More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2087 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009727  CBUD_0874  valyl-tRNA synthetase  37.59 
 
 		 920 aa  705    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4005  valyl-tRNA synthetase  39.5 
 
 		 927 aa  717    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.311642 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3739  valyl-tRNA synthetase  39.01 
 
 		 951 aa  712    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0430  valyl-tRNA synthetase  36.73 
 
 		 880 aa  654    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.029099  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2045  valyl-tRNA synthetase  39.44 
 
 		 887 aa  671    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0977  valyl-tRNA synthetase  39.82 
 
 		 948 aa  740    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2178  valyl-tRNA synthetase  37.03 
 
 		 976 aa  707    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1279  valyl-tRNA synthetase  39.06 
 
 		 950 aa  715    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2097  valyl-tRNA synthetase  40.82 
 
 		 921 aa  756    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.694852  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3087  valyl-tRNA synthetase  60.66 
 
 		 987 aa  1222    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.705018  normal  0.448197 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0738  valyl-tRNA synthetase  39.37 
 
 		 973 aa  753    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1716  valyl-tRNA synthetase  37.67 
 
 		 963 aa  690    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.894816  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3424  valyl-tRNA synthetase  39.51 
 
 		 958 aa  748    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1268  valyl-tRNA synthetase  39.3 
 
 		 948 aa  725    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0927  valyl-tRNA synthetase  38.63 
 
 		 955 aa  705    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0785  valyl-tRNA synthetase  37.19 
 
 		 921 aa  726    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0756  valyl-tRNA synthetase  37.37 
 
 		 921 aa  729    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3947  valyl-tRNA synthetase  45.95 
 
 		 955 aa  876    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.14713 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1086  valyl-tRNA synthetase  39.52 
 
 		 948 aa  728    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0741  valyl-tRNA synthetase  38.63 
 
 		 955 aa  705    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3085  valyl-tRNA synthetase  38.55 
 
 		 943 aa  727    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.405108 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1281  valyl-tRNA synthetase  37.17 
 
 		 933 aa  652    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.202707  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1015  valyl-tRNA synthetase  40.24 
 
 		 948 aa  741    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0577  valyl-tRNA synthetase  39.35 
 
 		 912 aa  713    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.113426  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1436  valyl-tRNA synthetase  45.15 
 
 		 952 aa  874    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.571959  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2982  valyl-tRNA synthetase  38.76 
 
 		 1002 aa  643    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1846  valyl-tRNA synthetase  38.63 
 
 		 955 aa  706    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.344373  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1091  valyl-tRNA synthetase  40.5 
 
 		 929 aa  769    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0986  valyl-tRNA synthetase  40.37 
 
 		 948 aa  741    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1989  valyl-tRNA synthetase  60.04 
 
 		 987 aa  1198    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2315  valyl-tRNA synthetase  41.2 
 
 		 885 aa  753    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000169749  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4585  valyl-tRNA synthetase  38.37 
 
 		 955 aa  705    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.826772 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1151  valyl-tRNA synthetase  47.09 
 
 		 947 aa  904    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0456653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3006  valyl-tRNA synthetase  48.56 
 
 		 909 aa  944    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.405828 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0407  valyl-tRNA synthetase  36.42 
 
 		 880 aa  661    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0922688  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18921  valyl-tRNA synthetase  36.12 
 
 		 918 aa  649    Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0699  valyl-tRNA synthetase  60.19 
 
 		 987 aa  1196    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0684  valyl-tRNA synthetase  40.2 
 
 		 917 aa  742    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.980667  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1503  valyl-tRNA synthetase  39.52 
 
 		 924 aa  758    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000330515  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1775  valyl-tRNA synthetase  35.69 
 
 		 918 aa  646    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.651419  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0587  valyl-tRNA synthetase  38.4 
 
 		 909 aa  692    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0235992  normal  0.435222 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0742  valyl-tRNA synthetase  39.85 
 
 		 926 aa  727    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.279651  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1796  valyl-tRNA synthetase  45.35 
 
 		 879 aa  856    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0532  valyl-tRNA synthetase  38.45 
 
 		 880 aa  682    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000120164  normal  0.643444 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2633  valyl-tRNA synthetase  38.97 
 
 		 955 aa  712    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2390  valyl-tRNA synthetase  38.94 
 
 		 1052 aa  647    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.122959  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2892  valyl-tRNA synthetase  46.85 
 
 		 972 aa  872    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2846  valyl-tRNA synthetase  44.98 
 
 		 904 aa  808    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.292827  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3477  valyl-tRNA synthetase  65.81 
 
 		 1029 aa  1347    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0964875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2376  valyl-tRNA synthetase  36.69 
 
 		 990 aa  659    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.171381  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1369  valyl-tRNA synthetase  38.35 
 
 		 922 aa  721    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2570  valyl-tRNA synthetase  46.28 
 
 		 952 aa  882    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.252314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0091  valyl-tRNA synthetase  39.21 
 
 		 943 aa  727    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3721  valyl-tRNA synthetase  36.36 
 
 		 973 aa  643    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0971795  normal  0.563267 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1335  valyl-tRNA synthetase  38.16 
 
 		 959 aa  697    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.754534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2867  valyl-tRNA synthetase  39.84 
 
 		 968 aa  759    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2579  valyl-tRNA synthetase  47.42 
 
 		 968 aa  889    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0215604 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2922  valyl-tRNA synthetase  41.37 
 
 		 947 aa  762    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.611801  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1828  valyl-tRNA synthetase  46.05 
 
 		 954 aa  885    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.242328  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2138  valyl-tRNA synthetase  37.29 
 
 		 984 aa  708    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.571055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2630  valyl-tRNA synthetase  38.24 
 
 		 955 aa  699    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00324916  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0285  valyl-tRNA synthetase  35.67 
 
 		 957 aa  674    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.147472  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4237  valyl-tRNA synthetase  47.79 
 
 		 930 aa  881    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.19671  normal  0.989502 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1706  valyl-tRNA synthetase  69.98 
 
 		 1031 aa  1458    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.987588 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0923  valyl-tRNA synthetase  39.93 
 
 		 959 aa  753    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1669  valyl-tRNA synthetase  38.63 
 
 		 955 aa  706    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21531  valyl-tRNA synthetase  37.27 
 
 		 933 aa  655    Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0606355  normal  0.859244 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3564  valyl-tRNA synthetase  38.01 
 
 		 921 aa  713    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1571  valyl-tRNA synthetase  46.53 
 
 		 926 aa  878    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1092  valyl-tRNA synthetase  44.23 
 
 		 896 aa  817    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.75364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29141  valyl-tRNA synthetase  37.87 
 
 		 947 aa  644    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1137  putative valyl-tRNA synthetase  39.31 
 
 		 941 aa  716    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.835272  normal  0.0253174 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1259  valyl-tRNA synthetase  38.6 
 
 		 948 aa  736    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3441  valyl-tRNA synthetase  36.64 
 
 		 911 aa  654    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1130  valyl-tRNA synthetase  40.05 
 
 		 958 aa  758    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00231601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1201  valyl-tRNA synthetase  40.15 
 
 		 958 aa  760    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.418789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0555  valyl-tRNA synthetase  38.18 
 
 		 917 aa  693    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00036551 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0916  valyl-tRNA synthetase  39.31 
 
 		 968 aa  751    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.276486  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4102  valyl-tRNA synthetase  37.65 
 
 		 1006 aa  643    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2742  valyl-tRNA synthetase  39.24 
 
 		 958 aa  748    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.829752  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18731  valyl-tRNA synthetase  35.82 
 
 		 918 aa  648    Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2554  valyl-tRNA synthetase  38.06 
 
 		 879 aa  687    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0681361  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1691  valyl-tRNA synthetase  38.63 
 
 		 955 aa  705    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0192  valyl-tRNA synthetase  39.86 
 
 		 892 aa  725    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.209132  normal  0.584595 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1474  valyl-tRNA synthetase  40.17 
 
 		 929 aa  747    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0304029  normal  0.195737 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1131  valyl-tRNA synthetase  39.87 
 
 		 958 aa  760    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00349082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18731  valyl-tRNA synthetase  35.93 
 
 		 918 aa  643    Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.122386  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0422  valyl-tRNA synthetase  38.63 
 
 		 955 aa  705    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2085  valyl-tRNA synthetase  39.89 
 
 		 953 aa  733    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000735472  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2331  valyl-tRNA synthetase  62.25 
 
 		 1030 aa  1233    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.748917  normal  0.908682 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0790  valyl-tRNA synthetase  41.05 
 
 		 953 aa  773    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0393  valyl-tRNA synthetase  38.09 
 
 		 952 aa  716    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0129  valyl-tRNA synthetase  39.85 
 
 		 904 aa  653    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00525564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0959  valyl-tRNA synthetase  40.28 
 
 		 950 aa  748    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0343  valyl-tRNA synthetase  35.97 
 
 		 867 aa  655    Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0324  valyl-tRNA synthetase  38.71 
 
 		 884 aa  711    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0384006  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3169  valyl-tRNA synthetase  37.34 
 
 		 979 aa  652    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.235624 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2896  valyl-tRNA synthetase  37.32 
 
 		 976 aa  672    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.588712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0654  valyl-tRNA synthetase  44.71 
 
 		 908 aa  862    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000423927  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0687  valyl-tRNA synthetase  44.71 
 
 		 908 aa  862    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000177332  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>