More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3459 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_3459  50S ribosomal protein L7/L12  100 
 
 
123 aa  224  4e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.886591  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3196  50S ribosomal protein L7/L12  91.06 
 
 
123 aa  185  2e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.380121 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2284  50S ribosomal protein L7/L12  91.87 
 
 
123 aa  184  3e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0509543  normal  0.323569 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1530  50S ribosomal protein L7/L12  90.32 
 
 
124 aa  178  2e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5082  50S ribosomal protein L7/L12  90.4 
 
 
125 aa  178  2.9999999999999997e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.487843  normal  0.840642 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3688  50S ribosomal protein L7/L12  88 
 
 
125 aa  177  4e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1349  50S ribosomal protein L7/L12  87.2 
 
 
125 aa  174  2e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.262867  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3363  50S ribosomal protein L7/L12  88.71 
 
 
124 aa  171  2.9999999999999996e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.304303  normal  0.21992 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0361  50S ribosomal protein L7/L12  85.71 
 
 
126 aa  169  9e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.435588 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1899  50S ribosomal protein L7/L12  86.51 
 
 
126 aa  169  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4498  50S ribosomal protein L7/L12  84.92 
 
 
126 aa  167  3e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2728  ribosomal protein L7/L12  82.93 
 
 
123 aa  163  9e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.176458  normal  0.779559 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4016  50S ribosomal protein L7/L12  86.4 
 
 
125 aa  162  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.797485  normal  0.61149 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4385  50S ribosomal protein L7/L12  86.4 
 
 
125 aa  162  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.318012 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1346  50S ribosomal protein L7/L12  83.33 
 
 
126 aa  162  2.0000000000000002e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0781137  normal  0.0992596 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3840  50S ribosomal protein L7/L12  84.8 
 
 
125 aa  161  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00160785  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3867  50S ribosomal protein L7/L12  83.33 
 
 
126 aa  161  3e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0270847 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1820  50S ribosomal protein L7/L12  83.2 
 
 
125 aa  160  6e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0400665  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1946  50S ribosomal protein L7/L12  82.26 
 
 
124 aa  156  1e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0743276  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1206  50S ribosomal protein L7/L12  81.45 
 
 
124 aa  155  2e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.431527  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0570  50S ribosomal protein L7/L12  80.49 
 
 
123 aa  154  5.0000000000000005e-37  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000202265  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1245  50S ribosomal protein L7/L12  80.65 
 
 
124 aa  153  8e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.330166  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2959  50S ribosomal protein L7/L12  78.4 
 
 
125 aa  153  9e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.585888  normal  0.16288 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2696  50S ribosomal protein L7/L12  80.49 
 
 
123 aa  150  5.9999999999999996e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.10114  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2222  50S ribosomal protein L7/L12  74.4 
 
 
125 aa  147  3e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00274833 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0701  50S ribosomal protein L7/L12  67.97 
 
 
128 aa  145  2.0000000000000003e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.48275  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1953  50S ribosomal protein L7/L12  72.58 
 
 
127 aa  144  3e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0817116  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3476  50S ribosomal protein L7/L12  76.98 
 
 
126 aa  144  3e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.145567  hitchhiker  0.0000717521 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1591  50S ribosomal protein L7/L12  75.81 
 
 
124 aa  144  4.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0977  50S ribosomal protein L7/L12  75.2 
 
 
125 aa  140  6e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00513658 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1323  50S ribosomal protein L7/L12  76 
 
 
125 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.160578 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1421  50S ribosomal protein L7/L12  76.8 
 
 
125 aa  136  7.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.927716  normal  0.299454 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1823  50S ribosomal protein L7/L12  75 
 
 
124 aa  133  7.000000000000001e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2272  50S ribosomal protein L7/L12  69.6 
 
 
125 aa  132  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2360  50S ribosomal protein L7/L12  69.6 
 
 
125 aa  132  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1700  50S ribosomal protein L7/L12  72.8 
 
 
125 aa  131  3.9999999999999996e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357459  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0195  50S ribosomal protein L7/L12  64.52 
 
 
125 aa  129  1.0000000000000001e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00370258  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1107  ribosomal protein L7/L12  60.32 
 
 
126 aa  125  3e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0747227  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3170  50S ribosomal protein L7/L12  56.91 
 
 
123 aa  124  4.0000000000000003e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0030  50S ribosomal protein L7/L12  69.92 
 
 
123 aa  124  5e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0666406  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2729  50S ribosomal protein L7/L12  59.66 
 
 
121 aa  123  8.000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000345895  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0503  50S ribosomal protein L7/L12  62.79 
 
 
129 aa  123  9e-28  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000266288  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1803  50S ribosomal protein L12P  64.23 
 
 
123 aa  123  1e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.116648 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2332  50S ribosomal protein L7/L12  61.16 
 
 
126 aa  119  9.999999999999999e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00721046  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0356  50S ribosomal protein L7/L12  62.3 
 
 
124 aa  119  1.9999999999999998e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0227516  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0232  50S ribosomal protein L7/L12  61.79 
 
 
125 aa  118  1.9999999999999998e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0946443  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0397  50S ribosomal protein L7/L12  63.33 
 
 
127 aa  118  3e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.294224  normal  0.0166902 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1963  50S ribosomal protein L7/L12  64.46 
 
 
123 aa  118  3e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.128486  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4677  50S ribosomal protein L7/L12  62.7 
 
 
126 aa  118  3e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0969346  decreased coverage  0.00273455 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0390  ribosomal protein L7/L12  60.94 
 
 
128 aa  117  3.9999999999999996e-26  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2680  50S ribosomal protein L7/L12  60.66 
 
 
124 aa  117  3.9999999999999996e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00234382  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0858  50S ribosomal protein L7/L12  63.93 
 
 
125 aa  117  3.9999999999999996e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000150638  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0299  50S ribosomal protein L7/L12  67.24 
 
 
128 aa  117  4.9999999999999996e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00870762  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1317  50S ribosomal protein L7/L12  59.66 
 
 
124 aa  117  6e-26  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000128375  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0257  50S ribosomal protein L7/L12  63.93 
 
 
127 aa  116  7.999999999999999e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000857279  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0173  50S ribosomal protein L7/L12  60 
 
 
125 aa  116  9.999999999999999e-26  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.171159  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0266  50S ribosomal protein L7/L12  57.14 
 
 
126 aa  116  9.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0233  ribosomal protein L7/L12  68.6 
 
 
129 aa  116  9.999999999999999e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.643135  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0386  50S ribosomal protein L7/L12  57.85 
 
 
126 aa  115  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0361  50S ribosomal protein L7/L12  57.85 
 
 
126 aa  115  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0277  ribosomal protein L7/L12  56.35 
 
 
126 aa  115  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000125688  hitchhiker  0.000433063 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2950  ribosomal protein L7/L12  61.02 
 
 
123 aa  115  1.9999999999999998e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.223203  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1528  ribosomal protein L7/L12  62.1 
 
 
129 aa  115  1.9999999999999998e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000020563  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0287  50S ribosomal protein L7/L12  58.73 
 
 
126 aa  115  3e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.0000000028458  normal  0.010711 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1664  50S ribosomal protein L7/L12  60.5 
 
 
124 aa  115  3e-25  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.63361  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1709  50S ribosomal protein L7/L12  53.23 
 
 
124 aa  114  3.9999999999999997e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.197098  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0839  50S ribosomal protein L12P  65.83 
 
 
123 aa  113  6.9999999999999995e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.12937  normal  0.0961765 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0758  50S ribosomal protein L7/L12  62.18 
 
 
126 aa  113  8.999999999999998e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.599811  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2642  50S ribosomal protein L7/L12  68.14 
 
 
124 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3787  50S ribosomal protein L7/L12  68.14 
 
 
124 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.229849  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0176  50S ribosomal protein L7/L12  55.93 
 
 
121 aa  112  1.0000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000503001  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3755  50S ribosomal protein L7/L12  68.14 
 
 
124 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.062938  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1913  50S ribosomal protein L7/L12  68.14 
 
 
124 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000803393  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3817  50S ribosomal protein L7/L12  68.14 
 
 
124 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.611974  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3179  50S ribosomal protein L7/L12  68.14 
 
 
124 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000124958  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3468  50S ribosomal protein L7/L12  68.14 
 
 
124 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.108927  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1037  50S ribosomal protein L7/L12  56.91 
 
 
129 aa  112  2.0000000000000002e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.144376  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1926  ribosomal protein L7/L12  60.16 
 
 
128 aa  112  2.0000000000000002e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.252163  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0567  50S ribosomal protein L7/L12  58.87 
 
 
124 aa  111  3e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0790  50S ribosomal protein L7/L12  61.11 
 
 
126 aa  111  3e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.188773 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3335  50S ribosomal protein L7/L12  60.68 
 
 
124 aa  112  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1042  ribosomal protein L7/L12  63.71 
 
 
124 aa  111  3e-24  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.343  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0206  50S ribosomal protein L7/L12  62.1 
 
 
124 aa  111  4.0000000000000004e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000710602  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2332  50S ribosomal protein L7/L12  61.67 
 
 
125 aa  110  6e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.140458  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0639  50S ribosomal protein L7/L12  61.16 
 
 
122 aa  110  6e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.500427  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0180  50S ribosomal protein L7/L12  58.33 
 
 
125 aa  110  6e-24  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.595684  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0097  50S ribosomal protein L7/L12  63.03 
 
 
122 aa  110  6e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0311  50S ribosomal protein L7/L12  64.71 
 
 
123 aa  110  7.000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0425822  normal  0.0243223 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2543  50S ribosomal protein L7/L12  64 
 
 
124 aa  110  7.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0223  50S ribosomal protein L7/L12  53.39 
 
 
122 aa  110  9e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3767  50S ribosomal protein L7/L12  53.39 
 
 
122 aa  110  9e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000892884  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2864  50S ribosomal protein L7/L12  61.42 
 
 
127 aa  109  1.0000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.310416  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0352  ribosomal protein L7/L12  56.3 
 
 
124 aa  109  1.0000000000000001e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.40803  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0693  ribosomal protein L7/L12  62.2 
 
 
127 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000904512  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0318  50S ribosomal protein L7/L12  58.68 
 
 
128 aa  108  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.038459  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0489  50S ribosomal protein L7/L12  58.68 
 
 
128 aa  108  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.223165  hitchhiker  0.00000150598 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4017  ribosomal protein L7/L12  53.54 
 
 
127 aa  108  3e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.712821  normal  0.474419 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2721  ribosomal protein L7/L12  61.02 
 
 
123 aa  108  3e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.200766  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0746  50S ribosomal protein L7/L12  60.8 
 
 
124 aa  108  3e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00478946 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0409  50S ribosomal protein L7/L12  63.71 
 
 
124 aa  107  4.0000000000000004e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000329533  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>