/L12  51.97 
 
 		 121 aa  107  5e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000345895  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2469  50S ribosomal protein L12P  60 
 
 		 126 aa  105  1e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.130995  hitchhiker  0.00690979 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0409  50S ribosomal protein L7/L12  65.6 
 
 		 124 aa  105  1e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000329533  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02420  LSU ribosomal protein L12P  61.42 
 
 		 126 aa  105  2e-22  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.346451  normal  0.371005 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0858  50S ribosomal protein L7/L12  61.42 
 
 		 125 aa  104  3e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000150638  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1171  ribosomal protein L7/L12  65.35 
 
 		 126 aa  103  6e-22  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000534348  unclonable  0.0000000277278 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0257  50S ribosomal protein L7/L12  56.15 
 
 		 127 aa  103  7e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000857279  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2163  50S ribosomal protein L12P  59.84 
 
 		 128 aa  103  1e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.243742  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_862  ribosomal protein L7/L12  55.91 
 
 		 124 aa  102  2e-21  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.0000472874  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4498  50S ribosomal protein L7/L12  64.75 
 
 		 126 aa  102  2e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1899  50S ribosomal protein L7/L12  64.75 
 
 		 126 aa  102  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0881  50S ribosomal protein L7/L12  56.69 
 
 		 123 aa  102  2e-21  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.619082  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0140  ribosomal protein L7/L12  46.46 
 
 		 121 aa  102  2e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000121885  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2343  ribosomal protein L7/L12  61.54 
 
 		 125 aa  102  2e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00477548  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0839  50S ribosomal protein L12P  60.63 
 
 		 123 aa  102  2e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.12937  normal  0.0961765 
 
 
-
 
NC_002936  DET0990  50S ribosomal protein L7/L12  56.69 
 
 		 124 aa  101  3e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00236758  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0397  50S ribosomal protein L7/L12  60.16 
 
 		 127 aa  101  3e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.294224  normal  0.0166902 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2284  50S ribosomal protein L7/L12  60.48 
 
 		 123 aa  101  3e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0509543  normal  0.323569 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0758  50S ribosomal protein L7/L12  59.35 
 
 		 126 aa  100  5e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.599811  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0361  50S ribosomal protein L7/L12  63.85 
 
 		 126 aa  100  6e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.435588 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3363  50S ribosomal protein L7/L12  59.23 
 
 		 124 aa  100  6e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.304303  normal  0.21992 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2555  50S ribosomal protein L7/L12  58.27 
 
 		 128 aa  100  6e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.113587  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3688  50S ribosomal protein L7/L12  62.1 
 
 		 125 aa  100  6e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2222  50S ribosomal protein L7/L12  50.77 
 
 		 125 aa  100  6e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00274833 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3335  50S ribosomal protein L7/L12  54.33 
 
 		 124 aa  100  6e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0693  ribosomal protein L7/L12  56.92 
 
 		 127 aa  100  7e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000904512  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1820  ribosomal protein L7/L12  58.59 
 
 		 133 aa  100  8e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0214  ribosomal protein L7/L12  56.15 
 
 		 126 aa  100  9e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3867  50S ribosomal protein L7/L12  61.54 
 
 		 126 aa  100  9e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0270847 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0318  50S ribosomal protein L7/L12  56.69 
 
 		 128 aa  99.4  1e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.038459  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0489  50S ribosomal protein L7/L12  56.69 
 
 		 128 aa  99.4  1e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.223165  hitchhiker  0.00000150598 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3196  50S ribosomal protein L7/L12  58.87 
 
 		 123 aa  99.8  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.380121 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1530  50S ribosomal protein L7/L12  61.29 
 
 		 124 aa  99.8  1e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1820  50S ribosomal protein L7/L12  59.23 
 
 		 125 aa  99.4  1e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0400665  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1346  50S ribosomal protein L7/L12  62.3 
 
 		 126 aa  99.8  1e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0781137  normal  0.0992596 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0173  50S ribosomal protein L7/L12  54.33 
 
 		 125 aa  99  2e-20  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.171159  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3459  50S ribosomal protein L7/L12  57.26 
 
 		 123 aa  98.6  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.886591  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2680  50S ribosomal protein L7/L12  54.33 
 
 		 124 aa  98.6  2e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00234382  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1664  50S ribosomal protein L7/L12  53.54 
 
 		 124 aa  98.6  2e-20  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.63361  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1371  50S ribosomal protein L7/L12  49.61 
 
 		 125 aa  99.4  2e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.526741  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2864  50S ribosomal protein L7/L12  58.46 
 
 		 127 aa  98.6  3e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.310416  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1349  50S ribosomal protein L7/L12  62.1 
 
 		 125 aa  98.2  3e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.262867  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0672  50S ribosomal protein L7/L12  56.92 
 
 		 127 aa  98.6  3e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0176  50S ribosomal protein L7/L12  44.88 
 
 		 121 aa  98.6  3e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000503001  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5082  50S ribosomal protein L7/L12  58.87 
 
 		 125 aa  98.2  4e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.487843  normal  0.840642 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2332  50S ribosomal protein L7/L12  53.23 
 
 		 126 aa  97.8  4e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00721046  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2728  ribosomal protein L7/L12  61.48 
 
 		 123 aa  97.4  5e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.176458  normal  0.779559 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0311  50S ribosomal protein L7/L12  56.69 
 
 		 123 aa  97.4  5e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0425822  normal  0.0243223 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4317  50S ribosomal protein L7/L12  52.08 
 
 		 140 aa  97.8  5e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1963  50S ribosomal protein L7/L12  54.33 
 
 		 123 aa  97.4  5e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.128486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0631  50S ribosomal protein L7/L12  57.94 
 
 		 128 aa  97.4  5e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.141708  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>