More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_0448 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012039  Cla_0448  50S ribosomal protein L7/L12  100 
 
 
125 aa  233  7e-61  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00560406  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0173  50S ribosomal protein L7/L12  89.6 
 
 
125 aa  187  4e-47  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.171159  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0180  50S ribosomal protein L7/L12  89.6 
 
 
125 aa  182  2.0000000000000003e-45  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.595684  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1317  50S ribosomal protein L7/L12  89.6 
 
 
124 aa  179  9.000000000000001e-45  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000128375  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0508  50S ribosomal protein L7/L12  89.6 
 
 
125 aa  174  4e-43  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000524403  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0527  50S ribosomal protein L7/L12  88.8 
 
 
125 aa  174  5e-43  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.359343  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1457  50S ribosomal protein L7/L12  88.8 
 
 
125 aa  172  9.999999999999999e-43  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000553031  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1664  50S ribosomal protein L7/L12  82.4 
 
 
124 aa  168  2e-41  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.63361  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0352  50S ribosomal protein L7/L12  76 
 
 
122 aa  158  2e-38  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0074009  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0352  ribosomal protein L7/L12  75.2 
 
 
124 aa  157  4e-38  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.40803  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0701  50S ribosomal protein L7/L12  68 
 
 
128 aa  149  1e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.48275  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0693  ribosomal protein L7/L12  70.97 
 
 
127 aa  135  1e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000904512  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1635  50S ribosomal protein L7/L12  67.97 
 
 
128 aa  135  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1338  50S ribosomal protein L7/L12  66.67 
 
 
126 aa  130  3.9999999999999996e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1454  50S ribosomal protein L7/L12  67.2 
 
 
127 aa  130  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0195  50S ribosomal protein L7/L12  63.11 
 
 
125 aa  130  5e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00370258  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0672  50S ribosomal protein L7/L12  66.13 
 
 
127 aa  129  9e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0618  50S ribosomal protein L7/L12  66.94 
 
 
127 aa  127  5.0000000000000004e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000123102 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2864  50S ribosomal protein L7/L12  65.32 
 
 
127 aa  125  2.0000000000000002e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.310416  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2995  50S ribosomal protein L7/L12  66.13 
 
 
127 aa  124  3e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06160  50S ribosomal protein L7/L12  61.6 
 
 
122 aa  124  4.0000000000000003e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3346  50S ribosomal protein L7/L12  63.2 
 
 
124 aa  124  6e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.80361  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0176  50S ribosomal protein L7/L12  55.2 
 
 
121 aa  122  1e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000503001  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1065  50S ribosomal protein L7/L12  59.2 
 
 
125 aa  122  2e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00323205  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2332  50S ribosomal protein L7/L12  59.2 
 
 
125 aa  122  2e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.140458  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2222  50S ribosomal protein L7/L12  62.18 
 
 
125 aa  120  4e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00274833 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0397  50S ribosomal protein L7/L12  62.99 
 
 
127 aa  120  5e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.294224  normal  0.0166902 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0315  ribosomal protein L7/L12  56.8 
 
 
125 aa  120  6e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00406821  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3767  50S ribosomal protein L7/L12  54.4 
 
 
122 aa  120  9e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000892884  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0223  50S ribosomal protein L7/L12  54.4 
 
 
122 aa  120  9e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1591  50S ribosomal protein L7/L12  61.02 
 
 
124 aa  119  9e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3335  50S ribosomal protein L7/L12  61.6 
 
 
124 aa  119  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1206  50S ribosomal protein L7/L12  66.1 
 
 
124 aa  119  1.9999999999999998e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.431527  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0311  50S ribosomal protein L7/L12  68 
 
 
123 aa  118  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0425822  normal  0.0243223 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0925  50S ribosomal protein L7/L12  61.9 
 
 
126 aa  118  3e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2037  50S ribosomal protein L7/L12  59.2 
 
 
125 aa  117  3e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0646478  normal  0.703058 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0450  50S ribosomal protein L7/L12  60 
 
 
125 aa  118  3e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0711  50S ribosomal protein L7/L12  63.2 
 
 
124 aa  118  3e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.163885  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0299  50S ribosomal protein L7/L12  61.9 
 
 
128 aa  118  3e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00870762  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0503  50S ribosomal protein L7/L12  64.8 
 
 
129 aa  117  3.9999999999999996e-26  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000266288  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2729  50S ribosomal protein L7/L12  53.6 
 
 
121 aa  117  3.9999999999999996e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000345895  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1245  50S ribosomal protein L7/L12  65.25 
 
 
124 aa  117  6e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.330166  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2332  50S ribosomal protein L7/L12  60.32 
 
 
126 aa  117  6e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00721046  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1548  ribosomal protein L7/L12  60.8 
 
 
127 aa  117  6e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.852192 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0758  50S ribosomal protein L7/L12  58.73 
 
 
126 aa  117  7e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.599811  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0257  50S ribosomal protein L7/L12  61.6 
 
 
127 aa  116  7.999999999999999e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000857279  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1060  50S ribosomal protein L7/L12  62.6 
 
 
126 aa  117  7.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.178892  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0277  ribosomal protein L7/L12  61.98 
 
 
126 aa  116  9e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000125688  hitchhiker  0.000433063 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1888  50S ribosomal protein L7/L12  60.8 
 
 
123 aa  116  9.999999999999999e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000229099  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2178  50S ribosomal protein L7/L12  60.8 
 
 
123 aa  116  9.999999999999999e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.900268  normal  0.0233119 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2163  50S ribosomal protein L12P  60.16 
 
 
128 aa  115  9.999999999999999e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.243742  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0858  50S ribosomal protein L7/L12  60.8 
 
 
125 aa  115  9.999999999999999e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000150638  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2073  ribosomal protein L7/L12  63.2 
 
 
128 aa  115  1.9999999999999998e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0386  50S ribosomal protein L7/L12  59.52 
 
 
126 aa  114  3e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0361  50S ribosomal protein L7/L12  59.52 
 
 
126 aa  114  3e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1946  50S ribosomal protein L7/L12  63.56 
 
 
124 aa  115  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0743276  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3336  50S ribosomal protein L7/L12  61.9 
 
 
126 aa  114  3e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000195051 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0097  50S ribosomal protein L7/L12  60.98 
 
 
122 aa  114  3.9999999999999997e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0440  50S ribosomal protein L7/L12  68.5 
 
 
127 aa  114  6e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3468  50S ribosomal protein L7/L12  62.4 
 
 
124 aa  113  6.9999999999999995e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.108927  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2642  50S ribosomal protein L7/L12  62.4 
 
 
124 aa  113  6.9999999999999995e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3787  50S ribosomal protein L7/L12  62.4 
 
 
124 aa  113  6.9999999999999995e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.229849  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3817  50S ribosomal protein L7/L12  62.4 
 
 
124 aa  113  6.9999999999999995e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.611974  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3179  50S ribosomal protein L7/L12  62.4 
 
 
124 aa  113  6.9999999999999995e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000124958  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1913  50S ribosomal protein L7/L12  62.4 
 
 
124 aa  113  6.9999999999999995e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000803393  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3755  50S ribosomal protein L7/L12  62.4 
 
 
124 aa  113  6.9999999999999995e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.062938  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0318  50S ribosomal protein L7/L12  58.59 
 
 
128 aa  113  8.999999999999998e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.038459  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0489  50S ribosomal protein L7/L12  58.59 
 
 
128 aa  113  8.999999999999998e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.223165  hitchhiker  0.00000150598 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0287  50S ribosomal protein L7/L12  61.48 
 
 
126 aa  112  1.0000000000000001e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.0000000028458  normal  0.010711 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0101  50S ribosomal protein L7/L12  60.16 
 
 
122 aa  112  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000988391  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0140  ribosomal protein L7/L12  52.8 
 
 
121 aa  112  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000121885  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0206  50S ribosomal protein L7/L12  59.66 
 
 
124 aa  112  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000710602  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2177  ribosomal protein L7/L12  58.73 
 
 
126 aa  112  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.866659 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0446  50S ribosomal protein L7/L12  57.6 
 
 
121 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.690504  unclonable  0.000000216154 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4757  50S ribosomal protein L7/L12  57.6 
 
 
121 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0149649  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0479  50S ribosomal protein L7/L12  57.6 
 
 
121 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00592833  hitchhiker  0.00479203 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0413  50S ribosomal protein L12P  60.8 
 
 
124 aa  112  2.0000000000000002e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.291542  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0501  ribosomal protein L7/L12  50.4 
 
 
121 aa  112  2.0000000000000002e-24  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0476  50S ribosomal protein L7/L12  57.6 
 
 
121 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2330  ribosomal protein L7/L12  57.6 
 
 
125 aa  111  4.0000000000000004e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0923  50S ribosomal protein L7/L12  59.52 
 
 
126 aa  111  4.0000000000000004e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000276114  hitchhiker  0.0000101769 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1963  50S ribosomal protein L7/L12  63.33 
 
 
123 aa  110  5e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.128486  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0233  ribosomal protein L7/L12  60.8 
 
 
129 aa  110  5e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.643135  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0172  50S ribosomal protein L7/L12  59.2 
 
 
122 aa  110  5e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.107771  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1926  ribosomal protein L7/L12  58.54 
 
 
128 aa  110  5e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.252163  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0570  50S ribosomal protein L7/L12  69.49 
 
 
123 aa  110  6e-24  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000202265  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2782  ribosomal protein L7/L12  65.32 
 
 
127 aa  110  7.000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0168829  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00694  50S ribosomal protein L7/L12  57.6 
 
 
125 aa  110  8.000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000575262  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1820  50S ribosomal protein L7/L12  63.87 
 
 
125 aa  110  8.000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0400665  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5087  50S ribosomal protein L7/L12  56.8 
 
 
121 aa  110  9e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00167617  normal  0.833484 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1371  50S ribosomal protein L7/L12  54.4 
 
 
125 aa  110  9e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.526741  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0204  ribosomal protein L7/L12  59.2 
 
 
121 aa  110  9e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.454723  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0209  ribosomal protein L7/L12  59.2 
 
 
121 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000161356  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2721  ribosomal protein L7/L12  55.28 
 
 
123 aa  109  1.0000000000000001e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.200766  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3917  50S ribosomal protein L7/L12  58.4 
 
 
123 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0509  50S ribosomal protein L7/L12  56 
 
 
125 aa  108  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.17495  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3688  50S ribosomal protein L7/L12  59.5 
 
 
125 aa  108  3e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0866  50S ribosomal protein L7/L12  52.34 
 
 
128 aa  108  3e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0839  50S ribosomal protein L12P  58.54 
 
 
123 aa  108  3e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.12937  normal  0.0961765 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0041  50S ribosomal protein L7/L12  58.4 
 
 
125 aa  108  3e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0709556  hitchhiker  0.00000000000056539 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>