More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_08450 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013165  Shel_08450  LSU ribosomal protein L12P  100 
 
 
124 aa  228  2e-59  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0838646  normal  0.398642 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2330  ribosomal protein L7/L12  76 
 
 
125 aa  149  8.999999999999999e-36  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02420  LSU ribosomal protein L12P  73.02 
 
 
126 aa  139  9.999999999999999e-33  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.346451  normal  0.371005 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0176  50S ribosomal protein L7/L12  58.87 
 
 
121 aa  132  1.9999999999999998e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000503001  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0140  ribosomal protein L7/L12  58.06 
 
 
121 aa  132  1.9999999999999998e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000121885  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0277  ribosomal protein L7/L12  65.29 
 
 
126 aa  131  3.9999999999999996e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000125688  hitchhiker  0.000433063 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0701  50S ribosomal protein L7/L12  60 
 
 
128 aa  128  2.0000000000000002e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.48275  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2729  50S ribosomal protein L7/L12  62.1 
 
 
121 aa  128  2.0000000000000002e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000345895  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1037  50S ribosomal protein L7/L12  59.23 
 
 
129 aa  125  1.0000000000000001e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.144376  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2721  ribosomal protein L7/L12  66.67 
 
 
123 aa  123  9e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.200766  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0450  50S ribosomal protein L7/L12  62.4 
 
 
125 aa  122  1e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002172  LSU ribosomal protein L7/L12 (L23e)  62.9 
 
 
122 aa  122  2e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000104246  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5100  50S ribosomal protein L7/L12  64.57 
 
 
130 aa  121  4e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.125465 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0223  50S ribosomal protein L7/L12  56 
 
 
122 aa  120  6e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3767  50S ribosomal protein L7/L12  56 
 
 
122 aa  120  6e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000892884  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00226  50S ribosomal protein L7/L12  61.29 
 
 
122 aa  120  8e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0097  50S ribosomal protein L7/L12  66.39 
 
 
122 aa  118  1.9999999999999998e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2469  50S ribosomal protein L12P  68.03 
 
 
126 aa  119  1.9999999999999998e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.130995  hitchhiker  0.00690979 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1371  50S ribosomal protein L7/L12  61.6 
 
 
125 aa  118  1.9999999999999998e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.526741  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0195  50S ribosomal protein L7/L12  55.56 
 
 
125 aa  117  3.9999999999999996e-26  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00370258  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0866  50S ribosomal protein L7/L12  55.47 
 
 
128 aa  117  3.9999999999999996e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0858  50S ribosomal protein L7/L12  64.8 
 
 
125 aa  117  3.9999999999999996e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000150638  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2950  ribosomal protein L7/L12  58.06 
 
 
123 aa  116  9.999999999999999e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.223203  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0299  50S ribosomal protein L7/L12  62.7 
 
 
128 aa  115  1.9999999999999998e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00870762  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2343  ribosomal protein L7/L12  62.81 
 
 
125 aa  114  3e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00477548  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0101  50S ribosomal protein L7/L12  66.39 
 
 
122 aa  114  3.9999999999999997e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000988391  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2332  50S ribosomal protein L7/L12  56.35 
 
 
126 aa  114  5e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00721046  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1171  ribosomal protein L7/L12  63.49 
 
 
126 aa  114  5e-25  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000534348  unclonable  0.0000000277278 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3335  50S ribosomal protein L7/L12  59.68 
 
 
124 aa  114  5e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0206  50S ribosomal protein L7/L12  67.23 
 
 
124 aa  114  6e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000710602  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2163  50S ribosomal protein L12P  60.16 
 
 
128 aa  113  7.999999999999999e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.243742  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0214  ribosomal protein L7/L12  60.33 
 
 
126 aa  113  8.999999999999998e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1926  ribosomal protein L7/L12  64.23 
 
 
128 aa  113  1.0000000000000001e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.252163  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1253  50S ribosomal protein L7/L12  62.2 
 
 
130 aa  113  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.640474  normal  0.12234 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2178  50S ribosomal protein L7/L12  58.87 
 
 
123 aa  112  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.900268  normal  0.0233119 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0352  ribosomal protein L7/L12  54.03 
 
 
124 aa  111  3e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.40803  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0413  50S ribosomal protein L12P  57.26 
 
 
124 aa  111  3e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.291542  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0916  ribosomal protein L7/L12  59.68 
 
 
127 aa  111  3e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.599285  normal  0.231708 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4698  50S ribosomal protein L7/L12  57.26 
 
 
122 aa  111  4.0000000000000004e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000163845  hitchhiker  0.00000529046 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0095  50S ribosomal protein L7/L12  65.57 
 
 
119 aa  111  4.0000000000000004e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000523808  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06160  50S ribosomal protein L7/L12  58.87 
 
 
122 aa  110  5e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0446  50S ribosomal protein L7/L12  58.06 
 
 
121 aa  110  6e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.690504  unclonable  0.000000216154 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4757  50S ribosomal protein L7/L12  58.06 
 
 
121 aa  110  6e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0149649  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0476  50S ribosomal protein L7/L12  58.06 
 
 
121 aa  110  6e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0479  50S ribosomal protein L7/L12  58.06 
 
 
121 aa  110  6e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00592833  hitchhiker  0.00479203 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2867  50S ribosomal protein L7/L12  58.87 
 
 
121 aa  110  8.000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00346272  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0257  50S ribosomal protein L7/L12  59.2 
 
 
127 aa  110  9e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000857279  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2037  50S ribosomal protein L7/L12  59.2 
 
 
125 aa  110  9e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0646478  normal  0.703058 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0751  ribosomal protein L7/L12  60.16 
 
 
131 aa  110  9e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.69161  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1888  50S ribosomal protein L7/L12  58.06 
 
 
123 aa  109  1.0000000000000001e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000229099  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1820  ribosomal protein L7/L12  57.48 
 
 
133 aa  109  1.0000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0501  ribosomal protein L7/L12  50 
 
 
121 aa  109  1.0000000000000001e-23  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2723  50S ribosomal protein L7/L12  63.11 
 
 
121 aa  109  1.0000000000000001e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2409  50S ribosomal protein L7/L12  63.11 
 
 
121 aa  109  1.0000000000000001e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000000267042  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2701  ribosomal protein L7/L12  59.84 
 
 
125 aa  109  1.0000000000000001e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0719525 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0839  50S ribosomal protein L12P  63.41 
 
 
123 aa  109  1.0000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.12937  normal  0.0961765 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0699  50S ribosomal protein L7/L12  61.72 
 
 
131 aa  109  1.0000000000000001e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0711  50S ribosomal protein L7/L12  55.65 
 
 
124 aa  109  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.163885  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0094  50S ribosomal protein L7/L12  62.3 
 
 
119 aa  109  1.0000000000000001e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000037425  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1761  50S ribosomal protein L7/L12  53.79 
 
 
132 aa  109  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0315  ribosomal protein L7/L12  56 
 
 
125 aa  108  2.0000000000000002e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00406821  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1664  50S ribosomal protein L7/L12  56.45 
 
 
124 aa  108  2.0000000000000002e-23  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.63361  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1737  50S ribosomal protein L7/L12  53.79 
 
 
132 aa  109  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0409  50S ribosomal protein L7/L12  64.71 
 
 
124 aa  108  2.0000000000000002e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000329533  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0480  ribosomal protein L7/L12  58.87 
 
 
121 aa  108  2.0000000000000002e-23  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0262  50S ribosomal protein L12P  54.89 
 
 
133 aa  109  2.0000000000000002e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.314795  normal  0.113093 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0362  50S ribosomal protein L7/L12  57.26 
 
 
120 aa  108  2.0000000000000002e-23  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00344046  hitchhiker  0.0000691271 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1065  50S ribosomal protein L7/L12  56.8 
 
 
125 aa  108  3e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00323205  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5087  50S ribosomal protein L7/L12  57.26 
 
 
121 aa  108  3e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00167617  normal  0.833484 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4325  50S ribosomal protein L7/L12  54.03 
 
 
122 aa  107  4.0000000000000004e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000520258  unclonable  0.0000000000726693 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3886  ribosomal protein L7/L12  61.29 
 
 
121 aa  107  4.0000000000000004e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.449029  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0597  50S ribosomal protein L7/L12  61.29 
 
 
123 aa  107  5e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0210666  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0386  50S ribosomal protein L7/L12  55.56 
 
 
126 aa  107  8.000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0361  50S ribosomal protein L7/L12  55.56 
 
 
126 aa  107  8.000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03680  LSU ribosomal protein L12P  61.72 
 
 
131 aa  107  8.000000000000001e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.770904  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2555  50S ribosomal protein L7/L12  58.59 
 
 
128 aa  106  9.000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.113587  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0162  50S ribosomal protein L7/L12  56.45 
 
 
122 aa  106  9.000000000000001e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000100689  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0196  50S ribosomal protein L7/L12  61.29 
 
 
121 aa  106  9.000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000850088  normal  0.220465 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3934  ribosomal protein L7/L12  57.6 
 
 
128 aa  106  1e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.189008  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0631  50S ribosomal protein L7/L12  58.59 
 
 
128 aa  105  1e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.141708  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4326  ribosomal protein L7/L12  57.94 
 
 
129 aa  105  1e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.488636 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0204  ribosomal protein L7/L12  59.68 
 
 
121 aa  106  1e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.454723  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1635  50S ribosomal protein L7/L12  56.25 
 
 
128 aa  105  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1429  ribosomal protein L7/L12  60.16 
 
 
126 aa  105  2e-22  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0287  ribosomal protein L7/L12  58.06 
 
 
123 aa  105  2e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0365313  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4064  50S ribosomal protein L7/L12  50 
 
 
121 aa  105  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00112087  hitchhiker  0.00864262 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0463  50S ribosomal protein L7/L12  59.38 
 
 
128 aa  105  2e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.228162  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0478  50S ribosomal protein L7/L12  59.38 
 
 
128 aa  105  2e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2809  50S ribosomal protein L7/L12  55.91 
 
 
130 aa  105  3e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000299683  normal  0.290865 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1591  50S ribosomal protein L7/L12  59.32 
 
 
124 aa  104  3e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0448  50S ribosomal protein L7/L12  54.4 
 
 
125 aa  105  3e-22  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00560406  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3867  50S ribosomal protein L7/L12  61.48 
 
 
126 aa  104  3e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0270847 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2177  ribosomal protein L7/L12  54.76 
 
 
126 aa  104  4e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.866659 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3917  50S ribosomal protein L7/L12  57.26 
 
 
123 aa  104  4e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0392  50S ribosomal protein L7/L12  56.45 
 
 
124 aa  104  4e-22  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3196  50S ribosomal protein L7/L12  59.66 
 
 
123 aa  104  5e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.380121 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0503  50S ribosomal protein L7/L12  55.2 
 
 
129 aa  103  5e-22  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000266288  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2989  50S ribosomal protein L12P / LSU ribosomal protein L12P  59.84 
 
 
123 aa  104  5e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.201729  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0298  50S ribosomal protein L12P  62.99 
 
 
130 aa  104  5e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.489107 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27801  hypothetical protein  51.91 
 
 
179 aa  103  5e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>