More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_862 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013552  DhcVS_862  ribosomal protein L7/L12  100 
 
 
124 aa  228  2e-59  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.0000472874  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0990  50S ribosomal protein L7/L12  96.77 
 
 
124 aa  184  4e-46  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00236758  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0881  50S ribosomal protein L7/L12  96.77 
 
 
123 aa  178  2e-44  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.619082  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0257  50S ribosomal protein L7/L12  67.74 
 
 
127 aa  133  8e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000857279  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0299  50S ribosomal protein L7/L12  68.8 
 
 
128 aa  127  4.0000000000000003e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00870762  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1926  ribosomal protein L7/L12  66.67 
 
 
128 aa  125  1.0000000000000001e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.252163  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0277  ribosomal protein L7/L12  63.41 
 
 
126 aa  126  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000125688  hitchhiker  0.000433063 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0858  50S ribosomal protein L7/L12  64.8 
 
 
125 aa  124  3e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000150638  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1371  50S ribosomal protein L7/L12  64.8 
 
 
125 aa  124  3e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.526741  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0140  ribosomal protein L7/L12  58.06 
 
 
121 aa  122  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000121885  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2729  50S ribosomal protein L7/L12  58.87 
 
 
121 aa  122  2e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000345895  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0223  50S ribosomal protein L7/L12  61.29 
 
 
122 aa  121  3e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3767  50S ribosomal protein L7/L12  61.29 
 
 
122 aa  121  3e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000892884  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2469  50S ribosomal protein L12P  65.85 
 
 
126 aa  120  5e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.130995  hitchhiker  0.00690979 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2721  ribosomal protein L7/L12  62.1 
 
 
123 aa  120  7e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.200766  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3335  50S ribosomal protein L7/L12  61.29 
 
 
124 aa  120  8e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0176  50S ribosomal protein L7/L12  57.26 
 
 
121 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000503001  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0839  50S ribosomal protein L12P  67.74 
 
 
123 aa  119  9.999999999999999e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.12937  normal  0.0961765 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2222  50S ribosomal protein L7/L12  60.66 
 
 
125 aa  119  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00274833 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0672  50S ribosomal protein L7/L12  64.52 
 
 
127 aa  119  9.999999999999999e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0618  50S ribosomal protein L7/L12  65.83 
 
 
127 aa  119  1.9999999999999998e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000123102 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0195  50S ribosomal protein L7/L12  57.6 
 
 
125 aa  118  1.9999999999999998e-26  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00370258  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0409  50S ribosomal protein L7/L12  63.33 
 
 
124 aa  117  4.9999999999999996e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000329533  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2864  50S ribosomal protein L7/L12  65.83 
 
 
127 aa  117  7e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.310416  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1528  ribosomal protein L7/L12  61.29 
 
 
129 aa  116  7.999999999999999e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000020563  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1820  ribosomal protein L7/L12  59.84 
 
 
133 aa  116  9e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2332  50S ribosomal protein L7/L12  57.85 
 
 
126 aa  116  9.999999999999999e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00721046  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0173  50S ribosomal protein L7/L12  58.06 
 
 
125 aa  116  9.999999999999999e-26  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.171159  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0501  ribosomal protein L7/L12  50 
 
 
121 aa  115  9.999999999999999e-26  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3247  50S ribosomal protein L7/L12  59.5 
 
 
126 aa  116  9.999999999999999e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0206  50S ribosomal protein L7/L12  62.5 
 
 
124 aa  116  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000710602  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0311  ribosomal protein L7/L12  63.03 
 
 
127 aa  115  1.9999999999999998e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.181788  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0509  50S ribosomal protein L7/L12  61.16 
 
 
125 aa  114  3e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.17495  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0386  50S ribosomal protein L7/L12  57.85 
 
 
126 aa  114  3.9999999999999997e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0361  50S ribosomal protein L7/L12  57.85 
 
 
126 aa  114  3.9999999999999997e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3898  50S ribosomal protein L7/L12  58.68 
 
 
126 aa  114  3.9999999999999997e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0701  50S ribosomal protein L7/L12  57.48 
 
 
128 aa  113  6.9999999999999995e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.48275  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3868  50S ribosomal protein L7/L12  59.5 
 
 
124 aa  113  1.0000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1591  50S ribosomal protein L7/L12  58.06 
 
 
124 aa  113  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20970  50S ribosomal protein L7/L12  61.11 
 
 
129 aa  113  1.0000000000000001e-24  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0587  50S ribosomal protein L7/L12  66.12 
 
 
125 aa  112  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1635  50S ribosomal protein L7/L12  59.52 
 
 
128 aa  112  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0503  50S ribosomal protein L7/L12  58.73 
 
 
129 aa  112  2.0000000000000002e-24  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000266288  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0101  50S ribosomal protein L7/L12  58.06 
 
 
122 aa  112  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000988391  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0352  ribosomal protein L7/L12  57.85 
 
 
124 aa  112  2.0000000000000002e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.40803  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0214  ribosomal protein L7/L12  60.98 
 
 
126 aa  112  2.0000000000000002e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0397  50S ribosomal protein L7/L12  61.16 
 
 
127 aa  111  4.0000000000000004e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.294224  normal  0.0166902 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4532  50S ribosomal protein L7/L12  58.68 
 
 
126 aa  111  4.0000000000000004e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3755  50S ribosomal protein L7/L12  60.33 
 
 
124 aa  110  5e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.062938  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2642  50S ribosomal protein L7/L12  60.33 
 
 
124 aa  110  5e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3787  50S ribosomal protein L7/L12  60.33 
 
 
124 aa  110  5e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.229849  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0097  50S ribosomal protein L7/L12  58.87 
 
 
122 aa  110  5e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0180  50S ribosomal protein L7/L12  55.65 
 
 
125 aa  110  5e-24  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.595684  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3690  50S ribosomal protein L7/L12  62.9 
 
 
120 aa  110  5e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.100711  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1913  50S ribosomal protein L7/L12  60.33 
 
 
124 aa  110  5e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000803393  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3468  50S ribosomal protein L7/L12  60.33 
 
 
124 aa  110  5e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.108927  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1317  50S ribosomal protein L7/L12  58.87 
 
 
124 aa  110  5e-24  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000128375  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3817  50S ribosomal protein L7/L12  60.33 
 
 
124 aa  110  5e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.611974  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3179  50S ribosomal protein L7/L12  60.33 
 
 
124 aa  110  5e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000124958  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1338  50S ribosomal protein L7/L12  64.17 
 
 
126 aa  110  6e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0463  50S ribosomal protein L7/L12  60.16 
 
 
128 aa  110  7.000000000000001e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.228162  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3190  50S ribosomal protein L7/L12  61.29 
 
 
124 aa  110  7.000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.603289  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0478  50S ribosomal protein L7/L12  60.16 
 
 
128 aa  110  7.000000000000001e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1454  50S ribosomal protein L7/L12  61.29 
 
 
127 aa  109  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2680  50S ribosomal protein L7/L12  54.84 
 
 
124 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00234382  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0758  50S ribosomal protein L7/L12  56.67 
 
 
126 aa  109  1.0000000000000001e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.599811  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0977  50S ribosomal protein L7/L12  65.22 
 
 
125 aa  109  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00513658 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0448  50S ribosomal protein L7/L12  56.45 
 
 
125 aa  108  2.0000000000000002e-23  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00560406  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2723  50S ribosomal protein L12P  59.68 
 
 
129 aa  108  2.0000000000000002e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000110024  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3886  ribosomal protein L7/L12  59.68 
 
 
121 aa  108  2.0000000000000002e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.449029  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3593  50S ribosomal protein L7/L12  60.33 
 
 
123 aa  108  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.100169  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0287  50S ribosomal protein L7/L12  59.68 
 
 
126 aa  108  2.0000000000000002e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.0000000028458  normal  0.010711 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1206  50S ribosomal protein L7/L12  67.83 
 
 
124 aa  109  2.0000000000000002e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.431527  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2263  50S ribosomal protein L7/L12  57.85 
 
 
124 aa  108  2.0000000000000002e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.990375  normal  0.74642 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03862  50S ribosomal protein L7/L12  58.06 
 
 
121 aa  108  3e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000247439  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4009  ribosomal protein L7/L12  58.06 
 
 
121 aa  108  3e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000814927  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03815  hypothetical protein  58.06 
 
 
121 aa  108  3e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000273173  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4434  50S ribosomal protein L7/L12  58.06 
 
 
121 aa  108  3e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00187873  hitchhiker  0.00000582659 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0693  ribosomal protein L7/L12  59.68 
 
 
127 aa  108  3e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000904512  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4039  50S ribosomal protein L7/L12  58.06 
 
 
121 aa  108  3e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00670642  hitchhiker  0.000881188 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1664  50S ribosomal protein L7/L12  56.45 
 
 
124 aa  108  3e-23  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.63361  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4474  50S ribosomal protein L7/L12  58.06 
 
 
121 aa  108  3e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000613838  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2163  50S ribosomal protein L12P  61.11 
 
 
128 aa  108  3e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.243742  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4527  50S ribosomal protein L7/L12  58.06 
 
 
121 aa  108  3e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000174413  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2343  ribosomal protein L7/L12  58.2 
 
 
125 aa  108  3e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00477548  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0298  50S ribosomal protein L12P  58.27 
 
 
130 aa  108  3e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.489107 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4219  50S ribosomal protein L7/L12  58.06 
 
 
121 aa  108  3e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000137425  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5451  50S ribosomal protein L7/L12  58.06 
 
 
121 aa  108  3e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000730473  hitchhiker  0.0030051 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0352  50S ribosomal protein L7/L12  54.84 
 
 
122 aa  107  4.0000000000000004e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0074009  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0233  ribosomal protein L7/L12  59.68 
 
 
129 aa  107  4.0000000000000004e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.643135  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0699  50S ribosomal protein L7/L12  56.25 
 
 
131 aa  107  4.0000000000000004e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0204  ribosomal protein L7/L12  56.45 
 
 
121 aa  107  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.454723  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3170  50S ribosomal protein L7/L12  57.14 
 
 
123 aa  107  5e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1245  50S ribosomal protein L7/L12  66.96 
 
 
124 aa  107  6e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.330166  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0315  ribosomal protein L7/L12  57.85 
 
 
125 aa  107  6e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00406821  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0209  ribosomal protein L7/L12  56.45 
 
 
121 aa  107  6e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000161356  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4017  ribosomal protein L7/L12  50 
 
 
127 aa  107  7.000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.712821  normal  0.474419 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4677  50S ribosomal protein L7/L12  60.33 
 
 
126 aa  107  7.000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0969346  decreased coverage  0.00273455 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06160  50S ribosomal protein L7/L12  55.65 
 
 
122 aa  107  8.000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0925  50S ribosomal protein L7/L12  61.29 
 
 
126 aa  107  8.000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>