More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0227 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0227  ribosomal protein L7/L12  100 
 
 		 126 aa  224  3e-58  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1668  50S ribosomal protein L7/L12  88.1 
 
 		 126 aa  169  1e-41  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0916  ribosomal protein L7/L12  73.23 
 
 		 127 aa  144  5e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.599285  normal  0.231708 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5960  50S ribosomal protein L7/L12  71.88 
 
 		 128 aa  139  1.9999999999999998e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.45464  normal  0.865774 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29840  LSU ribosomal protein L12P  75.59 
 
 		 127 aa  138  3e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20970  50S ribosomal protein L7/L12  66.67 
 
 		 129 aa  135  1e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2668  ribosomal protein L7/L12  71.32 
 
 		 129 aa  135  2e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.555743  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17260  LSU ribosomal protein L12P  69.77 
 
 		 129 aa  135  3.0000000000000003e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4350  ribosomal protein L7/L12  65.15 
 
 		 132 aa  134  4e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0542  50S ribosomal protein L7/L12  66.92 
 
 		 133 aa  131  3e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.251524  normal  0.125779 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2655  50S ribosomal protein L7/L12  66.92 
 
 		 130 aa  130  3.9999999999999996e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.496978  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23950  LSU ribosomal protein L12P  66.67 
 
 		 129 aa  130  5e-30  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2701  ribosomal protein L7/L12  68.25 
 
 		 125 aa  130  7.999999999999999e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0719525 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2989  50S ribosomal protein L12P / LSU ribosomal protein L12P  68.25 
 
 		 123 aa  129  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.201729  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3934  ribosomal protein L7/L12  65.62 
 
 		 128 aa  127  6e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.189008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4326  ribosomal protein L7/L12  65.12 
 
 		 129 aa  127  7.000000000000001e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.488636 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5115  ribosomal protein L7/L12  66.67 
 
 		 129 aa  125  2.0000000000000002e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.730152 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0699  50S ribosomal protein L7/L12  63.36 
 
 		 131 aa  125  3e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0619  ribosomal protein L7/L12  70.08 
 
 		 127 aa  122  1e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03680  LSU ribosomal protein L12P  64.89 
 
 		 131 aa  122  2e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.770904  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0701  50S ribosomal protein L7/L12  56.25 
 
 		 128 aa  121  3e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.48275  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2729  50S ribosomal protein L7/L12  57.72 
 
 		 121 aa  119  9.999999999999999e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000345895  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0195  50S ribosomal protein L7/L12  60 
 
 		 125 aa  119  9.999999999999999e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00370258  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0277  ribosomal protein L7/L12  60.94 
 
 		 126 aa  118  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000125688  hitchhiker  0.000433063 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0751  ribosomal protein L7/L12  58.78 
 
 		 131 aa  119  1.9999999999999998e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.69161  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0298  50S ribosomal protein L12P  66.92 
 
 		 130 aa  118  3e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.489107 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4520  ribosomal protein L7/L12  63.36 
 
 		 131 aa  117  6e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3156  50S ribosomal protein L7/L12  64.84 
 
 		 128 aa  116  9.999999999999999e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.254156  normal  0.267482 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0390  ribosomal protein L7/L12  63.93 
 
 		 128 aa  115  1.9999999999999998e-25  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5100  50S ribosomal protein L7/L12  61.54 
 
 		 130 aa  115  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.125465 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0679  ribosomal protein L7/L12  66.41 
 
 		 128 aa  114  3e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6058  50S ribosomal protein L7/L12  64.62 
 
 		 130 aa  114  6e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.87538  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0206  50S ribosomal protein L7/L12  64.71 
 
 		 124 aa  112  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000710602  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1253  50S ribosomal protein L7/L12  60.77 
 
 		 130 aa  110  5e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.640474  normal  0.12234 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0579  ribosomal protein L7/L12  69.9 
 
 		 128 aa  110  6e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.573662  normal  0.0129016 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0839  50S ribosomal protein L12P  60.98 
 
 		 123 aa  110  6e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.12937  normal  0.0961765 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0572  50S ribosomal protein L7/L12  66.15 
 
 		 130 aa  109  1.0000000000000001e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2721  ribosomal protein L7/L12  60.98 
 
 		 123 aa  110  1.0000000000000001e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.200766  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0223  50S ribosomal protein L7/L12  52.85 
 
 		 122 aa  108  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1963  50S ribosomal protein L7/L12  59.35 
 
 		 123 aa  108  2.0000000000000002e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.128486  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6636  ribosomal protein L7/L12  60.63 
 
 		 127 aa  108  2.0000000000000002e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1171  ribosomal protein L7/L12  62.1 
 
 		 126 aa  109  2.0000000000000002e-23  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000534348  unclonable  0.0000000277278 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3767  50S ribosomal protein L7/L12  52.85 
 
 		 122 aa  108  2.0000000000000002e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000892884  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1073  RplL  68.47 
 
 		 130 aa  107  4.0000000000000004e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.721795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1664  50S ribosomal protein L7/L12  57.72 
 
 		 124 aa  107  5e-23  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.63361  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0232  50S ribosomal protein L7/L12  59.2 
 
 		 125 aa  107  7.000000000000001e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0946443  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0711  50S ribosomal protein L7/L12  60.98 
 
 		 124 aa  107  8.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.163885  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1429  ribosomal protein L7/L12  64.57 
 
 		 126 aa  106  9.000000000000001e-23  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0173  50S ribosomal protein L7/L12  54.47 
 
 		 125 aa  106  1e-22  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.171159  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2330  ribosomal protein L7/L12  63.41 
 
 		 125 aa  106  1e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0176  50S ribosomal protein L7/L12  52.85 
 
 		 121 aa  105  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000503001  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06160  50S ribosomal protein L7/L12  58.54 
 
 		 122 aa  106  1e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0446  50S ribosomal protein L7/L12  57.72 
 
 		 121 aa  105  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.690504  unclonable  0.000000216154 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0311  50S ribosomal protein L7/L12  57.72 
 
 		 123 aa  105  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0425822  normal  0.0243223 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0479  50S ribosomal protein L7/L12  57.72 
 
 		 121 aa  105  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00592833  hitchhiker  0.00479203 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0476  50S ribosomal protein L7/L12  57.72 
 
 		 121 aa  105  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4757  50S ribosomal protein L7/L12  57.72 
 
 		 121 aa  105  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0149649  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2680  50S ribosomal protein L7/L12  58.87 
 
 		 124 aa  104  3e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00234382  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1317  50S ribosomal protein L7/L12  56.91 
 
 		 124 aa  104  4e-22  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000128375  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1926  ribosomal protein L7/L12  56.91 
 
 		 128 aa  103  7e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.252163  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0409  50S ribosomal protein L7/L12  62.18 
 
 		 124 aa  103  7e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000329533  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0299  50S ribosomal protein L7/L12  59.38 
 
 		 128 aa  103  7e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00870762  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5087  50S ribosomal protein L7/L12  56.91 
 
 		 121 aa  103  8e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00167617  normal  0.833484 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0693  ribosomal protein L7/L12  60.63 
 
 		 127 aa  103  1e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000904512  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2469  50S ribosomal protein L12P  59.38 
 
 		 126 aa  103  1e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.130995  hitchhiker  0.00690979 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2332  50S ribosomal protein L7/L12  54.47 
 
 		 125 aa  102  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.140458  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2723  50S ribosomal protein L7/L12  56.91 
 
 		 121 aa  102  2e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2409  50S ribosomal protein L7/L12  56.91 
 
 		 121 aa  102  2e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000000267042  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10665  50S ribosomal protein L7/L12  61.54 
 
 		 130 aa  102  2e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  8.67859e-19  normal  0.457138 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0672  50S ribosomal protein L7/L12  59.84 
 
 		 127 aa  101  3e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0448  50S ribosomal protein L7/L12  56.1 
 
 		 125 aa  100  5e-21  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00560406  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0450  50S ribosomal protein L7/L12  54.47 
 
 		 125 aa  100  5e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3346  50S ribosomal protein L7/L12  59.35 
 
 		 124 aa  100  6e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.80361  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0140  ribosomal protein L7/L12  49.59 
 
 		 121 aa  100  6e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000121885  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0180  50S ribosomal protein L7/L12  53.66 
 
 		 125 aa  100  7e-21  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.595684  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2037  50S ribosomal protein L7/L12  56.91 
 
 		 125 aa  100  7e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0646478  normal  0.703058 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2163  50S ribosomal protein L12P  60.32 
 
 		 128 aa  100  8e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.243742  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1635  50S ribosomal protein L7/L12  57.94 
 
 		 128 aa  100  8e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0881  50S ribosomal protein L7/L12  59.35 
 
 		 123 aa  100  9e-21  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.619082  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0181  50S ribosomal protein L7/L12  58.2 
 
 		 122 aa  99.4  1e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.563708  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08450  LSU ribosomal protein L12P  58.54 
 
 		 124 aa  99.8  1e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0838646  normal  0.398642 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02420  LSU ribosomal protein L12P  59.68 
 
 		 126 aa  99.8  1e-20  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.346451  normal  0.371005 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1454  50S ribosomal protein L7/L12  56.69 
 
 		 127 aa  99.4  1e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0287  50S ribosomal protein L7/L12  58.2 
 
 		 126 aa  99.8  1e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.0000000028458  normal  0.010711 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0923  50S ribosomal protein L7/L12  54.03 
 
 		 126 aa  99.4  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000276114  hitchhiker  0.0000101769 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0413  50S ribosomal protein L12P  55.28 
 
 		 124 aa  99.8  1e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.291542  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0397  50S ribosomal protein L7/L12  60.33 
 
 		 127 aa  98.6  2e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.294224  normal  0.0166902 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3917  50S ribosomal protein L7/L12  54.47 
 
 		 123 aa  99.4  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0995  50S ribosomal protein L7/L12  59.69 
 
 		 129 aa  98.2  3e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3335  50S ribosomal protein L7/L12  53.66 
 
 		 124 aa  98.6  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0967  50S ribosomal protein L7/L12  59.69 
 
 		 129 aa  98.2  3e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0985  50S ribosomal protein L7/L12  59.69 
 
 		 129 aa  98.2  3e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.350838  normal  0.337362 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2177  ribosomal protein L7/L12  54.03 
 
 		 126 aa  98.6  3e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.866659 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2864  50S ribosomal protein L7/L12  57.48 
 
 		 127 aa  97.8  4e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.310416  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_862  ribosomal protein L7/L12  58.87 
 
 		 124 aa  97.4  5e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.0000472874  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00694  50S ribosomal protein L7/L12  54.47 
 
 		 125 aa  97.4  6e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000575262  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0990  50S ribosomal protein L7/L12  58.06 
 
 		 124 aa  97.1  7e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00236758  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0101  50S ribosomal protein L7/L12  54.47 
 
 		 122 aa  97.4  7e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000988391  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0501  ribosomal protein L7/L12  47.15 
 
 		 121 aa  97.1  7e-20  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0503  50S ribosomal protein L7/L12  54.96 
 
 		 129 aa  97.1  7e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000266288  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>